More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1845 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1845  ABC transporter related  100 
 
 		 227 aa  447  1e-125  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.141516  normal  0.653489 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0776  ABC lipoprotein efflux transporter, ATPase subunit, LolD  73.78 
 
 		 224 aa  318  3.9999999999999996e-86  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0748  ABC transporter related  69.47 
 
 		 227 aa  315  3e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1839  ABC transporter related  71.82 
 
 		 220 aa  309  2.9999999999999997e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.411492 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3315  ABC transporter related  69.33 
 
 		 227 aa  308  4e-83  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0302048  normal  0.0682474 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2432  ABC transporter related  72.89 
 
 		 224 aa  304  6e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.109204  normal  0.0982915 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0403  ABC transporter related  72.44 
 
 		 224 aa  287  9e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2039  ABC transporter related  63.11 
 
 		 237 aa  263  1e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4410  ABC transporter related  64.08 
 
 		 234 aa  262  3e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.567617  normal  0.378234 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4461  ABC transporter related  60.09 
 
 		 247 aa  262  4e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.856819  normal  0.326534 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1064  ABC transporter related  63.01 
 
 		 236 aa  258  4e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.608919  normal  0.101956 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1194  ABC transporter related  63.01 
 
 		 236 aa  258  4e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4146  ABC transporter related  63.11 
 
 		 234 aa  258  4e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0999  ABC transporter related  63.93 
 
 		 236 aa  255  4e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.115476 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2195  ABC transporter related  58.45 
 
 		 232 aa  252  3e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0336091  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0699  ABC transporter related  59.46 
 
 		 229 aa  251  7e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1863  ABC transporter, ATPase subunit  57.66 
 
 		 232 aa  251  9.000000000000001e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0577867  normal  0.0321889 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1373  ABC transporter related  57.4 
 
 		 227 aa  250  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1795  ABC transporter related  60 
 
 		 229 aa  249  3e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.219829  normal  0.943815 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1042  ABC transporter related  56.19 
 
 		 229 aa  248  4e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.208873  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1281  ABC transporter related  56.7 
 
 		 227 aa  248  5e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0118107  normal  0.276429 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3274  ABC transporter related  56.48 
 
 		 232 aa  246  2e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.991934  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1377  ABC transporter related  57.33 
 
 		 229 aa  245  4e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0531793  normal  0.0760119 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2429  ABC transporter related  57.41 
 
 		 232 aa  245  4.9999999999999997e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.506044  normal  0.0627468 
 
 
-
 
NC_004310  BR0824  lipoprotein releasing system ATP-binding protein LolD  57.33 
 
 		 227 aa  244  6.999999999999999e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.617096  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2599  ABC transporter related  55.71 
 
 		 232 aa  244  6.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.215852  normal  0.92859 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2863  ABC transporter related  55.56 
 
 		 232 aa  244  6.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.479401  normal  0.429967 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0920  ABC transporter related  56.95 
 
 		 228 aa  243  9.999999999999999e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2403  ABC transporter related  56 
 
 		 227 aa  243  9.999999999999999e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.155422  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0941  ABC transporter related  58.59 
 
 		 225 aa  242  3e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0818  lipoprotein releasing system ATP-binding protein LolD  56.89 
 
 		 227 aa  242  3.9999999999999997e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4529  lipoprotein-releasing system ATP-binding protein lolD  56.48 
 
 		 233 aa  238  5e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.830407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3203  ABC transporter related  54.95 
 
 		 242 aa  238  5e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.306821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2810  ABC transporter related  54.55 
 
 		 230 aa  236  3e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0257216  normal  0.633294 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1176  ABC transporter related  54.5 
 
 		 225 aa  236  3e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.495851  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1579  ABC transporter component  62.69 
 
 		 252 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.132522  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1741  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (lipoprotein)  56.11 
 
 		 229 aa  228  6e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00216433  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3345  ABC transporter related  58.37 
 
 		 237 aa  227  1e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1766  ABC transporter related  56.25 
 
 		 224 aa  226  2e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0656003  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0796  ABC transporter, ATP-binding protein  55.88 
 
 		 226 aa  225  4e-58  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.109288  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2345  ABC transporter related  54.91 
 
 		 223 aa  222  4e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.144574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2830  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  46.67 
 
 		 231 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0931795  normal  0.0149457 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2238  hypothetical protein  47.14 
 
 		 227 aa  218  6e-56  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1251  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  52.47 
 
 		 238 aa  217  8.999999999999998e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0693  lipoprotein-releasing system ATP-binding protein  48 
 
 		 238 aa  217  1e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.359  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4228  ABC transporter related  50.67 
 
 		 229 aa  217  1e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.279165  normal  0.619304 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2210  hypothetical protein  46.26 
 
