More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acid345_0907 on replicon NC_008009
Organism: Candidatus Koribacter versatilis Ellin345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008009  Acid345_0907  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  100 
 
 
352 aa  720    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.40288  normal  0.0322478 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19500  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  63.38 
 
 
344 aa  428  1e-119  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.497232  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2022  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  58.91 
 
 
381 aa  413  1e-114  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3042  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  56.2 
 
 
347 aa  399  9.999999999999999e-111  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4154  D-xylose transporter subunit XylF  54.25 
 
 
332 aa  394  1e-109  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4436  D-xylose transporter subunit XylF  54.55 
 
 
332 aa  395  1e-109  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4101  D-xylose transporter subunit XylF  55.79 
 
 
331 aa  389  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0057  D-xylose transporter subunit XylF  55.79 
 
 
331 aa  389  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0099  D-xylose transporter subunit XylF  53.24 
 
 
331 aa  384  1e-105  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0079  D-xylose transporter subunit XylF  57.84 
 
 
332 aa  383  1e-105  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0061  D-xylose transporter subunit XylF  57.84 
 
 
331 aa  384  1e-105  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0586  D-xylose transporter subunit XylF  57.33 
 
 
333 aa  378  1e-104  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0155  D-xylose transporter subunit XylF  53.89 
 
 
330 aa  374  1e-102  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0155  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  50.97 
 
 
368 aa  369  1e-101  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03418  D-xylose transporter subunit  55.74 
 
 
330 aa  366  1e-100  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0144  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  55.74 
 
 
330 aa  365  1e-100  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4942  D-xylose transporter subunit XylF  55.74 
 
 
330 aa  365  1e-100  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0258127 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03369  hypothetical protein  55.74 
 
 
330 aa  366  1e-100  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3889  D-xylose transporter subunit XylF  55.41 
 
 
330 aa  365  1e-100  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0148  D-xylose transporter subunit XylF  55.74 
 
 
330 aa  366  1e-100  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4062  D-xylose transporter subunit XylF  55.41 
 
 
330 aa  365  1e-100  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3769  D-xylose transporter subunit XylF  55.74 
 
 
330 aa  366  1e-100  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.723738  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1865  D-xylose transporter subunit XylF  57.38 
 
 
333 aa  363  2e-99  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.30323 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0105  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  50.14 
 
 
351 aa  355  5.999999999999999e-97  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3956  D-xylose transporter subunit XylF  55.08 
 
 
335 aa  353  2e-96  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2884  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  54.93 
 
 
333 aa  345  8e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.102429  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2341  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  53.75 
 
 
342 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  0.0483299 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6632  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  51.22 
 
 
342 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2621  ABC xylose transporter, periplasmic ligand binding protein  50.61 
 
 
342 aa  338  9e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.935077 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0776  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  53.62 
 
 
350 aa  338  9.999999999999999e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3003  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  54.15 
 
 
333 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0589453  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2302  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  53.95 
 
 
333 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.288847  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6034  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  54.36 
 
 
342 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.715776  normal  0.5888 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6334  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  54.36 
 
 
342 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1633  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  54.4 
 
 
339 aa  335  5e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6327  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  54.36 
 
 
342 aa  335  5.999999999999999e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.446437  normal  0.888302 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6738  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  54.36 
 
 
342 aa  335  7e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0274139  normal  0.535466 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6504  D-xylose ABC transporter, substrate-binding protein  54.36 
 
 
365 aa  334  1e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0443872  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2339  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  54.36 
 
 
342 aa  333  3e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.975392  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4186  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  49.85 
 
 
342 aa  332  8e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4074  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  49.85 
 
 
342 aa  332  8e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.809759  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1150  D-xylose ABC transporter, periplasmic D-xylose-binding protein  52.61 
 
 
339 aa  331  1e-89  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0756849  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4209  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  54.03 
 
 
342 aa  331  1e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.112586  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3836  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  54.05 
 
 
335 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.607275 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4913  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  54.05 
 
 
335 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00296988  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0225  monosaccharide-transporting ATPase  48.42 
 
 
360 aa  328  1.0000000000000001e-88  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3414  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  48.1 
 
 
339 aa  325  1e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.443639  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0054  periplasmic sugar-binding protein  38.75 
 
 
352 aa  270  4e-71  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000350797  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0101  Monosaccharide-transporting ATPase  39.94 
 
