More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1718 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_1357  NADH dehydrogenase I subunit F  92.63 
 
 		 434 aa  850    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.825639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2001  NADH dehydrogenase I subunit F  74.82 
 
 		 431 aa  677    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.675506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0802  NADH dehydrogenase I subunit F  87.36 
 
 		 435 aa  799    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4131  NADH dehydrogenase I subunit F  77.86 
 
 		 433 aa  701    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.519753  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0807  NADH dehydrogenase I subunit F  86.9 
 
 		 435 aa  793    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.662201  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4556  NADH dehydrogenase I subunit F  80.19 
 
 		 441 aa  714    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.172083 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4395  NADH dehydrogenase I subunit F  78.1 
 
 		 433 aa  699    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.768142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1316  NADH dehydrogenase I subunit F  78.47 
 
 		 433 aa  693    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.132795  normal  0.0201547 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2988  NADH dehydrogenase I subunit F  72.25 
 
 		 432 aa  654    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.437641  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3333  NADH dehydrogenase I subunit F  73.81 
 
 		 441 aa  659    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.240845  normal  0.194232 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1882  NADH dehydrogenase I subunit F  77.36 
 
 		 441 aa  691    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.394003 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2923  NADH dehydrogenase I subunit F  78.1 
 
 		 436 aa  694    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2518  NADH dehydrogenase I subunit F  75.3 
 
 		 431 aa  683    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0894  NADH dehydrogenase I subunit F  84.79 
 
 		 434 aa  780    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.13206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1209  NADH dehydrogenase I subunit F  75.63 
 
 		 433 aa  688    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.335616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0783  NADH dehydrogenase I subunit F  83.73 
 
 		 435 aa  757    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.860034  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1560  NADH dehydrogenase I subunit F  75.78 
 
 		 429 aa  654    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1014  NADH dehydrogenase I subunit F  75.86 
 
 		 433 aa  687    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2579  NADH dehydrogenase I subunit F  78.39 
 
 		 441 aa  714    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.445028  normal  0.139963 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2295  NADH dehydrogenase I subunit F  74.41 
 
 		 428 aa  668    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1179  NADH dehydrogenase I subunit F  79.19 
 
 		 431 aa  689    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.049393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2408  NADH dehydrogenase I subunit F  77.93 
 
 		 441 aa  715    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0121136 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2880  NADH dehydrogenase I subunit F  78.39 
 
 		 441 aa  713    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.756344  normal  0.115348 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2215  NADH dehydrogenase I subunit F  77.59 
 
 		 441 aa  692    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.298715  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2418  NADH dehydrogenase I subunit F  86.44 
 
 		 435 aa  793    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4628  NADH dehydrogenase I subunit F  80.71 
 
 		 433 aa  723    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.133099 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2394  NADH dehydrogenase I subunit F  78.57 
 
 		 436 aa  699    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.140128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0748  NADH dehydrogenase I subunit F  77.27 
 
 		 432 aa  684    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.147388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1305  NADH dehydrogenase I subunit F  72.18 
 
 		 430 aa  657    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.652404  normal  0.801991 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1027  NADH dehydrogenase I subunit F  84.1 
 
 		 434 aa  768    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2055  NADH dehydrogenase I subunit F  77.38 
 
 		 433 aa  695    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0517668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3221  NADH dehydrogenase I subunit F  77.47 
 
 		 429 aa  705    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2828  NADH dehydrogenase I subunit F  74.08 
 
 		 439 aa  644    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.256146  normal  0.149057 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1360  NADH dehydrogenase I subunit F  72.55 
 
 		 437 aa  651    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0315276  normal  0.0477199 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1180  NADH dehydrogenase I subunit F  75.3 
 
 		 431 aa  682    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.258408  normal  0.998026 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1718  NADH dehydrogenase I subunit F  100 
 
 		 434 aa  902    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_43184  predicted protein  72.86 
 
 		 449 aa  653    Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.236516  normal  0.074058 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1265  NADH dehydrogenase I subunit F  92.4 
 
 		 434 aa  849    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1080  NADH dehydrogenase I subunit F  75.63 
 
 		 433 aa  688    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.582859 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2243  NADH dehydrogenase I subunit F  78.42 
 
 		 431 aa  702    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0486512  normal  0.115108 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3293  NADH dehydrogenase I subunit F  78.62 
 
 		 441 aa  717    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0926  NADH dehydrogenase I subunit F  70.24 
 
 		 431 aa  629  1e-179  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND04070  NADH-ubiquinone oxidoreductase 51 kDa subunit, putative  65.41 
 
 		 534 aa  601  1e-170  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05629  NADH-ubiquinone oxidoreductase 51 kDa subunit, mitochondrial precursor (Eurofung)  65.48 
 
 		 497 aa  597  1e-169  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.0623546 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0486  NADH dehydrogenase I subunit F  65.49 
 
 		 427 aa  592  1e-168  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_43944  predicted protein  64.29 
 
 		 493 aa  586  1e-166  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.323695  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0548  NADH dehydrogenase I subunit F  64.32 
 
