282 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_4076 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_4076  solute-binding protein  100 
 
 
362 aa  702    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.571257  normal  0.934568 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0259  xylose binding protein transport system  41 
 
 
370 aa  241  1e-62  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.465034  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5340  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  38.52 
 
 
380 aa  217  2e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4340  solute-binding protein  40.96 
 
 
374 aa  212  9e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5187  solute-binding protein  40.82 
 
 
385 aa  210  3e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0173275  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1922  solute-binding protein  38.35 
 
 
372 aa  208  1e-52  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8731  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  40 
 
 
378 aa  207  2e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4212  solute-binding protein  38.96 
 
 
366 aa  204  2e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.850897  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6693  solute-binding protein  40.85 
 
 
361 aa  193  5e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.741215  normal  0.17095 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2674  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  37.86 
 
 
358 aa  181  2.9999999999999997e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000304396  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1186  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.31 
 
 
363 aa  179  8e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.173505 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5293  solute-binding protein  37.26 
 
 
356 aa  179  9e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.460629  normal  0.133321 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5639  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  37.42 
 
 
369 aa  178  1e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.420367  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0079  D-xylose transporter subunit XylF  38.6 
 
 
332 aa  176  6e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4285  xylose binding protein transport system  37.67 
 
 
373 aa  176  6e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4154  D-xylose transporter subunit XylF  37.5 
 
 
332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4436  D-xylose transporter subunit XylF  37.5 
 
 
332 aa  172  1e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1973  monosaccharide-transporting ATPase  39.13 
 
 
369 aa  171  1e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0061  D-xylose transporter subunit XylF  37.5 
 
 
331 aa  170  3e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0144  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.87 
 
 
330 aa  168  1e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3889  D-xylose transporter subunit XylF  37.87 
 
 
330 aa  167  2e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0155  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.96 
 
 
368 aa  167  2e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4062  D-xylose transporter subunit XylF  37.87 
 
 
330 aa  167  2e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0099  D-xylose transporter subunit XylF  37.5 
 
 
331 aa  167  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03418  D-xylose transporter subunit  37.5 
 
 
330 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03369  hypothetical protein  37.5 
 
 
330 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3769  D-xylose transporter subunit XylF  37.5 
 
 
330 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.723738  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0148  D-xylose transporter subunit XylF  37.5 
 
 
330 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4942  D-xylose transporter subunit XylF  37.5 
 
 
330 aa  166  4e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0258127 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3846  hypothetical protein  36.06 
 
 
365 aa  165  9e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6738  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.42 
 
 
342 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0274139  normal  0.535466 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4209  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.08 
 
 
342 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.112586  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6504  D-xylose ABC transporter, substrate-binding protein  39.42 
 
 
365 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0443872  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6327  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.42 
 
 
342 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.446437  normal  0.888302 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4101  D-xylose transporter subunit XylF  36.4 
 
 
331 aa  164  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0057  D-xylose transporter subunit XylF  36.4 
 
 
331 aa  164  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3042  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  33.14 
 
 
347 aa  162  7e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0776  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.45 
 
 
350 aa  162  9e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6334  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.05 
 
 
342 aa  162  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0155  D-xylose transporter subunit XylF  35.25 
 
 
330 aa  162  1e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6034  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.05 
 
 
342 aa  162  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.715776  normal  0.5888 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2341  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.32 
 
 
342 aa  161  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  0.0483299 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1865  D-xylose transporter subunit XylF  34.7 
 
 
333 aa  161  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.30323 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6632  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.38 
 
 
342 aa  160  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2621  ABC xylose transporter, periplasmic ligand binding protein  34.38 
 
 
342 aa  159  5e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.935077 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6741  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  37.22 
 
 
371 aa  159  5e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.177383 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3956  D-xylose transporter subunit XylF  36.4 
 
 
335 aa  159  6e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0101  Monosaccharide-transporting ATPase  33.82 
 
 
362 aa  159  7e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2339  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  38.69 
 
