More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3270 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA2577  dehydrogenase subunit, putative  62.85 
 
 
561 aa  703    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2798  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  66.45 
 
 
661 aa  806    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0743425  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4652  NADH dehydrogenase (quinone)  64.84 
 
 
580 aa  701    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.198503  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3270  NADH dehydrogenase (quinone)  100 
 
 
591 aa  1207    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1110  NADH dehydrogenase (quinone)  65.37 
 
 
600 aa  813    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2804  NADH dehydrogenase (quinone)  63.45 
 
 
566 aa  705    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.235735  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0338  NADH dehydrogenase (quinone)  63.15 
 
 
573 aa  697    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2512  NADH dehydrogenase (quinone)  61.44 
 
 
563 aa  663    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.477577  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4073  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  71.72 
 
 
612 aa  860    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0825  NADH dehydrogenase (quinone)  73.68 
 
 
600 aa  868    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3471  NADH dehydrogenase (quinone)  67.1 
 
 
640 aa  814    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.119325 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3267  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  57.53 
 
 
572 aa  618  1e-176  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00072788  normal  0.294343 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8359  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  57.5 
 
 
567 aa  592  1e-168  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5227  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  57.5 
 
 
572 aa  593  1e-168  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00138692  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6172  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  55.57 
 
 
572 aa  585  1e-166  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4581  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  55.92 
 
 
572 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.531155 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5042  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  55.75 
 
 
572 aa  582  1e-164  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.558734  normal  0.200825 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0294  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  56.28 
 
 
572 aa  580  1e-164  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.972061  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1281  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  54.88 
 
 
565 aa  570  1e-161  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.532683  normal  0.302449 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0996  NADH dehydrogenase (quinone)  55.89 
 
 
595 aa  566  1e-160  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3925  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  53.63 
 
 
562 aa  564  1.0000000000000001e-159  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2428  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  54.87 
 
 
557 aa  559  1e-158  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3191  NADH dehydrogenase (quinone)  54.01 
 
 
562 aa  558  1e-157  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2822  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  54.35 
 
 
585 aa  509  1e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.112551  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0993  NADH dehydrogenase (quinone)  36.66 
 
 
610 aa  300  5e-80  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2713  NADH dehydrogenase (quinone)  36.51 
 
 
552 aa  300  7e-80  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0173  NADH dehydrogenase (quinone)  35.52 
 
 
597 aa  297  3e-79  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1170  NADH dehydrogenase (quinone)  35.32 
 
 
602 aa  295  1e-78  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0720  NADH dehydrogenase (quinone)  40.85 
 
 
545 aa  291  2e-77  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00999729  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4654  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  36.69 
 
 
535 aa  291  2e-77  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0696  NADH dehydrogenase (quinone)  40.85 
 
 
545 aa  291  2e-77  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000417436  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0935  NADH dehydrogenase (quinone)  37.3 
 
 
607 aa  289  1e-76  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0913  NADH dehydrogenase (quinone)  37.3 
 
 
607 aa  289  1e-76  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4112  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  35.57 
 
 
656 aa  287  2.9999999999999996e-76  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.483313  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1110  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  34.84 
 
 
569 aa  286  9e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.163971 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1338  NADH dehydrogenase (quinone)  35.24 
 
 
572 aa  284  3.0000000000000004e-75  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4166  NADH dehydrogenase (quinone)  36.13 
 
 
530 aa  283  7.000000000000001e-75  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1686  NADH dehydrogenase (quinone)  40 
 
 
545 aa  282  1e-74  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0109  NADH dehydrogenase (quinone)  39.48 
 
 
656 aa  282  1e-74  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0559  NADH dehydrogenase (quinone)  34.72 
 
 
624 aa  281  2e-74  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.382532  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2479  NADH dehydrogenase (quinone)  38.29 
 
 
535 aa  281  2e-74  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.858375  normal  0.575903 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3618  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  40 
 
 
421 aa  281  2e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.997911  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3830  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  36.68 
 
 
677 aa  281  3e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3542  NADH dehydrogenase (quinone)  35.55 
 
 
537 aa  281  3e-74  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1365  NADH dehydrogenase (quinone)  36.11 
 
 
532 aa  280  6e-74  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.529964  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3391  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  39.95 
 
 
451 aa  280  6e-74  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0099  NADH dehydrogenase (quinone)  34.55 
 
 
597 aa  279  9e-74  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.953797  hitchhiker  0.000000556523 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3084  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  39.55 
 
 
422 aa  279  1e-73  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1828  NADH dehydrogenase (quinone)  39.49 
 
 
407 aa  278  2e-73  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0919  NADH dehydrogenase (quinone)  33.78 
 
 
596 aa  277  3e-73  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0332  NADH dehydrogenase (quinone)  33.78 
 
 
629 aa  277  4e-73  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0098  NADH dehydrogenase (quinone)  35.81 
 
 
535 aa  277  5e-73  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0095  NADH dehydrogenase (quinone)  35.81 
 
