135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4860 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4860  putative mRNA 3-end processing factor  100 
 
 		 375 aa  755    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0374  putative mRNA 3-end processing factor  80.27 
 
 		 371 aa  597  1e-170  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3043  putative mRNA 3-end processing factor  85.49 
 
 		 346 aa  560  1e-158  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0285628  normal  0.582199 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0305  putative mRNA 3-end processing factor  82.14 
 
 		 366 aa  556  1e-157  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0310  putative mRNA 3-end processing factor  81.25 
 
 		 366 aa  553  1e-156  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.169646 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3872  hypothetical protein  70.23 
 
 		 348 aa  503  1e-141  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4134  hypothetical protein  72.12 
 
 		 348 aa  499  1e-140  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1106  RNA processing exonuclease  75 
 
 		 338 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.599734 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1146  RNA procession exonuclease-like protein  74.7 
 
 		 338 aa  488  1e-137  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4306  RNA procession exonuclease-like protein  75.3 
 
 		 338 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2196  RNA procession exonuclease-like protein  74.77 
 
 		 335 aa  479  1e-134  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.260801  hitchhiker  0.00381998 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1135  RNA procession exonuclease-like protein  74.7 
 
 		 338 aa  480  1e-134  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775803  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3896  hypothetical protein  69.28 
 
 		 368 aa  476  1e-133  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170406  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1212  hypothetical protein  71.13 
 
 		 344 aa  473  1e-132  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766488 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1314  putative exonuclease involved in mRNA processing  69.28 
 
 		 383 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0772701  normal  0.174474 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1519  hypothetical protein  68.93 
 
 		 340 aa  438  9.999999999999999e-123  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5293  putative exonuclease involved in mRNA processing  69.88 
 
 		 382 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4681  putative exonuclease involved in mRNA processing  67.75 
 
 		 350 aa  421  1e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388572  normal  0.0823984 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1582  RNA procession exonuclease-like protein  64.05 
 
 		 332 aa  407  1.0000000000000001e-112  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2916  mRNA 3'-end processing factor  57.58 
 
 		 362 aa  394  1e-108  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3335  RNA procession exonuclease  54.72 
 
 		 383 aa  367  1e-100  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6856  hypothetical protein  53.64 
 
 		 340 aa  368  1e-100  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.166328 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2959  mRNA 3'-end processing factor  58.56 
 
 		 332 aa  368  1e-100  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.624115  hitchhiker  0.0000489273 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3523  RNA procession exonuclease  53.1 
 
 		 349 aa  364  1e-99  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1077  putative mRNA 3-end processing factor  55.28 
 
 		 383 aa  362  6e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2414  hypothetical protein  56 
 
 		 383 aa  361  1e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1568  RNA procession exonuclease-like protein  57.18 
 
 		 358 aa  356  3.9999999999999996e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.359999 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2665  putative mRNA 3-end processing factor  60.62 
 
 		 335 aa  349  4e-95  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14848 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2561  putative mRNA 3-end processing factor  49.39 
 
 		 332 aa  341  1e-92  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02275  hypothetical protein  46.08 
 
 		 347 aa  338  9e-92  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2587  hypothetical protein  55.88 
 
 		 342 aa  337  2.9999999999999997e-91  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00136385 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01738  mRNA 3'-end processing factor  55.79 
 
 		 340 aa  326  4.0000000000000003e-88  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1042  exonuclease  51.51 
 
 		 328 aa  317  2e-85  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.251284  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1754  RNA procession exonuclease-like protein  48.34 
 
 		 351 aa  316  4e-85  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1460  exonuclease involved in mRNA processing  51.51 
 
 		 328 aa  301  1e-80  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.562175  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1471  putative mRNA 3-end processing factor  47.26 
 
 		 348 aa  285  9e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0794  putative mRNA 3-end processing factor  47.55 
 
 		 349 aa  281  9e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.682803 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0552  hypothetical protein  48.94 
 
 		 347 aa  276  4e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1072  putative mRNA 3-end processing factor  47.58 
 
 		 344 aa  276  4e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0686869 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07841  beta-lactamase fold exonuclease  38.17 
 
 		 328 aa  275  7e-73  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.110589  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0150  exonuclease of the beta-lactamase fold involved in RNA processing-like protein  44.17 
 
 		 355 aa  271  1e-71  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0260  putative mRNA 3-end processing factor  45.8 
 
 		 344 aa  271  1e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00946134 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0750  putative mRNA 3-end processing factor  48.48 
 
 		 356 aa  270  4e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4616  putative mRNA 3-end processing factor  46.38 
 
 		 351 aa  269  5.9999999999999995e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0871  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  47.76 
 
 		 348 aa  268  8.999999999999999e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0130781  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0734  hypothetical protein  37.89 
 
 		 328 aa  268  1e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.536853  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08581  RNA processing exonuclease  37.97 
 
 		 330 aa  268  2e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0814782  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0629  putative mRNA 3-end processing factor  44.69 
 
 		 365 aa  267  2e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  decreased coverage  0.00579405 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07841  RNA processing exonuclease  37.58 
 
 		 328 aa  266  5e-70  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.160717  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1540  putative mRNA 3-end processing factor  46.24 
 
 		 345 aa  266  5e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0799  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  46.63 
 
