More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4581 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_5042  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  99.83 
 
 
572 aa  1165    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.558734  normal  0.200825 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3267  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  83.36 
 
 
572 aa  988    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00072788  normal  0.294343 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2577  dehydrogenase subunit, putative  61.14 
 
 
561 aa  664    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4652  NADH dehydrogenase (quinone)  60.25 
 
 
580 aa  649    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.198503  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0294  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  95.45 
 
 
572 aa  1094    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.972061  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8359  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  83.72 
 
 
567 aa  957    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5227  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  83.72 
 
 
572 aa  957    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00138692  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2804  NADH dehydrogenase (quinone)  63.6 
 
 
566 aa  655    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.235735  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6172  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  92.83 
 
 
572 aa  1071    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4581  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  100 
 
 
572 aa  1167    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.531155 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1281  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  59.96 
 
 
565 aa  635    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.532683  normal  0.302449 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4073  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  57.22 
 
 
612 aa  632  1e-180  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3191  NADH dehydrogenase (quinone)  59.82 
 
 
562 aa  634  1e-180  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3925  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  56.43 
 
 
562 aa  627  1e-178  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2512  NADH dehydrogenase (quinone)  58.14 
 
 
563 aa  627  1e-178  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.477577  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1110  NADH dehydrogenase (quinone)  55.91 
 
 
600 aa  621  1e-176  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3471  NADH dehydrogenase (quinone)  54.8 
 
 
640 aa  612  9.999999999999999e-175  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.119325 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0825  NADH dehydrogenase (quinone)  56.38 
 
 
600 aa  610  1e-173  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0338  NADH dehydrogenase (quinone)  58.24 
 
 
573 aa  605  9.999999999999999e-173  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2428  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  57.27 
 
 
557 aa  607  9.999999999999999e-173  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2798  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  53.92 
 
 
661 aa  599  1e-170  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0743425  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0996  NADH dehydrogenase (quinone)  55.03 
 
 
595 aa  596  1e-169  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3270  NADH dehydrogenase (quinone)  55.92 
 
 
591 aa  590  1e-167  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2822  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  57.7 
 
 
585 aa  565  1e-160  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.112551  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4112  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  34.92 
 
 
656 aa  309  1.0000000000000001e-82  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.483313  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1170  NADH dehydrogenase (quinone)  35.01 
 
 
602 aa  308  2.0000000000000002e-82  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0993  NADH dehydrogenase (quinone)  34.3 
 
 
610 aa  304  2.0000000000000002e-81  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1828  NADH dehydrogenase (quinone)  41.25 
 
 
407 aa  303  4.0000000000000003e-81  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1686  NADH dehydrogenase (quinone)  42.09 
 
 
545 aa  301  2e-80  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2713  NADH dehydrogenase (quinone)  35.41 
 
 
552 aa  300  7e-80  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4654  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  33.84 
 
 
535 aa  296  1e-78  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1044  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  40.15 
 
 
434 aa  295  2e-78  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3542  NADH dehydrogenase (quinone)  35.4 
 
 
537 aa  293  5e-78  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0935  NADH dehydrogenase (quinone)  34.1 
 
 
607 aa  292  1e-77  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0913  NADH dehydrogenase (quinone)  34.1 
 
 
607 aa  292  1e-77  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0729  [Fe] hydrogenase, HymB subunit, putative  33.72 
 
 
623 aa  291  2e-77  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3862  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  42.75 
 
 
443 aa  291  2e-77  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1018  NADH dehydrogenase (quinone)  40.26 
 
 
407 aa  291  2e-77  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1365  NADH dehydrogenase (quinone)  35.35 
 
 
532 aa  291  3e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.529964  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1024  NADH dehydrogenase (quinone)  41.05 
 
 
407 aa  290  5.0000000000000004e-77  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3618  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  39.29 
 
 
421 aa  290  5.0000000000000004e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.997911  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_635  [Fe] hydrogenase, HymB subunit  34.36 
 
 
626 aa  289  1e-76  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0661  NADH dehydrogenase (quinone)  34.11 
 
 
623 aa  287  2.9999999999999996e-76  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.435318  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0173  NADH dehydrogenase (quinone)  34.21 
 
 
597 aa  286  5e-76  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4166  NADH dehydrogenase (quinone)  34.05 
 
 
530 aa  286  5e-76  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3084  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  40.81 
 
 
422 aa  286  5.999999999999999e-76  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0332  NADH dehydrogenase (quinone)  34.11 
 
 
629 aa  286  7e-76  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2721  NAD-reducing hydrogenase, alpha subunit  35.31 
 
 
570 aa  286  8e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3804  NADH dehydrogenase (quinone)  34.55 
 
 
595 aa  285  1.0000000000000001e-75  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1355  NADH dehydrogenase I, F subunit  40.4 
 
 
427 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1110  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  35.28 
 
 
569 aa  285  2.0000000000000002e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.163971 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2479  NADH dehydrogenase (quinone)  37.45 
 
