More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2560 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2560  signal peptidase I  100 
 
 		 278 aa  572  1.0000000000000001e-162  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0947961  hitchhiker  0.00138454 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0307  signal peptidase I  69.42 
 
 		 262 aa  383  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1674  signal peptidase I  69.42 
 
 		 279 aa  384  1e-105  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2572  signal peptidase I  67.27 
 
 		 262 aa  372  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0277547 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0199  signal peptidase I  64.62 
 
 		 261 aa  372  1e-102  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0521  signal peptidase I  61.4 
 
 		 259 aa  344  1e-93  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0420  signal peptidase I  59.06 
 
 		 263 aa  328  5.0000000000000004e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.844042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2639  peptidase S26A, signal peptidase I  47.97 
 
 		 252 aa  219  6e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.89967 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1919  peptidase S26A, signal peptidase I  46.64 
 
 		 252 aa  217  2e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.455712 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2650  peptidase S26A, signal peptidase I  46.64 
 
 		 252 aa  215  5e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.12852  normal  0.0288033 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4684  Signal peptidase I  46.29 
 
 		 253 aa  215  8e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.205257  normal  0.726789 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3880  signal peptidase I  48.06 
 
 		 250 aa  213  3.9999999999999995e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.954449  normal  0.162563 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2442  signal peptidase I  46.32 
 
 		 268 aa  212  5.999999999999999e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2611  peptidase S26A, signal peptidase I  46.64 
 
 		 252 aa  212  7e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.438077  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2252  peptidase S26A, signal peptidase I  45.94 
 
 		 252 aa  209  3e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.12561  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3456  signal peptidase I  48.06 
 
 		 271 aa  208  8e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.213655  normal  0.849489 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0992  signal peptidase I  45.04 
 
 		 263 aa  205  9e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0276918 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2971  signal peptidase I  47.23 
 
 		 252 aa  202  5e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2628  signal peptidase I  45.88 
 
 		 260 aa  201  8e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.257751  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0949  signal peptidase I  47.21 
 
 		 249 aa  201  8e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.477525  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6615  signal peptidase I  46.48 
 
 		 263 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.629227  normal  0.354813 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2231  signal peptidase I  46.62 
 
 		 268 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.177847  normal  0.0562136 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2548  signal peptidase I  46.62 
 
 		 268 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0109556  normal  0.0405756 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2273  signal peptidase I  46.62 
 
 		 268 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.148289 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7364  signal peptidase I  45.85 
 
 		 263 aa  199  3e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00862712  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0660  signal peptidase I  45.16 
 
 		 260 aa  199  3.9999999999999996e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.108276  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0653  signal peptidase I  45.16 
 
 		 260 aa  199  3.9999999999999996e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.245969  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2873  signal peptidase I  41.61 
 
 		 259 aa  199  3.9999999999999996e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0125628 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0681  signal peptidase I  43.86 
 
 		 247 aa  195  5.000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1447  signal peptidase I  44.09 
 
 		 247 aa  191  1e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1853  signal peptidase I  42.5 
 
 		 245 aa  191  2e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.687147  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1150  signal peptidase I  42.11 
 
 		 247 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0997  signal peptidase I  42.11 
 
 		 247 aa  186  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.611874  normal  0.481629 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0472  signal peptidase I  41.58 
 
 		 260 aa  175  7e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.786114  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0252  peptidase S26A, signal peptidase I  41.58 
 
 		 255 aa  172  3.9999999999999995e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.623383  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1214  peptidase S26A, signal peptidase I  40.57 
 
 		 293 aa  172  6.999999999999999e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0164929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0824  signal peptidase I  42.13 
 
 		 264 aa  167  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.513992 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1736  signal peptidase I  36.96 
 
 		 282 aa  165  6.9999999999999995e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.486062  normal  0.361745 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0362  signal peptidase I  37.32 
 
 		 236 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.814015  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4784  peptidase S26A, signal peptidase I  40.48 
 
 		 256 aa  162  8.000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1808  signal peptidase I  41.13 
 
 		 287 aa  160  2e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.372454  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0374  signal peptidase I  41.07 
 
 		 270 aa  159  5e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.386992  normal  0.71922 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0892  signal peptidase I  38.55 
 
 		 256 aa  159  6e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4593  peptidase S26A, signal peptidase I  40.25 
 
 		 256 aa  158  9e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.814895 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1410  peptidase S26A, signal peptidase I  39.03 
 
 		 278 aa  152  4e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0690  signal peptidase I  40.49 
 
 		 235 aa  152  8e-36  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.968809  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0249  signal peptidase I  39.72 
 
