More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1281 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1281  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  100 
 
 
565 aa  1151    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.532683  normal  0.302449 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2577  dehydrogenase subunit, putative  62.55 
 
 
561 aa  657    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3267  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  61.27 
 
 
572 aa  642    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00072788  normal  0.294343 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3925  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  68.65 
 
 
562 aa  807    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3191  NADH dehydrogenase (quinone)  80.79 
 
 
562 aa  920    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2428  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  61.89 
 
 
557 aa  634  1e-180  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5227  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  61.75 
 
 
572 aa  630  1e-179  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00138692  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0996  NADH dehydrogenase (quinone)  60.04 
 
 
595 aa  629  1e-179  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8359  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  61.75 
 
 
567 aa  630  1e-179  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0294  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  60.44 
 
 
572 aa  618  1e-176  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.972061  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6172  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  59.82 
 
 
572 aa  617  1e-175  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5042  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  59.96 
 
 
572 aa  614  9.999999999999999e-175  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.558734  normal  0.200825 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4581  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  59.96 
 
 
572 aa  613  9.999999999999999e-175  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.531155 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4652  NADH dehydrogenase (quinone)  57.58 
 
 
580 aa  601  1e-170  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.198503  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1110  NADH dehydrogenase (quinone)  55.48 
 
 
600 aa  601  1e-170  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0825  NADH dehydrogenase (quinone)  56.97 
 
 
600 aa  598  1e-169  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2512  NADH dehydrogenase (quinone)  57.92 
 
 
563 aa  592  1e-168  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.477577  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2804  NADH dehydrogenase (quinone)  60.36 
 
 
566 aa  585  1e-166  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.235735  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0338  NADH dehydrogenase (quinone)  57.53 
 
 
573 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4073  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  54.34 
 
 
612 aa  578  1e-164  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3471  NADH dehydrogenase (quinone)  55.11 
 
 
640 aa  580  1e-164  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.119325 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2822  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  57.12 
 
 
585 aa  568  1e-160  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.112551  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3270  NADH dehydrogenase (quinone)  54.88 
 
 
591 aa  548  1e-155  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2798  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  53.64 
 
 
661 aa  543  1e-153  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0743425  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4112  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  37.31 
 
 
656 aa  321  1.9999999999999998e-86  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.483313  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4654  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  37.19 
 
 
535 aa  318  2e-85  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0173  NADH dehydrogenase (quinone)  42.49 
 
 
597 aa  318  2e-85  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2713  NADH dehydrogenase (quinone)  37.3 
 
 
552 aa  314  2.9999999999999996e-84  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4166  NADH dehydrogenase (quinone)  37.02 
 
 
530 aa  313  5.999999999999999e-84  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1365  NADH dehydrogenase (quinone)  39.68 
 
 
532 aa  311  2.9999999999999997e-83  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.529964  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1338  NADH dehydrogenase (quinone)  35.66 
 
 
572 aa  310  4e-83  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3542  NADH dehydrogenase (quinone)  38.57 
 
 
537 aa  307  3e-82  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1170  NADH dehydrogenase (quinone)  35.66 
 
 
602 aa  306  5.0000000000000004e-82  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0099  NADH dehydrogenase (quinone)  34.3 
 
 
597 aa  306  6e-82  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.953797  hitchhiker  0.000000556523 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2721  NAD-reducing hydrogenase, alpha subunit  36.56 
 
 
570 aa  306  9.000000000000001e-82  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1110  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  37.55 
 
 
569 aa  305  1.0000000000000001e-81  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.163971 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1018  NADH dehydrogenase (quinone)  42.44 
 
 
407 aa  305  2.0000000000000002e-81  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1828  NADH dehydrogenase (quinone)  41.78 
 
 
407 aa  302  8.000000000000001e-81  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1248  NADH dehydrogenase (quinone)  36.65 
 
 
604 aa  301  2e-80  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.600832  normal  0.0289049 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0935  NADH dehydrogenase (quinone)  34.55 
 
 
607 aa  301  2e-80  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0913  NADH dehydrogenase (quinone)  34.55 
 
 
607 aa  301  2e-80  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2479  NADH dehydrogenase (quinone)  38.32 
 
 
535 aa  301  3e-80  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.858375  normal  0.575903 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1368  NADH dehydrogenase (quinone)  36.5 
 
 
626 aa  300  5e-80  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1318  NADH dehydrogenase (quinone)  36.31 
 
 
626 aa  299  8e-80  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0559  NADH dehydrogenase (quinone)  35.67 
 
 
624 aa  298  2e-79  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.382532  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0472  NADH dehydrogenase (quinone)  40.91 
 
 
594 aa  298  3e-79  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.524488  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0109  NADH dehydrogenase (quinone)  42.13 
 
 
656 aa  297  3e-79  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0095  NADH dehydrogenase (quinone)  35.63 
 
 
535 aa  295  1e-78  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.693174 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2794  NADH dehydrogenase (quinone)  37.01 
 
 
572 aa  295  1e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1517  NADH dehydrogenase (quinone)  39.95 
 
 
427 aa  294  2e-78  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5058  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  40.76 
 
