More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_4212 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_4212  solute-binding protein  100 
 
 
366 aa  738    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.850897  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5340  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  51.38 
 
 
380 aa  309  5e-83  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1922  solute-binding protein  50.75 
 
 
372 aa  306  3e-82  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4340  solute-binding protein  50.6 
 
 
374 aa  283  3.0000000000000004e-75  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5639  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  48.46 
 
 
369 aa  279  4e-74  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.420367  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8731  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  45.82 
 
 
378 aa  274  1.0000000000000001e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5187  solute-binding protein  48.85 
 
 
385 aa  273  3e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0173275  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4681  solute-binding protein  43.77 
 
 
358 aa  265  7e-70  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6693  solute-binding protein  44.78 
 
 
361 aa  256  6e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.741215  normal  0.17095 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0240  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  42.41 
 
 
344 aa  244  1.9999999999999999e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2812  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.72 
 
 
351 aa  239  4e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.645617  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0265  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  41.64 
 
 
350 aa  237  2e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0560064  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6321  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  42.42 
 
 
354 aa  237  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.402352  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4593  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  42.12 
 
 
354 aa  237  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7378  ABC transporter substrate binding protein (xylose)  40.73 
 
 
348 aa  233  3e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263003  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3701  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  41.52 
 
 
349 aa  232  6e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3436  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.52 
 
 
349 aa  232  6e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.105035 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0259  xylose binding protein transport system  41.01 
 
 
370 aa  226  5.0000000000000005e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.465034  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5293  solute-binding protein  36.31 
 
 
356 aa  200  3.9999999999999996e-50  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.460629  normal  0.133321 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4076  solute-binding protein  38.96 
 
 
362 aa  199  5e-50  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.571257  normal  0.934568 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3889  D-xylose transporter subunit XylF  39.68 
 
 
330 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4062  D-xylose transporter subunit XylF  39.68 
 
 
330 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03418  D-xylose transporter subunit  38.98 
 
 
330 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0144  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.37 
 
 
330 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3769  D-xylose transporter subunit XylF  38.98 
 
 
330 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.723738  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0148  D-xylose transporter subunit XylF  38.98 
 
 
330 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03369  hypothetical protein  38.98 
 
 
330 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4942  D-xylose transporter subunit XylF  38.98 
 
 
330 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0258127 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4436  D-xylose transporter subunit XylF  39.94 
 
 
332 aa  197  3e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4154  D-xylose transporter subunit XylF  38.96 
 
 
332 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1973  monosaccharide-transporting ATPase  38.86 
 
 
369 aa  196  5.000000000000001e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0057  D-xylose transporter subunit XylF  38.31 
 
 
331 aa  195  1e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4101  D-xylose transporter subunit XylF  38.31 
 
 
331 aa  195  1e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3042  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  35.71 
 
 
347 aa  194  2e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0155  D-xylose transporter subunit XylF  38.34 
 
 
330 aa  192  6e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1865  D-xylose transporter subunit XylF  37.93 
 
 
333 aa  192  7e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.30323 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2022  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.65 
 
 
381 aa  190  4e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19500  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.26 
 
 
344 aa  188  1e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.497232  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4209  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.05 
 
 
342 aa  187  2e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.112586  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6738  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.05 
 
 
342 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0274139  normal  0.535466 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1186  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.17 
 
 
363 aa  187  2e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.173505 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1633  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  37.7 
 
 
339 aa  187  3e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3956  D-xylose transporter subunit XylF  38.66 
 
 
335 aa  187  3e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6327  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.05 
 
 
342 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.446437  normal  0.888302 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6504  D-xylose ABC transporter, substrate-binding protein  41.05 
 
 
365 aa  187  4e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0443872  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2674  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  34.97 
 
 
358 aa  186  4e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000304396  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0105  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.29 
 
 
351 aa  186  5e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0586  D-xylose transporter subunit XylF  35.78 
 
 
333 aa  186  6e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0079  D-xylose transporter subunit XylF  38.31 
 
 
332 aa  186  6e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6632  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.88 
 
 
342 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6334  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  40.49 
 
 
342 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6034  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  40.49 
 
