More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_0820 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_0820  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 232 aa  466  9.999999999999999e-131  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0523  DNA repair protein RadC  55.9 
 
 		 231 aa  266  2.9999999999999995e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.000000000215475  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1153  DNA repair protein  58.18 
 
 		 233 aa  252  3e-66  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0413  DNA repair protein RadC  55.36 
 
 		 229 aa  249  2e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.319313  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05605  putative DNA repair protein  54.26 
 
 		 231 aa  248  6e-65  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.762004  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0101  DNA repair protein RadC  54.22 
 
 		 243 aa  246  2e-64  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1494  DNA repair protein  55.91 
 
 		 233 aa  236  3e-61  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000647961  decreased coverage  0.0000976606 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0917  DNA repair protein RadC  47.77 
 
 		 225 aa  223  2e-57  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.372898  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5144  DNA repair protein RadC  49.08 
 
 		 234 aa  221  7e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1532  DNA repair protein RadC  43.97 
 
 		 237 aa  203  2e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0894  DNA repair protein RadC  43.61 
 
 		 227 aa  200  1.9999999999999998e-50  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.823184 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2479  DNA repair protein RadC  41.45 
 
 		 245 aa  196  3e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3784  DNA repair protein RadC  40.53 
 
 		 231 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1319  DNA repair protein RadC  42.33 
 
 		 228 aa  183  2.0000000000000003e-45  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000567698  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3868  DNA repair protein RadC  39.65 
 
 		 231 aa  180  2e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.956659 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2135  DNA repair protein RadC  38.84 
 
 		 236 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000438114  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0382  DNA repair protein RadC  39.35 
 
 		 229 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2303  DNA repair protein RadC  36.73 
 
 		 229 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.432419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0881  DNA repair protein RadC  38.53 
 
 		 228 aa  163  2.0000000000000002e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.701712  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1642  DNA repair protein RadC  39.24 
 
 		 235 aa  163  3e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000389911  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0899  DNA repair protein RadC  36.74 
 
 		 226 aa  160  1e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4138  DNA repair protein RadC  38.05 
 
 		 228 aa  159  2e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.592557  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0514  DNA repair protein RadC  37.27 
 
 		 241 aa  159  4e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120777  hitchhiker  0.000000000242554 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4587  DNA repair protein RadC  36.61 
 
 		 225 aa  159  4e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.46911  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4545  DNA repair protein RadC  36.61 
 
 		 225 aa  159  5e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2549  DNA repair protein RadC  37.21 
 
 		 227 aa  159  5e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4351  DNA repair protein RadC  36.16 
 
 		 225 aa  157  1e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.579867  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4187  DNA repair protein RadC  36.16 
 
 		 225 aa  157  1e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4685  DNA repair protein RadC  36.16 
 
 		 225 aa  157  1e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.92537  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1630  DNA repair protein RadC  40.09 
 
 		 234 aa  157  2e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1467  DNA repair protein RadC  37.5 
 
 		 230 aa  156  3e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4198  DNA repair protein RadC  35.71 
 
 		 225 aa  155  4e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000602972  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4572  DNA repair protein RadC  36.61 
 
 		 225 aa  155  4e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345161  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2550  DNA repair protein RadC  37.33 
 
 		 226 aa  155  4e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.727412  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4299  DNA repair protein RadC  36.16 
 
 		 225 aa  155  7e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0662  DNA repair protein RadC  36.16 
 
 		 225 aa  154  1e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.92951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3582  DNA repair protein RadC  33.19 
 
 		 229 aa  154  1e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0386  DNA repair protein RadC  38.77 
 
 		 229 aa  153  2.9999999999999998e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14250  DNA repair protein RadC  38.03 
 
 		 228 aa  152  2.9999999999999998e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000326992  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1778  DNA repair protein RadC  39.91 
 
 		 243 aa  152  5.9999999999999996e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.69629 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0523  DNA repair protein RadC  36.28 
 
 		 230 aa  150  1e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2667  DNA repair protein RadC  37.14 
 
 		 243 aa  149  4e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.391418  normal  0.581751 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2111  DNA repair protein RadC  36.84 
 
 		 227 aa  148  6e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1530  DNA repair protein RadC  39.11 
 
 		 227 aa  148  8e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0606843  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0215  DNA repair protein RadC  37.38 
 
 		 213 aa  147  9e-35  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3048  DNA repair protein RadC  36.92 
 
 		 221 aa  147  9e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000891178  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_511  DNA repair protein RadC  35.48 
 
 		 228 aa  147  1.0000000000000001e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000324187  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1513  DNA repair protein RadC  36.11 
 
