More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3925 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_3925  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  100 
 
 
562 aa  1165    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1281  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  68.65 
 
 
565 aa  807    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.532683  normal  0.302449 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3191  NADH dehydrogenase (quinone)  70.32 
 
 
562 aa  805    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2577  dehydrogenase subunit, putative  57.27 
 
 
561 aa  622  1e-177  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3267  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  56.78 
 
 
572 aa  621  1e-176  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00072788  normal  0.294343 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5042  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  56.43 
 
 
572 aa  606  9.999999999999999e-173  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.558734  normal  0.200825 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4581  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  56.43 
 
 
572 aa  605  9.999999999999999e-173  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.531155 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4652  NADH dehydrogenase (quinone)  55.6 
 
 
580 aa  604  1.0000000000000001e-171  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.198503  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5227  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  56.59 
 
 
572 aa  603  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00138692  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0996  NADH dehydrogenase (quinone)  54.58 
 
 
595 aa  603  1.0000000000000001e-171  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8359  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  56.59 
 
 
567 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2512  NADH dehydrogenase (quinone)  54.91 
 
 
563 aa  599  1e-170  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.477577  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0294  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  56.43 
 
 
572 aa  599  1e-170  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.972061  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6172  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  55.66 
 
 
572 aa  600  1e-170  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2428  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  54.31 
 
 
557 aa  582  1.0000000000000001e-165  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2804  NADH dehydrogenase (quinone)  55.91 
 
 
566 aa  580  1e-164  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.235735  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0825  NADH dehydrogenase (quinone)  53.87 
 
 
600 aa  581  1e-164  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3471  NADH dehydrogenase (quinone)  53.03 
 
 
640 aa  575  1.0000000000000001e-163  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.119325 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4073  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  52.46 
 
 
612 aa  574  1.0000000000000001e-162  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2822  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  55.17 
 
 
585 aa  573  1.0000000000000001e-162  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.112551  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0338  NADH dehydrogenase (quinone)  53.78 
 
 
573 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1110  NADH dehydrogenase (quinone)  50.97 
 
 
600 aa  569  1e-161  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2798  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  51.07 
 
 
661 aa  547  1e-154  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0743425  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3270  NADH dehydrogenase (quinone)  53.63 
 
 
591 aa  543  1e-153  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4112  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  37.07 
 
 
656 aa  328  2.0000000000000001e-88  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.483313  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0099  NADH dehydrogenase (quinone)  34.89 
 
 
597 aa  318  2e-85  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.953797  hitchhiker  0.000000556523 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1338  NADH dehydrogenase (quinone)  34.11 
 
 
572 aa  309  8e-83  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1365  NADH dehydrogenase (quinone)  36.78 
 
 
532 aa  306  5.0000000000000004e-82  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.529964  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1018  NADH dehydrogenase (quinone)  40.94 
 
 
407 aa  306  6e-82  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4654  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  35.55 
 
 
535 aa  306  7e-82  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0935  NADH dehydrogenase (quinone)  34.29 
 
 
607 aa  305  1.0000000000000001e-81  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0913  NADH dehydrogenase (quinone)  34.29 
 
 
607 aa  305  1.0000000000000001e-81  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0173  NADH dehydrogenase (quinone)  38.83 
 
 
597 aa  305  2.0000000000000002e-81  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3542  NADH dehydrogenase (quinone)  36.53 
 
 
537 aa  304  3.0000000000000004e-81  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1170  NADH dehydrogenase (quinone)  34.1 
 
 
602 aa  304  3.0000000000000004e-81  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3600  NADH dehydrogenase (quinone)  34.11 
 
 
614 aa  301  2e-80  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1248  NADH dehydrogenase (quinone)  35.39 
 
 
604 aa  301  2e-80  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.600832  normal  0.0289049 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0109  NADH dehydrogenase (quinone)  41.52 
 
 
656 aa  301  2e-80  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2713  NADH dehydrogenase (quinone)  34.71 
 
 
552 aa  300  5e-80  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3618  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  40.7 
 
 
421 aa  298  1e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.997911  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1828  NADH dehydrogenase (quinone)  40.05 
 
 
407 aa  297  3e-79  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3830  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  34.37 
 
 
677 aa  295  1e-78  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4166  NADH dehydrogenase (quinone)  34.69 
 
 
530 aa  295  2e-78  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0993  NADH dehydrogenase (quinone)  33.27 
 
 
610 aa  294  3e-78  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1355  NADH dehydrogenase I, F subunit  42.24 
 
 
427 aa  293  4e-78  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1923  NADH dehydrogenase (quinone)  35.78 
 
 
539 aa  293  4e-78  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0472  NADH dehydrogenase (quinone)  39.14 
 
 
594 aa  294  4e-78  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.524488  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0559  NADH dehydrogenase (quinone)  33.9 
 
 
624 aa  293  5e-78  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.382532  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1110  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  34.12 
 
 
569 aa  292  9e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.163971 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1397  NADH dehydrogenase (quinone)  34.68 
 
 
597 aa  292  1e-77  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0209404  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1024  NADH dehydrogenase (quinone)  40.16 
 
