More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7378 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011981  Avi_7378  ABC transporter substrate binding protein (xylose)  100 
 
 
348 aa  705    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263003  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3701  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  84.64 
 
 
349 aa  545  1e-154  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3436  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  84.64 
 
 
349 aa  545  1e-154  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.105035 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4593  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  78.38 
 
 
354 aa  507  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6321  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  73.31 
 
 
354 aa  504  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.402352  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2812  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  71.86 
 
 
351 aa  493  9.999999999999999e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.645617  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0265  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  69.71 
 
 
350 aa  490  1e-137  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0560064  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0240  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  71.26 
 
 
344 aa  486  1e-136  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4340  solute-binding protein  45.73 
 
 
374 aa  246  4e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5340  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  41.1 
 
 
380 aa  246  4.9999999999999997e-64  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4212  solute-binding protein  39.22 
 
 
366 aa  241  2e-62  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.850897  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1922  solute-binding protein  42.51 
 
 
372 aa  232  6e-60  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5639  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  40.67 
 
 
369 aa  214  9.999999999999999e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.420367  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5187  solute-binding protein  39.52 
 
 
385 aa  205  9e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0173275  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4681  solute-binding protein  37.72 
 
 
358 aa  202  9e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8731  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  37.93 
 
 
378 aa  196  3e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2674  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  38.04 
 
 
358 aa  182  6e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000304396  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1186  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.47 
 
 
363 aa  182  1e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.173505 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1973  monosaccharide-transporting ATPase  39.17 
 
 
369 aa  181  2e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6693  solute-binding protein  38.54 
 
 
361 aa  180  4e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.741215  normal  0.17095 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3846  hypothetical protein  36.67 
 
 
365 aa  176  6e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4236  hypothetical protein  36.67 
 
 
365 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0383732 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0057  D-xylose transporter subunit XylF  32.84 
 
 
331 aa  163  4.0000000000000004e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4101  D-xylose transporter subunit XylF  32.84 
 
 
331 aa  163  4.0000000000000004e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5348  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.88 
 
 
374 aa  161  2e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0259  xylose binding protein transport system  35.71 
 
 
370 aa  160  3e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.465034  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4285  xylose binding protein transport system  35.76 
 
 
373 aa  159  9e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3414  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.8 
 
 
339 aa  157  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.443639  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2022  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.58 
 
 
381 aa  157  3e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0155  D-xylose transporter subunit XylF  31.38 
 
 
330 aa  157  3e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0155  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.66 
 
 
368 aa  155  8e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0144  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.17 
 
 
330 aa  154  2e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0099  D-xylose transporter subunit XylF  33.72 
 
 
331 aa  154  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1633  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  35.28 
 
 
339 aa  154  2e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4062  D-xylose transporter subunit XylF  36.17 
 
 
330 aa  154  2e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3042  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  33.75 
 
 
347 aa  154  2e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3889  D-xylose transporter subunit XylF  36.17 
 
 
330 aa  154  2e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5293  solute-binding protein  34.36 
 
 
356 aa  154  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.460629  normal  0.133321 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03418  D-xylose transporter subunit  35.82 
 
 
330 aa  153  4e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3769  D-xylose transporter subunit XylF  35.82 
 
 
330 aa  153  4e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.723738  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0148  D-xylose transporter subunit XylF  35.82 
 
 
330 aa  153  4e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1132  solute-binding protein  33.04 
 
 
390 aa  153  4e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0346774 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03369  hypothetical protein  35.82 
 
 
330 aa  153  4e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1150  D-xylose ABC transporter, periplasmic D-xylose-binding protein  36.99 
 
 
339 aa  153  5e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0756849  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4942  D-xylose transporter subunit XylF  35.46 
 
 
330 aa  152  1e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0258127 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2274  xylose binding protein transport system  35.76 
 
 
368 aa  150  3e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.159547 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1126  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  34.23 
 
 
367 aa  150  5e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0704697 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0061  D-xylose transporter subunit XylF  33.23 
 
 
331 aa  149  6e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3956  D-xylose transporter subunit XylF  35.82 
 
 
335 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3836  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.27 
 
