More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3191 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA2577  dehydrogenase subunit, putative  60.77 
 
 
561 aa  648    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3925  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  70.32 
 
 
562 aa  828    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1281  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  80.79 
 
 
565 aa  941    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.532683  normal  0.302449 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4581  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  59.82 
 
 
572 aa  635    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.531155 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3267  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  61.34 
 
 
572 aa  654    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00072788  normal  0.294343 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0294  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  60.47 
 
 
572 aa  639    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.972061  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3191  NADH dehydrogenase (quinone)  100 
 
 
562 aa  1157    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5042  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  59.82 
 
 
572 aa  635    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.558734  normal  0.200825 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6172  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  59.64 
 
 
572 aa  633  1e-180  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8359  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  60.18 
 
 
567 aa  625  1e-178  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5227  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  60.18 
 
 
572 aa  625  1e-178  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00138692  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2428  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  59.23 
 
 
557 aa  623  1e-177  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0996  NADH dehydrogenase (quinone)  59.96 
 
 
595 aa  618  1e-175  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1110  NADH dehydrogenase (quinone)  55.01 
 
 
600 aa  609  1e-173  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4652  NADH dehydrogenase (quinone)  54.94 
 
 
580 aa  601  1e-170  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.198503  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4073  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  54.67 
 
 
612 aa  597  1e-169  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2804  NADH dehydrogenase (quinone)  57.98 
 
 
566 aa  596  1e-169  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.235735  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0825  NADH dehydrogenase (quinone)  54.75 
 
 
600 aa  594  1e-168  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2512  NADH dehydrogenase (quinone)  55.27 
 
 
563 aa  585  1e-166  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.477577  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2822  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  58.38 
 
 
585 aa  579  1e-164  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.112551  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3471  NADH dehydrogenase (quinone)  52.51 
 
 
640 aa  576  1.0000000000000001e-163  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.119325 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0338  NADH dehydrogenase (quinone)  55.22 
 
 
573 aa  576  1.0000000000000001e-163  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3270  NADH dehydrogenase (quinone)  54.01 
 
 
591 aa  557  1e-157  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2798  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  50.33 
 
 
661 aa  545  1e-154  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0743425  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0173  NADH dehydrogenase (quinone)  36.19 
 
 
597 aa  326  8.000000000000001e-88  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1338  NADH dehydrogenase (quinone)  35.55 
 
 
572 aa  317  4e-85  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2713  NADH dehydrogenase (quinone)  36.9 
 
 
552 aa  317  5e-85  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1365  NADH dehydrogenase (quinone)  38.68 
 
 
532 aa  316  9e-85  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.529964  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4112  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  35.75 
 
 
656 aa  315  1.9999999999999998e-84  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.483313  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3542  NADH dehydrogenase (quinone)  37.85 
 
 
537 aa  311  2e-83  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0099  NADH dehydrogenase (quinone)  33.85 
 
 
597 aa  310  4e-83  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.953797  hitchhiker  0.000000556523 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4654  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  35.56 
 
 
535 aa  309  1.0000000000000001e-82  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4166  NADH dehydrogenase (quinone)  37.02 
 
 
530 aa  307  3e-82  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1248  NADH dehydrogenase (quinone)  35.98 
 
 
604 aa  305  1.0000000000000001e-81  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.600832  normal  0.0289049 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0109  NADH dehydrogenase (quinone)  42.28 
 
 
656 aa  305  1.0000000000000001e-81  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1170  NADH dehydrogenase (quinone)  34.56 
 
 
602 aa  305  1.0000000000000001e-81  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2479  NADH dehydrogenase (quinone)  38.12 
 
 
535 aa  305  2.0000000000000002e-81  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.858375  normal  0.575903 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3830  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  35.34 
 
 
677 aa  303  5.000000000000001e-81  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1110  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  36.17 
 
 
569 aa  302  1e-80  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.163971 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2721  NAD-reducing hydrogenase, alpha subunit  34.98 
 
 
570 aa  301  3e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1828  NADH dehydrogenase (quinone)  41.73 
 
 
407 aa  301  3e-80  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0993  NADH dehydrogenase (quinone)  34.17 
 
 
610 aa  300  3e-80  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0935  NADH dehydrogenase (quinone)  34.17 
 
 
607 aa  297  4e-79  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0913  NADH dehydrogenase (quinone)  34.17 
 
 
607 aa  297  4e-79  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06320  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 51 kDa subunit  35.59 
 
 
594 aa  296  7e-79  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000903471  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1517  NADH dehydrogenase (quinone)  40.19 
 
 
427 aa  296  9e-79  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1018  NADH dehydrogenase (quinone)  40.37 
 
 
407 aa  295  2e-78  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1368  NADH dehydrogenase (quinone)  35.36 
 
 
626 aa  293  4e-78  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2794  NADH dehydrogenase (quinone)  35.8 
 
 
572 aa  293  5e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3618  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  39.95 
 
 
421 aa  293  6e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.997911  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0559  NADH dehydrogenase (quinone)  34.03 
 
 
624 aa  293  6e-78  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.382532  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1318  NADH dehydrogenase (quinone)  35.17 
 
