More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0971 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0325  sarcosine oxidase, alpha subunit family  45.45 
 
 		 1004 aa  837    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.684006  normal  0.0259905 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2264  putative sarcosine oxidase  41.67 
 
 		 980 aa  674    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.710125 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3331  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  45.67 
 
 		 999 aa  863    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.967331 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7231  sarcosine oxidase, alpha subunit family  42.96 
 
 		 985 aa  731    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0118066  normal  0.098262 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1103  sarcosine oxidase subunit alpha  46.36 
 
 		 1003 aa  837    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0428535 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0048  sarcosine oxidase subunit alpha  45.93 
 
 		 1028 aa  855    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.416697 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8586  sarcosine oxidase, alpha subunit family  47.36 
 
 		 999 aa  814    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.523076  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2480  sarcosine oxidase, alpha subunit  44.8 
 
 		 1007 aa  849    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4034  sarcosine oxidase, alpha subunit  44.8 
 
 		 1007 aa  849    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0231  sarcosine oxidase, alpha subunit  48.57 
 
 		 999 aa  894    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1860  sarcosine oxidase, alpha subunit  45.57 
 
 		 1002 aa  830    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.769627  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0458  sarcosine oxidase, alpha subunit  44.52 
 
 		 1006 aa  824    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3391  sarcosine oxidase, alpha subunit family  45.36 
 
 		 995 aa  818    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.782992  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3356  sarcosine oxidase, alpha subunit family  45.22 
 
 		 997 aa  821    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0892  sarcosine oxidase, alpha subunit, truncation  44.3 
 
 		 889 aa  719    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5633  sarcosine oxidase, alpha subunit family  42.7 
 
 		 984 aa  692    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1952  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  45.47 
 
 		 1002 aa  827    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4715  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  44.61 
 
 		 1006 aa  823    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.764897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3506  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  46.76 
 
 		 1003 aa  847    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3993  sarcosine oxidase, alpha subunit family  45.95 
 
 		 995 aa  823    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1579  sarcosine oxidase, alpha subunit family  42.52 
 
 		 1009 aa  720    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4828  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  46.16 
 
 		 1003 aa  848    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.527733  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0393  putative sarcosine oxidase alpha subunit  45.47 
 
 		 1002 aa  829    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4129  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  45.45 
 
 		 1005 aa  830    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0348  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  45.35 
 
 		 1004 aa  835    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.223565  normal  0.24512 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5205  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  44.72 
 
 		 1005 aa  830    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0352677 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2689  putative sarcosine oxidase, alpha subunit  68.64 
 
 		 993 aa  1443    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2758  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  43.92 
 
 		 1010 aa  816    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0488  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  46.37 
 
 		 1003 aa  843    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4033  sarcosine oxidase, alpha subunit family  45.36 
 
 		 995 aa  820    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.319981  normal  0.145852 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2115  sarcosine oxidase subunit alpha  45.54 
 
 		 1000 aa  860    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2638  sarcosine oxidase, alpha subunit family  40.31 
 
 		 984 aa  644    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0998  sarcosine oxidase, alpha subunit  45.57 
 
 		 1002 aa  843    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3738  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  45.56 
 
 		 995 aa  823    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.161816  normal  0.187034 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1143  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  43.8 
 
 		 987 aa  732    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.983501 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0303  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  48.48 
 
 		 999 aa  879    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2186  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  66.24 
 
 		 1009 aa  1373    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5050  sarcosine oxidase, alpha subunit family  45.96 
 
 		 1000 aa  829    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.268825 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3658  sarcosine oxidase, alpha subunit family  45.61 
 
 		 997 aa  829    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.259851  normal  0.147827 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3447  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  41.54 
 
 		 976 aa  710    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.54882 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1598  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  45.66 
 
 		 1000 aa  858    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.898229  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5067  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  46.61 
 
 		 1003 aa  856    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.844501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1000  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  44.54 
 
 		 1019 aa  806    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.99192  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5744  sarcosine oxidase alpha subunit  43.28 
 
 		 987 aa  769    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.100825  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3777  sarcosine oxidase alpha subunit  44.76 
 
 		 997 aa  811    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152645  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3377  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  44.83 
 
 		 984 aa  762    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.958217 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0971  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  100 
 
 		 1011 aa  2087    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5130  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  46.32 
 
 		 1003 aa  846    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.564835  normal  0.907469 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2485  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  45.51 
 
