More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_6321 on replicon NC_012854
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011368  Rleg2_4593  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  97.46 
 
 
354 aa  652    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6321  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  100 
 
 
354 aa  710    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.402352  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0265  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  75.57 
 
 
350 aa  526  1e-148  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0560064  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2812  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  75.64 
 
 
351 aa  526  1e-148  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.645617  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0240  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  74.43 
 
 
344 aa  514  1.0000000000000001e-145  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7378  ABC transporter substrate binding protein (xylose)  78.64 
 
 
348 aa  508  1e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263003  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3701  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  76.56 
 
 
349 aa  486  1e-136  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3436  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  76.56 
 
 
349 aa  486  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.105035 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4212  solute-binding protein  42.42 
 
 
366 aa  247  2e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.850897  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4340  solute-binding protein  48.04 
 
 
374 aa  248  2e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5340  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  40.67 
 
 
380 aa  245  6.999999999999999e-64  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1922  solute-binding protein  44.28 
 
 
372 aa  243  3e-63  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5639  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  42.38 
 
 
369 aa  224  1e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.420367  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5187  solute-binding protein  41.09 
 
 
385 aa  213  3.9999999999999995e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0173275  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4681  solute-binding protein  39.46 
 
 
358 aa  212  7.999999999999999e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8731  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  37.88 
 
 
378 aa  206  4e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6693  solute-binding protein  40.32 
 
 
361 aa  184  3e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.741215  normal  0.17095 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1973  monosaccharide-transporting ATPase  37.13 
 
 
369 aa  182  1e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3846  hypothetical protein  37.01 
 
 
365 aa  175  8e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1186  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.06 
 
 
363 aa  174  9.999999999999999e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.173505 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0259  xylose binding protein transport system  37.65 
 
 
370 aa  174  1.9999999999999998e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.465034  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2674  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  35.54 
 
 
358 aa  170  4e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000304396  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1126  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  35.29 
 
 
367 aa  159  6e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0704697 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4285  xylose binding protein transport system  36.36 
 
 
373 aa  159  6e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4236  hypothetical protein  35.65 
 
 
365 aa  158  2e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0383732 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1132  solute-binding protein  33.93 
 
 
390 aa  156  4e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0346774 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2022  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.3 
 
 
381 aa  152  1e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4076  solute-binding protein  34.86 
 
 
362 aa  150  4e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.571257  normal  0.934568 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0841  ABC sugar transporter, periplasmic solute-binding protein  32.74 
 
 
355 aa  149  5e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5348  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.2 
 
 
374 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0099  D-xylose transporter subunit XylF  34.37 
 
 
331 aa  147  3e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0144  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.91 
 
 
330 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5293  solute-binding protein  31.9 
 
 
356 aa  146  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.460629  normal  0.133321 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3889  D-xylose transporter subunit XylF  32.59 
 
 
330 aa  145  1e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4062  D-xylose transporter subunit XylF  32.59 
 
 
330 aa  145  1e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0155  D-xylose transporter subunit XylF  31.65 
 
 
330 aa  145  1e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03418  D-xylose transporter subunit  32.59 
 
 
330 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0148  D-xylose transporter subunit XylF  32.59 
 
 
330 aa  144  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4942  D-xylose transporter subunit XylF  32.59 
 
 
330 aa  144  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0258127 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3769  D-xylose transporter subunit XylF  32.59 
 
 
330 aa  144  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.723738  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03369  hypothetical protein  32.59 
 
 
330 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0155  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.82 
 
 
368 aa  145  2e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4101  D-xylose transporter subunit XylF  32.34 
 
 
331 aa  143  5e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0057  D-xylose transporter subunit XylF  32.34 
 
 
331 aa  143  5e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4436  D-xylose transporter subunit XylF  33.74 
 
 
332 aa  142  8e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1633  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  33.55 
 
 
339 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4154  D-xylose transporter subunit XylF  33.43 
 
 
332 aa  141  9.999999999999999e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2274  xylose binding protein transport system  35.44 
 
 
368 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.159547 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3956  D-xylose transporter subunit XylF  33.78 
 
 
335 aa  140  3e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0225  monosaccharide-transporting ATPase  33.67 
 
 
360 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19500  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.55 
 
