More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_2274 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014165  Tbis_2274  xylose binding protein transport system  100 
 
 
368 aa  739    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.159547 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6741  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  83.24 
 
 
371 aa  598  1e-170  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.177383 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3846  hypothetical protein  73.44 
 
 
365 aa  525  1e-148  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4236  hypothetical protein  72.09 
 
 
365 aa  502  1e-141  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0383732 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1126  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  67.61 
 
 
367 aa  478  1e-134  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0704697 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2674  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  62.5 
 
 
358 aa  432  1e-120  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000304396  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1186  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  59.18 
 
 
363 aa  394  1e-108  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.173505 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5348  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  63.53 
 
 
374 aa  372  1e-102  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0447  monosaccharide ABC transporter substrate-binding protein, CUT2 family  56.59 
 
 
360 aa  374  1e-102  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5293  solute-binding protein  55.31 
 
 
356 aa  369  1e-101  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.460629  normal  0.133321 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1132  solute-binding protein  56.76 
 
 
390 aa  347  2e-94  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0346774 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24390  monosaccharide-binding protein  52.8 
 
 
376 aa  343  2.9999999999999997e-93  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.500877  normal  0.0818838 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1503  Monosaccharide-transporting ATPase  51.59 
 
 
378 aa  319  5e-86  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.576565  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2376  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  49.73 
 
 
376 aa  292  5e-78  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5949  solute-binding protein  46.99 
 
 
386 aa  291  1e-77  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1575  solute-binding protein  44.97 
 
 
404 aa  280  2e-74  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.250524  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1040  Monosaccharide-transporting ATPase  46.06 
 
 
364 aa  250  2e-65  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1922  solute-binding protein  41.78 
 
 
372 aa  211  2e-53  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5187  solute-binding protein  40.6 
 
 
385 aa  206  5e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0173275  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0259  xylose binding protein transport system  40.4 
 
 
370 aa  202  9e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.465034  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4340  solute-binding protein  42.86 
 
 
374 aa  201  1.9999999999999998e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5639  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  41.74 
 
 
369 aa  195  9e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.420367  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3042  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  37.24 
 
 
347 aa  195  9e-49  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1865  D-xylose transporter subunit XylF  38.19 
 
 
333 aa  195  1e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.30323 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0155  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.13 
 
 
368 aa  194  3e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4186  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.28 
 
 
342 aa  192  1e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4074  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.28 
 
 
342 aa  192  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.809759  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5340  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  36.5 
 
 
380 aa  189  5.999999999999999e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2022  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.8 
 
 
381 aa  188  1e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2621  ABC xylose transporter, periplasmic ligand binding protein  35.75 
 
 
342 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.935077 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6632  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.45 
 
 
342 aa  186  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2339  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  37.74 
 
 
342 aa  186  6e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.975392  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2341  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.21 
 
 
342 aa  186  7e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  0.0483299 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0586  D-xylose transporter subunit XylF  39.23 
 
 
333 aa  186  8e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6504  D-xylose ABC transporter, substrate-binding protein  36.84 
 
 
365 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0443872  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6738  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.84 
 
 
342 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0274139  normal  0.535466 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6327  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.84 
 
 
342 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.446437  normal  0.888302 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19500  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.01 
 
 
344 aa  184  2.0000000000000003e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.497232  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6334  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.84 
 
 
342 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6034  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.84 
 
 
342 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.715776  normal  0.5888 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1633  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  36.12 
 
 
339 aa  184  3e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4209  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.15 
 
 
342 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.112586  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0099  D-xylose transporter subunit XylF  37.74 
 
 
331 aa  182  6e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2884  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.42 
 
 
333 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.102429  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3414  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.79 
 
 
339 aa  181  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.443639  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4285  xylose binding protein transport system  39.88 
 
 
373 aa  180  2.9999999999999997e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0061  D-xylose transporter subunit XylF  37.42 
 
 
331 aa  180  4e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8731  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  34.24 
 
 
378 aa  180  4e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6693  solute-binding protein  38.27 
 
 
361 aa  178  1e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.741215  normal  0.17095 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4942  D-xylose transporter subunit XylF  36.25 
 
