More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccel_1987 on replicon NC_011898
Organism: Clostridium cellulolyticum H10



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011898  Ccel_1987  putative solute-binding component of ABC transporter  100 
 
 
378 aa  759    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2914  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  56.61 
 
 
354 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0198427  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3659  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  60.53 
 
 
379 aa  417  9.999999999999999e-116  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2137  multiple sugar-binding periplasmic receptor chvE precursor  61.14 
 
 
356 aa  418  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.627276  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3175  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  56.35 
 
 
354 aa  412  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1424  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  60.24 
 
 
354 aa  412  1e-114  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.44901  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0937  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  60.86 
 
 
353 aa  410  1e-113  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.4369  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0879  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  60.86 
 
 
353 aa  410  1e-113  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2687  putative solute-binding component of ABC transporter  59.82 
 
 
359 aa  407  1.0000000000000001e-112  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1045  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  60.43 
 
 
356 aa  404  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1585  putative solute-binding component of ABC transporter  56.16 
 
 
355 aa  403  1e-111  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.546675  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2254  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  59.82 
 
 
356 aa  404  1e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.243206  hitchhiker  0.00000370627 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0756  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  51.94 
 
 
364 aa  402  1e-111  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0825121  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0737  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  59.82 
 
 
356 aa  395  1e-109  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3903  sugar binding protein  58.73 
 
 
354 aa  397  1e-109  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0736  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  58.28 
 
 
379 aa  394  1e-108  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.201323  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3074  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  56.5 
 
 
354 aa  390  1e-107  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.107941  normal  0.825044 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0615  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  58.43 
 
 
357 aa  388  1e-107  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.431417 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3200  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  57.52 
 
 
354 aa  387  1e-106  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.248181 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1864  putative solute-binding component of ABC transporter  53.41 
 
 
373 aa  369  1e-101  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2520  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  49.08 
 
 
376 aa  370  1e-101  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4719  putative sugar ABC transporter  50.65 
 
 
377 aa  367  1e-100  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4473  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  54.6 
 
 
355 aa  367  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.659853  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2889  xylose ABC transporter substrate-binding protein  50.42 
 
 
359 aa  363  2e-99  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0799239  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0383  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  50.53 
 
 
361 aa  356  3.9999999999999996e-97  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4110  monosaccharide-transporting ATPase  54.22 
 
 
353 aa  356  3.9999999999999996e-97  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000001788 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0838  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  53.03 
 
 
355 aa  345  6e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0243172  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2745  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  51.64 
 
 
354 aa  342  7e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.534464 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30930  multiple monosaccharide-binding protein  48.29 
 
 
376 aa  340  2e-92  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2946  putative sugar ABC transporter  51.81 
 
 
383 aa  338  8e-92  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.926727  normal  0.804689 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0499  multiple sugar transport system (multiple sugar- binding protein)  46.35 
 
 
379 aa  337  1.9999999999999998e-91  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.10489  normal  0.480432 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2515  putative sugar ABC transporter  49.01 
 
 
385 aa  335  1e-90  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0238  putative sugar ABC transporter  51.2 
 
 
384 aa  321  1.9999999999999998e-86  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.438796  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1960  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  44.65 
 
 
364 aa  319  6e-86  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29480  monosaccharide-binding protein  47.97 
 
 
383 aa  318  1e-85  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27950  ABC-type xylose transport system, periplasmic component  46.36 
 
 
375 aa  313  1.9999999999999998e-84  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0502  ABC transporter sugar-binding protein  45.83 
 
 
381 aa  312  6.999999999999999e-84  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.445823  normal  0.255997 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2998  putative sugar ABC transporter  45.69 
 
 
385 aa  311  1e-83  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.455734  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0404  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  45.7 
 
 
388 aa  291  1e-77  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.860861  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1102  multiple sugar-binding periplasmic receptor  45.89 
 
 
365 aa  281  1e-74  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.891182  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1179  multiple sugar-binding periplasmic receptor  45.25 
 
 
365 aa  276  5e-73  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000128442 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1859  xylose ABC transporter periplasmic protein  40.37 
 
 
385 aa  259  5.0000000000000005e-68  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00000887855  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3404  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  39.12 
 
 
364 aa  240  2e-62  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.538992 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0259  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  37.97 
 
 
371 aa  221  1.9999999999999999e-56  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0155  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.75 
 
 
368 aa  187  4e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3889  D-xylose transporter subunit XylF  38.46 
 
