More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2450 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011901  Tgr7_1696  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  44.62 
 
 
963 aa  789    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2450  sarcosine oxidase, alpha subunit  100 
 
 
968 aa  1999    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0353624  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2222  aminomethyltransferase  92.15 
 
 
968 aa  1818    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.282485  normal  0.38236 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1349  aminomethyltransferase  44.32 
 
 
961 aa  767    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0486795  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2102  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  76.68 
 
 
967 aa  1509    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0454  aminomethyltransferase  39.77 
 
 
961 aa  683    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.343433  normal  0.24512 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3474  aminomethyltransferase  79.44 
 
 
965 aa  1581    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5916  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  45.71 
 
 
988 aa  788    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.564133 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2496  aminomethyltransferase  44.44 
 
 
977 aa  801    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4828  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  38.42 
 
 
1003 aa  621  1e-176  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.527733  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1598  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  37.81 
 
 
1000 aa  622  1e-176  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.898229  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3506  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  38.98 
 
 
1003 aa  618  1e-175  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3331  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  37.88 
 
 
999 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.967331 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0998  sarcosine oxidase, alpha subunit  37.92 
 
 
1002 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0048  sarcosine oxidase subunit alpha  37.88 
 
 
1028 aa  612  1e-173  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.416697 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5067  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  38.48 
 
 
1003 aa  612  1e-173  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.844501  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0488  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  38.2 
 
 
1003 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3218  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  38.18 
 
 
1003 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.6611  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4544  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  38.48 
 
 
1003 aa  609  9.999999999999999e-173  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5149  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  38.18 
 
 
1003 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.685714  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5130  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  38.18 
 
 
1003 aa  605  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.564835  normal  0.907469 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1103  sarcosine oxidase subunit alpha  37.85 
 
 
1003 aa  600  1e-170  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0428535 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2689  putative sarcosine oxidase, alpha subunit  36.22 
 
 
993 aa  600  1e-170  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1347  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  36.32 
 
 
993 aa  602  1e-170  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0394007 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5050  sarcosine oxidase, alpha subunit family  37.36 
 
 
1000 aa  600  1e-170  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.268825 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0347  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  37.61 
 
 
1004 aa  599  1e-170  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.584295  normal  0.398352 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1860  sarcosine oxidase, alpha subunit  37.25 
 
 
1002 aa  599  1e-170  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.769627  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4882  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  37.31 
 
 
1005 aa  599  1e-170  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815421  normal  0.441482 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0325  sarcosine oxidase, alpha subunit family  37.61 
 
 
1004 aa  597  1e-169  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.684006  normal  0.0259905 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0393  putative sarcosine oxidase alpha subunit  37.25 
 
 
1002 aa  598  1e-169  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1874  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  36.22 
 
 
993 aa  597  1e-169  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1952  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  37.15 
 
 
1002 aa  596  1e-169  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5205  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  37.26 
 
 
1005 aa  593  1e-168  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0352677 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0348  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  37.51 
 
 
1004 aa  594  1e-168  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.223565  normal  0.24512 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0458  sarcosine oxidase, alpha subunit  36.96 
 
 
1006 aa  590  1e-167  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4129  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  37.47 
 
 
1005 aa  587  1e-166  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4715  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  36.89 
 
 
1006 aa  588  1e-166  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.764897  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6206  sarcosine oxidase subunit alpha  37.75 
 
 
1005 aa  587  1e-166  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71500  sarcosine oxidase alpha subunit  37.75 
 
 
1005 aa  588  1e-166  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2480  sarcosine oxidase, alpha subunit  35.05 
 
 
1007 aa  575  1.0000000000000001e-162  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4034  sarcosine oxidase, alpha subunit  35.05 
 
 
1007 aa  575  1.0000000000000001e-162  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0231  sarcosine oxidase, alpha subunit  35.91 
 
 
999 aa  575  1.0000000000000001e-162  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1000  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  37.13 
 
 
1019 aa  570  1e-161  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.99192  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2758  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  36.26 
 
 
1010 aa  570  1e-161  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3287  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  35.88 
 
 
987 aa  565  1.0000000000000001e-159  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2115  sarcosine oxidase subunit alpha  33.73 
 
 
1000 aa  560  1e-158  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0303  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  34.49 
 
 
999 aa  553  1e-156  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0515  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  36.24 
 
 
977 aa  551  1e-155  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2186  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  35.01 
 
 
1009 aa  548  1e-154  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4048  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  35.19 
 
 
1005 aa  543  1e-153  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.802614 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0943  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.88 
 
 
974 aa  541  9.999999999999999e-153  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.535106  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0971  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  35.89 
 
