More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_6693 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_6693  solute-binding protein  100 
 
 
361 aa  729    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.741215  normal  0.17095 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8731  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  50.29 
 
 
378 aa  309  5e-83  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1922  solute-binding protein  52.52 
 
 
372 aa  303  3.0000000000000004e-81  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5340  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  46.11 
 
 
380 aa  274  2.0000000000000002e-72  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5187  solute-binding protein  47.92 
 
 
385 aa  272  5.000000000000001e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0173275  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4212  solute-binding protein  44.26 
 
 
366 aa  268  1e-70  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.850897  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4340  solute-binding protein  44.63 
 
 
374 aa  239  6.999999999999999e-62  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0259  xylose binding protein transport system  41.83 
 
 
370 aa  236  3e-61  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.465034  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5639  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  44.59 
 
 
369 aa  229  8e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.420367  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4681  solute-binding protein  40.06 
 
 
358 aa  206  4e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4076  solute-binding protein  39.83 
 
 
362 aa  203  5e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.571257  normal  0.934568 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2022  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.1 
 
 
381 aa  194  2e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1186  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.55 
 
 
363 aa  194  2e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.173505 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2674  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  42.49 
 
 
358 aa  193  3e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000304396  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0155  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.06 
 
 
368 aa  181  2e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5293  solute-binding protein  40.43 
 
 
356 aa  181  2e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.460629  normal  0.133321 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1217  xylose ABC transporter periplasmic component-like protein  34.95 
 
 
409 aa  181  2.9999999999999997e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0162816 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1973  monosaccharide-transporting ATPase  38.03 
 
 
369 aa  178  2e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0240  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  37.61 
 
 
344 aa  177  2e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0265  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  37.27 
 
 
350 aa  176  4e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0560064  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2812  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.95 
 
 
351 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.645617  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3846  hypothetical protein  38.04 
 
 
365 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7378  ABC transporter substrate binding protein (xylose)  38.54 
 
 
348 aa  173  3.9999999999999995e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263003  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0105  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.28 
 
 
351 aa  173  5e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4154  D-xylose transporter subunit XylF  36.84 
 
 
332 aa  172  7.999999999999999e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1132  solute-binding protein  40.56 
 
 
390 aa  172  1e-41  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0346774 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6321  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  39.7 
 
 
354 aa  172  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.402352  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1575  solute-binding protein  37.65 
 
 
404 aa  169  5e-41  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.250524  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3042  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  34.2 
 
 
347 aa  169  5e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4593  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  40 
 
 
354 aa  170  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4285  xylose binding protein transport system  37.36 
 
 
373 aa  169  6e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19500  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.56 
 
 
344 aa  168  1e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.497232  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2274  xylose binding protein transport system  38.04 
 
 
368 aa  167  2e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.159547 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0079  D-xylose transporter subunit XylF  34.57 
 
 
332 aa  167  2e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1503  Monosaccharide-transporting ATPase  37.78 
 
 
378 aa  167  4e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.576565  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4436  D-xylose transporter subunit XylF  35.91 
 
 
332 aa  166  5e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0155  D-xylose transporter subunit XylF  33.85 
 
 
330 aa  166  5.9999999999999996e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03418  D-xylose transporter subunit  34.48 
 
 
330 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4062  D-xylose transporter subunit XylF  35.31 
 
 
330 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0148  D-xylose transporter subunit XylF  34.48 
 
 
330 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3889  D-xylose transporter subunit XylF  35.31 
 
 
330 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03369  hypothetical protein  34.48 
 
 
330 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3769  D-xylose transporter subunit XylF  34.48 
 
 
330 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.723738  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4236  hypothetical protein  39.7 
 
 
365 aa  166  8e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0383732 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4942  D-xylose transporter subunit XylF  34.48 
 
 
330 aa  166  8e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0258127 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0144  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35 
 
 
330 aa  165  9e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0099  D-xylose transporter subunit XylF  35.74 
 
 
331 aa  165  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0057  D-xylose transporter subunit XylF  34.67 
 
