More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1532 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_1532  DNA repair protein RadC  100 
 
 
237 aa  484  1e-136  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0413  DNA repair protein RadC  50 
 
 
229 aa  240  1e-62  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.319313  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05605  putative DNA repair protein  47.03 
 
 
231 aa  223  2e-57  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.762004  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0523  DNA repair protein RadC  48.43 
 
 
231 aa  216  2.9999999999999998e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000215475  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0917  DNA repair protein RadC  45.5 
 
 
225 aa  207  1e-52  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.372898  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0101  DNA repair protein RadC  44.83 
 
 
243 aa  207  2e-52  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0820  DNA repair protein RadC  43.97 
 
 
232 aa  203  2e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1153  DNA repair protein  42.37 
 
 
233 aa  196  3e-49  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5144  DNA repair protein RadC  44.34 
 
 
234 aa  194  1e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1494  DNA repair protein  41.95 
 
 
233 aa  186  2e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000647961  decreased coverage  0.0000976606 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2479  DNA repair protein RadC  39.74 
 
 
245 aa  174  8e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0382  DNA repair protein RadC  39.11 
 
 
229 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0899  DNA repair protein RadC  39.73 
 
 
226 aa  172  5e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2550  DNA repair protein RadC  38.57 
 
 
226 aa  166  2e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.727412  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1319  DNA repair protein RadC  38.57 
 
 
228 aa  167  2e-40  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000567698  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2303  DNA repair protein RadC  36.12 
 
 
229 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.432419  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0523  DNA repair protein RadC  41.15 
 
 
230 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4351  DNA repair protein RadC  39.29 
 
 
225 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.579867  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4187  DNA repair protein RadC  39.29 
 
 
225 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0065  DNA repair protein RadC  40 
 
 
227 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4685  DNA repair protein RadC  39.29 
 
 
225 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.92537  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3582  DNA repair protein RadC  38.94 
 
 
229 aa  162  3e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4545  DNA repair protein RadC  38.84 
 
 
225 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1642  DNA repair protein RadC  38.56 
 
 
235 aa  162  4.0000000000000004e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000389911  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4198  DNA repair protein RadC  38.84 
 
 
225 aa  161  7e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000602972  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0894  DNA repair protein RadC  38.33 
 
 
227 aa  161  8.000000000000001e-39  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.823184 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0935  DNA repair protein RadC  37.67 
 
 
222 aa  161  9e-39  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.266168  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4587  DNA repair protein RadC  38.39 
 
 
225 aa  159  3e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.46911  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0735  DNA repair protein RadC  39.46 
 
 
223 aa  159  4e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4299  DNA repair protein RadC  37.5 
 
 
225 aa  158  9e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2564  DNA repair protein RadC  37.17 
 
 
229 aa  157  2e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1818  DNA repair protein RadC  38.57 
 
 
222 aa  157  2e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.852458  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0662  DNA repair protein RadC  37.95 
 
 
225 aa  157  2e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.92951  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3564  DNA repair protein RadC  39.09 
 
 
224 aa  156  3e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.469153  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2777  DNA repair protein RadC  39.08 
 
 
238 aa  155  4e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3450  DNA repair protein RadC  39.08 
 
 
238 aa  155  7e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.268052  normal  0.632907 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4572  DNA repair protein RadC  37.5 
 
 
225 aa  154  1e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345161  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0327  DNA repair protein RadC  41.15 
 
 
225 aa  154  1e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000320995  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1530  DNA repair protein RadC  37.67 
 
 
227 aa  153  2e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0606843  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0222  DNA repair protein RadC  37.78 
 
 
224 aa  152  4e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1513  DNA repair protein RadC  35.56 
 
 
222 aa  152  4e-36  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2135  DNA repair protein RadC  37.5 
 
 
236 aa  152  5e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000438114  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2155  DNA repair protein RadC  40.27 
 
 
223 aa  151  1e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.365065  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0831  DNA repair protein RadC  36.53 
 
 
223 aa  150  1e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.950681  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  36.89 
 
 
224 aa  150  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4138  DNA repair protein RadC  38.5 
 
 
228 aa  150  2e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.592557  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3252  DNA repair protein RadC  39.15 
 
 
234 aa  150  2e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3481  DNA repair protein RadC  40 
 
 
233 aa  150  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000421033  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0514  DNA repair protein RadC  41.07 
 
 
241 aa  149  4e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120777  hitchhiker  0.000000000242554 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  37.78 
 
