More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1143 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0325  sarcosine oxidase, alpha subunit family  43 
 
 		 1004 aa  709    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.684006  normal  0.0259905 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1874  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  46.73 
 
 		 993 aa  787    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3356  sarcosine oxidase, alpha subunit family  44.27 
 
 		 997 aa  759    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1103  sarcosine oxidase subunit alpha  45.14 
 
 		 1003 aa  751    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0428535 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0048  sarcosine oxidase subunit alpha  44.27 
 
 		 1028 aa  758    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.416697 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3331  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  45.36 
 
 		 999 aa  778    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.967331 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2750  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  44.01 
 
 		 997 aa  729    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2480  sarcosine oxidase, alpha subunit  42.35 
 
 		 1007 aa  732    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4034  sarcosine oxidase, alpha subunit  42.35 
 
 		 1007 aa  732    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0231  sarcosine oxidase, alpha subunit  46.2 
 
 		 999 aa  813    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0458  sarcosine oxidase, alpha subunit  43.47 
 
 		 1006 aa  713    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4882  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  43.35 
 
 		 1005 aa  711    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815421  normal  0.441482 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2364  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  60.69 
 
 		 984 aa  1120    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.442559  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4715  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  43.66 
 
 		 1006 aa  710    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.764897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3993  sarcosine oxidase, alpha subunit family  43.67 
 
 		 995 aa  720    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4828  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  45.07 
 
 		 1003 aa  758    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.527733  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1652  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  61.95 
 
 		 1009 aa  1177    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.90362 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0393  putative sarcosine oxidase alpha subunit  44.97 
 
 		 1002 aa  755    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5205  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  44.25 
 
 		 1005 aa  724    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0352677 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2689  putative sarcosine oxidase, alpha subunit  46.73 
 
 		 993 aa  785    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5744  sarcosine oxidase alpha subunit  52.72 
 
 		 987 aa  999    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.100825  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0488  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  45.97 
 
 		 1003 aa  759    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8586  sarcosine oxidase, alpha subunit family  46.47 
 
 		 999 aa  734    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.523076  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1934  sarcosine oxidase, alpha subunit family  62.32 
 
 		 1008 aa  1174    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.857913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5050  sarcosine oxidase, alpha subunit family  45.91 
 
 		 1000 aa  772    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.268825 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2485  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  44.18 
 
 		 995 aa  737    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.269886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6206  sarcosine oxidase subunit alpha  45.29 
 
 		 1005 aa  724    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0998  sarcosine oxidase, alpha subunit  45.26 
 
 		 1002 aa  766    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4033  sarcosine oxidase, alpha subunit family  42.84 
 
 		 995 aa  715    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.319981  normal  0.145852 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0867  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  45.31 
 
 		 1003 aa  748    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1143  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  100 
 
 		 987 aa  1984    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.983501 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3287  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  52.52 
 
 		 987 aa  999    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2186  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  45.81 
 
 		 1009 aa  770    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5130  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  45.97 
 
 		 1003 aa  763    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.564835  normal  0.907469 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3447  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  50 
 
 		 976 aa  926    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.54882 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1598  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  45.81 
 
 		 1000 aa  794    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.898229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1000  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  43.68 
 
 		 1019 aa  689    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.99192  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1860  sarcosine oxidase, alpha subunit  45.06 
 
 		 1002 aa  756    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.769627  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0303  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  45.98 
 
 		 999 aa  784    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2638  sarcosine oxidase, alpha subunit family  54.86 
 
 		 984 aa  1022    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3377  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  55.71 
 
 		 984 aa  1075    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.958217 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3738  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  43.14 
 
 		 995 aa  718    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.161816  normal  0.187034 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3506  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  46.27 
 
 		 1003 aa  765    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0971  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  43.8 
 
 		 1011 aa  731    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3777  sarcosine oxidase alpha subunit  43.41 
 
 		 997 aa  754    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152645  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1579  sarcosine oxidase, alpha subunit family  61.85 
 
 		 1009 aa  1165    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2145  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  53.59 
 
 		 981 aa  976    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3218  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  46.17 
 
 		 1003 aa  765    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.6611  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1347  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  46.63 
 
 		 993 aa  781    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0394007 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2264  putative sarcosine oxidase  53.95 
 
 		 980 aa  973    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.710125 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3391  sarcosine oxidase, alpha subunit family  43.44 
 
 		 995 aa  721    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.782992  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0348  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  43.35 
 
