More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4073 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA2577  dehydrogenase subunit, putative  62.39 
 
 
561 aa  704    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4073  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  100 
 
 
612 aa  1249    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4652  NADH dehydrogenase (quinone)  65.58 
 
 
580 aa  736    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.198503  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2798  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  69.6 
 
 
661 aa  860    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0743425  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3270  NADH dehydrogenase (quinone)  71.72 
 
 
591 aa  841    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2804  NADH dehydrogenase (quinone)  66.78 
 
 
566 aa  759    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.235735  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2512  NADH dehydrogenase (quinone)  60.9 
 
 
563 aa  672    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.477577  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1110  NADH dehydrogenase (quinone)  71.82 
 
 
600 aa  905    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0338  NADH dehydrogenase (quinone)  65.1 
 
 
573 aa  736    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3471  NADH dehydrogenase (quinone)  73.44 
 
 
640 aa  918    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.119325 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0825  NADH dehydrogenase (quinone)  78.04 
 
 
600 aa  956    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3267  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  56.75 
 
 
572 aa  622  1e-177  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00072788  normal  0.294343 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8359  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  57.96 
 
 
567 aa  615  1e-175  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5227  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  57.96 
 
 
572 aa  616  1e-175  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00138692  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5042  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  57.22 
 
 
572 aa  608  1e-173  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.558734  normal  0.200825 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6172  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  57.09 
 
 
572 aa  610  1e-173  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4581  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  57.22 
 
 
572 aa  607  9.999999999999999e-173  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.531155 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0294  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  57.39 
 
 
572 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.972061  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1281  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  54.34 
 
 
565 aa  580  1e-164  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.532683  normal  0.302449 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3925  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  52.46 
 
 
562 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3191  NADH dehydrogenase (quinone)  55.26 
 
 
562 aa  576  1.0000000000000001e-163  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2428  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  55.06 
 
 
557 aa  578  1.0000000000000001e-163  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0996  NADH dehydrogenase (quinone)  52.7 
 
 
595 aa  566  1e-160  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2822  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  55.38 
 
 
585 aa  533  1e-150  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.112551  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4112  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  37.97 
 
 
656 aa  311  2e-83  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.483313  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0935  NADH dehydrogenase (quinone)  37.83 
 
 
607 aa  306  6e-82  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0913  NADH dehydrogenase (quinone)  37.83 
 
 
607 aa  306  6e-82  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1170  NADH dehydrogenase (quinone)  36.15 
 
 
602 aa  300  7e-80  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0993  NADH dehydrogenase (quinone)  35.45 
 
 
610 aa  298  2e-79  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2713  NADH dehydrogenase (quinone)  35.95 
 
 
552 aa  296  1e-78  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4654  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  35.14 
 
 
535 aa  295  2e-78  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1397  NADH dehydrogenase (quinone)  36.19 
 
 
597 aa  293  4e-78  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0209404  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0720  NADH dehydrogenase (quinone)  40.19 
 
 
545 aa  293  8e-78  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00999729  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0696  NADH dehydrogenase (quinone)  40 
 
 
545 aa  292  1e-77  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000417436  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1110  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  36.22 
 
 
569 aa  291  2e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.163971 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1365  NADH dehydrogenase (quinone)  37.18 
 
 
532 aa  290  4e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.529964  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1044  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  41.09 
 
 
434 aa  290  5.0000000000000004e-77  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3618  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  41.12 
 
 
421 aa  290  6e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.997911  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3542  NADH dehydrogenase (quinone)  37.89 
 
 
537 aa  290  7e-77  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1828  NADH dehydrogenase (quinone)  40.26 
 
 
407 aa  290  7e-77  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2721  NAD-reducing hydrogenase, alpha subunit  35.66 
 
 
570 aa  289  1e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1686  NADH dehydrogenase (quinone)  40.6 
 
 
545 aa  288  2.9999999999999996e-76  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0332  NADH dehydrogenase (quinone)  34.54 
 
 
629 aa  287  5e-76  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0624  NADH dehydrogenase (quinone)  33.08 
 
 
614 aa  286  8e-76  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000168904  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2479  NADH dehydrogenase (quinone)  36.61 
 
 
535 aa  285  1.0000000000000001e-75  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.858375  normal  0.575903 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0098  NADH dehydrogenase (quinone)  35.19 
 
 
535 aa  285  2.0000000000000002e-75  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3830  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  35.78 
 
 
677 aa  285  2.0000000000000002e-75  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0099  NADH dehydrogenase (quinone)  33.72 
 
 
597 aa  285  2.0000000000000002e-75  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.953797  hitchhiker  0.000000556523 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4166  NADH dehydrogenase (quinone)  36.1 
 
 
530 aa  284  3.0000000000000004e-75  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1018  NADH dehydrogenase (quinone)  40.37 
 
 
407 aa  284  3.0000000000000004e-75  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3084  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  40.1 
 
 
422 aa  283  4.0000000000000003e-75  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3391  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  41.56 
 
 
451 aa  283  5.000000000000001e-75  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0173  NADH dehydrogenase (quinone)  33.78 
 