 
535 aa  276  6e-73  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.693174 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0472  NADH dehydrogenase (quinone)  40.15 
 
 
594 aa  275  2.0000000000000002e-72  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.524488  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2721  NAD-reducing hydrogenase, alpha subunit  35 
 
 
570 aa  274  3e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1044  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  39.5 
 
 
434 aa  273  5.000000000000001e-72  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06320  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 51 kDa subunit  34.11 
 
 
594 aa  273  7e-72  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000903471  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0991  NADH dehydrogenase (quinone)  39.9 
 
 
539 aa  273  7e-72  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0624  NADH dehydrogenase (quinone)  32.17 
 
 
614 aa  273  9e-72  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000168904  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2238  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  39.21 
 
 
449 aa  272  1e-71  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1248  NADH dehydrogenase (quinone)  38.23 
 
 
604 aa  272  2e-71  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.600832  normal  0.0289049 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1018  NADH dehydrogenase (quinone)  40.95 
 
 
407 aa  271  2e-71  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1168  NADH dehydrogenase (quinone)  38.6 
 
 
538 aa  271  2.9999999999999997e-71  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.073062  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3804  NADH dehydrogenase (quinone)  40.3 
 
 
595 aa  270  4e-71  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2295  NADH dehydrogenase I subunit F  39.42 
 
 
428 aa  270  4e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1718  NADH dehydrogenase I subunit F  39.16 
 
 
434 aa  270  7e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2864  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  37.84 
 
 
454 aa  270  8e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0700873  hitchhiker  0.00675695 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0226  NADH dehydrogenase (quinone)  39.75 
 
 
632 aa  269  8.999999999999999e-71  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.096685  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0657  NADH dehydrogenase (quinone)  39.02 
 
 
590 aa  269  1e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.210561  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3600  NADH dehydrogenase (quinone)  32.18 
 
 
614 aa  268  1e-70  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1517  NADH dehydrogenase (quinone)  39.38 
 
 
427 aa  269  1e-70  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0864  hydrogenase subunit HymB, putative  38.15 
 
 
640 aa  267  4e-70  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0548  NADH dehydrogenase I subunit F  39.26 
 
 
427 aa  266  8e-70  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2794  NADH dehydrogenase (quinone)  37.08 
 
 
572 aa  266  8.999999999999999e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1923  NADH dehydrogenase (quinone)  36.38 
 
 
539 aa  266  8.999999999999999e-70  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4354  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  40.3 
 
 
441 aa  265  1e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.168378  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND04070  NADH-ubiquinone oxidoreductase 51 kDa subunit, putative  40.11 
 
 
534 aa  265  1e-69  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1397  NADH dehydrogenase (quinone)  35.31 
 
 
597 aa  265  1e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0209404  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4199  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  40.3 
 
 
441 aa  265  1e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4331  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  40.3 
 
 
441 aa  265  1e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1965  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  39.45 
 
 
425 aa  266  1e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.789602  normal  0.0852998 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0157  NADH dehydrogenase (quinone)  34.42 
 
 
626 aa  265  2e-69  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0748  NADH dehydrogenase I subunit F  37.75 
 
 
432 aa  265  2e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.147388  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3221  NADH dehydrogenase I subunit F  38.33 
 
 
429 aa  265  2e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1209  NADH dehydrogenase I subunit F  38.67 
 
 
433 aa  264  3e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.335616  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2055  NADH dehydrogenase I subunit F  38.14 
 
 
433 aa  264  3e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0517668  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1086  NADH dehydrogenase (quinone)  37.56 
 
 
526 aa  264  3e-69  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1080  NADH dehydrogenase I subunit F  38.67 
 
 
433 aa  264  3e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.582859 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4395  NADH dehydrogenase I subunit F  38.92 
 
 
433 aa  264  3e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.768142  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1360  NADH dehydrogenase I subunit F  37.68 
 
 
437 aa  264  3e-69  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0315276  normal  0.0477199 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1357  NADH dehydrogenase I subunit F  38.98 
 
 
434 aa  264  4e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.825639  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3224  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  39.7 
 
 
439 aa  264  4e-69  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00762011 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1265  NADH dehydrogenase I subunit F  38.74 
 
 
434 aa  263  4.999999999999999e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2988  NADH dehydrogenase I subunit F  39.13 
 
 
432 aa  263  4.999999999999999e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.437641  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0149  NADH dehydrogenase (quinone)  34.22 
 
 
596 aa  263  6e-69  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_43184  predicted protein  37.97 
 
 
449 aa  263  6.999999999999999e-69  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.236516  normal  0.074058 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1305  NADH dehydrogenase I subunit F  38.24 
 
 
430 aa  263  6.999999999999999e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.652404  normal  0.801991 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0724  NADH dehydrogenase (quinone)  38.93 
 
 
485 aa  263  6.999999999999999e-69  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4052  NADH dehydrogenase (quinone)  35.88 
 
 
543 aa  263  8e-69  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.166316 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1027  NADH dehydrogenase I subunit F  38.92 
 
 
434 aa  263  8.999999999999999e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>