More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_0499 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013174  Jden_0499  multiple sugar transport system (multiple sugar- binding protein)  100 
 
 
379 aa  759    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.10489  normal  0.480432 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0502  ABC transporter sugar-binding protein  66.23 
 
 
381 aa  501  1e-141  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.445823  normal  0.255997 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2515  putative sugar ABC transporter  61.05 
 
 
385 aa  431  1e-120  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27950  ABC-type xylose transport system, periplasmic component  60.53 
 
 
375 aa  429  1e-119  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2998  putative sugar ABC transporter  61.24 
 
 
385 aa  424  1e-117  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.455734  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2946  putative sugar ABC transporter  60.83 
 
 
383 aa  415  9.999999999999999e-116  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.926727  normal  0.804689 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0404  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  61.72 
 
 
388 aa  402  1e-111  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.860861  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29480  monosaccharide-binding protein  58.82 
 
 
383 aa  389  1e-107  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0238  putative sugar ABC transporter  60.41 
 
 
384 aa  385  1e-106  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.438796  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0383  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  52.28 
 
 
361 aa  370  1e-101  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0756  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  50 
 
 
364 aa  357  1.9999999999999998e-97  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0825121  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2687  putative solute-binding component of ABC transporter  50.79 
 
 
359 aa  357  1.9999999999999998e-97  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1864  putative solute-binding component of ABC transporter  52.94 
 
 
373 aa  356  3.9999999999999996e-97  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0736  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  52.87 
 
 
379 aa  353  2.9999999999999997e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.201323  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3074  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  51.52 
 
 
354 aa  349  4e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.107941  normal  0.825044 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3903  sugar binding protein  54.38 
 
 
354 aa  347  1e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2254  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  52.57 
 
 
356 aa  345  7e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.243206  hitchhiker  0.00000370627 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2914  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  53.78 
 
 
354 aa  344  1e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0198427  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0838  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  53.01 
 
 
355 aa  344  2e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0243172  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0737  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  51.96 
 
 
356 aa  343  2e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3175  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  53.78 
 
 
354 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2745  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  51.34 
 
 
354 aa  342  7e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.534464 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0937  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  53.31 
 
 
353 aa  340  2e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.4369  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0879  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  53.31 
 
 
353 aa  340  2e-92  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4719  putative sugar ABC transporter  48.41 
 
 
377 aa  338  9.999999999999999e-92  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4473  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  52.4 
 
 
355 aa  338  9.999999999999999e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.659853  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1424  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  52.71 
 
 
354 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.44901  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1960  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  50 
 
 
364 aa  335  5.999999999999999e-91  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3200  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  50.76 
 
 
354 aa  335  9e-91  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.248181 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30930  multiple monosaccharide-binding protein  50 
 
 
376 aa  333  3e-90  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1987  putative solute-binding component of ABC transporter  49.42 
 
 
378 aa  333  4e-90  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1045  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  51.06 
 
 
356 aa  331  1e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4110  monosaccharide-transporting ATPase  49.85 
 
 
353 aa  331  1e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000001788 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2137  multiple sugar-binding periplasmic receptor chvE precursor  51.96 
 
 
356 aa  330  4e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.627276  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3659  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  51.76 
 
 
379 aa  327  2.0000000000000001e-88  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0615  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  48.36 
 
 
357 aa  322  7e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.431417 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1585  putative solute-binding component of ABC transporter  44.89 
 
 
355 aa  310  2e-83  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.546675  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2889  xylose ABC transporter substrate-binding protein  46.32 
 
 
359 aa  306  4.0000000000000004e-82  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0799239  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1179  multiple sugar-binding periplasmic receptor  50 
 
 
365 aa  305  1.0000000000000001e-81  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000128442 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1102  multiple sugar-binding periplasmic receptor  48.75 
 
 
365 aa  303  3.0000000000000004e-81  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.891182  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0259  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  48.44 
 
 
371 aa  286  5e-76  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2520  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  43.57 
 
 
376 aa  285  1.0000000000000001e-75  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3404  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  42.86 
 
 
364 aa  231  2e-59  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.538992 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1859  xylose ABC transporter periplasmic protein  35.19 
 
 
385 aa  204  2e-51  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00000887855  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2576  periplasmic sugar-binding protein  34.69 
 
 
384 aa  179  4.999999999999999e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0105  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.77 
 