 
344 aa  140  4.999999999999999e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.497232  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1575  solute-binding protein  33.23 
 
 
404 aa  139  4.999999999999999e-32  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.250524  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6632  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.99 
 
 
342 aa  139  6e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3042  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  34.19 
 
 
347 aa  138  1e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4074  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.62 
 
 
342 aa  138  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.809759  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4186  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.62 
 
 
342 aa  138  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3836  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.46 
 
 
335 aa  137  4e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.607275 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4913  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.46 
 
 
335 aa  137  4e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00296988  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6504  D-xylose ABC transporter, substrate-binding protein  33.22 
 
 
365 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0443872  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6738  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.22 
 
 
342 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0274139  normal  0.535466 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6327  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.22 
 
 
342 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.446437  normal  0.888302 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2621  ABC xylose transporter, periplasmic ligand binding protein  32.25 
 
 
342 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.935077 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3414  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.24 
 
 
339 aa  136  7.000000000000001e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.443639  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2341  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.55 
 
 
342 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  0.0483299 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3003  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  31.44 
 
 
333 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0589453  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6741  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  35.24 
 
 
371 aa  135  9.999999999999999e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.177383 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24390  monosaccharide-binding protein  30.73 
 
 
376 aa  134  1.9999999999999998e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.500877  normal  0.0818838 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0586  D-xylose transporter subunit XylF  30.14 
 
 
333 aa  134  3e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6334  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.9 
 
 
342 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6034  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.9 
 
 
342 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.715776  normal  0.5888 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2884  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.67 
 
 
333 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.102429  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2302  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.11 
 
 
333 aa  133  5e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.288847  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0105  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.11 
 
 
351 aa  132  6e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1150  D-xylose ABC transporter, periplasmic D-xylose-binding protein  32.19 
 
 
339 aa  131  1.0000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0756849  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0079  D-xylose transporter subunit XylF  32.72 
 
 
332 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2376  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.84 
 
 
376 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2339  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  32.25 
 
 
342 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.975392  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4209  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.13 
 
 
342 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.112586  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0907  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  34.26 
 
 
352 aa  130  3e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.40288  normal  0.0322478 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3174  D-xylose ABC transporter, substrate-binding protein  32.72 
 
 
342 aa  130  3e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.285981  normal  0.43626 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0054  periplasmic sugar-binding protein  30.09 
 
 
352 aa  130  4.0000000000000003e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000350797  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1865  D-xylose transporter subunit XylF  31.02 
 
 
333 aa  129  9.000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.30323 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1503  Monosaccharide-transporting ATPase  31.07 
 
 
378 aa  128  1.0000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.576565  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0061  D-xylose transporter subunit XylF  32.84 
 
 
331 aa  127  3e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0776  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.22 
 
 
350 aa  127  4.0000000000000003e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4719  putative sugar ABC transporter  32.14 
 
 
377 aa  125  1e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1584  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.83 
 
 
347 aa  125  1e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.732832  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2853  ABC-type xylose transport system periplasmic component  42.44 
 
 
268 aa  124  3e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.325203  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2000  D-xylose-binding periplasmic protein xylF  33.68 
 
 
340 aa  123  6e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.121993 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0101  Monosaccharide-transporting ATPase  29.54 
 
 
362 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5949  solute-binding protein  31.21 
 
 
386 aa  120  3.9999999999999996e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6620  D-xylose transporter subunit XylF  30.51 
 
 
374 aa  120  4.9999999999999996e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00486776 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1864  putative solute-binding component of ABC transporter  31.86 
 
 
373 aa  119  7e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2946  putative sugar ABC transporter  31.44 
 
 
383 aa  118  9.999999999999999e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.926727  normal  0.804689 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0499  multiple sugar transport system (multiple sugar- binding protein)  31.83 
 
 
379 aa  117  3e-25  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.10489  normal  0.480432 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1102  multiple sugar-binding periplasmic receptor  30.45 
 
 
365 aa  117  3.9999999999999997e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.891182  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1212  ABC transporter substrate binding protein (xylose)  29.76 
 
 
346 aa  116  5e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2137  multiple sugar-binding periplasmic receptor chvE precursor  30.34 
 
 
356 aa  116  5e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.627276  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3175  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  29.69 
 
 
354 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3185  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.16 
 
 
346 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.208726  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>