More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1560 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012850  Rleg_1357  NADH dehydrogenase I subunit F  74.1 
 
 
434 aa  649    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.825639  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0802  NADH dehydrogenase I subunit F  73.99 
 
 
435 aa  639    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0807  NADH dehydrogenase I subunit F  73.75 
 
 
435 aa  635    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.662201  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0894  NADH dehydrogenase I subunit F  72.08 
 
 
434 aa  635    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.13206  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1265  NADH dehydrogenase I subunit F  73.86 
 
 
434 aa  649    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1882  NADH dehydrogenase I subunit F  73.92 
 
 
441 aa  635    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.394003 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1718  NADH dehydrogenase I subunit F  75.78 
 
 
434 aa  654    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3221  NADH dehydrogenase I subunit F  79.49 
 
 
429 aa  720    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1316  NADH dehydrogenase I subunit F  73.19 
 
 
433 aa  645    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.132795  normal  0.0201547 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4556  NADH dehydrogenase I subunit F  74.4 
 
 
441 aa  645    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.172083 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2923  NADH dehydrogenase I subunit F  74.58 
 
 
436 aa  646    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_43184  predicted protein  73.44 
 
 
449 aa  648    Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.236516  normal  0.074058 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1560  NADH dehydrogenase I subunit F  100 
 
 
429 aa  875    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2418  NADH dehydrogenase I subunit F  71.62 
 
 
435 aa  634    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2579  NADH dehydrogenase I subunit F  73.44 
 
 
441 aa  637    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.445028  normal  0.139963 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2295  NADH dehydrogenase I subunit F  74.76 
 
 
428 aa  656    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2408  NADH dehydrogenase I subunit F  73.44 
 
 
441 aa  637    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0121136 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2880  NADH dehydrogenase I subunit F  73.44 
 
 
441 aa  636    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.756344  normal  0.115348 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2215  NADH dehydrogenase I subunit F  74.4 
 
 
441 aa  636    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.298715  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2988  NADH dehydrogenase I subunit F  76.25 
 
 
432 aa  662    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.437641  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3333  NADH dehydrogenase I subunit F  77.46 
 
 
441 aa  692    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.240845  normal  0.194232 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1305  NADH dehydrogenase I subunit F  74.36 
 
 
430 aa  653    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.652404  normal  0.801991 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1027  NADH dehydrogenase I subunit F  77.8 
 
 
434 aa  669    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2394  NADH dehydrogenase I subunit F  74.1 
 
 
436 aa  638    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.140128  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4628  NADH dehydrogenase I subunit F  73.14 
 
 
433 aa  638    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.133099 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0926  NADH dehydrogenase I subunit F  72.85 
 
 
431 aa  677    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1360  NADH dehydrogenase I subunit F  71.83 
 
 
437 aa  641    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0315276  normal  0.0477199 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2243  NADH dehydrogenase I subunit F  71.93 
 
 
431 aa  649    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0486512  normal  0.115108 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4395  NADH dehydrogenase I subunit F  72.9 
 
 
433 aa  632  1e-180  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.768142  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4131  NADH dehydrogenase I subunit F  73.38 
 
 
433 aa  632  1e-180  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.519753  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0748  NADH dehydrogenase I subunit F  71.53 
 
 
432 aa  633  1e-180  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.147388  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1014  NADH dehydrogenase I subunit F  73.38 
 
 
433 aa  628  1e-179  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2518  NADH dehydrogenase I subunit F  68.91 
 
 
431 aa  630  1e-179  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1180  NADH dehydrogenase I subunit F  68.91 
 
 
431 aa  629  1e-179  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.258408  normal  0.998026 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3293  NADH dehydrogenase I subunit F  72.49 
 
 
441 aa  630  1e-179  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1209  NADH dehydrogenase I subunit F  73.86 
 
 
433 aa  630  1e-179  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.335616  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1080  NADH dehydrogenase I subunit F  73.86 
 
 
433 aa  630  1e-179  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.582859 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0486  NADH dehydrogenase I subunit F  68.94 
 
 
427 aa  626  1e-178  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1179  NADH dehydrogenase I subunit F  71 
 
 
431 aa  625  1e-178  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.049393  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2001  NADH dehydrogenase I subunit F  68.45 
 
 
431 aa  624  1e-178  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.675506  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2055  NADH dehydrogenase I subunit F  72.9 
 
 
433 aa  625  1e-178  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0517668  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05629  NADH-ubiquinone oxidoreductase 51 kDa subunit, mitochondrial precursor (Eurofung)  68.94 
 
 
497 aa  621  1e-177  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0623546 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0548  NADH dehydrogenase I subunit F  68.9 
 
 
427 aa  616  1e-175  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0976  NADH dehydrogenase I subunit F  69.38 
 
 
417 aa  610  1e-173  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0783  NADH dehydrogenase I subunit F  69.78 
 
 
435 aa  608  1e-173  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.860034  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2828  NADH dehydrogenase I subunit F  72.94 
 
 
439 aa  609  1e-173  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.256146  normal  0.149057 
 
