More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_5187 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_5187  solute-binding protein  100 
 
 
385 aa  774    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0173275  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5340  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  55.38 
 
 
380 aa  345  1e-93  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1922  solute-binding protein  52.42 
 
 
372 aa  338  8e-92  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4340  solute-binding protein  55.45 
 
 
374 aa  321  1.9999999999999998e-86  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8731  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  50.91 
 
 
378 aa  303  2.0000000000000002e-81  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5639  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  52.31 
 
 
369 aa  301  2e-80  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.420367  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4212  solute-binding protein  48.85 
 
 
366 aa  295  6e-79  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.850897  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6693  solute-binding protein  49.21 
 
 
361 aa  288  8e-77  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.741215  normal  0.17095 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4681  solute-binding protein  47.08 
 
 
358 aa  285  7e-76  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0259  xylose binding protein transport system  42.54 
 
 
370 aa  260  2e-68  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.465034  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1973  monosaccharide-transporting ATPase  43.6 
 
 
369 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4593  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  41.39 
 
 
354 aa  230  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6321  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  39.24 
 
 
354 aa  229  4e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.402352  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4076  solute-binding protein  42.11 
 
 
362 aa  228  1e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.571257  normal  0.934568 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2812  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.05 
 
 
351 aa  224  2e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.645617  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3701  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  41.95 
 
 
349 aa  224  2e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3436  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.95 
 
 
349 aa  224  2e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.105035 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2674  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  39.51 
 
 
358 aa  223  6e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000304396  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5293  solute-binding protein  38.15 
 
 
356 aa  222  7e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.460629  normal  0.133321 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0240  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  39.45 
 
 
344 aa  222  9.999999999999999e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0265  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  38.79 
 
 
350 aa  219  7.999999999999999e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0560064  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7378  ABC transporter substrate binding protein (xylose)  39.52 
 
 
348 aa  219  7.999999999999999e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263003  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4285  xylose binding protein transport system  44.68 
 
 
373 aa  218  1e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3846  hypothetical protein  38.14 
 
 
365 aa  212  7.999999999999999e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1186  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.26 
 
 
363 aa  211  1e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.173505 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2274  xylose binding protein transport system  40.6 
 
 
368 aa  211  2e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.159547 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6741  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  38.62 
 
 
371 aa  207  3e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.177383 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19500  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.6 
 
 
344 aa  204  2e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.497232  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3042  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  36.02 
 
 
347 aa  199  7.999999999999999e-50  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4236  hypothetical protein  39.02 
 
 
365 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0383732 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2022  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.69 
 
 
381 aa  197  3e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6504  D-xylose ABC transporter, substrate-binding protein  38.92 
 
 
365 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0443872  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0586  D-xylose transporter subunit XylF  35.81 
 
 
333 aa  188  1e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6738  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.92 
 
 
342 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0274139  normal  0.535466 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6632  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.62 
 
 
342 aa  187  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6327  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.92 
 
 
342 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.446437  normal  0.888302 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0155  D-xylose transporter subunit XylF  35.62 
 
 
330 aa  187  2e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6034  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.92 
 
 
342 aa  187  3e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.715776  normal  0.5888 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6334  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.92 
 
 
342 aa  187  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0105  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.18 
 
 
351 aa  186  6e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24390  monosaccharide-binding protein  36.03 
 
 
376 aa  186  8e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.500877  normal  0.0818838 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5348  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.96 
 
 
374 aa  185  9e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1575  solute-binding protein  36.61 
 
 
404 aa  185  1.0000000000000001e-45  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.250524  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1865  D-xylose transporter subunit XylF  36.42 
 
 
333 aa  185  1.0000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.30323 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2621  ABC xylose transporter, periplasmic ligand binding protein  37.46 
 
 
342 aa  183  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.935077 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0155  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.42 
 
 
368 aa  184  3e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0061  D-xylose transporter subunit XylF  34.69 
 
 
331 aa  182  8.000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0057  D-xylose transporter subunit XylF  35 
 
 
331 aa  181  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0907  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  38.98 
 
 
352 aa  182  1e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.40288  normal  0.0322478 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4209  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.97 
 
 
342 aa  181  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.112586  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4101  D-xylose transporter subunit XylF  35 
 
 
331 aa  181  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2341  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.54 
 
