285 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_5348 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_5348  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 
374 aa  746    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1186  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  67.02 
 
 
363 aa  489  1e-137  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.173505 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5293  solute-binding protein  58.4 
 
 
356 aa  424  1e-117  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.460629  normal  0.133321 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3846  hypothetical protein  59.07 
 
 
365 aa  400  9.999999999999999e-111  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2674  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  58.56 
 
 
358 aa  401  9.999999999999999e-111  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000304396  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6741  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  61.1 
 
 
371 aa  387  1e-106  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.177383 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4236  hypothetical protein  62.84 
 
 
365 aa  382  1e-105  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0383732 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2274  xylose binding protein transport system  62.14 
 
 
368 aa  384  1e-105  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.159547 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1132  solute-binding protein  56.8 
 
 
390 aa  357  1.9999999999999998e-97  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0346774 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1126  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  52.21 
 
 
367 aa  332  5e-90  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0704697 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1503  Monosaccharide-transporting ATPase  49.61 
 
 
378 aa  317  2e-85  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.576565  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0447  monosaccharide ABC transporter substrate-binding protein, CUT2 family  51.48 
 
 
360 aa  306  4.0000000000000004e-82  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24390  monosaccharide-binding protein  47.71 
 
 
376 aa  306  4.0000000000000004e-82  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.500877  normal  0.0818838 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2376  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  47.63 
 
 
376 aa  285  1.0000000000000001e-75  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5949  solute-binding protein  45.4 
 
 
386 aa  250  4e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1040  Monosaccharide-transporting ATPase  44.82 
 
 
364 aa  246  6e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1575  solute-binding protein  40.33 
 
 
404 aa  229  4e-59  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.250524  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4340  solute-binding protein  43.77 
 
 
374 aa  203  4e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5340  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  37.33 
 
 
380 aa  193  4e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0259  xylose binding protein transport system  37.29 
 
 
370 aa  191  1e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.465034  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1922  solute-binding protein  39.81 
 
 
372 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5639  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  36.53 
 
 
369 aa  184  3e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.420367  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5187  solute-binding protein  39.34 
 
 
385 aa  182  7e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0173275  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0155  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.39 
 
 
368 aa  179  9e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6693  solute-binding protein  40.75 
 
 
361 aa  177  2e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.741215  normal  0.17095 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4212  solute-binding protein  37.17 
 
 
366 aa  177  4e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.850897  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3042  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  32.29 
 
 
347 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1973  monosaccharide-transporting ATPase  39.69 
 
 
369 aa  168  1e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4285  xylose binding protein transport system  38.82 
 
 
373 aa  168  2e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7378  ABC transporter substrate binding protein (xylose)  37.88 
 
 
348 aa  167  2.9999999999999998e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263003  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3701  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  36.86 
 
 
349 aa  161  1e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3436  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.86 
 
 
349 aa  161  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.105035 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2022  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.17 
 
 
381 aa  160  2e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1865  D-xylose transporter subunit XylF  34.28 
 
 
333 aa  160  3e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.30323 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0144  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.87 
 
 
330 aa  159  5e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4062  D-xylose transporter subunit XylF  33.87 
 
 
330 aa  159  5e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3889  D-xylose transporter subunit XylF  33.87 
 
 
330 aa  159  5e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4681  solute-binding protein  35.44 
 
 
358 aa  159  6e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03418  D-xylose transporter subunit  33.55 
 
 
330 aa  158  1e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3769  D-xylose transporter subunit XylF  33.55 
 
 
330 aa  158  1e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.723738  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0148  D-xylose transporter subunit XylF  33.55 
 
 
330 aa  158  1e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4942  D-xylose transporter subunit XylF  33.55 
 
 
330 aa  158  1e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0258127 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03369  hypothetical protein  33.55 
 
 
330 aa  158  1e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0776  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.07 
 
 
350 aa  158  1e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4076  solute-binding protein  37.12 
 
 
362 aa  158  2e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.571257  normal  0.934568 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19500  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.22 
 
 
344 aa  157  4e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.497232  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0105  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.71 
 
 
351 aa  156  5.0000000000000005e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4473  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  35.76 
 