 		 995 aa  819    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.269886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2145  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  43.32 
 
 		 981 aa  736    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3218  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  46.27 
 
 		 1003 aa  847    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.6611  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0867  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  46.82 
 
 		 1003 aa  822    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4882  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  45.05 
 
 		 1005 aa  832    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815421  normal  0.441482 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0593  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  44.52 
 
 		 997 aa  801    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.967493  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1947  sarcosine oxidase, alpha subunit  44.11 
 
 		 992 aa  733    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.861688 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0347  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  45.45 
 
 		 1004 aa  837    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.584295  normal  0.398352 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4544  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  46.41 
 
 		 1003 aa  848    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2364  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  43.53 
 
 		 984 aa  709    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.442559  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3287  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  42.51 
 
 		 987 aa  750    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71500  sarcosine oxidase alpha subunit  44.37 
 
 		 1005 aa  809    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1652  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  42.93 
 
 		 1009 aa  727    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.90362 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2750  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  44.61 
 
 		 997 aa  790    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5149  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  46.27 
 
 		 1003 aa  847    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.685714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4048  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  42.55 
 
 		 1005 aa  762    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.802614 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4702  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  45.08 
 
 		 989 aa  712    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.272798  normal  0.7148 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6206  sarcosine oxidase subunit alpha  44.42 
 
 		 1005 aa  805    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0515  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  62.16 
 
 		 977 aa  1263    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1347  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  68.35 
 
 		 993 aa  1442    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0394007 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4907  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  42.25 
 
 		 976 aa  692    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.232501 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1934  sarcosine oxidase, alpha subunit family  43.47 
 
 		 1008 aa  728    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.857913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1874  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  68.94 
 
 		 993 aa  1441    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0943  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  43.86 
 
 		 974 aa  721    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.535106  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18830  glycine cleavage system T protein (aminomethyltransferase)  40.14 
 
 		 925 aa  630  1e-179  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3702  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  39.66 
 
 		 984 aa  617  1e-175  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2881  sarcosine oxidase, alpha subunit family  42.05 
 
 		 955 aa  609  9.999999999999999e-173  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3858  sarcosine oxidase alpha subunit  42.26 
 
 		 937 aa  597  1e-169  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0454194  normal  0.0206575 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3593  sarcosine oxidase, alpha subunit family  38.85 
 
 		 980 aa  579  1e-164  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3618  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  43.81 
 
 		 767 aa  582  1e-164  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.21581  normal  0.0424125 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2450  sarcosine oxidase, alpha subunit  35.89 
 
 		 968 aa  553  1e-156  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0353624  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2222  aminomethyltransferase  36.45 
 
 		 968 aa  551  1e-155  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.282485  normal  0.38236 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3474  aminomethyltransferase  35.32 
 
 		 965 aa  535  1e-150  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2102  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.62 
 
 		 967 aa  525  1e-147  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2496  aminomethyltransferase  33.85 
 
 		 977 aa  511  1e-143  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1696  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.31 
 
 		 963 aa  504  1e-141  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1349  aminomethyltransferase  33.69 
 
 		 961 aa  490  1e-137  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0486795  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5916  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  34.63 
 
 		 988 aa  491  1e-137  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.564133 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0454  aminomethyltransferase  33.44 
 
 		 961 aa  458  1e-127  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.343433  normal  0.24512 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0994  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  46.42 
 
 		 998 aa  449  1.0000000000000001e-124  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0224  sarcosine oxidase alpha subunit  48.8 
 
 		 909 aa  422  1e-116  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0737  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  29.05 
 
 		 364 aa  167  1.0000000000000001e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1885  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  29.2 
 
 		 363 aa  165  5.0000000000000005e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23440  glycine cleavage system T protein  29.78 
 
 		 357 aa  163  1e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000137386  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0713  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  28.17 
 
 		 364 aa  163  1e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4039  glycine cleavage system T protein  28.97 
 
 		 365 aa  163  2e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000142158  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2361  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  31.28 
 
 		 364 aa  162  4e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.365627  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2751  aminomethyltransferase  30.23 
 
 		 365 aa  160  1e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1496  glycine cleavage system T protein  30.08 
 
 		 371 aa  158  5.0000000000000005e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0214  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  29.23 
 
 		 364 aa  154  1e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1945  aminomethyltransferase  29.12 
 
 		 366 aa  149  3e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000285507 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0232  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.99 
 
 		 368 aa  149  4.0000000000000006e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>