 
342 aa  159  8e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.975392  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4681  solute-binding protein  33.99 
 
 
358 aa  158  1e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0586  D-xylose transporter subunit XylF  35.97 
 
 
333 aa  158  2e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19500  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.49 
 
 
344 aa  156  5.0000000000000005e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.497232  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5348  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.12 
 
 
374 aa  153  4e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2022  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.69 
 
 
381 aa  152  8e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3414  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.49 
 
 
339 aa  152  8e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.443639  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4236  hypothetical protein  35.39 
 
 
365 aa  152  1e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0383732 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1864  putative solute-binding component of ABC transporter  33.14 
 
 
373 aa  150  3e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0105  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.56 
 
 
351 aa  149  5e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0383  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  33.8 
 
 
361 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4186  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.74 
 
 
342 aa  147  3e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2274  xylose binding protein transport system  36.15 
 
 
368 aa  147  3e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.159547 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4074  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.74 
 
 
342 aa  147  3e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.809759  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6321  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  34.25 
 
 
354 aa  145  9e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.402352  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2812  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.38 
 
 
351 aa  144  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.645617  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1150  D-xylose ABC transporter, periplasmic D-xylose-binding protein  33.23 
 
 
339 aa  144  3e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0756849  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3003  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  33.23 
 
 
333 aa  144  3e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0589453  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3903  sugar binding protein  32.94 
 
 
354 aa  144  3e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1424  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  34.92 
 
 
354 aa  143  4e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.44901  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0265  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  31.62 
 
 
350 aa  143  5e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0560064  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4473  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  35.84 
 
 
355 aa  143  5e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.659853  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7378  ABC transporter substrate binding protein (xylose)  33.13 
 
 
348 aa  143  6e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263003  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0937  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  34.58 
 
 
353 aa  142  9e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.4369  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0879  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  34.58 
 
 
353 aa  142  9e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2302  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.23 
 
 
333 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.288847  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3701  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  33.85 
 
 
349 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3074  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  35.62 
 
 
354 aa  142  9.999999999999999e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.107941  normal  0.825044 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3436  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.85 
 
 
349 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.105035 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4593  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  34.25 
 
 
354 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0756  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.78 
 
 
364 aa  141  1.9999999999999998e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0825121  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0240  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  31.32 
 
 
344 aa  140  3e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2884  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.79 
 
 
333 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.102429  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2254  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  36.24 
 
 
356 aa  140  4.999999999999999e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.243206  hitchhiker  0.00000370627 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2137  multiple sugar-binding periplasmic receptor chvE precursor  35.29 
 
 
356 aa  139  4.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.627276  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0907  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  33.73 
 
 
352 aa  139  1e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.40288  normal  0.0322478 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0838  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  35.37 
 
 
355 aa  138  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0243172  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0736  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  35.89 
 
 
379 aa  138  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.201323  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4110  monosaccharide-transporting ATPase  34.95 
 
 
353 aa  139  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000001788 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2914  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  33.79 
 
 
354 aa  138  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0198427  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2515  putative sugar ABC transporter  35.16 
 
 
385 aa  138  2e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3175  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  33.79 
 
 
354 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24390  monosaccharide-binding protein  32.54 
 
 
376 aa  137  3.0000000000000003e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.500877  normal  0.0818838 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1126  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  31.43 
 
 
367 aa  135  7.000000000000001e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0704697 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2687  putative solute-binding component of ABC transporter  31.4 
 
 
359 aa  135  1.9999999999999998e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2745  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  34.69 
 
 
354 aa  134  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.534464 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1045  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  32.96 
 
 
356 aa  134  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1585  putative solute-binding component of ABC transporter  31.69 
 
 
355 aa  133  5e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.546675  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0502  ABC transporter sugar-binding protein  32.47 
 
 
381 aa  133  5e-30  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.445823  normal  0.255997 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1633  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  29.71 
 
 
339 aa  132  6.999999999999999e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2520  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  30.77 
 
 
376 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0737  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  34.84 
 
 
356 aa  132  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>