 
330 aa  186  9e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4062  D-xylose transporter subunit XylF  38.46 
 
 
330 aa  186  9e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0144  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.15 
 
 
330 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0105  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.95 
 
 
351 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0079  D-xylose transporter subunit XylF  36.92 
 
 
332 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0061  D-xylose transporter subunit XylF  36.92 
 
 
331 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03418  D-xylose transporter subunit  37.85 
 
 
330 aa  183  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3769  D-xylose transporter subunit XylF  37.85 
 
 
330 aa  183  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.723738  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0148  D-xylose transporter subunit XylF  37.85 
 
 
330 aa  183  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03369  hypothetical protein  37.85 
 
 
330 aa  183  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1666  periplasmic sugar-binding protein  34.8 
 
 
359 aa  182  6e-45  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.899357  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1865  D-xylose transporter subunit XylF  36.36 
 
 
333 aa  182  9.000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.30323 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0155  D-xylose transporter subunit XylF  37.54 
 
 
330 aa  181  1e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4942  D-xylose transporter subunit XylF  37.54 
 
 
330 aa  182  1e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0258127 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0586  D-xylose transporter subunit XylF  36.88 
 
 
333 aa  180  4e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0226  ABC-type xylose transport system periplasmic component-like protein  33.67 
 
 
374 aa  179  7e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3956  D-xylose transporter subunit XylF  37.23 
 
 
335 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2576  periplasmic sugar-binding protein  33.63 
 
 
384 aa  172  5.999999999999999e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19500  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.66 
 
 
344 aa  172  7.999999999999999e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.497232  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3042  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  33.07 
 
 
347 aa  171  1e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4436  D-xylose transporter subunit XylF  35.38 
 
 
332 aa  170  5e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0099  D-xylose transporter subunit XylF  34.77 
 
 
331 aa  169  8e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4154  D-xylose transporter subunit XylF  34.77 
 
 
332 aa  167  4e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0057  D-xylose transporter subunit XylF  33.85 
 
 
331 aa  165  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4101  D-xylose transporter subunit XylF  33.85 
 
 
331 aa  165  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2022  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 
381 aa  162  8.000000000000001e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6632  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.92 
 
 
342 aa  156  6e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2621  ABC xylose transporter, periplasmic ligand binding protein  32.92 
 
 
342 aa  155  9e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.935077 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6738  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.92 
 
 
342 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0274139  normal  0.535466 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6327  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.92 
 
 
342 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.446437  normal  0.888302 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6504  D-xylose ABC transporter, substrate-binding protein  32.92 
 
 
365 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0443872  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4186  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.23 
 
 
342 aa  153  5e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6334  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.62 
 
 
342 aa  153  5e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6034  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.62 
 
 
342 aa  153  5e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.715776  normal  0.5888 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4074  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.23 
 
 
342 aa  153  5e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.809759  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2339  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  31.69 
 
 
342 aa  152  7e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.975392  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4209  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.31 
 
 
342 aa  152  1e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.112586  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0776  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.64 
 
 
350 aa  151  1e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3414  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.8 
 
 
339 aa  152  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.443639  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2341  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.93 
 
 
342 aa  150  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  0.0483299 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1503  Monosaccharide-transporting ATPase  36.86 
 
 
378 aa  150  4e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.576565  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0259  xylose binding protein transport system  30.49 
 
 
370 aa  149  6e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.465034  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2925  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.85 
 
 
346 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.510849 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2302  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.69 
 
 
333 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.288847  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3185  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.85 
 
 
346 aa  146  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.208726  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3003  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  31.38 
 
 
333 aa  145  9e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0589453  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24390  monosaccharide-binding protein  32.07 
 
 
376 aa  145  1e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.500877  normal  0.0818838 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1633  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  32.21 
 
 
339 aa  144  3e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1150  D-xylose ABC transporter, periplasmic D-xylose-binding protein  30.96 
 
 
339 aa  143  4e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0756849  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6620  D-xylose transporter subunit XylF  28.72 
 
 
374 aa  142  7e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00486776 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2884  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.08 
 
 
333 aa  142  8e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.102429  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4913  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.82 
 
 
335 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00296988  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3836  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.82 
 
 
335 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.607275 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5293  solute-binding protein  31.48 
 
 
356 aa  141  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.460629  normal  0.133321 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1132  solute-binding protein  33.63 
 
 
390 aa  140  3.9999999999999997e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0346774 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>