231 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_2946 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_2946  putative sugar ABC transporter  100 
 
 
383 aa  767    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.926727  normal  0.804689 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0502  ABC transporter sugar-binding protein  66.75 
 
 
381 aa  510  1e-143  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.445823  normal  0.255997 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2998  putative sugar ABC transporter  68.47 
 
 
385 aa  501  1e-140  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.455734  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0238  putative sugar ABC transporter  69.09 
 
 
384 aa  494  9.999999999999999e-139  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.438796  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27950  ABC-type xylose transport system, periplasmic component  67.47 
 
 
375 aa  493  9.999999999999999e-139  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2515  putative sugar ABC transporter  66.57 
 
 
385 aa  470  1.0000000000000001e-131  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0404  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  66.09 
 
 
388 aa  454  1.0000000000000001e-126  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.860861  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29480  monosaccharide-binding protein  62.72 
 
 
383 aa  437  1e-121  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0499  multiple sugar transport system (multiple sugar- binding protein)  57.33 
 
 
379 aa  425  1e-118  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.10489  normal  0.480432 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1864  putative solute-binding component of ABC transporter  62.05 
 
 
373 aa  422  1e-117  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0383  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  58.67 
 
 
361 aa  416  9.999999999999999e-116  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4719  putative sugar ABC transporter  56.38 
 
 
377 aa  413  1e-114  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2914  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  58.18 
 
 
354 aa  385  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0198427  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4473  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  57.96 
 
 
355 aa  385  1e-106  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.659853  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3175  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  57.88 
 
 
354 aa  384  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3903  sugar binding protein  57.93 
 
 
354 aa  379  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2687  putative solute-binding component of ABC transporter  55.23 
 
 
359 aa  380  1e-104  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1424  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  56.02 
 
 
354 aa  375  1e-103  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.44901  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0937  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  56.02 
 
 
353 aa  374  1e-102  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.4369  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2745  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  54.46 
 
 
354 aa  372  1e-102  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.534464 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0879  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  56.02 
 
 
353 aa  374  1e-102  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2889  xylose ABC transporter substrate-binding protein  52.77 
 
 
359 aa  372  1e-102  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0799239  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2254  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  54.95 
 
 
356 aa  369  1e-101  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.243206  hitchhiker  0.00000370627 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0615  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  52.82 
 
 
357 aa  371  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.431417 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1045  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  50.67 
 
 
356 aa  364  2e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2137  multiple sugar-binding periplasmic receptor chvE precursor  54.63 
 
 
356 aa  362  6e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.627276  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3200  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  53.61 
 
 
354 aa  361  1e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.248181 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0838  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  53.92 
 
 
355 aa  360  2e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0243172  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3074  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  52.85 
 
 
354 aa  360  3e-98  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.107941  normal  0.825044 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4110  monosaccharide-transporting ATPase  53.15 
 
 
353 aa  355  5e-97  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000001788 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3659  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  51.91 
 
 
379 aa  355  5.999999999999999e-97  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0736  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  52.25 
 
 
379 aa  354  1e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.201323  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0737  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  52.85 
 
 
356 aa  354  2e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1960  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  47.75 
 
 
364 aa  352  7e-96  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30930  multiple monosaccharide-binding protein  51.14 
 
 
376 aa  348  6e-95  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0756  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  47.73 
 
 
364 aa  345  7e-94  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0825121  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1987  putative solute-binding component of ABC transporter  47.72 
 
 
378 aa  340  2.9999999999999998e-92  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1585  putative solute-binding component of ABC transporter  44.63 
 
 
355 aa  304  1.0000000000000001e-81  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.546675  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2520  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  43.31 
 
 
376 aa  296  4e-79  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1102  multiple sugar-binding periplasmic receptor  46.67 
 
 
365 aa  296  6e-79  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.891182  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1179  multiple sugar-binding periplasmic receptor  46.3 
 
 
365 aa  290  2e-77  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000128442 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0259  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  41.21 
 
 
371 aa  260  4e-68  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1859  xylose ABC transporter periplasmic protein  41.88 
 
 
385 aa  253  4.0000000000000004e-66  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00000887855  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3404  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  38.58 
 
 
364 aa  200  3e-50  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.538992 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2576  periplasmic sugar-binding protein  37.18 
 
 
384 aa  191  2e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1666  periplasmic sugar-binding protein  35.53 
 
