220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3978 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3978  RNA procession exonuclease-like protein  100 
 
 		 371 aa  751    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.107304  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0067  putative mRNA 3-end processing factor  70.81 
 
 		 357 aa  463  1e-129  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0289  putative mRNA 3-end processing factor  69.07 
 
 		 337 aa  456  1e-127  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4043  putative mRNA 3-end processing factor  61.7 
 
 		 337 aa  413  1e-114  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00669  RNA procession exonuclease-like protein  58.26 
 
 		 338 aa  406  1.0000000000000001e-112  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2803  putative mRNA 3-end processing factor  60.55 
 
 		 338 aa  397  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.196277 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4896  putative mRNA 3-end processing factor  61.23 
 
 		 335 aa  392  1e-108  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0913  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  59.63 
 
 		 336 aa  387  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.228952 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0794  putative mRNA 3-end processing factor  58.46 
 
 		 349 aa  381  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.682803 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0629  putative mRNA 3-end processing factor  59.75 
 
 		 365 aa  384  1e-105  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  decreased coverage  0.00579405 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6008  hypothetical protein  59.63 
 
 		 337 aa  381  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0552  hypothetical protein  57.89 
 
 		 347 aa  379  1e-104  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3560  putative mRNA 3-end processing factor  56.63 
 
 		 352 aa  379  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.146642  normal  0.26456 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0031  putative mRNA 3-end processing factor  57.88 
 
 		 334 aa  380  1e-104  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.321442  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1540  putative mRNA 3-end processing factor  59.13 
 
 		 345 aa  379  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3431  putative mRNA 3-end processing factor  56.63 
 
 		 352 aa  380  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.194998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0801  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  58.41 
 
 		 336 aa  379  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4616  putative mRNA 3-end processing factor  58.51 
 
 		 351 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0750  putative mRNA 3-end processing factor  58.88 
 
 		 356 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3236  putative mRNA 3-end processing factor  56.33 
 
 		 352 aa  377  1e-103  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0871  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  58.7 
 
 		 348 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0130781  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1612  RNA procession exonuclease-like protein  57.88 
 
 		 354 aa  377  1e-103  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0799  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  58.57 
 
 		 348 aa  373  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187593  normal  0.0112138 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3692  putative mRNA 3-end processing factor  55.69 
 
 		 351 aa  368  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0260  putative mRNA 3-end processing factor  56.8 
 
 		 344 aa  367  1e-100  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00946134 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1471  putative mRNA 3-end processing factor  56 
 
 		 348 aa  363  2e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0461  hypothetical protein  59.5 
 
 		 390 aa  361  1e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0411  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  58.26 
 
 		 329 aa  356  2.9999999999999997e-97  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1072  putative mRNA 3-end processing factor  54.41 
 
 		 344 aa  354  1e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0686869 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1042  exonuclease  44.77 
 
 		 328 aa  254  2.0000000000000002e-66  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.251284  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1460  exonuclease involved in mRNA processing  46.25 
 
 		 328 aa  254  2.0000000000000002e-66  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.562175  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4860  putative mRNA 3-end processing factor  43.2 
 
 		 375 aa  239  8e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3043  putative mRNA 3-end processing factor  42.55 
 
 		 346 aa  234  2.0000000000000002e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0285628  normal  0.582199 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0305  putative mRNA 3-end processing factor  43.5 
 
 		 366 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0310  putative mRNA 3-end processing factor  43.2 
 
 		 366 aa  233  3e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.169646 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0374  putative mRNA 3-end processing factor  42.86 
 
 		 371 aa  231  2e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2916  mRNA 3'-end processing factor  41.52 
 
 		 362 aa  228  9e-59  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07841  beta-lactamase fold exonuclease  35 
 
 		 328 aa  225  1e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.110589  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2561  putative mRNA 3-end processing factor  36.97 
 
 		 332 aa  223  3e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01738  mRNA 3'-end processing factor  44.37 
 
 		 340 aa  223  4e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3896  hypothetical protein  39.64 
 
 		 368 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170406  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2665  putative mRNA 3-end processing factor  42.42 
 
 		 335 aa  222  9.999999999999999e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14848 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1106  RNA processing exonuclease  42.38 
 
 		 338 aa  219  5e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.599734 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1077  putative mRNA 3-end processing factor  42.64 
 
 		 383 aa  219  7e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2959  mRNA 3'-end processing factor  43.14 
 
 		 332 aa  219  8.999999999999998e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.624115  hitchhiker  0.0000489273 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1146  RNA procession exonuclease-like protein  42.07 
 
 		 338 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2414  hypothetical protein  42.64 
 
 		 383 aa  218  1e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1582  RNA procession exonuclease-like protein  41.12 
 
 		 332 aa  217  2e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4134  hypothetical protein  39.14 
 
 		 348 aa  216  4e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07841  RNA processing exonuclease  34.33 
 
 		 328 aa  216  4e-55  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.160717  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4306  RNA procession exonuclease-like protein  42.07 
 
 		 338 aa  216  7e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2196  RNA procession exonuclease-like protein  42.3 
 
 		 335 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.260801  hitchhiker  0.00381998 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1135  RNA procession exonuclease-like protein  41.16 
 