 		 348 aa  265  7e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187593  normal  0.0112138 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4043  putative mRNA 3-end processing factor  43.36 
 
 		 337 aa  262  6.999999999999999e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3236  putative mRNA 3-end processing factor  44.09 
 
 		 352 aa  260  2e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3560  putative mRNA 3-end processing factor  44.09 
 
 		 352 aa  260  3e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.146642  normal  0.26456 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0461  hypothetical protein  45.76 
 
 		 390 aa  260  3e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0913  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  43.88 
 
 		 336 aa  260  3e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.228952 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3431  putative mRNA 3-end processing factor  44.09 
 
 		 352 aa  259  4e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.194998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4896  putative mRNA 3-end processing factor  45.24 
 
 		 335 aa  259  5.0000000000000005e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0801  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  43.88 
 
 		 336 aa  259  8e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6008  hypothetical protein  44.01 
 
 		 337 aa  256  3e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0031  putative mRNA 3-end processing factor  44.44 
 
 		 334 aa  256  5e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.321442  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2803  putative mRNA 3-end processing factor  42.99 
 
 		 338 aa  254  2.0000000000000002e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.196277 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3692  putative mRNA 3-end processing factor  43.48 
 
 		 351 aa  252  7e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0411  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  42.31 
 
 		 329 aa  249  8e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1612  RNA procession exonuclease-like protein  45.07 
 
 		 354 aa  246  3e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0289  putative mRNA 3-end processing factor  42.12 
 
 		 337 aa  241  1e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3978  RNA procession exonuclease-like protein  43.2 
 
 		 371 aa  238  1e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.107304  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00669  RNA procession exonuclease-like protein  38.34 
 
 		 338 aa  237  2e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0067  putative mRNA 3-end processing factor  42.07 
 
 		 357 aa  221  9.999999999999999e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.83 
 
 		 1017 aa  157  2e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1406  RNA procession exonuclease-like protein  31.72 
 
 		 313 aa  153  5e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0847473 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0057  putative mRNA 3'-end processing factor  34.95 
 
 		 330 aa  151  2e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.251824 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0055  putative mRNA 3'-end processing factor  36.01 
 
 		 330 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0072  putative mRNA 3'-end processing factor  35.9 
 
 		 330 aa  148  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0060  putative mRNA 3'-end processing factor  36.01 
 
 		 330 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1113  hypothetical protein  25.54 
 
 		 321 aa  91.3  2e-17  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.704257 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1313  beta-lactamase domain-containing protein  28.85 
 
 		 315 aa  82.8  0.000000000000008  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.143027  normal  0.259963 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0973  putative mRNA 3-end processing factor  26.42 
 
 		 314 aa  80.5  0.00000000000004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.289039 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1043  putative mRNA 3-end processing factor  29.49 
 
 		 319 aa  79.7  0.00000000000008  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0008566 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1883  putative mRNA 3-end processing factor  27.1 
 
 		 327 aa  75.9  0.000000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0149  RNA procession exonuclease-like protein  24.83 
 
 		 327 aa  71.6  0.00000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0104249 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0621  beta-lactamase domain-containing protein  27.96 
 
 		 317 aa  61.2  0.00000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1169  conserved hypothetical protein  24.84 
 
 		 328 aa  57.8  0.0000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.561924  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00990  Endoribonuclease ysh1 (EC 3.1.27.-)(mRNA 3'-end-processing protein ysh1) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BEP0]  34.65 
 
 		 884 aa  57.4  0.0000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1132  hypothetical protein  25.26 
 
 		 328 aa  55.5  0.000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  decreased coverage  0.00888  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1047  beta-lactamase domain-containing protein  31.73 
 
 		 426 aa  54.3  0.000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0156  beta-lactamase-like protein  31.9 
 
 		 485 aa  53.9  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.215691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1967  beta-lactamase-like  33.64 
 
 		 454 aa  52.8  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.166456  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_89936  predicted protein  24.03 
 
 		 793 aa  52.4  0.00001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.731556  normal  0.295472 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2308  hypothetical protein  27.54 
 
 		 339 aa  51.6  0.00002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.146289  normal  0.484856 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0626  beta-lactamase domain-containing protein  22.27 
 
 		 422 aa  51.6  0.00002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1292  beta-lactamase domain-containing protein  22.27 
 
 		 422 aa  51.6  0.00002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.358627  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4519  exonuclease/RNA metabolizing protein  32.17 
 
 		 452 aa  50.8  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0267273  decreased coverage  0.00562504 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2691  beta-lactamase domain-containing protein  28.03 
 
 		 452 aa  50.8  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.770917  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0197  beta-lactamase domain-containing protein  21.8 
 
 		 422 aa  50.8  0.00004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.904798  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2297  beta-lactamase domain-containing protein  29.6 
 
 		 452 aa  50.4  0.00005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.168183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0788  putative mRNA 3-end processing factor  23.01 
 
 		 317 aa  50.4  0.00005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1210  beta-lactamase-like  29.06 
 
 		 453 aa  50.1  0.00006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.856378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1852  putative mRNA 3-end processing factor  29.7 
 
 		 337 aa  50.1  0.00007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.681251  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1728  beta-lactamase domain-containing protein  28.08 
 
 		 425 aa  50.1  0.00007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.254192  decreased coverage  0.00045837 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>