 
535 aa  285  2.0000000000000002e-75  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.858375  normal  0.575903 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0099  NADH dehydrogenase (quinone)  32.06 
 
 
597 aa  284  4.0000000000000003e-75  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.953797  hitchhiker  0.000000556523 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2864  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  39.49 
 
 
454 aa  283  8.000000000000001e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0700873  hitchhiker  0.00675695 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3600  NADH dehydrogenase (quinone)  31.78 
 
 
614 aa  283  8.000000000000001e-75  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0919  NADH dehydrogenase (quinone)  33.97 
 
 
596 aa  282  1e-74  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0559  NADH dehydrogenase (quinone)  39.03 
 
 
624 aa  281  2e-74  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.382532  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1338  NADH dehydrogenase (quinone)  32.55 
 
 
572 aa  282  2e-74  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0696  NADH dehydrogenase (quinone)  38.78 
 
 
545 aa  279  9e-74  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000417436  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0720  NADH dehydrogenase (quinone)  38.78 
 
 
545 aa  279  1e-73  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00999729  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0472  NADH dehydrogenase (quinone)  38.32 
 
 
594 aa  279  1e-73  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.524488  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3830  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  34.24 
 
 
677 aa  279  1e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0109  NADH dehydrogenase (quinone)  39.9 
 
 
656 aa  278  2e-73  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0543  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  39.12 
 
 
443 aa  278  3e-73  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.315884  normal  0.338133 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02970  NADH dehydrogenase I subunit F  38.58 
 
 
408 aa  277  4e-73  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0157  NADH dehydrogenase (quinone)  34.77 
 
 
626 aa  277  4e-73  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0429  NADH dehydrogenase (quinone)  40 
 
 
624 aa  277  5e-73  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3391  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  39.08 
 
 
451 aa  276  6e-73  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1655  NADH dehydrogenase (quinone)  40.61 
 
 
627 aa  276  7e-73  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1123  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  39.04 
 
 
429 aa  276  7e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1248  NADH dehydrogenase (quinone)  34.87 
 
 
604 aa  276  7e-73  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.600832  normal  0.0289049 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1397  NADH dehydrogenase (quinone)  33.72 
 
 
597 aa  276  9e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0209404  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0216  NADH dehydrogenase (quinone)  38.99 
 
 
425 aa  275  2.0000000000000002e-72  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3350  NADH dehydrogenase I, F subunit  34.26 
 
 
591 aa  274  3e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.50901  normal  0.051471 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0991  NADH dehydrogenase (quinone)  39.34 
 
 
539 aa  273  5.000000000000001e-72  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1612  NADH dehydrogenase (quinone)  38.59 
 
 
466 aa  273  8.000000000000001e-72  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.709157  normal  0.640028 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_154  [Fe] hydrogenase, HymB subunit  39.3 
 
 
417 aa  273  8.000000000000001e-72  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0146  [Fe] hydrogenase, HymB subunit, putative  39.05 
 
 
417 aa  272  1e-71  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.28536  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0624  NADH dehydrogenase (quinone)  31.14 
 
 
614 aa  272  1e-71  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000168904  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0226  NADH dehydrogenase (quinone)  37.76 
 
 
632 aa  272  1e-71  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.096685  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2080  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  32.82 
 
 
635 aa  272  1e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0310665  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01800  NADH dehydrogenase I subunit F  33.4 
 
 
624 aa  272  1e-71  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.235185  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1316  NADH dehydrogenase I subunit F  40.86 
 
 
433 aa  272  1e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.132795  normal  0.0201547 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2690  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  38.44 
 
 
438 aa  271  2e-71  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.363357  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1147  NADH-quinone oxidoreductase, chain F  40.05 
 
 
426 aa  271  2e-71  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.450213  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0095  NADH dehydrogenase (quinone)  32.55 
 
 
535 aa  271  2e-71  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.693174 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1887  NADH dehydrogenase (quinone)  40 
 
 
592 aa  271  2e-71  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7014  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  39.61 
 
 
454 aa  271  2e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0098  NADH dehydrogenase (quinone)  32.55 
 
 
535 aa  271  2e-71  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0657  NADH dehydrogenase (quinone)  33.8 
 
 
590 aa  271  2e-71  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.210561  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3921  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  34.04 
 
 
593 aa  271  2e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0225  NADH dehydrogenase (quinone)  38.81 
 
 
417 aa  271  2.9999999999999997e-71  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4005  NADH dehydrogenase (quinone)  32.17 
 
 
593 aa  271  2.9999999999999997e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.42089e-25 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6089  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  40 
 
 
447 aa  270  4e-71  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0248618 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1517  NADH dehydrogenase (quinone)  39.04 
 
 
427 aa  270  4e-71  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1241  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  38.98 
 
 
456 aa  270  5.9999999999999995e-71  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1017  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  38.29 
 
 
425 aa  269  8.999999999999999e-71  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4458  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  39.48 
 
 
443 aa  269  1e-70  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0822  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  38.12 
 
 
426 aa  269  1e-70  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.76792  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2238  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  38.86 
 
 
449 aa  269  1e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>