 
342 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.715776  normal  0.5888 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2621  ABC xylose transporter, periplasmic ligand binding protein  36.47 
 
 
342 aa  183  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.935077 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0099  D-xylose transporter subunit XylF  38.02 
 
 
331 aa  184  3e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0061  D-xylose transporter subunit XylF  37.66 
 
 
331 aa  182  8.000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4285  xylose binding protein transport system  40.88 
 
 
373 aa  181  1e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3846  hypothetical protein  38.44 
 
 
365 aa  181  1e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2341  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.18 
 
 
342 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  0.0483299 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4913  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.22 
 
 
335 aa  181  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00296988  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2339  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  40.14 
 
 
342 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.975392  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3836  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.22 
 
 
335 aa  181  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.607275 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4074  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.86 
 
 
342 aa  176  6e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.809759  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4186  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.86 
 
 
342 aa  176  6e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0155  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.69 
 
 
368 aa  175  9.999999999999999e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0776  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.7 
 
 
350 aa  172  5.999999999999999e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2302  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.52 
 
 
333 aa  171  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.288847  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2884  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.38 
 
 
333 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.102429  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24390  monosaccharide-binding protein  32.32 
 
 
376 aa  171  2e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.500877  normal  0.0818838 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3003  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  37.94 
 
 
333 aa  168  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0589453  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3414  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.51 
 
 
339 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.443639  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1150  D-xylose ABC transporter, periplasmic D-xylose-binding protein  37.23 
 
 
339 aa  166  8e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0756849  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1575  solute-binding protein  34.38 
 
 
404 aa  161  2e-38  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.250524  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2376  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.1 
 
 
376 aa  161  2e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4236  hypothetical protein  37.4 
 
 
365 aa  160  3e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0383732 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5348  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.69 
 
 
374 aa  156  6e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0225  monosaccharide-transporting ATPase  32.96 
 
 
360 aa  154  2e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0383  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  33.52 
 
 
361 aa  153  5.9999999999999996e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1503  Monosaccharide-transporting ATPase  34.04 
 
 
378 aa  150  3e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.576565  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3903  sugar binding protein  33.43 
 
 
354 aa  150  4e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0907  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  34.57 
 
 
352 aa  149  6e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.40288  normal  0.0322478 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3175  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  34.93 
 
 
354 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6620  D-xylose transporter subunit XylF  32.2 
 
 
374 aa  148  1.0000000000000001e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00486776 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5024  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.69 
 
 
340 aa  148  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0841  ABC sugar transporter, periplasmic solute-binding protein  33.33 
 
 
355 aa  148  1.0000000000000001e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0756  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.42 
 
 
364 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0825121  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2914  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  34.59 
 
 
354 aa  146  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0198427  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3174  D-xylose ABC transporter, substrate-binding protein  35.11 
 
 
342 aa  146  7.0000000000000006e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.285981  normal  0.43626 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4473  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  32.02 
 
 
355 aa  144  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.659853  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1217  xylose ABC transporter periplasmic component-like protein  34.73 
 
 
409 aa  144  2e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0162816 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2274  xylose binding protein transport system  37.09 
 
 
368 aa  144  2e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.159547 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0502  ABC transporter sugar-binding protein  31.94 
 
 
381 aa  143  5e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.445823  normal  0.255997 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2853  ABC-type xylose transport system periplasmic component  44.91 
 
 
268 aa  142  9e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.325203  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0101  Monosaccharide-transporting ATPase  32.27 
 
 
362 aa  142  9.999999999999999e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1584  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.13 
 
 
347 aa  140  3e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.732832  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2745  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  34.8 
 
 
354 aa  140  3.9999999999999997e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.534464 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0736  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  33.13 
 
 
379 aa  139  6e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.201323  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1132  solute-binding protein  32.55 
 
 
390 aa  137  2e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0346774 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0499  multiple sugar transport system (multiple sugar- binding protein)  30.03 
 
 
379 aa  137  3.0000000000000003e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.10489  normal  0.480432 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0937  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  31.67 
 
 
353 aa  135  9.999999999999999e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.4369  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0879  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  31.67 
 
 
353 aa  135  9.999999999999999e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>