115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_1568 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_1568  RNA procession exonuclease-like protein  100 
 
 
358 aa  716    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.359999 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2414  hypothetical protein  90.38 
 
 
383 aa  595  1e-169  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1077  putative mRNA 3-end processing factor  87.71 
 
 
383 aa  595  1e-169  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2587  hypothetical protein  73.43 
 
 
342 aa  485  1e-136  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00136385 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2665  putative mRNA 3-end processing factor  68.48 
 
 
335 aa  448  1e-125  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.14848 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3043  putative mRNA 3-end processing factor  59.75 
 
 
346 aa  376  1e-103  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0285628  normal  0.582199 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3335  RNA procession exonuclease  52.29 
 
 
383 aa  373  1e-102  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0374  putative mRNA 3-end processing factor  56.66 
 
 
371 aa  374  1e-102  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4860  putative mRNA 3-end processing factor  59.33 
 
 
375 aa  372  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3523  RNA procession exonuclease  52.82 
 
 
349 aa  368  1e-101  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1582  RNA procession exonuclease-like protein  58.77 
 
 
332 aa  370  1e-101  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0305  putative mRNA 3-end processing factor  58.72 
 
 
366 aa  368  1e-101  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02275  hypothetical protein  49.09 
 
 
347 aa  365  1e-100  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0310  putative mRNA 3-end processing factor  57.8 
 
 
366 aa  365  1e-100  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.169646 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2916  mRNA 3'-end processing factor  50.71 
 
 
362 aa  360  2e-98  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1754  RNA procession exonuclease-like protein  51.34 
 
 
351 aa  351  8.999999999999999e-96  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3872  hypothetical protein  52.39 
 
 
348 aa  351  1e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4134  hypothetical protein  54.52 
 
 
348 aa  345  8e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2196  RNA procession exonuclease-like protein  56.05 
 
 
335 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.260801  hitchhiker  0.00381998 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6856  hypothetical protein  48.66 
 
 
340 aa  338  7e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.166328 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5293  putative exonuclease involved in mRNA processing  53.03 
 
 
382 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1106  RNA processing exonuclease  55.42 
 
 
338 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.599734 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1146  RNA procession exonuclease-like protein  55.42 
 
 
338 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4306  RNA procession exonuclease-like protein  55.42 
 
 
338 aa  334  1e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1135  RNA procession exonuclease-like protein  55.76 
 
 
338 aa  332  5e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775803  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4681  putative exonuclease involved in mRNA processing  55.15 
 
 
350 aa  332  8e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388572  normal  0.0823984 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1314  putative exonuclease involved in mRNA processing  52.91 
 
 
383 aa  331  1e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0772701  normal  0.174474 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1212  hypothetical protein  53.78 
 
 
344 aa  330  2e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.766488 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1519  hypothetical protein  54.25 
 
 
340 aa  330  2e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3896  hypothetical protein  50.85 
 
 
368 aa  330  3e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170406  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2561  putative mRNA 3-end processing factor  45.59 
 
 
332 aa  315  9.999999999999999e-85  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1042  exonuclease  47.58 
 
 
328 aa  288  1e-76  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.251284  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2959  mRNA 3'-end processing factor  46.63 
 
 
332 aa  286  5.999999999999999e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.624115  hitchhiker  0.0000489273 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01738  mRNA 3'-end processing factor  48.94 
 
 
340 aa  279  6e-74  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1460  exonuclease involved in mRNA processing  48.79 
 
 
328 aa  277  2e-73  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.562175  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1072  putative mRNA 3-end processing factor  47.69 
 
 
344 aa  267  2e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0686869 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1471  putative mRNA 3-end processing factor  48.77 
 
 
348 aa  265  8.999999999999999e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0750  putative mRNA 3-end processing factor  47.53 
 
 
356 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0799  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  47.38 
 
 
348 aa  261  1e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187593  normal  0.0112138 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0794  putative mRNA 3-end processing factor  49.06 
 
 
349 aa  260  3e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.682803 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0552  hypothetical protein  45.06 
 
 
347 aa  254  1.0000000000000001e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0871  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  46.46 
 
 
348 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0130781  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0260  putative mRNA 3-end processing factor  45.85 
 
 
344 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00946134 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07841  beta-lactamase fold exonuclease  37.06 
 
 
328 aa  254  2.0000000000000002e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.110589  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4616  putative mRNA 3-end processing factor  46.46 
 
 
351 aa  252  6e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3431  putative mRNA 3-end processing factor  45.75 
 
 
352 aa  252  8.000000000000001e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.194998  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3236  putative mRNA 3-end processing factor  45.75 
 
 
352 aa  249  7e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3560  putative mRNA 3-end processing factor  45.45 
 
 
352 aa  248  1e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.146642  normal  0.26456 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0629  putative mRNA 3-end processing factor  44.82 
 
 
365 aa  246  3e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  decreased coverage  0.00579405 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0461  hypothetical protein  44.63 
 
 
390 aa  244  9.999999999999999e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0031  putative mRNA 3-end processing factor  46.75 
 