 
1011 aa  538  1e-151  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0593  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  35.07 
 
 
997 aa  530  1e-149  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.967493  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3377  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  35.39 
 
 
984 aa  526  1e-148  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.958217 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5744  sarcosine oxidase alpha subunit  35.29 
 
 
987 aa  523  1e-147  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.100825  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0994  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  35.97 
 
 
998 aa  521  1e-146  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7231  sarcosine oxidase, alpha subunit family  35.18 
 
 
985 aa  511  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0118066  normal  0.098262 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0892  sarcosine oxidase, alpha subunit, truncation  35.98 
 
 
889 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2485  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  34.39 
 
 
995 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.269886  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3391  sarcosine oxidase, alpha subunit family  34.06 
 
 
995 aa  504  1e-141  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.782992  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3658  sarcosine oxidase, alpha subunit family  33.91 
 
 
997 aa  503  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.259851  normal  0.147827 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3777  sarcosine oxidase alpha subunit  33.81 
 
 
997 aa  498  1e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152645  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8586  sarcosine oxidase, alpha subunit family  33.79 
 
 
999 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.523076  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3356  sarcosine oxidase, alpha subunit family  33.64 
 
 
997 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2145  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  33.97 
 
 
981 aa  495  9.999999999999999e-139  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0867  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  35.03 
 
 
1003 aa  491  1e-137  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3738  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  33.83 
 
 
995 aa  492  1e-137  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.161816  normal  0.187034 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4033  sarcosine oxidase, alpha subunit family  33.53 
 
 
995 aa  488  1e-136  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.319981  normal  0.145852 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3993  sarcosine oxidase, alpha subunit family  33.73 
 
 
995 aa  489  1e-136  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5633  sarcosine oxidase, alpha subunit family  35.38 
 
 
984 aa  483  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1947  sarcosine oxidase, alpha subunit  34.13 
 
 
992 aa  485  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.861688 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1143  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  34.97 
 
 
987 aa  481  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.983501 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4702  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  35.9 
 
 
989 aa  477  1e-133  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.272798  normal  0.7148 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2750  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  33.06 
 
 
997 aa  478  1e-133  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1934  sarcosine oxidase, alpha subunit family  33.37 
 
 
1008 aa  469  9.999999999999999e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.857913  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1652  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  33.03 
 
 
1009 aa  463  1e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.90362 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4907  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  34.47 
 
 
976 aa  463  1e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.232501 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2364  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  33.94 
 
 
984 aa  457  1e-127  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.442559  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3447  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  32.43 
 
 
976 aa  459  1e-127  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.54882 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1579  sarcosine oxidase, alpha subunit family  32.67 
 
 
1009 aa  459  1e-127  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2638  sarcosine oxidase, alpha subunit family  33.8 
 
 
984 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2264  putative sarcosine oxidase  32.96 
 
 
980 aa  441  9.999999999999999e-123  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.710125 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3858  sarcosine oxidase alpha subunit  34.88 
 
 
937 aa  439  1e-121  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0454194  normal  0.0206575 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3702  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  33.27 
 
 
984 aa  439  1e-121  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18830  glycine cleavage system T protein (aminomethyltransferase)  33.33 
 
 
925 aa  422  1e-116  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3593  sarcosine oxidase, alpha subunit family  33.37 
 
 
980 aa  421  1e-116  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2881  sarcosine oxidase, alpha subunit family  34.01 
 
 
955 aa  414  1e-114  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3618  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.94 
 
 
767 aa  349  2e-94  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.21581  normal  0.0424125 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0224  sarcosine oxidase alpha subunit  36.94 
 
 
909 aa  287  7e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23440  glycine cleavage system T protein  31.54 
 
 
357 aa  193  1e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000137386  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0713  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  30.34 
 
 
364 aa  187  7e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0737  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  29.55 
 
 
364 aa  186  2.0000000000000003e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4740  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.18 
 
 
857 aa  182  2e-44  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.38185  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1526  glycine cleavage system T protein  31.93 
 
 
371 aa  176  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.293085 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2285  glycine cleavage system T protein  31.93 
 
 
370 aa  172  2e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00010894 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0767  glycine cleavage system T protein  30.71 
 
 
442 aa  172  4e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4550  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  31.64 
 
 
360 aa  170  1e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.669623 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0470  aminomethyltransferase  30.62 
 
 
440 aa  169  2e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000173433  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1496  glycine cleavage system T protein  31.28 
 
 
371 aa  167  1.0000000000000001e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1912  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.97 
 
 
441 aa  164  6e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000389017  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>