More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0221 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0221  histidine kinase  100 
 
 		 476 aa  970    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.641728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3329  hybrid sensor and regulator fused  39.41 
 
 		 968 aa  288  1e-76  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3203  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.93 
 
 		 765 aa  287  2.9999999999999996e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0763722 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0342  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.25 
 
 		 827 aa  283  6.000000000000001e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4904  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.38 
 
 		 873 aa  278  1e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.683005  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0806  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.68 
 
 		 902 aa  276  5e-73  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2790  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  44.06 
 
 		 592 aa  275  1.0000000000000001e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0688167 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1968  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.52 
 
 		 846 aa  275  2.0000000000000002e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2521  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  41.26 
 
 		 597 aa  274  2.0000000000000002e-72  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3181  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.76 
 
 		 817 aa  272  1e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.182241  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2426  Hpt sensor hybrid histidine kinase  37.04 
 
 		 827 aa  271  1e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1987  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.35 
 
 		 767 aa  271  1e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43670  putative sensor/response regulator hybrid  40.24 
 
 		 651 aa  272  1e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1355  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.01 
 
 		 895 aa  271  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2547  histidine kinase  42.89 
 
 		 698 aa  270  5.9999999999999995e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.795977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2154  hypothetical protein  41.22 
 
 		 786 aa  269  8e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0411448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4471  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  39.18 
 
 		 627 aa  269  1e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.611462  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.48 
 
 		 940 aa  268  1e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4076  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.2 
 
 		 876 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0564  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.89 
 
 		 627 aa  268  2e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.211254  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4427  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.3 
 
 		 772 aa  268  2e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2955  Hpt sensor hybrid histidine kinase  37.61 
 
 		 764 aa  266  4e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1550  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.28 
 
 		 995 aa  266  5e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3663  putative sensor/response regulator hybrid  40 
 
 		 651 aa  266  5e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.800386  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0852  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  39.66 
 
 		 859 aa  266  5.999999999999999e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.237693 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3277  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  40.76 
 
 		 741 aa  265  2e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3346  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.3 
 
 		 781 aa  264  3e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.570391  normal  0.852351 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2468  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.47 
 
 		 631 aa  264  3e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.633599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3279  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.07 
 
 		 1433 aa  263  4e-69  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.681112  normal  0.627666 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2396  histidine kinase  36.56 
 
 		 539 aa  263  4.999999999999999e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.106517 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2954  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.36 
 
 		 1127 aa  263  6e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4224  multi-sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 		 877 aa  263  6.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.249922 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0232  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  39.95 
 
 		 738 aa  262  8e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1549  multi-sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 		 1199 aa  261  2e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2964  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.68 
 
 		 647 aa  261  3e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.443547 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1302  sensor histidine kinase/response regulator  35.67 
 
 		 835 aa  259  6e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.924984  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01620  Signal transduction histidine kinase  38.58 
 
 		 806 aa  259  9e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2957  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.4 
 
 		 810 aa  259  9e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1928  sensor histidine kinase/response regulator  38.11 
 
 		 793 aa  258  1e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3189  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.85 
 
 		 1075 aa  258  2e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5292  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.02 
 
 		 524 aa  257  3e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3549  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.04 
 
 		 982 aa  257  3e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.288363 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3783  histidine kinase  36.67 
 
 		 544 aa  257  4e-67  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.401083  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3271  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.11 
 
 		 1691 aa  257  4e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3693  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  38.22 
 
 		 602 aa  256  5e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3006  PAS  38.97 
 
 		 1560 aa  256  6e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.755684 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1726  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.67 
 
 		 881 aa  256  7e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0185814  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1989  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.74 
 
 		 1195 aa  256  8e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5254  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  41.35 
 
 		 579 aa  256  9e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.601488  normal  0.0228125 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4481  sensor histidine kinase/response regulator  36.3 
 
 		 982 aa  255  9e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2127  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.72 
 
