More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_2376 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_2376  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 
376 aa  746    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1132  solute-binding protein  56.76 
 
 
390 aa  328  1.0000000000000001e-88  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0346774 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5293  solute-binding protein  48.12 
 
 
356 aa  300  4e-80  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.460629  normal  0.133321 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2274  xylose binding protein transport system  50.29 
 
 
368 aa  291  1e-77  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.159547 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6741  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  51.01 
 
 
371 aa  290  3e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.177383 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3846  hypothetical protein  47.5 
 
 
365 aa  288  1e-76  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2674  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  46.05 
 
 
358 aa  276  4e-73  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000304396  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1186  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  44.97 
 
 
363 aa  275  1.0000000000000001e-72  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.173505 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4236  hypothetical protein  46.83 
 
 
365 aa  267  2e-70  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0383732 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5348  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  48.77 
 
 
374 aa  260  2e-68  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24390  monosaccharide-binding protein  46.13 
 
 
376 aa  258  1e-67  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.500877  normal  0.0818838 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1126  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  43.73 
 
 
367 aa  256  6e-67  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0704697 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0447  monosaccharide ABC transporter substrate-binding protein, CUT2 family  47.73 
 
 
360 aa  254  2.0000000000000002e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1503  Monosaccharide-transporting ATPase  47.24 
 
 
378 aa  246  4e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.576565  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5949  solute-binding protein  44.59 
 
 
386 aa  238  1e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1575  solute-binding protein  41.8 
 
 
404 aa  231  1e-59  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.250524  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1040  Monosaccharide-transporting ATPase  40.79 
 
 
364 aa  191  2e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5340  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  37.06 
 
 
380 aa  177  2e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0259  xylose binding protein transport system  34.9 
 
 
370 aa  174  2.9999999999999996e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.465034  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4212  solute-binding protein  37.1 
 
 
366 aa  173  5e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.850897  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5187  solute-binding protein  40.11 
 
 
385 aa  171  2e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0173275  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0105  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.52 
 
 
351 aa  165  1.0000000000000001e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8731  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  35.41 
 
 
378 aa  163  4.0000000000000004e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2022  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.24 
 
 
381 aa  163  6e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3042  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  31.55 
 
 
347 aa  160  3e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0155  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.31 
 
 
368 aa  158  2e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0155  D-xylose transporter subunit XylF  34.33 
 
 
330 aa  157  4e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6693  solute-binding protein  38.85 
 
 
361 aa  156  5.0000000000000005e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.741215  normal  0.17095 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03418  D-xylose transporter subunit  33.97 
 
 
330 aa  156  6e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0148  D-xylose transporter subunit XylF  33.97 
 
 
330 aa  156  6e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03369  hypothetical protein  33.97 
 
 
330 aa  156  6e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3769  D-xylose transporter subunit XylF  33.97 
 
 
330 aa  156  6e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.723738  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0144  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.65 
 
 
330 aa  155  1e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1922  solute-binding protein  36.5 
 
 
372 aa  155  1e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3889  D-xylose transporter subunit XylF  33.65 
 
 
330 aa  155  1e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4062  D-xylose transporter subunit XylF  33.65 
 
 
330 aa  155  1e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1973  monosaccharide-transporting ATPase  32.99 
 
 
369 aa  155  1e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4942  D-xylose transporter subunit XylF  33.65 
 
 
330 aa  155  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0258127 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5639  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  36.99 
 
 
369 aa  154  2.9999999999999998e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.420367  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0099  D-xylose transporter subunit XylF  34.95 
 
 
331 aa  153  5e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19500  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.41 
 
 
344 aa  152  8e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.497232  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0079  D-xylose transporter subunit XylF  34.95 
 
 
332 aa  152  8e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4340  solute-binding protein  39.06 
 
 
374 aa  152  1e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4681  solute-binding protein  33.55 
 
 
358 aa  152  1e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1865  D-xylose transporter subunit XylF  33.33 
 
 
333 aa  149  7e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.30323 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7378  ABC transporter substrate binding protein (xylose)  35.47 
 
 
348 aa  149  8e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263003  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3956  D-xylose transporter subunit XylF  33.66 
 