 
439 aa  294  4e-78  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3350  NADH dehydrogenase I, F subunit  36.24 
 
 
591 aa  293  4e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.50901  normal  0.051471 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1024  NADH dehydrogenase (quinone)  42.48 
 
 
407 aa  293  4e-78  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0993  NADH dehydrogenase (quinone)  34.68 
 
 
610 aa  293  4e-78  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0098  NADH dehydrogenase (quinone)  35.43 
 
 
535 aa  293  5e-78  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1397  NADH dehydrogenase (quinone)  42.28 
 
 
597 aa  293  5e-78  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0209404  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0343  NADH dehydrogenase I, F subunit  35.53 
 
 
591 aa  293  6e-78  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1044  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  42.75 
 
 
434 aa  293  6e-78  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3618  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  41.5 
 
 
421 aa  293  7e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.997911  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0919  NADH dehydrogenase (quinone)  35.4 
 
 
596 aa  292  9e-78  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3830  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  34.96 
 
 
677 aa  291  2e-77  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2804  NADH dehydrogenase (quinone)  35.92 
 
 
636 aa  290  4e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.260588 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4199  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  40.91 
 
 
441 aa  290  5.0000000000000004e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4331  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  40.91 
 
 
441 aa  290  5.0000000000000004e-77  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0696  NADH dehydrogenase (quinone)  40.66 
 
 
545 aa  290  5.0000000000000004e-77  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000417436  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4354  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  40.91 
 
 
441 aa  290  5.0000000000000004e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.168378  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1545  NADH dehydrogenase (quinone)  41.25 
 
 
668 aa  289  8e-77  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.793702  normal  0.569986 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0720  NADH dehydrogenase (quinone)  40.66 
 
 
545 aa  289  9e-77  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00999729  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0657  NADH dehydrogenase (quinone)  40.25 
 
 
590 aa  289  9e-77  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.210561  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4005  NADH dehydrogenase (quinone)  35.91 
 
 
593 aa  288  1e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.42089e-25 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06320  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 51 kDa subunit  34.95 
 
 
594 aa  288  2.9999999999999996e-76  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000903471  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3921  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  37.29 
 
 
593 aa  286  9e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4052  NADH dehydrogenase (quinone)  36.31 
 
 
543 aa  286  9e-76  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.166316 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3600  NADH dehydrogenase (quinone)  33.07 
 
 
614 aa  285  1.0000000000000001e-75  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1450  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  35.53 
 
 
636 aa  285  1.0000000000000001e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101445  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0491  NADH dehydrogenase (quinone)  40.71 
 
 
623 aa  283  5.000000000000001e-75  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0225  NADH dehydrogenase (quinone)  40.6 
 
 
417 aa  283  6.000000000000001e-75  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0703  NADH dehydrogenase (quinone)  33.27 
 
 
588 aa  283  7.000000000000001e-75  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0157  NADH dehydrogenase (quinone)  34.29 
 
 
626 aa  283  7.000000000000001e-75  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0216  NADH dehydrogenase (quinone)  42.35 
 
 
425 aa  282  9e-75  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2690  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  38.73 
 
 
438 aa  282  1e-74  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.363357  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4413  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  40.66 
 
 
433 aa  282  1e-74  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3804  NADH dehydrogenase (quinone)  33.91 
 
 
595 aa  282  1e-74  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2708  NADH dehydrogenase I, F subunit  39.71 
 
 
488 aa  281  2e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1857  NADH dehydrogenase (quinone)  38.37 
 
 
600 aa  281  2e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2704  NADH dehydrogenase (quinone)  40.4 
 
 
603 aa  281  2e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.910602  normal  0.0334637 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0624  NADH dehydrogenase (quinone)  31.52 
 
 
614 aa  281  2e-74  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000168904  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1168  NADH dehydrogenase (quinone)  36.63 
 
 
538 aa  281  2e-74  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.073062  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1355  NADH dehydrogenase I, F subunit  41.58 
 
 
427 aa  281  3e-74  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0226  NADH dehydrogenase (quinone)  39.69 
 
 
632 aa  281  3e-74  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.096685  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0272  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  41.67 
 
 
434 aa  281  3e-74  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0543  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  39.5 
 
 
443 aa  280  4e-74  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.315884  normal  0.338133 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3133  NADH dehydrogenase (quinone)  34.31 
 
 
590 aa  280  4e-74  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.846536  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_154  [Fe] hydrogenase, HymB subunit  40.1 
 
 
417 aa  280  4e-74  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0146  [Fe] hydrogenase, HymB subunit, putative  40.29 
 
 
417 aa  280  5e-74  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.28536  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2099  NADH dehydrogenase (quinone)  37.96 
 
 
634 aa  280  5e-74  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0860011  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0784  NADH dehydrogenase (quinone)  40.37 
 
 
408 aa  280  5e-74  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6089  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  40.81 
 
 
447 aa  280  6e-74  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0248618 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7686  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  41.27 
 
 
441 aa  279  8e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1634  NADP-reducing hydrogenase chain C  37.97 
 
 
486 aa  278  1e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000096005  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>