More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_1077 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014165  Tbis_1077  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 224 aa  434  1e-121  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00218875 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2162  DNA repair protein RadC  74.07 
 
 		 218 aa  325  5e-88  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0836  DNA repair protein RadC  58.53 
 
 		 220 aa  189  2e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00741803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0413  DNA repair protein RadC  35.16 
 
 		 229 aa  145  3e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.319313  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05605  putative DNA repair protein  38.65 
 
 		 231 aa  140  9.999999999999999e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.762004  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0917  DNA repair protein RadC  36.57 
 
 		 225 aa  140  1.9999999999999998e-32  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.372898  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0065  DNA repair protein RadC  39.53 
 
 		 227 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0382  DNA repair protein RadC  33.78 
 
 		 229 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2399  DNA repair protein RadC  32.13 
 
 		 227 aa  139  3e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2111  DNA repair protein RadC  31.67 
 
 		 227 aa  139  3e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2549  DNA repair protein RadC  36.15 
 
 		 227 aa  139  3.9999999999999997e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0391  DNA repair protein RadC  38.4 
 
 		 243 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2303  DNA repair protein RadC  32.41 
 
 		 229 aa  137  2e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.432419  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0400  DNA repair protein RadC  38.4 
 
 		 243 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.161465  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1467  DNA repair protein RadC  38.6 
 
 		 230 aa  137  2e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0881  DNA repair protein RadC  33.95 
 
 		 228 aa  135  6.0000000000000005e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.701712  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0894  DNA repair protein RadC  37.38 
 
 		 227 aa  132  3e-30  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.823184 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1778  DNA repair protein RadC  37.24 
 
 		 243 aa  132  3e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.69629 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0514  DNA repair protein RadC  32.73 
 
 		 241 aa  132  3.9999999999999996e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120777  hitchhiker  0.000000000242554 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0899  DNA repair protein RadC  34.27 
 
 		 226 aa  132  3.9999999999999996e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1818  DNA repair protein RadC  36.57 
 
 		 222 aa  131  6e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.852458  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1319  DNA repair protein RadC  31.98 
 
 		 228 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000567698  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2479  DNA repair protein RadC  35.48 
 
 		 245 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3868  DNA repair protein RadC  34.86 
 
 		 231 aa  129  2.0000000000000002e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.956659 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0172  DNA repair protein RadC  35.98 
 
 		 243 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00178125  normal  0.223385 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2092  DNA repair protein RadC  39.53 
 
 		 223 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3678  DEAD/DEAH box helicase-like  36.15 
 
 		 224 aa  129  3e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00158019  normal  0.0453807 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0523  DNA repair protein RadC  37.5 
 
 		 230 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1530  DNA repair protein RadC  39.19 
 
 		 227 aa  128  7.000000000000001e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0606843  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2073  DNA repair protein RadC  35.98 
 
 		 243 aa  128  8.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00545763 
 
 
-
 
NC_002936  DET0572  RadC family DNA repair protein  36.07 
 
 		 222 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.611512  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0385  DNA repair protein RadC  37.85 
 
 		 225 aa  126  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00103198  hitchhiker  0.000000153707 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1825  DNA repair protein RadC  38.42 
 
 		 233 aa  126  3e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3481  DNA repair protein RadC  37.85 
 
 		 233 aa  126  3e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000421033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0192  DNA repair protein RadC  35.38 
 
 		 224 aa  125  4.0000000000000003e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000306509  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3784  DNA repair protein RadC  34.4 
 
 		 231 aa  125  4.0000000000000003e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4561  DNA repair protein RadC  36.79 
 
 		 225 aa  125  5e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000169917  hitchhiker  0.00000617306 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_511  DNA repair protein RadC  33.33 
 
 		 228 aa  125  5e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000324187  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  39.72 
 
 		 224 aa  125  5e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  34.91 
 
 		 224 aa  124  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0598  DNA repair protein RadC  33.94 
 
 		 223 aa  124  1e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  38.32 
 
 		 224 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3582  DNA repair protein RadC  35.65 
 
 		 229 aa  124  1e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  36.32 
 
 		 224 aa  124  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0820  DNA repair protein RadC  35.05 
 
 		 232 aa  123  2e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1789  DNA repair protein  33.96 
 
 		 224 aa  123  2e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.582251  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00049  DNA repair protein RadC  33.02 
 
 		 225 aa  124  2e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00103184  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1095  DNA repair protein RadC  32.5 
 
 		 217 aa  123  2e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.912816  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0358  DNA repair protein RadC  37.73 
 
 		 224 aa  122  3e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2550  DNA repair protein RadC  33.33 
 