 		 815 aa  255  1.0000000000000001e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.11522 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1929  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.46 
 
 		 791 aa  255  1.0000000000000001e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.108732  normal  0.835393 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3402  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.94 
 
 		 874 aa  254  2.0000000000000002e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2114  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.87 
 
 		 674 aa  254  2.0000000000000002e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2693  histidine kinase  39.26 
 
 		 571 aa  254  3e-66  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0909214 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1695  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.04 
 
 		 643 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.695799 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2684  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  40.1 
 
 		 645 aa  253  4.0000000000000004e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2061  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.53 
 
 		 738 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0578  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.93 
 
 		 667 aa  253  5.000000000000001e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3744  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.27 
 
 		 643 aa  252  8.000000000000001e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1328  Signal transduction histidine kinase-like protein  37.66 
 
 		 763 aa  252  8.000000000000001e-66  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2314  sensory box histidine kinase/response regulator  38.06 
 
 		 982 aa  251  1e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.581555  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02306  hypothetical protein  38.25 
 
 		 576 aa  252  1e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1707  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.54 
 
 		 1313 aa  252  1e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2664  GAF sensor hybrid histidine kinase  36.45 
 
 		 662 aa  251  1e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.373594  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1560  response regulator, histidine kinase  35.03 
 
 		 697 aa  251  2e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0213368  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.78 
 
 		 647 aa  251  2e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0372822  normal  0.204987 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4210  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.55 
 
 		 1110 aa  251  3e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000219546 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3496  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.09 
 
 		 643 aa  251  3e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1268  Hpt sensor hybrid histidine kinase  37.66 
 
 		 781 aa  250  4e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0232  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.37 
 
 		 1116 aa  250  4e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4211  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  38.05 
 
 		 633 aa  250  5e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.79688  normal  0.233659 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4541  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.12 
 
 		 896 aa  249  6e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1722  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.84 
 
 		 1007 aa  249  6e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.608863  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0516  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.53 
 
 		 850 aa  249  7e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.377634 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3798  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.82 
 
 		 864 aa  249  7e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0599  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.42 
 
 		 957 aa  249  8e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0578  histidine kinase  35.9 
 
 		 732 aa  249  8e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0393x  response regulator, histidine kinase  34.37 
 
 		 943 aa  249  8e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.621999  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0811  Hpt sensor hybrid histidine kinase  35.7 
 
 		 724 aa  249  9e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0307  response regulator, histidine kinase  34.66 
 
 		 755 aa  249  9e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1497  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.71 
 
 		 880 aa  249  9e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4173  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.18 
 
 		 643 aa  249  1e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1217  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.82 
 
 		 803 aa  248  1e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.503931  normal  0.0882093 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2682  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.87 
 
 		 827 aa  248  1e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.616307  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1977  histidine kinase  41.84 
 
 		 534 aa  248  2e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.313704  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2811  PAS  35.71 
 
 		 1023 aa  248  2e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0211559  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0617  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.15 
 
 		 1398 aa  248  2e-64  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.536457  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1199  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.02 
 
 		 962 aa  248  2e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1424  sensor histidine kinase  36.45 
 
 		 736 aa  248  2e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1277  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.23 
 
 		 969 aa  248  2e-64  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3526  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  38.17 
 
 		 835 aa  247  3e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.722503  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3026  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.31 
 
 		 969 aa  247  3e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02676  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.63 
 
 		 847 aa  247  3e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3041  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.31 
 
 		 873 aa  247  3e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.616698  normal  0.0609988 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0562  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.38 
 
 		 743 aa  247  3e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.1893  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0715  histidine kinase  37.71 
 
 		 553 aa  247  3e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.519915  normal  0.60104 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3242  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.83 
 
 		 1027 aa  246  4.9999999999999997e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.073449  normal  0.0177381 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2769  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.25 
 
 		 773 aa  246  4.9999999999999997e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2453  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.77 
 
 		 969 aa  246  6.999999999999999e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.19952  normal  0.304956 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>