 
335 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.607275 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4913  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.27 
 
 
335 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00296988  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0586  D-xylose transporter subunit XylF  33.94 
 
 
333 aa  147  3e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2341  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.43 
 
 
342 aa  147  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  0.0483299 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5949  solute-binding protein  34.66 
 
 
386 aa  146  4.0000000000000006e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4076  solute-binding protein  33.13 
 
 
362 aa  146  5e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.571257  normal  0.934568 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6632  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.04 
 
 
342 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24390  monosaccharide-binding protein  33.03 
 
 
376 aa  145  1e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.500877  normal  0.0818838 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6741  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  34.95 
 
 
371 aa  144  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.177383 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2884  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.89 
 
 
333 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.102429  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6738  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.08 
 
 
342 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0274139  normal  0.535466 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6327  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.58 
 
 
342 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.446437  normal  0.888302 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6504  D-xylose ABC transporter, substrate-binding protein  34.08 
 
 
365 aa  144  3e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0443872  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2376  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.47 
 
 
376 aa  143  4e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6034  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.08 
 
 
342 aa  142  6e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.715776  normal  0.5888 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6334  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.08 
 
 
342 aa  142  6e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0225  monosaccharide-transporting ATPase  34.71 
 
 
360 aa  142  8e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3003  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  33.56 
 
 
333 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0589453  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2339  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  33.23 
 
 
342 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.975392  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2621  ABC xylose transporter, periplasmic ligand binding protein  32.46 
 
 
342 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.935077 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0079  D-xylose transporter subunit XylF  31.95 
 
 
332 aa  142  9.999999999999999e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2302  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.89 
 
 
333 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.288847  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4209  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.87 
 
 
342 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.112586  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19500  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.42 
 
 
344 aa  138  1e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.497232  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0776  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.82 
 
 
350 aa  137  3.0000000000000003e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4154  D-xylose transporter subunit XylF  34.04 
 
 
332 aa  137  4e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4436  D-xylose transporter subunit XylF  34.75 
 
 
332 aa  136  5e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0105  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.56 
 
 
351 aa  135  9e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0841  ABC sugar transporter, periplasmic solute-binding protein  30.95 
 
 
355 aa  134  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0907  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  34.84 
 
 
352 aa  132  6.999999999999999e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.40288  normal  0.0322478 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4186  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.34 
 
 
342 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4074  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.34 
 
 
342 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.809759  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1575  solute-binding protein  31.14 
 
 
404 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.250524  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4473  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  32.28 
 
 
355 aa  129  8.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.659853  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4719  putative sugar ABC transporter  32.94 
 
 
377 aa  127  2.0000000000000002e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2998  putative sugar ABC transporter  32.68 
 
 
385 aa  127  3e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.455734  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1865  D-xylose transporter subunit XylF  32.02 
 
 
333 aa  127  3e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.30323 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0054  periplasmic sugar-binding protein  27.69 
 
 
352 aa  125  1e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000350797  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1503  Monosaccharide-transporting ATPase  30.99 
 
 
378 aa  124  3e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.576565  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2914  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  30.43 
 
 
354 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0198427  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3175  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  30.72 
 
 
354 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1102  multiple sugar-binding periplasmic receptor  30.23 
 
 
365 aa  120  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.891182  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2515  putative sugar ABC transporter  31.05 
 
 
385 aa  120  3e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2946  putative sugar ABC transporter  31.23 
 
 
383 aa  120  3e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.926727  normal  0.804689 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1864  putative solute-binding component of ABC transporter  31.86 
 
 
373 aa  119  7.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3903  sugar binding protein  29.74 
 
 
354 aa  119  7.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0383  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  31.23 
 
 
361 aa  118  1.9999999999999998e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1217  xylose ABC transporter periplasmic component-like protein  31.86 
 
 
409 aa  117  3e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0162816 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0838  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  30.81 
 
 
355 aa  117  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0243172  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0404  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  32.46 
 
 
388 aa  116  5e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.860861  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0499  multiple sugar transport system (multiple sugar- binding protein)  29.88 
 
 
379 aa  116  6.9999999999999995e-25  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.10489  normal  0.480432 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>