More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4473 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_4473  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  100 
 
 
355 aa  716    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.659853  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2914  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  79.04 
 
 
354 aa  566  1e-160  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0198427  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3175  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  78.75 
 
 
354 aa  565  1e-160  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3903  sugar binding protein  74.79 
 
 
354 aa  542  1e-153  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0937  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  74.43 
 
 
353 aa  535  1e-151  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.4369  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0879  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  74.43 
 
 
353 aa  535  1e-151  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1424  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  72.88 
 
 
354 aa  535  1e-151  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.44901  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1045  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  74.93 
 
 
356 aa  531  1e-150  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3200  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  73.37 
 
 
354 aa  530  1e-149  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.248181 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0838  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  73.16 
 
 
355 aa  527  1e-148  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0243172  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3074  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  70.06 
 
 
354 aa  514  1.0000000000000001e-145  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.107941  normal  0.825044 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2254  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  74.85 
 
 
356 aa  508  1e-143  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.243206  hitchhiker  0.00000370627 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2745  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  73.95 
 
 
354 aa  504  9.999999999999999e-143  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.534464 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4110  monosaccharide-transporting ATPase  67.71 
 
 
353 aa  502  1e-141  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000001788 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2137  multiple sugar-binding periplasmic receptor chvE precursor  72.51 
 
 
356 aa  492  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.627276  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0736  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  68.86 
 
 
379 aa  488  1e-137  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.201323  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0737  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  69.76 
 
 
356 aa  484  1e-136  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2687  putative solute-binding component of ABC transporter  66.95 
 
 
359 aa  478  1e-134  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3659  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  69.72 
 
 
379 aa  464  9.999999999999999e-131  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0615  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  64.94 
 
 
357 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.431417 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2889  xylose ABC transporter substrate-binding protein  60.97 
 
 
359 aa  426  1e-118  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0799239  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0383  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  63.27 
 
 
361 aa  415  9.999999999999999e-116  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0756  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  57.7 
 
 
364 aa  412  1e-114  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0825121  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1864  putative solute-binding component of ABC transporter  59.76 
 
 
373 aa  400  9.999999999999999e-111  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2946  putative sugar ABC transporter  57.96 
 
 
383 aa  385  1e-106  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.926727  normal  0.804689 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30930  multiple monosaccharide-binding protein  54.18 
 
 
376 aa  378  1e-103  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2515  putative sugar ABC transporter  57.14 
 
 
385 aa  370  1e-101  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4719  putative sugar ABC transporter  56.12 
 
 
377 aa  369  1e-101  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1987  putative solute-binding component of ABC transporter  54.6 
 
 
378 aa  366  1e-100  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2998  putative sugar ABC transporter  56.2 
 
 
385 aa  365  1e-100  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.455734  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0238  putative sugar ABC transporter  56.72 
 
 
384 aa  363  2e-99  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.438796  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0502  ABC transporter sugar-binding protein  56.29 
 
 
381 aa  347  1e-94  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.445823  normal  0.255997 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1960  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  50.84 
 
 
364 aa  347  2e-94  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27950  ABC-type xylose transport system, periplasmic component  51.76 
 
 
375 aa  344  2e-93  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0499  multiple sugar transport system (multiple sugar- binding protein)  52.4 
 
 
379 aa  338  9.999999999999999e-92  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.10489  normal  0.480432 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0404  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  52.38 
 
 
388 aa  336  2.9999999999999997e-91  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.860861  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29480  monosaccharide-binding protein  51.74 
 
 
383 aa  332  6e-90  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1585  putative solute-binding component of ABC transporter  49.28 
 
 
355 aa  328  1.0000000000000001e-88  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.546675  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1102  multiple sugar-binding periplasmic receptor  50 
 
 
365 aa  308  1.0000000000000001e-82  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.891182  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1179  multiple sugar-binding periplasmic receptor  50 
 
 
365 aa  306  4.0000000000000004e-82  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000128442 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2520  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  49.54 
 
 
376 aa  300  3e-80  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0259  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  45.96 
 
 
371 aa  263  3e-69  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1859  xylose ABC transporter periplasmic protein  42.82 
 
 
385 aa  250  3e-65  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00000887855  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3404  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  41.9 
 
 
364 aa  240  2.9999999999999997e-62  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.538992 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0105  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.07 
 
 
351 aa  196  4.0000000000000005e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0226  ABC-type xylose transport system periplasmic component-like protein  36.64 
 
