288 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_2853 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_2853  ABC-type xylose transport system periplasmic component  100 
 
 
268 aa  538  9.999999999999999e-153  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.325203  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1922  solute-binding protein  63.1 
 
 
372 aa  222  4e-57  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8731  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  53.29 
 
 
378 aa  176  3e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4212  solute-binding protein  44.89 
 
 
366 aa  154  2e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.850897  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5340  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  52.05 
 
 
380 aa  152  4e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4340  solute-binding protein  52.12 
 
 
374 aa  147  1.0000000000000001e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4593  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  45.35 
 
 
354 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5187  solute-binding protein  47.55 
 
 
385 aa  137  1e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0173275  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6693  solute-binding protein  47.59 
 
 
361 aa  137  2e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.741215  normal  0.17095 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6321  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  45.35 
 
 
354 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.402352  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4681  solute-binding protein  44.83 
 
 
358 aa  129  4.0000000000000003e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2812  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  42.17 
 
 
351 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.645617  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1217  xylose ABC transporter periplasmic component-like protein  41.92 
 
 
409 aa  128  8.000000000000001e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0162816 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0265  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  45.21 
 
 
350 aa  128  1.0000000000000001e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0560064  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3701  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  45.52 
 
 
349 aa  126  3e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3436  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  45.52 
 
 
349 aa  126  3e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.105035 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5639  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  50.34 
 
 
369 aa  124  1e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.420367  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0240  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  43.45 
 
 
344 aa  124  2e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1186  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  42.33 
 
 
363 aa  123  3e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.173505 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7378  ABC transporter substrate binding protein (xylose)  43.33 
 
 
348 aa  122  6e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263003  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0259  xylose binding protein transport system  37.7 
 
 
370 aa  119  7.999999999999999e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.465034  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1973  monosaccharide-transporting ATPase  41.26 
 
 
369 aa  115  7.999999999999999e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2674  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  37.57 
 
 
358 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000304396  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24390  monosaccharide-binding protein  36.55 
 
 
376 aa  109  6e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.500877  normal  0.0818838 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1503  Monosaccharide-transporting ATPase  35.05 
 
 
378 aa  106  4e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.576565  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4236  hypothetical protein  41.5 
 
 
365 aa  104  2e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0383732 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3846  hypothetical protein  41.5 
 
 
365 aa  104  2e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1865  D-xylose transporter subunit XylF  40.54 
 
 
333 aa  101  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.30323 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6741  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  40.54 
 
 
371 aa  99.4  5e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.177383 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5293  solute-binding protein  35.6 
 
 
356 aa  99  6e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.460629  normal  0.133321 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3042  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  34.64 
 
 
347 aa  98.6  9e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4076  solute-binding protein  34.38 
 
 
362 aa  97.4  2e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.571257  normal  0.934568 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2274  xylose binding protein transport system  40.14 
 
 
368 aa  97.4  2e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.159547 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0155  D-xylose transporter subunit XylF  33.14 
 
 
330 aa  97.1  3e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5348  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.51 
 
 
374 aa  96.3  4e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2376  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.08 
 
 
376 aa  94.4  2e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2621  ABC xylose transporter, periplasmic ligand binding protein  32.42 
 
 
342 aa  93.2  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.935077 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1126  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  37.41 
 
 
367 aa  92.8  6e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0704697 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6632  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.87 
 
 
342 aa  91.7  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0447  monosaccharide ABC transporter substrate-binding protein, CUT2 family  38.1 
 
 
360 aa  91.7  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2022  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.5 
 
 
381 aa  91.7  1e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0586  D-xylose transporter subunit XylF  34.84 
 
 
333 aa  91.7  1e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03418  D-xylose transporter subunit  33.56 
 
 
330 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0144  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.56 
 
 
330 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4209  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.33 
 
 
342 aa  90.9  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.112586  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4062  D-xylose transporter subunit XylF  33.56 
 
 
330 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3769  D-xylose transporter subunit XylF  33.56 
 
 
330 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.723738  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4942  D-xylose transporter subunit XylF  33.56 
 
 
330 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0258127 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0148  D-xylose transporter subunit XylF  33.56 
 
 
330 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0099  D-xylose transporter subunit XylF  33.56 
 
 
331 aa  90.5  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03369  hypothetical protein  33.56 
 
 
330 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0502  ABC transporter sugar-binding protein  35.24 
 
 
381 aa  91.3  2e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.445823  normal  0.255997 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3889  D-xylose transporter subunit XylF  33.56 
 