 
626 aa  292  9e-78  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1397  NADH dehydrogenase (quinone)  41.92 
 
 
597 aa  292  1e-77  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0209404  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0098  NADH dehydrogenase (quinone)  34.77 
 
 
535 aa  292  1e-77  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0095  NADH dehydrogenase (quinone)  34.77 
 
 
535 aa  291  2e-77  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.693174 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3804  NADH dehydrogenase (quinone)  35.21 
 
 
595 aa  291  2e-77  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0919  NADH dehydrogenase (quinone)  34.62 
 
 
596 aa  291  3e-77  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0157  NADH dehydrogenase (quinone)  34.67 
 
 
626 aa  290  3e-77  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0472  NADH dehydrogenase (quinone)  39.39 
 
 
594 aa  291  3e-77  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.524488  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2804  NADH dehydrogenase (quinone)  35.41 
 
 
636 aa  290  4e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.260588 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3600  NADH dehydrogenase (quinone)  33.46 
 
 
614 aa  290  6e-77  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0216  NADH dehydrogenase (quinone)  41.54 
 
 
425 aa  290  7e-77  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1604  NADP-reducing hydrogenase chain C  39.49 
 
 
486 aa  289  9e-77  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1634  NADP-reducing hydrogenase chain C  39.24 
 
 
486 aa  289  1e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000096005  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1844  NADP-reducing hydrogenase chain C  39.24 
 
 
486 aa  289  1e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2708  NADH dehydrogenase I, F subunit  40 
 
 
488 aa  289  1e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1923  NADH dehydrogenase (quinone)  35.96 
 
 
539 aa  288  2e-76  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1450  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  35.21 
 
 
636 aa  288  2e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101445  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0624  NADH dehydrogenase (quinone)  32.49 
 
 
614 aa  287  2.9999999999999996e-76  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000168904  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_635  [Fe] hydrogenase, HymB subunit  34.95 
 
 
626 aa  287  2.9999999999999996e-76  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1355  NADH dehydrogenase I, F subunit  43 
 
 
427 aa  286  5.999999999999999e-76  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0661  NADH dehydrogenase (quinone)  34.95 
 
 
623 aa  286  7e-76  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.435318  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0491  NADH dehydrogenase (quinone)  42.03 
 
 
623 aa  285  1.0000000000000001e-75  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0729  [Fe] hydrogenase, HymB subunit, putative  34.95 
 
 
623 aa  285  2.0000000000000002e-75  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0272  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  41.27 
 
 
434 aa  285  2.0000000000000002e-75  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4052  NADH dehydrogenase (quinone)  35.52 
 
 
543 aa  284  3.0000000000000004e-75  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.166316 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4199  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  39.8 
 
 
441 aa  283  5.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4354  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  39.8 
 
 
441 aa  283  5.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.168378  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4331  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  39.8 
 
 
441 aa  283  5.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0784  NADH dehydrogenase (quinone)  39.9 
 
 
408 aa  283  6.000000000000001e-75  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0226  NADH dehydrogenase (quinone)  38.52 
 
 
632 aa  283  7.000000000000001e-75  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.096685  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1044  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  40.65 
 
 
434 aa  283  8.000000000000001e-75  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0864  hydrogenase subunit HymB, putative  38.14 
 
 
640 aa  282  1e-74  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0696  NADH dehydrogenase (quinone)  39.39 
 
 
545 aa  282  1e-74  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000417436  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0703  NADH dehydrogenase (quinone)  32.95 
 
 
588 aa  282  1e-74  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3350  NADH dehydrogenase I, F subunit  39.75 
 
 
591 aa  282  1e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.50901  normal  0.051471 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0720  NADH dehydrogenase (quinone)  39.39 
 
 
545 aa  282  1e-74  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00999729  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0657  NADH dehydrogenase (quinone)  34.13 
 
 
590 aa  281  3e-74  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.210561  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1024  NADH dehydrogenase (quinone)  40.42 
 
 
407 aa  281  3e-74  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0341  NADH dehydrogenase (quinone)  33.92 
 
 
597 aa  281  3e-74  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.024737  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0332  NADH dehydrogenase (quinone)  34.3 
 
 
629 aa  280  5e-74  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0807  NADH dehydrogenase (quinone)  40.6 
 
 
404 aa  280  7e-74  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5058  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  38.48 
 
 
439 aa  279  9e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0149  NADH dehydrogenase (quinone)  33.53 
 
 
596 aa  279  1e-73  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1701  NADH dehydrogenase (quinone)  34.37 
 
 
604 aa  279  1e-73  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4413  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  39.1 
 
 
433 aa  277  4e-73  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0724  NADH dehydrogenase (quinone)  39.75 
 
 
485 aa  276  6e-73  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4005  NADH dehydrogenase (quinone)  39.49 
 
 
593 aa  276  8e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.42089e-25 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1168  NADH dehydrogenase (quinone)  37.22 
 
 
538 aa  276  8e-73  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.073062  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1655  NADH dehydrogenase (quinone)  40.21 
 
 
627 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>