 
362 aa  267  2e-70  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1584  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.4 
 
 
347 aa  235  7e-61  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.732832  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5024  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.37 
 
 
340 aa  235  1.0000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0259  xylose binding protein transport system  43.88 
 
 
370 aa  224  2e-57  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.465034  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3174  D-xylose ABC transporter, substrate-binding protein  38.87 
 
 
342 aa  222  8e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.285981  normal  0.43626 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3114  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  40.06 
 
 
347 aa  216  5e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.548007  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2925  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.78 
 
 
346 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.510849 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3185  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.46 
 
 
346 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.208726  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2000  D-xylose-binding periplasmic protein xylF  38.54 
 
 
340 aa  212  7e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.121993 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1180  ABC sugar (xylose) transporter, periplasmic binding protein  37.93 
 
 
341 aa  209  6e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2842  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.93 
 
 
341 aa  209  6e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4467  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.76 
 
 
345 aa  205  1e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0159284  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1212  ABC transporter substrate binding protein (xylose)  36.61 
 
 
346 aa  204  2e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2619  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.62 
 
 
341 aa  204  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.997079  normal  0.628477 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1973  monosaccharide-transporting ATPase  42.07 
 
 
369 aa  196  6e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4340  solute-binding protein  42.49 
 
 
374 aa  196  7e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6620  D-xylose transporter subunit XylF  33.06 
 
 
374 aa  193  4e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00486776 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1751  D-xylose ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  38.36 
 
 
345 aa  192  7e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.067893  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4285  xylose binding protein transport system  39.23 
 
 
373 aa  181  2e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5340  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  38.26 
 
 
380 aa  178  1e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5187  solute-binding protein  38.98 
 
 
385 aa  177  2e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0173275  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1922  solute-binding protein  37.76 
 
 
372 aa  171  2e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3846  hypothetical protein  34.25 
 
 
365 aa  170  3e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5293  solute-binding protein  34.67 
 
 
356 aa  166  8e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.460629  normal  0.133321 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5639  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  37.3 
 
 
369 aa  164  2.0000000000000002e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.420367  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4212  solute-binding protein  34.57 
 
 
366 aa  163  3e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.850897  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4236  hypothetical protein  35.71 
 
 
365 aa  161  1e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0383732 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4110  monosaccharide-transporting ATPase  32.41 
 
 
353 aa  161  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000001788 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4681  solute-binding protein  36.45 
 
 
358 aa  162  1e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1864  putative solute-binding component of ABC transporter  32.53 
 
 
373 aa  161  2e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3659  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  33.94 
 
 
379 aa  160  3e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0736  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  33.85 
 
 
379 aa  160  4e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.201323  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1186  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.86 
 
 
363 aa  159  5e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.173505 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0502  ABC transporter sugar-binding protein  32.43 
 
 
381 aa  157  3e-37  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.445823  normal  0.255997 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2274  xylose binding protein transport system  37.34 
 
 
368 aa  156  6e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.159547 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0756  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.92 
 
 
364 aa  155  7e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0825121  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2674  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  34.62 
 
 
358 aa  155  1e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000304396  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2889  xylose ABC transporter substrate-binding protein  33.02 
 
 
359 aa  154  2e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0799239  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2998  putative sugar ABC transporter  34.31 
 
 
385 aa  154  2e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.455734  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0737  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  33.54 
 
 
356 aa  154  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0383  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  30.83 
 
 
361 aa  153  4e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3074  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  32.62 
 
 
354 aa  151  1e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.107941  normal  0.825044 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2576  periplasmic sugar-binding protein  33.23 
 
 
384 aa  151  1e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2515  putative sugar ABC transporter  32.27 
 
 
385 aa  150  2e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2137  multiple sugar-binding periplasmic receptor chvE precursor  32.02 
 
 
356 aa  151  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.627276  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1503  Monosaccharide-transporting ATPase  33.71 
 
 
378 aa  150  4e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.576565  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0838  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  31.38 
 
 
355 aa  149  6e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0243172  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1585  putative solute-binding component of ABC transporter  30.45 
 
 
355 aa  149  8e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.546675  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3175  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  31.27 
 
 
354 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2745  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  30.15 
 
 
354 aa  148  1.0000000000000001e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.534464 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2914  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  31.08 
 
 
354 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0198427  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3200  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  32.54 
 
 
354 aa  147  3e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.248181 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>