 
330 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6034  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.68 
 
 
342 aa  90.1  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.715776  normal  0.5888 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4101  D-xylose transporter subunit XylF  31.79 
 
 
331 aa  90.5  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0057  D-xylose transporter subunit XylF  31.79 
 
 
331 aa  90.5  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4074  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.55 
 
 
342 aa  90.1  3e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.809759  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6334  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.68 
 
 
342 aa  90.1  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4186  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.55 
 
 
342 aa  90.1  3e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3414  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.22 
 
 
339 aa  89.7  4e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.443639  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0776  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.93 
 
 
350 aa  89.4  6e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0155  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.24 
 
 
368 aa  89  7e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6327  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.03 
 
 
342 aa  89  7e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.446437  normal  0.888302 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0061  D-xylose transporter subunit XylF  31.07 
 
 
331 aa  89  8e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6504  D-xylose ABC transporter, substrate-binding protein  32.03 
 
 
365 aa  88.6  9e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0443872  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6738  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.03 
 
 
342 aa  88.6  9e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0274139  normal  0.535466 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3956  D-xylose transporter subunit XylF  33.56 
 
 
335 aa  88.6  9e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19500  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.24 
 
 
344 aa  88.2  1e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.497232  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1179  multiple sugar-binding periplasmic receptor  30.53 
 
 
365 aa  87.8  2e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000128442 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1150  D-xylose ABC transporter, periplasmic D-xylose-binding protein  33.96 
 
 
339 aa  87  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0756849  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0079  D-xylose transporter subunit XylF  30.51 
 
 
332 aa  87  3e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2341  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.68 
 
 
342 aa  87  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  0.0483299 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4285  xylose binding protein transport system  38.57 
 
 
373 aa  86.7  4e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2339  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  33.56 
 
 
342 aa  86.3  5e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.975392  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1575  solute-binding protein  34.97 
 
 
404 aa  86.3  5e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.250524  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4154  D-xylose transporter subunit XylF  32.88 
 
 
332 aa  85.9  7e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4436  D-xylose transporter subunit XylF  30.51 
 
 
332 aa  85.9  7e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3003  D-xylose ABC transporter, periplasmic-D xylose binding protein  32.88 
 
 
333 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0589453  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0499  multiple sugar transport system (multiple sugar- binding protein)  35.95 
 
 
379 aa  84.3  0.000000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.10489  normal  0.480432 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2884  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.56 
 
 
333 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.102429  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0105  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.33 
 
 
351 aa  84.7  0.000000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1102  multiple sugar-binding periplasmic receptor  28.65 
 
 
365 aa  84  0.000000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.891182  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0907  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  37.93 
 
 
352 aa  83.2  0.000000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.40288  normal  0.0322478 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1132  solute-binding protein  30.73 
 
 
390 aa  82.4  0.000000000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0346774 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2302  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.88 
 
 
333 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.288847  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3174  D-xylose ABC transporter, substrate-binding protein  35.37 
 
 
342 aa  82  0.000000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.285981  normal  0.43626 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2520  putative sugar ABC transporter, substrate- binding protein  33.16 
 
 
376 aa  80.9  0.00000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6620  D-xylose transporter subunit XylF  32.46 
 
 
374 aa  80.1  0.00000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00486776 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0225  monosaccharide-transporting ATPase  30.57 
 
 
360 aa  80.5  0.00000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0054  periplasmic sugar-binding protein  26.86 
 
 
352 aa  80.1  0.00000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000350797  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4913  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.07 
 
 
335 aa  79.7  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00296988  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3836  D-xylose ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.07 
 
 
335 aa  79.7  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.607275 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0238  putative sugar ABC transporter  33.86 
 
 
384 aa  79.7  0.00000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.438796  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2254  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  33.55 
 
 
356 aa  79  0.00000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.243206  hitchhiker  0.00000370627 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4719  putative sugar ABC transporter  34.39 
 
 
377 aa  78.6  0.00000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1633  D-xylose-binding periplasmic ABC transporter protein  31.03 
 
 
339 aa  78.6  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0101  Monosaccharide-transporting ATPase  33.63 
 
 
362 aa  78.6  0.0000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3200  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  33.33 
 
 
354 aa  78.2  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.248181 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2515  putative sugar ABC transporter  34.42 
 
 
385 aa  77.4  0.0000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2699  D-xylose-binding periplasmic protein precursor  32.39 
 
 
171 aa  77  0.0000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.544213  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>