More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE0680 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE0680  preprotein translocase subunit SecF  100 
 
 		 413 aa  831    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1454  protein-export membrane protein SecF  39.02 
 
 		 308 aa  160  5e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0298464  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4310  protein-export membrane protein SecF  40.28 
 
 		 357 aa  159  9e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1002  protein-export membrane protein SecF  36.07 
 
 		 319 aa  154  2e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3110  preprotein translocase subunit SecF  37.71 
 
 		 315 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01049  preprotein translocase subunit SecF  36.75 
 
 		 315 aa  154  2.9999999999999998e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0673  preprotein translocase subunit SecF  36.36 
 
 		 299 aa  154  4e-36  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.392414  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1898  protein translocase subunit secF  38.54 
 
 		 314 aa  153  5e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.186497  normal  0.970453 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.23 
 
 		 856 aa  153  7e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1404  preprotein translocase subunit SecF  37.29 
 
 		 315 aa  152  8e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0316508  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1424  preprotein translocase subunit SecF  37.18 
 
 		 280 aa  152  8.999999999999999e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000449698  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1123  preprotein translocase subunit SecF  39.91 
 
 		 315 aa  152  1e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1231  preprotein translocase subunit SecF  38.3 
 
 		 303 aa  151  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.611016  normal  0.761235 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1238  preprotein translocase subunit SecF  36.48 
 
 		 304 aa  151  2e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.132934  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1289  preprotein translocase subunit SecF  36.48 
 
 		 304 aa  151  2e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000106623  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.36 
 
 		 853 aa  150  4e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3037  protein-export membrane protein SecF  34.76 
 
 		 316 aa  150  5e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2947  preprotein translocase subunit SecF  34.6 
 
 		 324 aa  150  5e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2811  preprotein translocase subunit SecF  37.6 
 
 		 323 aa  149  6e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1416  protein-export membrane protein SecF  37.87 
 
 		 303 aa  149  7e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004364  protein-export membrane protein SecF  35.47 
 
 		 315 aa  149  7e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0679828  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0997  preprotein translocase subunit SecF  40 
 
 		 322 aa  149  7e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3211  protein translocase subunit secF  35.92 
 
 		 311 aa  149  1.0000000000000001e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1473  preprotein translocase subunit SecF  39.41 
 
 		 315 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.13163  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0072  preprotein translocase subunit SecF  34.33 
 
 		 323 aa  148  2.0000000000000003e-34  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4086  preprotein translocase subunit SecF  35.83 
 
 		 321 aa  148  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0605459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0866  preprotein translocase subunit SecF  36.55 
 
 		 302 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.222243  normal  0.607881 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3183  protein-export membrane protein SecD  37.5 
 
 		 989 aa  147  3e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0406791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2699  preprotein translocase subunit SecF  38.08 
 
 		 315 aa  147  3e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.584759  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2856  protein-export membrane protein SecF  35.98 
 
 		 318 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.114618 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4643  preprotein translocase subunit SecF  36.8 
 
 		 317 aa  146  6e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.410756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0879  preprotein translocase subunit SecF  36.55 
 
 		 302 aa  146  6e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0954141 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0702  preprotein translocase subunit SecF  36.86 
 
 		 316 aa  146  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.686375  normal  0.807805 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1231  protein-export membrane protein SecF  39.22 
 
 		 313 aa  146  7.0000000000000006e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0282245  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0626  protein-export membrane protein SecF  39.13 
 
 		 310 aa  146  7.0000000000000006e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000549124  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2737  protein-export membrane protein SecF  37.21 
 
 		 308 aa  145  1e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.468895  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0836  preprotein translocase subunit SecF  36.13 
 
 		 302 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.885534 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1235  preprotein translocase subunit SecF  37.17 
 
 		 323 aa  145  2e-33  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.178131  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1110  preprotein translocase subunit SecF  37.17 
 
 		 323 aa  145  2e-33  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0631  preprotein translocase subunit SecF  37.17 
 
 		 323 aa  145  2e-33  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3993  preprotein translocase subunit SecF  36.02 
 
 		 316 aa  144  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.117459  normal  0.130054 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4004  preprotein translocase subunit SecF  35.89 
 
 		 317 aa  144  3e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.833906 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2644  protein-export membrane protein SecF  34.14 
 
 		 304 aa  144  3e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0946476  hitchhiker  0.00035144 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1219  preprotein translocase subunit SecF  43.83 
 
 		 314 aa  144  3e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.417925 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3331  preprotein translocase subunit SecF  35.96 
 
 		 316 aa  143  4e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0935512  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3354  preprotein translocase subunit SecF  35.48 
 
 		 317 aa  143  5e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1719  preprotein translocase subunit SecF  33.33 
 
 		 302 aa  143  5e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0345  preprotein translocase subunit SecF  31.05 
 
 		 344 aa  143  5e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.105677 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1694  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.77 
 
 		 846 aa  143  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2190  preprotein translocase subunit SecF  37.71 
 