 
597 aa  282  2e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0095  NADH dehydrogenase (quinone)  35 
 
 
535 aa  282  2e-74  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.693174 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2238  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  41.31 
 
 
449 aa  280  4e-74  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0991  NADH dehydrogenase (quinone)  41.18 
 
 
539 aa  280  5e-74  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1338  NADH dehydrogenase (quinone)  32.76 
 
 
572 aa  279  1e-73  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4331  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  40.25 
 
 
441 aa  276  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1545  NADH dehydrogenase (quinone)  40.76 
 
 
668 aa  275  1.0000000000000001e-72  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.793702  normal  0.569986 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4354  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  40.25 
 
 
441 aa  276  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.168378  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4199  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  40.25 
 
 
441 aa  275  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0807  NADH dehydrogenase (quinone)  42.07 
 
 
404 aa  276  1.0000000000000001e-72  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1168  NADH dehydrogenase (quinone)  39.64 
 
 
538 aa  275  1.0000000000000001e-72  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.073062  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0157  NADH dehydrogenase (quinone)  35.45 
 
 
626 aa  274  3e-72  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1517  NADH dehydrogenase (quinone)  40.65 
 
 
427 aa  274  3e-72  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0559  NADH dehydrogenase (quinone)  35.74 
 
 
624 aa  275  3e-72  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.382532  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0109  NADH dehydrogenase (quinone)  34.52 
 
 
656 aa  274  3e-72  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2704  NADH dehydrogenase (quinone)  35.88 
 
 
603 aa  273  7e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.910602  normal  0.0334637 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2864  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  38.32 
 
 
454 aa  273  7e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0700873  hitchhiker  0.00675695 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1274  NADH dehydrogenase (quinone)  33.83 
 
 
562 aa  273  9e-72  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.651709 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3804  NADH dehydrogenase (quinone)  34.04 
 
 
595 aa  272  1e-71  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1887  NADH dehydrogenase (quinone)  35.06 
 
 
592 aa  272  1e-71  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0729  [Fe] hydrogenase, HymB subunit, putative  32.07 
 
 
623 aa  271  2e-71  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND04070  NADH-ubiquinone oxidoreductase 51 kDa subunit, putative  37.81 
 
 
534 aa  272  2e-71  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0216  NADH dehydrogenase (quinone)  38.99 
 
 
425 aa  271  2e-71  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_635  [Fe] hydrogenase, HymB subunit  33.33 
 
 
626 aa  270  5.9999999999999995e-71  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01800  NADH dehydrogenase I subunit F  33.71 
 
 
624 aa  270  8e-71  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.235185  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0748  NADH dehydrogenase I subunit F  41.36 
 
 
432 aa  269  8.999999999999999e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.147388  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4348  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  41.22 
 
 
441 aa  269  1e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.548898  normal  0.181766 
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_43184  predicted protein  40.75 
 
 
449 aa  269  1e-70  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.236516  normal  0.074058 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0661  NADH dehydrogenase (quinone)  34.03 
 
 
623 aa  269  1e-70  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.435318  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0864  hydrogenase subunit HymB, putative  33.65 
 
 
640 aa  268  2e-70  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1248  NADH dehydrogenase (quinone)  38.17 
 
 
604 aa  268  2e-70  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.600832  normal  0.0289049 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0226  NADH dehydrogenase (quinone)  33.97 
 
 
632 aa  268  2.9999999999999995e-70  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.096685  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0724  NADH dehydrogenase (quinone)  40.31 
 
 
485 aa  267  4e-70  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1027  NADH dehydrogenase I subunit F  40.43 
 
 
434 aa  266  5.999999999999999e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06320  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 51 kDa subunit  33.33 
 
 
594 aa  266  5.999999999999999e-70  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000903471  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1086  NADH dehydrogenase (quinone)  38.01 
 
 
526 aa  266  8e-70  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0919  NADH dehydrogenase (quinone)  33.78 
 
 
596 aa  266  8.999999999999999e-70  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2295  NADH dehydrogenase I subunit F  39.6 
 
 
428 aa  266  8.999999999999999e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0491  NADH dehydrogenase (quinone)  33.21 
 
 
623 aa  266  8.999999999999999e-70  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1560  NADH dehydrogenase I subunit F  39.7 
 
 
429 aa  265  2e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0472  NADH dehydrogenase (quinone)  37.79 
 
 
594 aa  265  3e-69  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.524488  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1923  NADH dehydrogenase (quinone)  34.29 
 
 
539 aa  264  4e-69  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2988  NADH dehydrogenase I subunit F  40.37 
 
 
432 aa  263  4.999999999999999e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.437641  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2055  NADH dehydrogenase I subunit F  41.49 
 
 
433 aa  263  4.999999999999999e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0517668  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1080  NADH dehydrogenase I subunit F  42.82 
 
 
433 aa  263  6e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.582859 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1305  NADH dehydrogenase I subunit F  39.79 
 
 
430 aa  263  6e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.652404  normal  0.801991 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1209  NADH dehydrogenase I subunit F  42.82 
 
 
433 aa  263  6e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.335616  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2233  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  34.35 
 
 
597 aa  263  6.999999999999999e-69  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>