 
359 aa  190  4e-47  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.899357  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0226  ABC-type xylose transport system periplasmic component-like protein  33.5 
 
 
374 aa  188  2e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0061  D-xylose transporter subunit XylF  37.31 
 
 
331 aa  182  7e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0099  D-xylose transporter subunit XylF  37.65 
 
 
331 aa  181  2e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0079  D-xylose transporter subunit XylF  37.91 
 
 
332 aa  181  2.9999999999999997e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0586  D-xylose transporter subunit XylF  36.9 
 
 
333 aa  180  2.9999999999999997e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0105  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.24 
 
 
351 aa  177  2e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0155  D-xylose transporter subunit XylF  35.8 
 
 
330 aa  175  9.999999999999999e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0057  D-xylose transporter subunit XylF  35.82 
 
 
331 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4101  D-xylose transporter subunit XylF  35.82 
 
 
331 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2022  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.29 
 
 
381 aa  172  5.999999999999999e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4436  D-xylose transporter subunit XylF  36.72 
 
 
332 aa  173  5.999999999999999e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3889  D-xylose transporter subunit XylF  36.47 
 
 
330 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4062  D-xylose transporter subunit XylF  36.47 
 
 
330 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4154  D-xylose transporter subunit XylF  36.31 
 
 
332 aa  172  7.999999999999999e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0144  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.18 
 
 
330 aa  172  9e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4942  D-xylose transporter subunit XylF  36.18 
 
 
330 aa  172  9e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0258127 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03418  D-xylose transporter subunit  35.88 
 
 
330 aa  171  3e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0148  D-xylose transporter subunit XylF  35.88 
 
 
330 aa  171  3e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03369  hypothetical protein  35.88 
 
 
330 aa  171  3e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3769  D-xylose transporter subunit XylF  35.88 
 
 
330 aa  171  3e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.723738  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3414  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.13 
 
 
339 aa  169  5e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.443639  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1865  D-xylose transporter subunit XylF  36.75 
 
 
333 aa  167  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.30323 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3042  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  34.07 
 
 
347 aa  167  2.9999999999999998e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6632  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.25 
 
 
342 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2621  ABC xylose transporter, periplasmic ligand binding protein  34.25 
 
 
342 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.935077 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1150  D-xylose ABC transporter, periplasmic D-xylose-binding protein  33.24 
 
 
339 aa  164  3e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0756849  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2884  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.31 
 
 
333 aa  162  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.102429  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6504  D-xylose ABC transporter, substrate-binding protein  34.31 
 
 
365 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0443872  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6738  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.31 
 
 
342 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0274139  normal  0.535466 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6327  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.31 
 
 
342 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.446437  normal  0.888302 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24390  monosaccharide-binding protein  34.46 
 
 
376 aa  162  1e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.500877  normal  0.0818838 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3003  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  34.51 
 
 
333 aa  161  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0589453  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2341  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.43 
 
 
342 aa  160  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  0.0483299 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4186  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.44 
 
 
342 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4074  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.44 
 
 
342 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.809759  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6334  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.64 
 
 
342 aa  159  5e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6034  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.64 
 
 
342 aa  159  5e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.715776  normal  0.5888 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3956  D-xylose transporter subunit XylF  35 
 
 
335 aa  159  8e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0776  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.24 
 
 
350 aa  158  1e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2302  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.4 
 
 
333 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.288847  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4209  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.34 
 
 
342 aa  158  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.112586  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19500  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.73 
 
 
344 aa  157  4e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.497232  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2339  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  33.43 
 
 
342 aa  155  9e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.975392  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0259  xylose binding protein transport system  33.97 
 
 
370 aa  155  1e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.465034  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1633  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  32.43 
 
 
339 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0155  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.72 
 
 
368 aa  153  5e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1186  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.55 
 
 
363 aa  152  8e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.173505 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1922  solute-binding protein  34.17 
 
 
372 aa  152  8.999999999999999e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5293  solute-binding protein  34.55 
 
 
356 aa  149  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.460629  normal  0.133321 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0101  Monosaccharide-transporting ATPase  30.16 
 
 
362 aa  149  1.0000000000000001e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1503  Monosaccharide-transporting ATPase  33.77 
 
 
378 aa  145  9e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.576565  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4913  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.43 
 
 
335 aa  143  4e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00296988  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3836  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.43 
 
 
335 aa  143  4e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.607275 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4340  solute-binding protein  33.25 
 
 
374 aa  141  1.9999999999999998e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>