 
335 aa  149  9e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4154  D-xylose transporter subunit XylF  33.96 
 
 
332 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0057  D-xylose transporter subunit XylF  32.7 
 
 
331 aa  148  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4436  D-xylose transporter subunit XylF  33.96 
 
 
332 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4101  D-xylose transporter subunit XylF  32.7 
 
 
331 aa  148  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1212  ABC transporter substrate binding protein (xylose)  35.33 
 
 
346 aa  146  5e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2339  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  33.88 
 
 
342 aa  144  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.975392  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0776  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.33 
 
 
350 aa  144  2e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1633  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  35.37 
 
 
339 aa  144  3e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6632  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.03 
 
 
342 aa  144  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2621  ABC xylose transporter, periplasmic ligand binding protein  33.88 
 
 
342 aa  144  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.935077 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0061  D-xylose transporter subunit XylF  33.97 
 
 
331 aa  144  3e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3185  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.63 
 
 
346 aa  144  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.208726  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0383  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  32.69 
 
 
361 aa  143  4e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2925  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.3 
 
 
346 aa  143  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.510849 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2812  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.54 
 
 
351 aa  142  8e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.645617  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2745  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  34.58 
 
 
354 aa  142  8e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.534464 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4209  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.37 
 
 
342 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.112586  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1150  D-xylose ABC transporter, periplasmic D-xylose-binding protein  33.45 
 
 
339 aa  141  1.9999999999999998e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0756849  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0756  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.33 
 
 
364 aa  141  1.9999999999999998e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0825121  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2254  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  33.44 
 
 
356 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.243206  hitchhiker  0.00000370627 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0265  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  33.23 
 
 
350 aa  140  3.9999999999999997e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0560064  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6327  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.23 
 
 
342 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.446437  normal  0.888302 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6738  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.69 
 
 
342 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0274139  normal  0.535466 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5024  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.88 
 
 
340 aa  139  6e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4285  xylose binding protein transport system  38.2 
 
 
373 aa  139  7e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6334  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.69 
 
 
342 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6034  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.69 
 
 
342 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.715776  normal  0.5888 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6504  D-xylose ABC transporter, substrate-binding protein  34.69 
 
 
365 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0443872  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4074  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.13 
 
 
342 aa  139  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.809759  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4186  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.13 
 
 
342 aa  139  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4913  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.33 
 
 
335 aa  139  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00296988  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3836  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.33 
 
 
335 aa  139  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.607275 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4110  monosaccharide-transporting ATPase  32.32 
 
 
353 aa  138  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000001788 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3414  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.45 
 
 
339 aa  137  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.443639  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0240  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  32.82 
 
 
344 aa  137  2e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2341  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.22 
 
 
342 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  0.0483299 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0586  D-xylose transporter subunit XylF  31.92 
 
 
333 aa  135  8e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3175  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  32.81 
 
 
354 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3003  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  31.33 
 
 
333 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0589453  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4593  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  33.84 
 
 
354 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6321  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  33.84 
 
 
354 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.402352  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2914  xylose ABC transporter, substrate-binding protein  32.5 
 
 
354 aa  134  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0198427  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4473  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  33.74 
 
 
355 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.659853  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0841  ABC sugar transporter, periplasmic solute-binding protein  31.69 
 
 
355 aa  132  6.999999999999999e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0937  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  33.44 
 
 
353 aa  132  7.999999999999999e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.4369  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0879  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  33.44 
 
 
353 aa  132  7.999999999999999e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2302  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.67 
 
 
333 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.288847  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0736  multiple sugar-binding periplasmic receptor ChvE precursor  31.87 
 
 
379 aa  132  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.201323  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3701  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  33.23 
 
 
349 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3436  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.23 
 
 
349 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.105035 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3200  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  32.02 
 
 
354 aa  130  4.0000000000000003e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.248181 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0838  putative sugar uptake ABC transporter periplasmic solute-binding protein precursor  32.09 
 
 
355 aa  130  5.0000000000000004e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0243172  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3903  sugar binding protein  31.63 
 
 
354 aa  130  5.0000000000000004e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>