 
351 aa  177  2e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1666  periplasmic sugar-binding protein  34.67 
 
 
359 aa  177  3e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.899357  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0586  D-xylose transporter subunit XylF  34.85 
 
 
333 aa  174  2.9999999999999996e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0099  D-xylose transporter subunit XylF  36.15 
 
 
331 aa  172  6.999999999999999e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0079  D-xylose transporter subunit XylF  36.78 
 
 
332 aa  172  1e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0226  ABC-type xylose transport system periplasmic component-like protein  32.58 
 
 
374 aa  171  1e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3042  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  32.96 
 
 
347 aa  171  2e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0155  D-xylose transporter subunit XylF  35.09 
 
 
330 aa  171  2e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3889  D-xylose transporter subunit XylF  35.56 
 
 
330 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4062  D-xylose transporter subunit XylF  35.56 
 
 
330 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1865  D-xylose transporter subunit XylF  34.65 
 
 
333 aa  167  2.9999999999999998e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.30323 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0144  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.26 
 
 
330 aa  167  4e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4942  D-xylose transporter subunit XylF  35.26 
 
 
330 aa  167  4e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0258127 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0061  D-xylose transporter subunit XylF  34.65 
 
 
331 aa  166  9e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03418  D-xylose transporter subunit  34.95 
 
 
330 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0148  D-xylose transporter subunit XylF  34.95 
 
 
330 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4154  D-xylose transporter subunit XylF  35.15 
 
 
332 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03369  hypothetical protein  34.95 
 
 
330 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3769  D-xylose transporter subunit XylF  34.95 
 
 
330 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.723738  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4436  D-xylose transporter subunit XylF  34.85 
 
 
332 aa  162  6e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4101  D-xylose transporter subunit XylF  33.64 
 
 
331 aa  162  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1922  solute-binding protein  33.53 
 
 
372 aa  162  1e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0057  D-xylose transporter subunit XylF  33.64 
 
 
331 aa  162  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1633  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  32.74 
 
 
339 aa  158  1e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19500  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.64 
 
 
344 aa  158  2e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.497232  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2022  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.66 
 
 
381 aa  158  2e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3956  D-xylose transporter subunit XylF  34.35 
 
 
335 aa  157  3e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2884  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.06 
 
 
333 aa  156  4e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.102429  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3003  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  32.15 
 
 
333 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0589453  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0155  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.86 
 
 
368 aa  155  8e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6327  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.63 
 
 
342 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.446437  normal  0.888302 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24390  monosaccharide-binding protein  34.83 
 
 
376 aa  152  8.999999999999999e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.500877  normal  0.0818838 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6504  D-xylose ABC transporter, substrate-binding protein  32.93 
 
 
365 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0443872  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6738  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.93 
 
 
342 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0274139  normal  0.535466 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4681  solute-binding protein  31.02 
 
 
358 aa  151  2e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2302  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.86 
 
 
333 aa  151  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.288847  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6334  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.33 
 
 
342 aa  151  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6034  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.33 
 
 
342 aa  151  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.715776  normal  0.5888 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4209  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.33 
 
 
342 aa  151  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.112586  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2339  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  31.31 
 
 
342 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.975392  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0776  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.59 
 
 
350 aa  148  2.0000000000000003e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2341  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.52 
 
 
342 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  0.0483299 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3846  hypothetical protein  33.53 
 
 
365 aa  147  4.0000000000000006e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6693  solute-binding protein  34.68 
 
 
361 aa  146  6e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.741215  normal  0.17095 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6632  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.72 
 
 
342 aa  146  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1186  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.12 
 
 
363 aa  146  8.000000000000001e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.173505 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4236  hypothetical protein  34.71 
 
 
365 aa  145  8.000000000000001e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0383732 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2621  ABC xylose transporter, periplasmic ligand binding protein  31.72 
 
 
342 aa  145  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.935077 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3174  D-xylose ABC transporter, substrate-binding protein  33.73 
 
 
342 aa  145  1e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.285981  normal  0.43626 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4913  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.03 
 
 
335 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00296988  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3836  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.03 
 
 
335 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.607275 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4074  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.22 
 
 
342 aa  144  3e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.809759  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4186  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.22 
 
 
342 aa  144  3e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4340  solute-binding protein  34.42 
 
 
374 aa  143  4e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3414  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.19 
 
 
339 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.443639  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>