 		 1004 aa  713    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.223565  normal  0.24512 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0593  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  43.97 
 
 		 997 aa  743    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.967493  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1952  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  44.97 
 
 		 1002 aa  753    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1947  sarcosine oxidase, alpha subunit  66.13 
 
 		 992 aa  1253    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.861688 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3658  sarcosine oxidase, alpha subunit family  44.56 
 
 		 997 aa  767    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.259851  normal  0.147827 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0943  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  47.89 
 
 		 974 aa  734    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.535106  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5633  sarcosine oxidase, alpha subunit family  55.25 
 
 		 984 aa  989    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4129  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  45.26 
 
 		 1005 aa  732    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4544  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  45.77 
 
 		 1003 aa  754    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71500  sarcosine oxidase alpha subunit  45.59 
 
 		 1005 aa  732    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4048  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  43.47 
 
 		 1005 aa  699    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.802614 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2115  sarcosine oxidase subunit alpha  44.14 
 
 		 1000 aa  795    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5149  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  46.17 
 
 		 1003 aa  765    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.685714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0347  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  43 
 
 		 1004 aa  709    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.584295  normal  0.398352 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4702  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  61.66 
 
 		 989 aa  1103    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.272798  normal  0.7148 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0994  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  45.46 
 
 		 998 aa  707    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0515  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  44.23 
 
 		 977 aa  715    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4907  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  56.94 
 
 		 976 aa  1009    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.232501 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5067  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  45.83 
 
 		 1003 aa  757    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.844501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2758  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  42.7 
 
 		 1010 aa  703    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7231  sarcosine oxidase, alpha subunit family  56.57 
 
 		 985 aa  1053    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0118066  normal  0.098262 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0892  sarcosine oxidase, alpha subunit, truncation  43.42 
 
 		 889 aa  634  1e-180  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2881  sarcosine oxidase, alpha subunit family  43.08 
 
 		 955 aa  613  9.999999999999999e-175  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18830  glycine cleavage system T protein (aminomethyltransferase)  42.33 
 
 		 925 aa  588  1e-166  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3702  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  41.84 
 
 		 984 aa  581  1e-164  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3858  sarcosine oxidase alpha subunit  43.28 
 
 		 937 aa  559  1e-158  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0454194  normal  0.0206575 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3593  sarcosine oxidase, alpha subunit family  41.07 
 
 		 980 aa  555  1e-156  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2102  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.49 
 
 		 967 aa  521  1e-146  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3474  aminomethyltransferase  35.95 
 
 		 965 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2450  sarcosine oxidase, alpha subunit  34.97 
 
 		 968 aa  498  1e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0353624  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2222  aminomethyltransferase  35.8 
 
 		 968 aa  498  1e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.282485  normal  0.38236 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1696  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.92 
 
 		 963 aa  476  1e-132  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1349  aminomethyltransferase  32.26 
 
 		 961 aa  455  1.0000000000000001e-126  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0486795  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3618  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  41.14 
 
 		 767 aa  455  1.0000000000000001e-126  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.21581  normal  0.0424125 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5916  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.54 
 
 		 988 aa  450  1e-125  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.564133 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0454  aminomethyltransferase  33.43 
 
 		 961 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.343433  normal  0.24512 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2496  aminomethyltransferase  32.71 
 
 		 977 aa  427  1e-118  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0224  sarcosine oxidase alpha subunit  49.04 
 
 		 909 aa  409  1.0000000000000001e-112  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00490  aminomethyltransferase  32.16 
 
 		 381 aa  141  7e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.155954 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0094  glycine cleavage system T protein  32.32 
 
 		 401 aa  137  8e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4740  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.61 
 
 		 857 aa  136  1.9999999999999998e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.38185  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2361  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  29.85 
 
 		 364 aa  136  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.365627  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4985  FAD dependent oxidoreductase  29.54 
 
 		 831 aa  135  5e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0450258 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4706  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.29 
 
 		 850 aa  133  2.0000000000000002e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.449188  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0961  glycine cleavage system T protein  33.52 
 
 		 364 aa  131  6e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.132468  normal  0.780252 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3838  FAD dependent oxidoreductase  34.34 
 
 		 827 aa  131  6e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.761233  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4350  FAD dependent oxidoreductase  27.99 
 
 		 816 aa  130  8.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000248836 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4021  FAD dependent oxidoreductase  29.44 
 
 		 816 aa  130  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2290  FAD dependent oxidoreductase  29.69 
 
 		 823 aa  129  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.407986 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>