 
334 aa  243  3e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.321442  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07841  RNA processing exonuclease  35.99 
 
 
328 aa  243  3e-63  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.160717  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1540  putative mRNA 3-end processing factor  45.13 
 
 
345 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0734  hypothetical protein  35.67 
 
 
328 aa  241  2e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.536853  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2803  putative mRNA 3-end processing factor  43.82 
 
 
338 aa  234  1.0000000000000001e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.196277 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0411  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  45.05 
 
 
329 aa  232  8.000000000000001e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4043  putative mRNA 3-end processing factor  43.82 
 
 
337 aa  231  1e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0913  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  43.03 
 
 
336 aa  230  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.228952 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0801  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  43.69 
 
 
336 aa  229  8e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3692  putative mRNA 3-end processing factor  45 
 
 
351 aa  228  1e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0150  exonuclease of the beta-lactamase fold involved in RNA processing-like protein  40.13 
 
 
355 aa  226  3e-58  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08581  RNA processing exonuclease  32.31 
 
 
330 aa  225  1e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0814782  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6008  hypothetical protein  42.99 
 
 
337 aa  224  2e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0289  putative mRNA 3-end processing factor  44.48 
 
 
337 aa  218  1e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3978  RNA procession exonuclease-like protein  43.97 
 
 
371 aa  218  1e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.107304  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4896  putative mRNA 3-end processing factor  42.68 
 
 
335 aa  218  1e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1612  RNA procession exonuclease-like protein  43.17 
 
 
354 aa  204  3e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00669  RNA procession exonuclease-like protein  37.3 
 
 
338 aa  201  1.9999999999999998e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0067  putative mRNA 3-end processing factor  39.08 
 
 
357 aa  189  5e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.28 
 
 
1017 aa  136  4e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0055  putative mRNA 3'-end processing factor  32.7 
 
 
330 aa  132  6.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0072  putative mRNA 3'-end processing factor  32.06 
 
 
330 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0060  putative mRNA 3'-end processing factor  31.75 
 
 
330 aa  129  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1406  RNA procession exonuclease-like protein  28.57 
 
 
313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0847473 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0057  putative mRNA 3'-end processing factor  29.64 
 
 
330 aa  127  3e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.251824 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1043  putative mRNA 3-end processing factor  29.17 
 
 
319 aa  93.6  4e-18  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0008566 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0973  putative mRNA 3-end processing factor  28 
 
 
314 aa  87.8  3e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.289039 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1313  beta-lactamase domain-containing protein  31.09 
 
 
315 aa  85.9  0.000000000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.143027  normal  0.259963 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1883  putative mRNA 3-end processing factor  28.53 
 
 
327 aa  84.7  0.000000000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115808  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1113  hypothetical protein  22.74 
 
 
321 aa  72.8  0.000000000009  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.704257 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0149  RNA procession exonuclease-like protein  23.57 
 
 
327 aa  60.8  0.00000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.0104249 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1852  putative mRNA 3-end processing factor  32.61 
 
 
337 aa  58.2  0.0000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.681251  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0788  putative mRNA 3-end processing factor  23.34 
 
 
317 aa  58.2  0.0000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2308  hypothetical protein  27.46 
 
 
339 aa  56.6  0.0000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.146289  normal  0.484856 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0621  beta-lactamase domain-containing protein  23.49 
 
 
317 aa  53.5  0.000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0201  hypothetical protein  32.77 
 
 
452 aa  53.1  0.000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.384627 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0446  beta-lactamase domain-containing protein  25.57 
 
 
428 aa  52.4  0.00001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.279355  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1132  hypothetical protein  26.39 
 
 
328 aa  51.6  0.00002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  decreased coverage  0.00888  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4513  beta-lactamase domain protein  31.09 
 
 
454 aa  50.4  0.00004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.557779 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4381  beta-lactamase domain protein  31.09 
 
 
454 aa  50.4  0.00004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.496128  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1210  beta-lactamase-like  31.43 
 
 
453 aa  50.1  0.00005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.856378  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4519  exonuclease/RNA metabolizing protein  34.55 
 
 
452 aa  50.1  0.00006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0267273  decreased coverage  0.00562504 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1105  beta-lactamase domain-containing protein  29.81 
 
 
454 aa  49.7  0.00008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1361  beta-lactamase domain protein  26.5 
 
 
422 aa  48.1  0.0002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2652  beta-lactamase domain-containing protein  29.66 
 
 
453 aa  48.5  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.11992  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2687  beta-lactamase domain protein  20.63 
 
 
591 aa  47.8  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1967  beta-lactamase-like  29.41 
 
 
454 aa  47.4  0.0004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.166456  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0156  beta-lactamase-like protein  24.06 
 
 
485 aa  47.4  0.0004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.215691  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3493  metallo-beta-lactamase family protein  28.81 
 
 
468 aa  47.4  0.0004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.828376  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0378  beta-lactamase domain protein  22.44 
 
 
411 aa  47.4  0.0004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.834555  normal  0.393865 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>