 
-
 
NC_006686  CND04070  NADH-ubiquinone oxidoreductase 51 kDa subunit, putative  67.7 
 
 
534 aa  607  9.999999999999999e-173  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_43944  predicted protein  67.76 
 
 
493 aa  607  9.999999999999999e-173  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.323695  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_31688  NADH-ubiquinone oxidoreductase 51 kDa subunit, mitochondrial precursor (Complex I-51KD) (CI-51KD)  67.38 
 
 
484 aa  595  1e-169  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.472796  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0714  NADH dehydrogenase I subunit F  63.79 
 
 
413 aa  549  1e-155  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.657968  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3630  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  61.11 
 
 
424 aa  486  1e-136  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.414875 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1965  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  55.16 
 
 
425 aa  459  9.999999999999999e-129  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.789602  normal  0.0852998 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0991  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  54.25 
 
 
425 aa  447  1.0000000000000001e-124  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.315379  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1760  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  53.54 
 
 
426 aa  448  1.0000000000000001e-124  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2831  NADH dehydrogenase I chain F  53.68 
 
 
425 aa  441  9.999999999999999e-123  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2700  NADH dehydrogenase I chain F  53.68 
 
 
425 aa  441  9.999999999999999e-123  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1096  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  54.66 
 
 
425 aa  440  9.999999999999999e-123  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.763284  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1147  NADH-quinone oxidoreductase, chain F  57.07 
 
 
426 aa  436  1e-121  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.450213  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2560  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  59.37 
 
 
427 aa  436  1e-121  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.652928  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0713  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  56.56 
 
 
426 aa  437  1e-121  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.591559  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3251  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  53.21 
 
 
467 aa  432  1e-120  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.915632  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2625  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  52.84 
 
 
427 aa  432  1e-120  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2252  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  52.84 
 
 
427 aa  432  1e-120  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000522116 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2808  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  53.1 
 
 
452 aa  428  1e-119  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.318521 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0550  NADH-quinone oxidoreductase chain F  52.18 
 
 
422 aa  427  1e-118  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.842517  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0954  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  52.4 
 
 
442 aa  426  1e-118  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.613915 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1613  NADH dehydrogenase (ubiquinone), F subunit  52.18 
 
 
422 aa  428  1e-118  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1498  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  52.57 
 
 
458 aa  426  1e-118  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.275368  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5175  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  53.48 
 
 
452 aa  426  1e-118  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.82972  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3505  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  53.86 
 
 
446 aa  422  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0877  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  52.63 
 
 
453 aa  422  1e-117  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01292  NADH-quinone oxidoreductase, f subunit  52.04 
 
 
444 aa  422  1e-117  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.314011  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1268  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  52.45 
 
 
452 aa  424  1e-117  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.262247  normal  0.27645 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2057  NADH dehydrogenase I chain F  52.7 
 
 
431 aa  421  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.728933  normal  0.0269366 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1959  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  53.37 
 
 
429 aa  420  1e-116  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00121653  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0962  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  52.39 
 
 
453 aa  421  1e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0089517 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0932  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  51.83 
 
 
431 aa  417  9.999999999999999e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.5981  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1886  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  52.21 
 
 
431 aa  418  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.415851  normal  0.35892 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2209  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  52.21 
 
 
431 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.377911 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2826  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  51.69 
 
 
446 aa  416  9.999999999999999e-116  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0359658  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1408  NADH dehydrogenase (quinone)  53.03 
 
 
448 aa  412  1e-114  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.344302  normal  0.160337 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0822  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  54.93 
 
 
426 aa  412  1e-114  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.76792  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2056  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  54.52 
 
 
441 aa  412  1e-114  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2004  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  51.43 
 
 
442 aa  414  1e-114  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462519  normal  0.256027 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4354  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  52.11 
 
 
441 aa  410  1e-113  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.168378  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0274  NADH dehydrogenase (quinone)  51.18 
 
 
444 aa  409  1e-113  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1304  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  50.48 
 
 
436 aa  408  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1747  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  52.96 
 
 
439 aa  408  1e-113  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0966  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  52.57 
 
 
431 aa  409  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286916  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1440  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  50.48 
 
 
436 aa  408  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0584655  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5572  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  50.48 
 
 
436 aa  409  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.294569  normal  0.298665 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1066  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  50.71 
 
 
436 aa  409  1e-113  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0842517  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4199  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  52.11 
 
 
441 aa  410  1e-113  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3209  putative NADH dehydrogenase I (chain F), NuoF  51.43 
 
 
442 aa  411  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.489699  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1348  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  50.95 
 
 
442 aa  410  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.020872  hitchhiker  0.00762126 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4331  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  52.11 
 
 
441 aa  410  1e-113  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1429  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  53.57 
 
 
473 aa  409  1e-113  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.332144  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1824  NADH dehydrogenase I, F subunit  50 
 
 
436 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1135  NADH dehydrogenase I, F subunit  50 
 
 
436 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.305748  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1295  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  50.24 
 
 
436 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>