 		 315 aa  143  7e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.447622  decreased coverage  0.00319916 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2334  preprotein translocase subunit SecF  37.71 
 
 		 315 aa  142  7e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.307818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1016  preprotein translocase subunit SecF  33.74 
 
 		 294 aa  142  8e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0271563  hitchhiker  0.00537871 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3291  preprotein translocase subunit SecF  33.76 
 
 		 300 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000487851  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2384  preprotein translocase subunit SecF  39.88 
 
 		 313 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0300  preprotein translocase subunit SecF  39.88 
 
 		 313 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0278  preprotein translocase subunit SecF  31.37 
 
 		 344 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.182784  normal  0.130689 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2570  preprotein translocase subunit SecF  39.88 
 
 		 313 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3374  preprotein translocase subunit SecF  39.88 
 
 		 316 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3427  preprotein translocase subunit SecF  36.76 
 
 		 300 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000133978  decreased coverage  0.000105765 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1118  preprotein translocase subunit SecF  33.76 
 
 		 300 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.377111  hitchhiker  0.000000000101209 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1275  preprotein translocase subunit SecF  34.21 
 
 		 316 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1162  preprotein translocase subunit SecF  39.88 
 
 		 313 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.954336  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3249  preprotein translocase subunit SecF  34.76 
 
 		 300 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.015855  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3365  preprotein translocase subunit SecF  39.88 
 
 		 316 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1312  preprotein translocase subunit SecF  35.62 
 
 		 313 aa  142  9.999999999999999e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.187294  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1020  preprotein translocase subunit SecF  33.74 
 
 		 294 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00412183  hitchhiker  0.000205706 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0935  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  43.23 
 
 		 750 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0273  preprotein translocase subunit SecF  35.9 
 
 		 315 aa  141  1.9999999999999998e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0837  preprotein translocase subunit SecF  34.65 
 
 		 316 aa  141  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2960  preprotein translocase subunit SecF  35.42 
 
 		 323 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2879  preprotein translocase subunit SecF  36.86 
 
 		 315 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0152003  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40450  preprotein translocase subunit SecF  35.9 
 
 		 304 aa  141  1.9999999999999998e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.193489  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2784  preprotein translocase subunit SecF  36.86 
 
 		 315 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0481367  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3571  protein-export membrane protein SecF  39.88 
 
 		 314 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00137282  hitchhiker  0.0015659 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1194  preprotein translocase subunit SecF  33.48 
 
 		 294 aa  140  3e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0855  preprotein translocase subunit SecF  34.27 
 
 		 302 aa  141  3e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3618  protein-export membrane protein SecD  38.71 
 
 		 735 aa  140  3e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000114723  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2844  preprotein translocase subunit SecF  34.05 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000056416  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1450  preprotein translocase subunit SecF  38.56 
 
 		 315 aa  140  3e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.101016  normal  0.0107257 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1117  preprotein translocase subunit SecF  37.92 
 
 		 316 aa  140  3.9999999999999997e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1415  preprotein translocase subunit SecF  37.06 
 
 		 330 aa  140  3.9999999999999997e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.661465  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1770  protein-export membrane protein SecF  32.67 
 
 		 307 aa  140  3.9999999999999997e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0891  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  33.85 
 
 		 785 aa  140  4.999999999999999e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.983907  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2528  preprotein translocase subunit SecF  34.33 
 
 		 316 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0475  preprotein translocase subunit SecF  33.94 
 
 		 323 aa  140  4.999999999999999e-32  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2804  preprotein translocase subunit SecF  36.44 
 
 		 315 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00594045  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1385  preprotein translocase subunit SecF  38.56 
 
 		 315 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00983524  hitchhiker  0.000000302266 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1438  preprotein translocase subunit SecF  38.56 
 
 		 315 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107161  hitchhiker  0.00000672809 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0687  preprotein translocase subunit SecF  39.88 
 
 		 316 aa  140  6e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4342  preprotein translocase subunit SecF  36.75 
 
 		 302 aa  140  6e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.557524  hitchhiker  0.0000000544827 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1573  preprotein translocase subunit SecF  36.86 
 
 		 315 aa  139  6e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00583403  hitchhiker  0.000000100837 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3094  preprotein translocase subunit SecF  33.98 
 
 		 323 aa  139  6e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.278166  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0887  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  33.85 
 
 		 785 aa  140  6e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0235  preprotein translocase subunit SecF  39.88 
 
 		 316 aa  140  6e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0719  preprotein translocase subunit SecF  39.88 
 
 		 316 aa  140  6e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3281  preprotein translocase subunit SecF  34.2 
 
 		 314 aa  139  7e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0339451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4618  preprotein translocase subunit SecF  35.9 
 
 		 304 aa  139  7e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.178717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3807  preprotein translocase subunit SecF  39.88 
 
 		 316 aa  139  7e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2481  preprotein translocase subunit SecF  37.13 
 
 		 315 aa  139  7e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0456849  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1081  preprotein translocase subunit SecF  39.64 
 
 		 294 aa  139  7e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.121562  normal  0.1541 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>