 
407 aa  292  1e-77  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0696  NADH dehydrogenase (quinone)  40.05 
 
 
545 aa  290  3e-77  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000417436  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0157  NADH dehydrogenase (quinone)  33.27 
 
 
626 aa  290  3e-77  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2479  NADH dehydrogenase (quinone)  36.4 
 
 
535 aa  290  4e-77  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.858375  normal  0.575903 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0720  NADH dehydrogenase (quinone)  40.05 
 
 
545 aa  290  5.0000000000000004e-77  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00999729  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1241  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  41.16 
 
 
456 aa  290  5.0000000000000004e-77  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1368  NADH dehydrogenase (quinone)  34.22 
 
 
626 aa  289  7e-77  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1168  NADH dehydrogenase (quinone)  36.28 
 
 
538 aa  289  8e-77  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.073062  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2721  NAD-reducing hydrogenase, alpha subunit  33.73 
 
 
570 aa  288  1e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2160  NADH dehydrogenase (quinone)  34.05 
 
 
562 aa  288  2e-76  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0757022  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1318  NADH dehydrogenase (quinone)  34.03 
 
 
626 aa  288  2e-76  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_635  [Fe] hydrogenase, HymB subunit  34.04 
 
 
626 aa  287  4e-76  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0822  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  40.82 
 
 
426 aa  286  5.999999999999999e-76  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.76792  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0098  NADH dehydrogenase (quinone)  33.2 
 
 
535 aa  286  5.999999999999999e-76  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0729  [Fe] hydrogenase, HymB subunit, putative  34.24 
 
 
623 aa  286  7e-76  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0095  NADH dehydrogenase (quinone)  33.53 
 
 
535 aa  286  7e-76  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.693174 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24670  NADH:ubiquinone oxidoreductase, NADH-binding (51 kD) subunit  35.09 
 
 
597 aa  286  9e-76  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1686  NADH dehydrogenase (quinone)  38.58 
 
 
545 aa  285  1.0000000000000001e-75  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0624  NADH dehydrogenase (quinone)  32.62 
 
 
614 aa  285  2.0000000000000002e-75  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000168904  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3350  NADH dehydrogenase I, F subunit  34.17 
 
 
591 aa  285  2.0000000000000002e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.50901  normal  0.051471 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0657  NADH dehydrogenase (quinone)  38.07 
 
 
590 aa  284  3.0000000000000004e-75  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.210561  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2804  NADH dehydrogenase (quinone)  34.1 
 
 
636 aa  284  3.0000000000000004e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.260588 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3862  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  42.26 
 
 
443 aa  284  4.0000000000000003e-75  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1450  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  33.91 
 
 
636 aa  283  7.000000000000001e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101445  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0661  NADH dehydrogenase (quinone)  33.53 
 
 
623 aa  283  8.000000000000001e-75  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.435318  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2708  NADH dehydrogenase I, F subunit  37.8 
 
 
488 aa  283  8.000000000000001e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01800  NADH dehydrogenase I subunit F  34.35 
 
 
624 aa  282  1e-74  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.235185  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2160  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  42.39 
 
 
443 aa  282  1e-74  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1612  NADH dehydrogenase (quinone)  40.88 
 
 
466 aa  281  2e-74  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.709157  normal  0.640028 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0216  NADH dehydrogenase (quinone)  39.39 
 
 
425 aa  281  2e-74  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1044  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  40.5 
 
 
434 aa  281  2e-74  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3505  NADH dehydrogenase (quinone)  39.09 
 
 
619 aa  281  3e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.960223  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3084  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  40.76 
 
 
422 aa  280  5e-74  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4199  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  39.2 
 
 
441 aa  280  5e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4331  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  39.2 
 
 
441 aa  280  5e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4354  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  39.2 
 
 
441 aa  280  5e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.168378  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4052  NADH dehydrogenase (quinone)  34.33 
 
 
543 aa  280  7e-74  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.166316 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3133  NADH dehydrogenase (quinone)  38.38 
 
 
590 aa  280  7e-74  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.846536  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4005  NADH dehydrogenase (quinone)  38.78 
 
 
593 aa  278  1e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.42089e-25 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0332  NADH dehydrogenase (quinone)  33.2 
 
 
629 aa  279  1e-73  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3921  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  33.79 
 
 
593 aa  278  1e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0784  NADH dehydrogenase (quinone)  39.63 
 
 
408 aa  278  1e-73  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1604  NADP-reducing hydrogenase chain C  36.41 
 
 
486 aa  278  2e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5058  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  38.52 
 
 
439 aa  277  3e-73  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1857  NADH dehydrogenase (quinone)  36.2 
 
 
600 aa  278  3e-73  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1760  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  40.61 
 
 
426 aa  277  4e-73  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1634  NADP-reducing hydrogenase chain C  36.17 
 
 
486 aa  276  6e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000096005  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1844  NADP-reducing hydrogenase chain C  36.17 
 
 
486 aa  276  6e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0272  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  39.8 
 
 
434 aa  276  6e-73  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0429  NADH dehydrogenase (quinone)  38.93 
 
 
624 aa  276  7e-73  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>