 
223 aa  149  4e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0086  DNA repair protein RadC  37.33 
 
 
224 aa  149  5e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  39.56 
 
 
224 aa  148  6e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0125  DNA repair protein RadC  36.48 
 
 
242 aa  148  6e-35  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.695011  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0110  DNA repair protein RadC  36.48 
 
 
242 aa  148  6e-35  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2667  DNA repair protein RadC  39.91 
 
 
243 aa  148  7e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.391418  normal  0.581751 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1778  DNA repair protein RadC  38.16 
 
 
243 aa  147  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.69629 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1630  DNA repair protein RadC  38.46 
 
 
234 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  37.66 
 
 
224 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3784  DNA repair protein RadC  38.94 
 
 
231 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0881  DNA repair protein RadC  37.72 
 
 
228 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.701712  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1430  DNA repair protein RadC  37.44 
 
 
228 aa  147  2.0000000000000003e-34  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3678  DEAD/DEAH box helicase-like  37.78 
 
 
224 aa  146  4.0000000000000006e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00158019  normal  0.0453807 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3773  DNA repair protein RadC  37.13 
 
 
237 aa  145  4.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3960  DNA repair protein RadC  38.46 
 
 
221 aa  145  5e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0193359  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1825  DNA repair protein RadC  37.79 
 
 
233 aa  145  5e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3340  DNA repair protein RadC  36.73 
 
 
233 aa  145  5e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000661948  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3868  DNA repair protein RadC  38.5 
 
 
231 aa  145  5e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.956659 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2301  DNA repair protein RadC  37.33 
 
 
224 aa  145  6e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3837  DNA repair protein RadC  39.39 
 
 
225 aa  145  6e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00013144  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0101  DNA repair protein RadC  37.85 
 
 
221 aa  145  6e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000716823  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3339  DNA repair protein RadC  41.99 
 
 
224 aa  145  7.0000000000000006e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0155907  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2549  DNA repair protein RadC  35.68 
 
 
227 aa  145  7.0000000000000006e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0386  DNA repair protein RadC  35.68 
 
 
229 aa  144  8.000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_511  DNA repair protein RadC  37.05 
 
 
228 aa  144  1e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000324187  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  37.78 
 
 
224 aa  143  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1654  DNA repair protein RadC  38.66 
 
 
237 aa  143  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0794365  normal  0.385806 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2664  DNA repair protein RadC  38.22 
 
 
224 aa  143  2e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  hitchhiker  0.0000127675 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1761  DNA repair protein RadC  33.63 
 
 
223 aa  143  2e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  37.67 
 
 
224 aa  142  3e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2073  DNA repair protein RadC  39.11 
 
 
243 aa  142  3e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00545763 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3142  DNA repair protein RadC  38.05 
 
 
226 aa  142  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00442306  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02919  DNA repair protein RadC  34.98 
 
 
225 aa  142  4e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0400  DNA repair protein RadC  38.22 
 
 
243 aa  142  4e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.161465  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0391  DNA repair protein RadC  38.22 
 
 
243 aa  142  4e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70230  DNA repair protein RadC  37.33 
 
 
224 aa  142  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2712  DNA repair protein RadC  37.22 
 
 
224 aa  142  6e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0546  DNA repair protein RadC  37.05 
 
 
228 aa  142  6e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0948  DNA repair protein RadC  41.3 
 
 
244 aa  142  6e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.455823  normal  0.486956 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0598  DNA repair protein RadC  33.63 
 
 
223 aa  142  7e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1254  DNA repair protein RadC  38.5 
 
 
225 aa  142  7e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.700963  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  36.89 
 
 
224 aa  142  7e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0528  DNA repair protein RadC  38.77 
 
 
224 aa  141  8e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.204187  unclonable  0.0000000000301239 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0358  DNA repair protein RadC  38.77 
 
 
224 aa  141  8e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1467  DNA repair protein RadC  35.84 
 
 
230 aa  141  9e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  38.67 
 
 
224 aa  141  9e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1101  DNA repair protein RadC  37.21 
 
 
226 aa  140  9.999999999999999e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2972  DNA repair protein RadC  37.33 
 
 
224 aa  140  9.999999999999999e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3048  DNA repair protein RadC  37.5 
 
 
221 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000891178  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0172  DNA repair protein RadC  39.11 
 
 
243 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00178125  normal  0.223385 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2291  DNA repair protein RadC  36.89 
 
 
242 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0121519 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>