 		 338 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5293  putative exonuclease involved in mRNA processing  40.31 
 
 		 382 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0734  hypothetical protein  33.66 
 
 		 328 aa  214  2.9999999999999995e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.536853  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1314  putative exonuclease involved in mRNA processing  40.62 
 
 		 383 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0772701  normal  0.174474 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3872  hypothetical protein  38.53 
 
 		 348 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1519  hypothetical protein  42.64 
 
 		 340 aa  212  5.999999999999999e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3335  RNA procession exonuclease  37.85 
 
 		 383 aa  212  7.999999999999999e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2587  hypothetical protein  43.85 
 
 		 342 aa  212  9e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00136385 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08581  RNA processing exonuclease  32.51 
 
 		 330 aa  211  1e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0814782  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1568  RNA procession exonuclease-like protein  43.97 
 
 		 358 aa  210  3e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.359999 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3523  RNA procession exonuclease  37.9 
 
 		 349 aa  207  2e-52  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4681  putative exonuclease involved in mRNA processing  40.81 
 
 		 350 aa  206  4e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388572  normal  0.0823984 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02275  hypothetical protein  38.36 
 
 		 347 aa  206  4e-52  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6856  hypothetical protein  36.45 
 
 		 340 aa  206  7e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.166328 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1212  hypothetical protein  40.36 
 
 		 344 aa  204  2e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766488 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1754  RNA procession exonuclease-like protein  36.42 
 
 		 351 aa  202  9.999999999999999e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1406  RNA procession exonuclease-like protein  34.88 
 
 		 313 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0847473 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0150  exonuclease of the beta-lactamase fold involved in RNA processing-like protein  37.25 
 
 		 355 aa  176  6e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.97 
 
 		 1017 aa  128  1.0000000000000001e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0060  putative mRNA 3'-end processing factor  32.04 
 
 		 330 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0072  putative mRNA 3'-end processing factor  31.72 
 
 		 330 aa  114  3e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0055  putative mRNA 3'-end processing factor  32.42 
 
 		 330 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0057  putative mRNA 3'-end processing factor  32.31 
 
 		 330 aa  106  8e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.251824 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1883  putative mRNA 3-end processing factor  31.5 
 
 		 327 aa  105  1e-21  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1113  hypothetical protein  26.92 
 
 		 321 aa  104  2e-21  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.704257 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1043  putative mRNA 3-end processing factor  30.33 
 
 		 319 aa  102  1e-20  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0008566 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1313  beta-lactamase domain-containing protein  33.01 
 
 		 315 aa  97.4  3e-19  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.143027  normal  0.259963 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1169  conserved hypothetical protein  27.99 
 
 		 328 aa  91.3  3e-17  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.561924  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0973  putative mRNA 3-end processing factor  29.39 
 
 		 314 aa  87.4  3e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.289039 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0149  RNA procession exonuclease-like protein  25.17 
 
 		 327 aa  75.5  0.000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0104249 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1852  putative mRNA 3-end processing factor  27.17 
 
 		 337 aa  74.7  0.000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.681251  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0788  putative mRNA 3-end processing factor  27.71 
 
 		 317 aa  72.4  0.00000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1132  hypothetical protein  27.62 
 
 		 328 aa  71.2  0.00000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  decreased coverage  0.00888  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00990  Endoribonuclease ysh1 (EC 3.1.27.-)(mRNA 3'-end-processing protein ysh1) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BEP0]  33.79 
 
 		 884 aa  69.3  0.0000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1728  beta-lactamase domain-containing protein  27.6 
 
 		 425 aa  67.4  0.0000000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.254192  decreased coverage  0.00045837 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2308  hypothetical protein  32.34 
 
 		 339 aa  66.2  0.0000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.146289  normal  0.484856 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1028  beta-lactamase domain-containing protein  25 
 
 		 616 aa  65.5  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1548  beta-lactamase domain-containing protein  27.98 
 
 		 425 aa  65.5  0.000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  decreased coverage  0.00297769  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2687  beta-lactamase domain protein  22.68 
 
 		 591 aa  64.7  0.000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4880  Beta-lactamase-like  24.39 
 
 		 555 aa  63.2  0.000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.419128  hitchhiker  0.0000027158 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0446  beta-lactamase domain-containing protein  31.72 
 
 		 428 aa  63.2  0.000000007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.279355  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0201  hypothetical protein  37.07 
 
 		 452 aa  63.2  0.000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.384627 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1989  beta-lactamase domain-containing protein  25.33 
 
 		 422 aa  62  0.00000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.881158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_28482  predicted protein  23.37 
 
 		 602 aa  62.4  0.00000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.962764  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1749  beta-lactamase domain-containing protein  28.83 
 
 		 428 aa  61.2  0.00000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00852065 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0621  beta-lactamase domain-containing protein  25.4 
 
 		 317 aa  60.8  0.00000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2304  beta-lactamase domain protein  36.43 
 
 		 462 aa  60.5  0.00000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.73146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2679  metallo-beta-lactamase family protein  36.43 
 
 		 462 aa  60.5  0.00000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.947149  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>