 		 222 aa  146  2.0000000000000003e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0546  DNA repair protein RadC  35.94 
 
 		 228 aa  146  3e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1541  DNA repair protein RadC  36.12 
 
 		 232 aa  145  4.0000000000000006e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000897994  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2399  DNA repair protein RadC  37.96 
 
 		 227 aa  145  4.0000000000000006e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0061  DNA repair protein RadC  38.79 
 
 		 223 aa  145  6e-34  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2073  DNA repair protein RadC  39.81 
 
 		 243 aa  144  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00545763 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0935  DNA repair protein RadC  36.11 
 
 		 222 aa  144  2e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.266168  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0572  RadC family DNA repair protein  35.48 
 
 		 222 aa  142  3e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.611512  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  37.5 
 
 		 224 aa  143  3e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1818  DNA repair protein RadC  36.53 
 
 		 222 aa  143  3e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.852458  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3340  DNA repair protein RadC  37.96 
 
 		 233 aa  142  4e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000661948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1761  DNA repair protein RadC  34.26 
 
 		 223 aa  142  6e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0172  DNA repair protein RadC  38.57 
 
 		 243 aa  140  9.999999999999999e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00178125  normal  0.223385 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2564  DNA repair protein RadC  36.09 
 
 		 229 aa  139  3.9999999999999997e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0065  DNA repair protein RadC  33.63 
 
 		 227 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3678  DEAD/DEAH box helicase-like  38.26 
 
 		 224 aa  139  3.9999999999999997e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00158019  normal  0.0453807 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0735  DNA repair protein RadC  35.16 
 
 		 223 aa  137  1e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  36 
 
 		 224 aa  137  1e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0536  DNA repair protein RadC  40.28 
 
 		 229 aa  137  1e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.604905 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1825  DNA repair protein RadC  34.26 
 
 		 233 aa  137  1e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0831  DNA repair protein RadC  35.91 
 
 		 223 aa  136  2e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.950681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2588  DNA repair protein RadC  35.43 
 
 		 224 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0046  DNA repair protein RadC  36.89 
 
 		 224 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.178856  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  36 
 
 		 224 aa  136  3.0000000000000003e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0081  DNA repair protein RadC  36.11 
 
 		 220 aa  135  4e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1752  DNA repair protein RadC  39.23 
 
 		 184 aa  135  7.000000000000001e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.351254  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1718  DNA repair protein RadC  39.23 
 
 		 184 aa  135  7.000000000000001e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  36.36 
 
 		 223 aa  134  8e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0302  DNA repair protein RadC  37.04 
 
 		 225 aa  134  9e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.473834 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2712  DNA repair protein RadC  36.73 
 
 		 224 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0400  DNA repair protein RadC  37.02 
 
 		 243 aa  133  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.161465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0598  DNA repair protein RadC  33.8 
 
 		 223 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0391  DNA repair protein RadC  37.02 
 
 		 243 aa  133  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  34.93 
 
 		 224 aa  132  3.9999999999999996e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  33.48 
 
 		 224 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70230  DNA repair protein RadC  34.67 
 
 		 224 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2162  DNA repair protein RadC  36.54 
 
 		 218 aa  132  5e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3142  DNA repair protein RadC  37.34 
 
 		 226 aa  132  5e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00442306  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2322  DNA repair protein RadC  36.49 
 
 		 224 aa  132  6e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0102136 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0630  DNA repair protein RadC  36.45 
 
 		 229 aa  132  6e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  35.4 
 
 		 224 aa  131  7.999999999999999e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3481  DNA repair protein RadC  35.4 
 
 		 233 aa  131  7.999999999999999e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000421033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  35.71 
 
 		 224 aa  131  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1465  DNA repair protein RadC  38.1 
 
 		 222 aa  131  9e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2155  DNA repair protein RadC  34.67 
 
 		 223 aa  130  1.0000000000000001e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.365065  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0222  DNA repair protein RadC  35.04 
 
 		 224 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1220  DNA repair protein RadC  33.49 
 
 		 215 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0973  DNA repair protein RadC  36.16 
 
 		 225 aa  130  2.0000000000000002e-29  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0497584  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3564  DNA repair protein RadC  32.73 
 
 		 224 aa  130  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.469153  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  34.53 
 
 		 224 aa  129  3e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2376  DNA repair protein RadC  30.14 
 
 		 232 aa  129  4.0000000000000003e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000665213  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1101  DNA repair protein RadC  34.84 
 
 		 226 aa  129  4.0000000000000003e-29  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0358  DNA repair protein RadC  36.32 
 
 		 224 aa  129  4.0000000000000003e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>