 		 226 aa  123  3e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.727412  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0528  DNA repair protein RadC  37.73 
 
 		 224 aa  122  3e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.204187  unclonable  0.0000000000301239 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  34.09 
 
 		 224 aa  123  3e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2155  DNA repair protein RadC  37.73 
 
 		 223 aa  122  3e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.365065  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70230  DNA repair protein RadC  37.85 
 
 		 224 aa  123  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1642  DNA repair protein RadC  34.7 
 
 		 235 aa  122  5e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000389911  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4138  DNA repair protein RadC  32.56 
 
 		 228 aa  122  6e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.592557  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1532  DNA repair protein RadC  35 
 
 		 237 aa  121  7e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0386  DNA repair protein RadC  35.21 
 
 		 229 aa  121  8e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0546  DNA repair protein RadC  34.74 
 
 		 228 aa  121  8e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3597  DNA repair protein RadC  38.32 
 
 		 225 aa  121  9e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0215962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1513  DNA repair protein RadC  31.31 
 
 		 222 aa  121  9.999999999999999e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2135  DNA repair protein RadC  32.38 
 
 		 236 aa  120  9.999999999999999e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000438114  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  33.64 
 
 		 224 aa  120  9.999999999999999e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0359  DNA repair protein RadC  38.32 
 
 		 225 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.088498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0935  DNA repair protein RadC  33.96 
 
 		 222 aa  121  9.999999999999999e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.266168  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3770  DNA repair protein RadC  38.32 
 
 		 225 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.625851  normal  0.642753 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1761  DNA repair protein RadC  35.19 
 
 		 223 aa  121  9.999999999999999e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4248  DNA repair protein RadC  37.85 
 
 		 225 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3837  DNA repair protein RadC  36.45 
 
 		 225 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00013144  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0326  DNA repair protein RadC  35.05 
 
 		 225 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0170314  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2664  DNA repair protein RadC  38.21 
 
 		 224 aa  120  1.9999999999999998e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  hitchhiker  0.0000127675 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3828  DNA repair protein RadC  35.51 
 
 		 225 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.760529  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0630  DNA repair protein RadC  32.37 
 
 		 229 aa  119  3e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1231  DNA repair protein RadC  34.93 
 
 		 246 aa  119  3e-26  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.375575 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0523  DNA repair protein RadC  35.21 
 
 		 231 aa  119  3e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000215475  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4545  DNA repair protein RadC  31.46 
 
 		 225 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4351  DNA repair protein RadC  31.46 
 
 		 225 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.579867  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4187  DNA repair protein RadC  31.46 
 
 		 225 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4198  DNA repair protein RadC  31.46 
 
 		 225 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000602972  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4587  DNA repair protein RadC  31.46 
 
 		 225 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.46911  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4685  DNA repair protein RadC  31.46 
 
 		 225 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.92537  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1307  DNA repair protein RadC  34.88 
 
 		 231 aa  119  3.9999999999999996e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00169173  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3340  DNA repair protein RadC  33.02 
 
 		 233 aa  119  3.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000661948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3048  DNA repair protein RadC  33.49 
 
 		 221 aa  119  3.9999999999999996e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000891178  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0735  DNA repair protein RadC  32.87 
 
 		 223 aa  119  4.9999999999999996e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  36.74 
 
 		 224 aa  119  4.9999999999999996e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0376  DNA repair protein RadC  37.38 
 
 		 225 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000147811  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0662  DNA repair protein RadC  31.46 
 
 		 225 aa  118  6e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.92951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0462  DNA repair protein RadC  37.38 
 
 		 225 aa  118  7e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000108191  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0327  DNA repair protein RadC  36.79 
 
 		 225 aa  118  9e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000320995  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2291  DNA repair protein RadC  37.56 
 
 		 242 aa  117  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0121519 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0388  DNA repair protein RadC  37.38 
 
 		 225 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000131294  hitchhiker  0.0000732355 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5335  DNA repair protein RadC  35.51 
 
 		 226 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00550179 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0831  DNA repair protein RadC  32.41 
 
 		 223 aa  117  9.999999999999999e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.950681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1718  DNA repair protein RadC  32.58 
 
 		 184 aa  117  9.999999999999999e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1752  DNA repair protein RadC  32.58 
 
 		 184 aa  117  9.999999999999999e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.351254  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0402  DNA repair protein RadC  37.38 
 
 		 225 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000130829  hitchhiker  0.000000000166485 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0377  DNA repair protein RadC  37.38 
 
 		 225 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000108999  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4299  DNA repair protein RadC  30.99 
 
 		 225 aa  117  9.999999999999999e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0110  DNA repair protein RadC  34.58 
 
 		 242 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>