 
331 aa  164  2.0000000000000002e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5348  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.75 
 
 
374 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0061  D-xylose transporter subunit XylF  35.49 
 
 
331 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4101  D-xylose transporter subunit XylF  34.67 
 
 
331 aa  164  2.0000000000000002e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3701  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  36.42 
 
 
349 aa  162  6e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3436  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.42 
 
 
349 aa  162  6e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.105035 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2621  ABC xylose transporter, periplasmic ligand binding protein  34.9 
 
 
342 aa  162  7e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.935077 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2339  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  35.87 
 
 
342 aa  161  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.975392  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1126  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  35.03 
 
 
367 aa  160  3e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0704697 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0776  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.8 
 
 
350 aa  160  3e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6504  D-xylose ABC transporter, substrate-binding protein  35.19 
 
 
365 aa  160  4e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0443872  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6738  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.19 
 
 
342 aa  160  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0274139  normal  0.535466 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6327  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.19 
 
 
342 aa  160  4e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.446437  normal  0.888302 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2341  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36 
 
 
342 aa  158  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  0.0483299 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0101  Monosaccharide-transporting ATPase  31.28 
 
 
362 aa  158  1e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6334  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.56 
 
 
342 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2376  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38 
 
 
376 aa  159  1e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6034  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.56 
 
 
342 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.715776  normal  0.5888 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6741  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  38.48 
 
 
371 aa  157  2e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.177383 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24390  monosaccharide-binding protein  34.44 
 
 
376 aa  157  2e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.500877  normal  0.0818838 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3956  D-xylose transporter subunit XylF  33.96 
 
 
335 aa  157  2e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4209  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.56 
 
 
342 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.112586  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4074  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.28 
 
 
342 aa  155  8e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.809759  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4186  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.28 
 
 
342 aa  155  8e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4473  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  34.73 
 
 
355 aa  155  1e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.659853  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0586  D-xylose transporter subunit XylF  34.81 
 
 
333 aa  155  1e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1633  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  35.02 
 
 
339 aa  154  2e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6632  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.15 
 
 
342 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1865  D-xylose transporter subunit XylF  34.49 
 
 
333 aa  154  2.9999999999999998e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.30323 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0447  monosaccharide ABC transporter substrate-binding protein, CUT2 family  38.69 
 
 
360 aa  153  4e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0499  multiple sugar transport system (multiple sugar- binding protein)  33.96 
 
 
379 aa  152  8.999999999999999e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.10489  normal  0.480432 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2254  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  34.24 
 
 
356 aa  150  4e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.243206  hitchhiker  0.00000370627 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2914  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  32.69 
 
 
354 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0198427  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3175  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  32.69 
 
 
354 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0225  monosaccharide-transporting ATPase  36.99 
 
 
360 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2884  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.67 
 
 
333 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.102429  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3003  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  35.79 
 
 
333 aa  145  9e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0589453  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1424  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  33.03 
 
 
354 aa  145  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.44901  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4913  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.02 
 
 
335 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00296988  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3836  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.02 
 
 
335 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.607275 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0937  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  33.03 
 
 
353 aa  145  2e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.4369  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2302  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.56 
 
 
333 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.288847  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0879  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  33.03 
 
 
353 aa  145  2e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0502  ABC transporter sugar-binding protein  32.11 
 
 
381 aa  144  2e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.445823  normal  0.255997 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4719  putative sugar ABC transporter  32.98 
 
 
377 aa  144  2e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1864  putative solute-binding component of ABC transporter  32.14 
 
 
373 aa  144  3e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5024  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.64 
 
 
340 aa  144  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0736  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  32.73 
 
 
379 aa  144  3e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.201323  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1102  multiple sugar-binding periplasmic receptor  33.43 
 
 
365 aa  142  9e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.891182  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5949  solute-binding protein  37.14 
 
 
386 aa  141  9.999999999999999e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3414  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.33 
 
 
339 aa  142  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.443639  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1045  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  32.42 
 
 
356 aa  139  6e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0838  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  31.72 
 
 
355 aa  139  7e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0243172  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>