 
330 aa  178  1e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0258127 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1150  D-xylose ABC transporter, periplasmic D-xylose-binding protein  35.45 
 
 
339 aa  177  2e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0756849  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2302  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.38 
 
 
333 aa  177  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.288847  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0776  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.22 
 
 
350 aa  177  3e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03418  D-xylose transporter subunit  35.94 
 
 
330 aa  177  4e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3769  D-xylose transporter subunit XylF  35.94 
 
 
330 aa  177  4e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.723738  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03369  hypothetical protein  35.94 
 
 
330 aa  177  4e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0148  D-xylose transporter subunit XylF  35.94 
 
 
330 aa  177  4e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0155  D-xylose transporter subunit XylF  35.94 
 
 
330 aa  176  4e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3889  D-xylose transporter subunit XylF  35.94 
 
 
330 aa  176  6e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4062  D-xylose transporter subunit XylF  35.94 
 
 
330 aa  176  6e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0144  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.62 
 
 
330 aa  176  8e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0225  monosaccharide-transporting ATPase  36.63 
 
 
360 aa  176  8e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3003  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  34.17 
 
 
333 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0589453  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3836  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.45 
 
 
335 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.607275 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4913  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.45 
 
 
335 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00296988  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4101  D-xylose transporter subunit XylF  35.85 
 
 
331 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0057  D-xylose transporter subunit XylF  35.85 
 
 
331 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0079  D-xylose transporter subunit XylF  36.16 
 
 
332 aa  170  4e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3956  D-xylose transporter subunit XylF  36.14 
 
 
335 aa  169  5e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0105  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.38 
 
 
351 aa  169  7e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0383  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  36.31 
 
 
361 aa  167  2e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4212  solute-binding protein  36.32 
 
 
366 aa  167  2e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.850897  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4681  solute-binding protein  33.82 
 
 
358 aa  167  2.9999999999999998e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4436  D-xylose transporter subunit XylF  36.48 
 
 
332 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4154  D-xylose transporter subunit XylF  36.16 
 
 
332 aa  165  9e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1973  monosaccharide-transporting ATPase  37.57 
 
 
369 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4473  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  36.78 
 
 
355 aa  159  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.659853  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4110  monosaccharide-transporting ATPase  35.01 
 
 
353 aa  157  2e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000001788 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0907  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  35.67 
 
 
352 aa  155  9e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.40288  normal  0.0322478 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0756  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.72 
 
 
364 aa  154  2e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0825121  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1864  putative solute-binding component of ABC transporter  37.09 
 
 
373 aa  152  7e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0838  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  34.71 
 
 
355 aa  152  8e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0243172  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0499  multiple sugar transport system (multiple sugar- binding protein)  33.78 
 
 
379 aa  151  1e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.10489  normal  0.480432 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7378  ABC transporter substrate binding protein (xylose)  35.76 
 
 
348 aa  152  1e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263003  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4076  solute-binding protein  36.15 
 
 
362 aa  151  2e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.571257  normal  0.934568 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2812  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.66 
 
 
351 aa  150  3e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.645617  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3701  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  34.95 
 
 
349 aa  150  3e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3436  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.95 
 
 
349 aa  150  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.105035 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2745  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  34.85 
 
 
354 aa  148  1.0000000000000001e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.534464 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2914  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  33.83 
 
 
354 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0198427  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2254  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  34.76 
 
 
356 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.243206  hitchhiker  0.00000370627 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0937  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  34.05 
 
 
353 aa  146  6e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.4369  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0879  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  34.05 
 
 
353 aa  146  6e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3175  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  33.83 
 
 
354 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0736  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  34.04 
 
 
379 aa  145  8.000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.201323  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1424  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  34.05 
 
 
354 aa  144  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.44901  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3074  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  33.52 
 
 
354 aa  144  3e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.107941  normal  0.825044 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3185  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.69 
 
 
346 aa  143  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.208726  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2925  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.11 
 
 
346 aa  143  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.510849 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0502  ABC transporter sugar-binding protein  32.45 
 
 
381 aa  143  5e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.445823  normal  0.255997 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>