 
374 aa  192  8e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0586  D-xylose transporter subunit XylF  37.78 
 
 
333 aa  187  2e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0099  D-xylose transporter subunit XylF  37.18 
 
 
331 aa  187  3e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4101  D-xylose transporter subunit XylF  35.61 
 
 
331 aa  183  4.0000000000000006e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0057  D-xylose transporter subunit XylF  35.61 
 
 
331 aa  183  4.0000000000000006e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2576  periplasmic sugar-binding protein  36.63 
 
 
384 aa  183  5.0000000000000004e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0144  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.65 
 
 
330 aa  181  1e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4942  D-xylose transporter subunit XylF  37.65 
 
 
330 aa  182  1e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0258127 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3889  D-xylose transporter subunit XylF  38.15 
 
 
330 aa  182  1e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4062  D-xylose transporter subunit XylF  38.15 
 
 
330 aa  182  1e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0061  D-xylose transporter subunit XylF  35.71 
 
 
331 aa  181  2e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03418  D-xylose transporter subunit  37.35 
 
 
330 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3769  D-xylose transporter subunit XylF  37.35 
 
 
330 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.723738  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0148  D-xylose transporter subunit XylF  37.35 
 
 
330 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0079  D-xylose transporter subunit XylF  36.18 
 
 
332 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03369  hypothetical protein  37.35 
 
 
330 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1865  D-xylose transporter subunit XylF  35.11 
 
 
333 aa  180  4e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.30323 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4436  D-xylose transporter subunit XylF  37.04 
 
 
332 aa  179  9e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1666  periplasmic sugar-binding protein  34.52 
 
 
359 aa  178  1e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.899357  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4154  D-xylose transporter subunit XylF  36.75 
 
 
332 aa  177  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3956  D-xylose transporter subunit XylF  37.04 
 
 
335 aa  176  4e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0155  D-xylose transporter subunit XylF  35.69 
 
 
330 aa  176  4e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0155  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.36 
 
 
368 aa  173  3.9999999999999995e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2621  ABC xylose transporter, periplasmic ligand binding protein  33.7 
 
 
342 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.935077 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3042  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  36.96 
 
 
347 aa  172  5.999999999999999e-42  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6632  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.7 
 
 
342 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2341  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.28 
 
 
342 aa  168  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  0.0483299 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4340  solute-binding protein  38.55 
 
 
374 aa  169  1e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6504  D-xylose ABC transporter, substrate-binding protein  34.44 
 
 
365 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0443872  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0776  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.57 
 
 
350 aa  167  2e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6738  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.44 
 
 
342 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0274139  normal  0.535466 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6327  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.44 
 
 
342 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.446437  normal  0.888302 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4209  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.14 
 
 
342 aa  166  5e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.112586  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6034  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.83 
 
 
342 aa  166  5e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.715776  normal  0.5888 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6334  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.83 
 
 
342 aa  166  5e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2339  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  33.33 
 
 
342 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.975392  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4681  solute-binding protein  33.24 
 
 
358 aa  164  2.0000000000000002e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1633  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  34.93 
 
 
339 aa  164  3e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19500  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.24 
 
 
344 aa  162  6e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.497232  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1922  solute-binding protein  33.72 
 
 
372 aa  162  7e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2022  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.11 
 
 
381 aa  161  1e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4186  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.96 
 
 
342 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4074  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.96 
 
 
342 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.809759  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3414  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.05 
 
 
339 aa  159  7e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.443639  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4236  hypothetical protein  37.61 
 
 
365 aa  156  5.0000000000000005e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0383732 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1186  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.83 
 
 
363 aa  155  1e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.173505 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3003  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  32.92 
 
 
333 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0589453  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6741  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  37.32 
 
 
371 aa  154  2e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.177383 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6693  solute-binding protein  34.73 
 
 
361 aa  154  2e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.741215  normal  0.17095 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1126  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  35.89 
 
 
367 aa  154  2.9999999999999998e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0704697 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5340  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  32.83 
 
 
380 aa  153  2.9999999999999998e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2302  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.62 
 
 
333 aa  152  7e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.288847  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24390  monosaccharide-binding protein  34.94 
 
 
376 aa  152  7e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.500877  normal  0.0818838 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2274  xylose binding protein transport system  36.78 
 
 
368 aa  152  8e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.159547 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3846  hypothetical protein  35.28 
 
 
365 aa  152  8.999999999999999e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>