 		 252 aa  150  1e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1373  signal peptidase I  38.19 
 
 		 286 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.2074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0784  signal peptidase I  34.52 
 
 		 252 aa  150  2e-35  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.866846  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3871  signal peptidase I  38.13 
 
 		 290 aa  148  9e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.660444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2871  signal peptidase I  35.8 
 
 		 245 aa  145  5e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.222082 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3416  signal peptidase I  36.04 
 
 		 255 aa  143  3e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.196922 
 
 
-
 
NC_002978  WD0893  signal peptidase I  40 
 
 		 248 aa  140  3e-32  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.215709  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2598  prokaryotic type I signal peptidase  38.21 
 
 		 317 aa  132  5e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1630  signal peptidase I  36.63 
 
 		 267 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0207153  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1147  Signal peptidase I  35.02 
 
 		 305 aa  126  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000185511  normal  0.576512 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2314  signal peptidase I  35.69 
 
 		 262 aa  126  5e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.376874  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0906  signal peptidase I  34.85 
 
 		 288 aa  125  9e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.798817  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1949  signal peptidase I  37.04 
 
 		 256 aa  125  9e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1242  signal peptidase I  33.44 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000742839  unclonable  0.0000000149917 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1053  signal peptidase I  34.6 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0413438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1090  signal peptidase I  37.92 
 
 		 267 aa  123  3e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.21498  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0909  signal peptidase I  34.66 
 
 		 301 aa  123  3e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.129069  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3113  signal peptidase I  35.82 
 
 		 305 aa  122  5e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00010376  normal  0.0138648 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1277  signal peptidase I  35.82 
 
 		 305 aa  122  5e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0693352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1200  signal peptidase I  35.82 
 
 		 305 aa  122  5e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00231216  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1244  signal peptidase I  35.82 
 
 		 305 aa  122  5e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000321734  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1245  signal peptidase I  36.46 
 
 		 274 aa  122  6e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.181866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3670  signal peptidase I  35.02 
 
 		 325 aa  122  8e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0639  signal peptidase I  30.63 
 
 		 301 aa  121  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.602306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3610  signal peptidase I  33.81 
 
 		 332 aa  121  9.999999999999999e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0291882  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1188  signal peptidase I  33.81 
 
 		 332 aa  121  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.234081  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2027  signal peptidase I  37.08 
 
 		 262 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0626675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1135  signal peptidase I  33.81 
 
 		 332 aa  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0055929  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1036  signal peptidase I  32.84 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00141491  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1158  signal peptidase I  35.11 
 
 		 305 aa  120  3e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0066351  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13750  signal peptidase I  35.71 
 
 		 283 aa  120  3e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2786  signal peptidase I  34.3 
 
 		 322 aa  120  3e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0394004  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2460  peptidase S26A, signal peptidase I  36.44 
 
 		 270 aa  119  3.9999999999999996e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2767  peptidase S26A, signal peptidase I  34.53 
 
 		 304 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000572836  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2849  signal peptidase I  35 
 
 		 305 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0206128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2931  signal peptidase I  35 
 
 		 305 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0311128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1119  signal peptidase I  34.75 
 
 		 263 aa  119  6e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1398  signal peptidase I  34.75 
 
 		 263 aa  119  6e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0733  peptidase S26A, signal peptidase I  34.82 
 
 		 255 aa  119  6e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000686529  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0879  Signal peptidase I  34.77 
 
 		 305 aa  119  7e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.510509  normal  0.115217 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0861  signal peptidase I  36.21 
 
 		 248 aa  119  7e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0146841 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1005  signal peptidase I  36.21 
 
 		 248 aa  119  7e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0514766 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1465  signal peptidase I  35.48 
 
 		 262 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1347  signal peptidase I  35.82 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3240  signal peptidase I  37.34 
 
 		 342 aa  118  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.80129  normal  0.013129 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2930  signal peptidase I  34.53 
 
 		 304 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.242953  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2088  signal peptidase I  37.15 
 
 		 269 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3027  signal peptidase I  35.23 
 
 		 305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000684552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2420  signal peptidase I  34.14 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.133024  normal  0.287096 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2040  signal peptidase I  33.83 
 
 		 298 aa  115  6.9999999999999995e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0825162  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0838  signal peptidase I  34.98 
 
 		 254 aa  115  6.9999999999999995e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.32385  normal  0.02966 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1119  signal peptidase I  32.94 
 
 		 240 aa  115  7.999999999999999e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.606635  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1345  signal peptidase I  33.85 
 
 		 257 aa  115  8.999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.150454  normal  0.782452 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4751  signal peptidase I  33.72 
 
 		 284 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0616225  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>