 
355 aa  156  7e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.659853  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2621  ABC xylose transporter, periplasmic ligand binding protein  31.69 
 
 
342 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.935077 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8731  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  34.95 
 
 
378 aa  152  5.9999999999999996e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0099  D-xylose transporter subunit XylF  32.34 
 
 
331 aa  152  7e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4154  D-xylose transporter subunit XylF  33 
 
 
332 aa  152  8e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2341  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.02 
 
 
342 aa  152  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  0.0483299 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6321  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  37.68 
 
 
354 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.402352  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6632  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.19 
 
 
342 aa  151  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6504  D-xylose ABC transporter, substrate-binding protein  32.15 
 
 
365 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0443872  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0079  D-xylose transporter subunit XylF  32.34 
 
 
332 aa  151  2e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6738  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.15 
 
 
342 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0274139  normal  0.535466 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0155  D-xylose transporter subunit XylF  32.37 
 
 
330 aa  151  2e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4593  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  36.89 
 
 
354 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3956  D-xylose transporter subunit XylF  32.9 
 
 
335 aa  150  3e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6327  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.15 
 
 
342 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.446437  normal  0.888302 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0057  D-xylose transporter subunit XylF  31.68 
 
 
331 aa  150  4e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2812  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.94 
 
 
351 aa  150  4e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.645617  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0061  D-xylose transporter subunit XylF  32.01 
 
 
331 aa  150  4e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4101  D-xylose transporter subunit XylF  31.68 
 
 
331 aa  150  4e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4436  D-xylose transporter subunit XylF  32.67 
 
 
332 aa  150  4e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4209  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.83 
 
 
342 aa  149  9e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.112586  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0240  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  33.64 
 
 
344 aa  149  9e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6034  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.83 
 
 
342 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.715776  normal  0.5888 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6334  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.83 
 
 
342 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1633  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  33 
 
 
339 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0586  D-xylose transporter subunit XylF  32.47 
 
 
333 aa  147  2.0000000000000003e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0265  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  33.54 
 
 
350 aa  147  3e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0560064  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2339  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  31.29 
 
 
342 aa  147  3e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.975392  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4074  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.79 
 
 
342 aa  146  6e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.809759  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4186  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.79 
 
 
342 aa  146  6e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5024  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.94 
 
 
340 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4110  monosaccharide-transporting ATPase  34.44 
 
 
353 aa  142  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000001788 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1987  putative solute-binding component of ABC transporter  32.89 
 
 
378 aa  142  9.999999999999999e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0615  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  34.29 
 
 
357 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.431417 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3903  sugar binding protein  33.63 
 
 
354 aa  141  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2925  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.29 
 
 
346 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.510849 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0383  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  33.88 
 
 
361 aa  141  1.9999999999999998e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3185  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.29 
 
 
346 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.208726  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0499  multiple sugar transport system (multiple sugar- binding protein)  32.82 
 
 
379 aa  140  4.999999999999999e-32  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.10489  normal  0.480432 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2687  putative solute-binding component of ABC transporter  34.8 
 
 
359 aa  140  4.999999999999999e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2914  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  34.27 
 
 
354 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0198427  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1864  putative solute-binding component of ABC transporter  35.03 
 
 
373 aa  139  1e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2946  putative sugar ABC transporter  33.53 
 
 
383 aa  138  1e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.926727  normal  0.804689 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3074  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  33.33 
 
 
354 aa  138  1e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.107941  normal  0.825044 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3175  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  34.27 
 
 
354 aa  139  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3200  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  33.64 
 
 
354 aa  137  2e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.248181 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3836  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.89 
 
 
335 aa  138  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.607275 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4913  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.89 
 
 
335 aa  138  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00296988  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3414  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.76 
 
 
339 aa  137  4e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.443639  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2884  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.82 
 
 
333 aa  136  5e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.102429  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2302  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.56 
 
 
333 aa  136  7.000000000000001e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.288847  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2254  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  33.64 
 
 
356 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.243206  hitchhiker  0.00000370627 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1150  D-xylose ABC transporter, periplasmic D-xylose-binding protein  30.1 
 
 
339 aa  134  1.9999999999999998e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0756849  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>