 		 427 aa  582  1.0000000000000001e-165  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_31688  NADH-ubiquinone oxidoreductase 51 kDa subunit, mitochondrial precursor (Complex I-51KD) (CI-51KD)  64.24 
 
 		 484 aa  578  1e-164  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.472796  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0976  NADH dehydrogenase I subunit F  64.9 
 
 		 417 aa  568  1e-161  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0714  NADH dehydrogenase I subunit F  62.98 
 
 		 413 aa  546  1e-154  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.657968  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3630  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  55.85 
 
 		 424 aa  448  1.0000000000000001e-124  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.414875 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1965  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  52.61 
 
 		 425 aa  439  9.999999999999999e-123  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.789602  normal  0.0852998 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0713  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  52.78 
 
 		 426 aa  435  1e-121  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.591559  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2625  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  50.46 
 
 		 427 aa  433  1e-120  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0991  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  52.18 
 
 		 425 aa  433  1e-120  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.315379  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2252  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  50.46 
 
 		 427 aa  433  1e-120  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000522116 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2560  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  56.65 
 
 		 427 aa  424  1e-117  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.652928  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2831  NADH dehydrogenase I chain F  51.37 
 
 		 425 aa  419  1e-116  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2700  NADH dehydrogenase I chain F  51.37 
 
 		 425 aa  419  1e-116  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5175  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  50.12 
 
 		 452 aa  421  1e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.82972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1760  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  52.25 
 
 		 426 aa  419  1e-116  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1959  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  52.11 
 
 		 429 aa  419  1e-116  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00121653  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0877  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  51.72 
 
 		 453 aa  416  9.999999999999999e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0954  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  52.1 
 
 		 442 aa  416  9.999999999999999e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.613915 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3251  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  50.35 
 
 		 467 aa  415  9.999999999999999e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.915632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1268  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  52.2 
 
 		 452 aa  416  9.999999999999999e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.262247  normal  0.27645 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1147  NADH-quinone oxidoreductase, chain F  51.12 
 
 		 426 aa  413  1e-114  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.450213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0962  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  51.47 
 
 		 453 aa  415  1e-114  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089517 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2808  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  51.13 
 
 		 452 aa  412  1e-114  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.318521 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01292  NADH-quinone oxidoreductase, f subunit  51.82 
 
 		 444 aa  409  1e-113  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.314011  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1096  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  53.85 
 
 		 425 aa  409  1e-113  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.763284  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6089  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  52.21 
 
 		 447 aa  408  1.0000000000000001e-112  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0248618 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3505  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  51.12 
 
 		 446 aa  405  1.0000000000000001e-112  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0550  NADH-quinone oxidoreductase chain F  50.5 
 
 		 422 aa  406  1.0000000000000001e-112  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.842517  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0543  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  53.08 
 
 		 443 aa  407  1.0000000000000001e-112  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.315884  normal  0.338133 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1498  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  49.77 
 
 		 458 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.275368  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2826  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  50.47 
 
 		 446 aa  407  1.0000000000000001e-112  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0359658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0274  NADH dehydrogenase (quinone)  51.67 
 
 		 444 aa  407  1.0000000000000001e-112  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1613  NADH dehydrogenase (ubiquinone), F subunit  50.5 
 
 		 422 aa  407  1.0000000000000001e-112  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1886  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  49.88 
 
 		 431 aa  402  1e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.415851  normal  0.35892 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2057  NADH dehydrogenase I chain F  50.37 
 
 		 431 aa  404  1e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.728933  normal  0.0269366 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03210  NADH dehydrogenase subunit F  52.47 
 
 		 424 aa  404  1e-111  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.589987  normal  0.53715 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2056  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  53.87 
 
 		 441 aa  404  1e-111  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1408  NADH dehydrogenase (quinone)  50.73 
 
 		 448 aa  404  1e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.344302  normal  0.160337 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0245  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  51.44 
 
 		 444 aa  405  1e-111  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0397  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  49.38 
 
 		 706 aa  398  9.999999999999999e-111  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2209  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  49.88 
 
 		 431 aa  401  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.377911 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1872  NADH-quinone oxidoreductase F subunit  48.64 
 
 		 438 aa  400  9.999999999999999e-111  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.901047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1429  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  50.72 
 
 		 473 aa  399  9.999999999999999e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.332144  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1278  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  49.75 
 
 		 444 aa  395  1e-109  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.327335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0822  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  50.63 
 
 		 426 aa  397  1e-109  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.76792  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4199  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  51.45 
 
 		 441 aa  397  1e-109  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0932  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  48.64 
 
 		 431 aa  396  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.5981  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4354  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  51.45 
 
 		 441 aa  397  1e-109  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.168378  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4331  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  51.45 
 
 		 441 aa  397  1e-109  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1440  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  48.76 
 
 		 436 aa  392  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0584655  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1295  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  48.76 
 
 		 436 aa  393  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1066  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  48.76 
 
 		 436 aa  393  1e-108  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0842517  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3209  putative NADH dehydrogenase I (chain F), NuoF  49 
 
 		 442 aa  393  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.489699  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1545  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  50.5 
 
 		 438 aa  392  1e-108  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.349481  normal  0.139293 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>