 
342 aa  182  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  0.0483299 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4186  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.7 
 
 
342 aa  181  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4074  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.7 
 
 
342 aa  181  2e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.809759  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0099  D-xylose transporter subunit XylF  34.91 
 
 
331 aa  181  2.9999999999999997e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4942  D-xylose transporter subunit XylF  34.5 
 
 
330 aa  179  9e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0258127 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1126  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  35.84 
 
 
367 aa  179  9e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0704697 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03418  D-xylose transporter subunit  34.5 
 
 
330 aa  179  1e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0144  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.5 
 
 
330 aa  178  1e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3889  D-xylose transporter subunit XylF  34.82 
 
 
330 aa  179  1e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0148  D-xylose transporter subunit XylF  34.5 
 
 
330 aa  179  1e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4062  D-xylose transporter subunit XylF  34.82 
 
 
330 aa  179  1e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03369  hypothetical protein  34.5 
 
 
330 aa  179  1e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3769  D-xylose transporter subunit XylF  34.5 
 
 
330 aa  179  1e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.723738  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0079  D-xylose transporter subunit XylF  34.5 
 
 
332 aa  177  2e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4154  D-xylose transporter subunit XylF  34.69 
 
 
332 aa  177  3e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1503  Monosaccharide-transporting ATPase  35.34 
 
 
378 aa  177  3e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.576565  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4436  D-xylose transporter subunit XylF  34.69 
 
 
332 aa  177  3e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1217  xylose ABC transporter periplasmic component-like protein  40.13 
 
 
409 aa  176  5e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0162816 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2376  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.68 
 
 
376 aa  175  9e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2884  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.12 
 
 
333 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.102429  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2339  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  37.46 
 
 
342 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.975392  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1633  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  35.58 
 
 
339 aa  171  1e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3003  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  36.79 
 
 
333 aa  172  1e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0589453  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1132  solute-binding protein  36.2 
 
 
390 aa  172  1e-41  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0346774 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3956  D-xylose transporter subunit XylF  33.87 
 
 
335 aa  171  2e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2302  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36 
 
 
333 aa  170  3e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.288847  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0054  periplasmic sugar-binding protein  32.37 
 
 
352 aa  170  4e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000350797  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2889  xylose ABC transporter substrate-binding protein  34.88 
 
 
359 aa  169  1e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0799239  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1150  D-xylose ABC transporter, periplasmic D-xylose-binding protein  35.02 
 
 
339 aa  166  6.9999999999999995e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0756849  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0225  monosaccharide-transporting ATPase  36.96 
 
 
360 aa  162  7e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4913  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.36 
 
 
335 aa  162  7e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00296988  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3836  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.36 
 
 
335 aa  162  7e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.607275 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3414  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.58 
 
 
339 aa  161  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.443639  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0776  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.68 
 
 
350 aa  160  3e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1864  putative solute-binding component of ABC transporter  35.97 
 
 
373 aa  158  2e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2137  multiple sugar-binding periplasmic receptor chvE precursor  34.95 
 
 
356 aa  157  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.627276  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2914  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  31.48 
 
 
354 aa  157  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0198427  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2254  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  33.53 
 
 
356 aa  156  6e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.243206  hitchhiker  0.00000370627 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3175  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  31.48 
 
 
354 aa  156  7e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3903  sugar binding protein  32.83 
 
 
354 aa  155  9e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3074  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  32.04 
 
 
354 aa  154  2.9999999999999998e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.107941  normal  0.825044 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0447  monosaccharide ABC transporter substrate-binding protein, CUT2 family  35.78 
 
 
360 aa  153  5e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2946  putative sugar ABC transporter  33.33 
 
 
383 aa  153  5.9999999999999996e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.926727  normal  0.804689 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1102  multiple sugar-binding periplasmic receptor  36.3 
 
 
365 aa  153  5.9999999999999996e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.891182  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3200  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  32.01 
 
 
354 aa  152  7e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.248181 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1179  multiple sugar-binding periplasmic receptor  36.67 
 
 
365 aa  152  8.999999999999999e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000128442 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0756  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.33 
 
 
364 aa  152  8.999999999999999e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0825121  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4473  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  33.53 
 
 
355 aa  152  8.999999999999999e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.659853  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1987  putative solute-binding component of ABC transporter  35.14 
 
 
378 aa  150  3e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>