 		 227 aa  214  8e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1473  ABC transporter, ATP-binding protein  48.87 
 
 		 228 aa  214  9e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1546  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  46.43 
 
 		 238 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0365689  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3422  ABC transporter related  49.77 
 
 		 224 aa  212  2.9999999999999995e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1814  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  46.88 
 
 		 236 aa  212  2.9999999999999995e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0451036  normal  0.0825777 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01531  hypothetical protein  47.3 
 
 		 235 aa  212  3.9999999999999995e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1733  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  47.77 
 
 		 253 aa  211  5.999999999999999e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000305672  normal  0.724903 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0838  ABC transporter related protein  49.77 
 
 		 224 aa  211  5.999999999999999e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0759  ABC transporter related  50.45 
 
 		 230 aa  211  7.999999999999999e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0004925  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003991  lipoprotein releasing system ATP-binding protein LolD  46.85 
 
 		 235 aa  211  1e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1813  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  47.77 
 
 		 253 aa  210  1e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0357978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0086  ABC transporter related  51.58 
 
 		 231 aa  209  2e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0522946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2286  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  47.77 
 
 		 253 aa  210  2e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00104581  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1333  lipoprotein releasing system ATP-binding protein LolD  47.56 
 
 		 229 aa  210  2e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0369942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2155  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  47.32 
 
 		 231 aa  208  5e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.263413  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1692  ABC transporter, ATP-binding protein  45.05 
 
 		 219 aa  207  7e-53  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.623229 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1633  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  47.49 
 
 		 233 aa  208  7e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00322127  normal  0.820935 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1041  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  51.39 
 
 		 249 aa  207  9e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.658094 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2258  lipoprotein releasing system ATP-binding protein LolD  46.88 
 
 		 230 aa  207  1e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25440  putative lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  50.45 
 
 		 227 aa  206  2e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2396  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  47.06 
 
 		 239 aa  206  3e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.261186  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1333  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  47.56 
 
 		 233 aa  205  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00479967 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1295  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  47.56 
 
 		 233 aa  205  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0289168  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1966  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  47.56 
 
 		 233 aa  205  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00198197  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2150  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  47.56 
 
 		 233 aa  205  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.166466  hitchhiker  0.000506788 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2174  lipoprotein releasing system ATP-binding protein  50.45 
 
 		 227 aa  205  4e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.638459  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1318  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  47.56 
 
 		 233 aa  205  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.113611  hitchhiker  0.00161216 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1119  ABC transporter related  51.66 
 
 		 224 aa  204  1e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.986751  normal  0.0229909 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2397  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  49.34 
 
 		 232 aa  204  1e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3973  ABC transporter related protein  52.74 
 
 		 275 aa  203  1e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155103  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1057  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  47.96 
 
 		 242 aa  204  1e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.441915 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0961  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  47.95 
 
 		 242 aa  203  2e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00749478  normal  0.0189235 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3012  ABC transporter related  45.91 
 
 		 217 aa  202  2e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.134737 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1576  ABC transporter related  43.05 
 
 		 223 aa  202  3e-51  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3016  ABC transporter related  52.23 
 
 		 227 aa  202  3e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1077  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  50.93 
 
 		 244 aa  202  4e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0335181  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2625  lipoprotein ABC transporter, ATP-binding protein LolD  48.44 
 
 		 224 aa  202  5e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1118  lipoprotein releasing system ATP-binding ABC transporter  48.86 
 
 		 244 aa  202  5e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.107348  normal  0.208318 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2358  ABC transporter-related protein  50 
 
 		 225 aa  201  6e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.816057 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01113  outer membrane-specific lipoprotein transporter subunit  46.22 
 
 		 233 aa  201  7e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01121  hypothetical protein  46.22 
 
 		 233 aa  201  7e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2206  lipoprotein transporter ATP-binding subunit  46.22 
 
 		 233 aa  201  7e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.165489  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1672  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  49.33 
 
 		 232 aa  201  8e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.50356  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1034  ABC transporter related  51.94 
 
 		 232 aa  201  8e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.328637 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1211  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  49.55 
 
 		 225 aa  201  9e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3410  ABC transporter, ATPase subunit  50.9 
 
 		 239 aa  201  9e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.072759  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2269  ABC transporter, ATP-binding protein  50.69 
 
 		 224 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2508  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  47.32 
 
 		 231 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.214498  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2835  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  48.67 
 
 		 225 aa  201  9.999999999999999e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.21843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1696  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  48.88 
 
 		 232 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0743106 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2403  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  47.32 
 
 		 231 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.017802  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2508  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  47.11 
 
 		 225 aa  201  9.999999999999999e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.711904  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1955  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  47.32 
 
 		 231 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00212141  normal  0.0513198 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2392  lipoprotein releasing system, ATP-binding protein  47.32 
 
 		 231 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000179176  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>