212 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0552 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_0552  hypothetical protein  100 
 
 		 347 aa  698    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0750  putative mRNA 3-end processing factor  83.67 
 
 		 356 aa  588  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0461  hypothetical protein  84.39 
 
 		 390 aa  580  1e-164  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0794  putative mRNA 3-end processing factor  82.37 
 
 		 349 aa  577  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.682803 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0871  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  83.83 
 
 		 348 aa  576  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0130781  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0799  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  83.69 
 
 		 348 aa  573  1.0000000000000001e-162  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187593  normal  0.0112138 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4616  putative mRNA 3-end processing factor  83.23 
 
 		 351 aa  571  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1540  putative mRNA 3-end processing factor  68.05 
 
 		 345 aa  472  1e-132  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1471  putative mRNA 3-end processing factor  66.47 
 
 		 348 aa  470  1.0000000000000001e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0629  putative mRNA 3-end processing factor  67.54 
 
 		 365 aa  468  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  decreased coverage  0.00579405 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3431  putative mRNA 3-end processing factor  66.07 
 
 		 352 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.194998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3560  putative mRNA 3-end processing factor  65.18 
 
 		 352 aa  455  1e-127  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.146642  normal  0.26456 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3236  putative mRNA 3-end processing factor  64.88 
 
 		 352 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3692  putative mRNA 3-end processing factor  65.18 
 
 		 351 aa  449  1e-125  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2803  putative mRNA 3-end processing factor  64.37 
 
 		 338 aa  445  1.0000000000000001e-124  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.196277 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0260  putative mRNA 3-end processing factor  65.94 
 
 		 344 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00946134 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1072  putative mRNA 3-end processing factor  64.05 
 
 		 344 aa  435  1e-121  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0686869 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4043  putative mRNA 3-end processing factor  62.69 
 
 		 337 aa  434  1e-121  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0913  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  62.28 
 
 		 336 aa  429  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.228952 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6008  hypothetical protein  62.87 
 
 		 337 aa  427  1e-118  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0031  putative mRNA 3-end processing factor  64.6 
 
 		 334 aa  426  1e-118  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.321442  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0801  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  61.98 
 
 		 336 aa  422  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4896  putative mRNA 3-end processing factor  61.61 
 
 		 335 aa  418  1e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0411  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  60.54 
 
 		 329 aa  404  1e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1612  RNA procession exonuclease-like protein  62.09 
 
 		 354 aa  398  9.999999999999999e-111  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00669  RNA procession exonuclease-like protein  55.03 
 
 		 338 aa  390  1e-107  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0289  putative mRNA 3-end processing factor  57.78 
 
 		 337 aa  380  1e-104  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3978  RNA procession exonuclease-like protein  57.89 
 
 		 371 aa  379  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.107304  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0067  putative mRNA 3-end processing factor  60.24 
 
 		 357 aa  369  1e-101  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4860  putative mRNA 3-end processing factor  48.94 
 
 		 375 aa  276  4e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1042  exonuclease  44.14 
 
 		 328 aa  273  4.0000000000000004e-72  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.251284  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0310  putative mRNA 3-end processing factor  46.15 
 
 		 366 aa  271  8.000000000000001e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.169646 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0305  putative mRNA 3-end processing factor  47.09 
 
 		 366 aa  271  1e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3043  putative mRNA 3-end processing factor  48.01 
 
 		 346 aa  268  1e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0285628  normal  0.582199 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0374  putative mRNA 3-end processing factor  46.97 
 
 		 371 aa  268  1e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2959  mRNA 3'-end processing factor  47.5 
 
 		 332 aa  266  4e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.624115  hitchhiker  0.0000489273 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2916  mRNA 3'-end processing factor  43.62 
 
 		 362 aa  261  1e-68  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1460  exonuclease involved in mRNA processing  45.2 
 
 		 328 aa  260  3e-68  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.562175  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3896  hypothetical protein  44.29 
 
 		 368 aa  258  1e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170406  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1146  RNA procession exonuclease-like protein  45.22 
 
 		 338 aa  256  5e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01738  mRNA 3'-end processing factor  48.12 
 
 		 340 aa  256  6e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1106  RNA processing exonuclease  44.93 
 
 		 338 aa  255  7e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.599734 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1582  RNA procession exonuclease-like protein  47.74 
 
 		 332 aa  255  1.0000000000000001e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4306  RNA procession exonuclease-like protein  44.61 
 
 		 338 aa  249  3e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3872  hypothetical protein  43.27 
 
 		 348 aa  246  6e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5293  putative exonuclease involved in mRNA processing  45.8 
 
 		 382 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4134  hypothetical protein  43.11 
 
 		 348 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2665  putative mRNA 3-end processing factor  45.37 
 
 		 335 aa  243  3e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14848 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1314  putative exonuclease involved in mRNA processing  45.8 
 
 		 383 aa  243  3e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0772701  normal  0.174474 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1568  RNA procession exonuclease-like protein  45.06 
 
 		 358 aa  243  3e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.359999 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2196  RNA procession exonuclease-like protein  44.41 
 
 		 335 aa  243  3e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.260801  hitchhiker  0.00381998 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07841  beta-lactamase fold exonuclease  36.39 
 
 		 328 aa  242  6e-63  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.110589  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1135  RNA procession exonuclease-like protein  43.84 
 
 		 338 aa  242  6e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1519  hypothetical protein  45.48 
 
 		 340 aa  242  9e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4681  putative exonuclease involved in mRNA processing  46.11 
 
 		 350 aa  241  2e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388572  normal  0.0823984 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1077  putative mRNA 3-end processing factor  46.33 
 
 		 383 aa  238  1e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2414  hypothetical protein  46.33 
 
 		 383 aa  237  2e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1212  hypothetical protein  43.44 
 
 		 344 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766488 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0734  hypothetical protein  35.94 
 
 		 328 aa  234  2.0000000000000002e-60  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.536853  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07841  RNA processing exonuclease  35.31 
 
 		 328 aa  233  4.0000000000000004e-60  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.160717  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2587  hypothetical protein  43.75 
 
 		 342 aa  232  6e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00136385 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6856  hypothetical protein  37.54 
 
 		 340 aa  224  2e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.166328 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3335  RNA procession exonuclease  38.38 
 
 		 383 aa  223  4e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08581  RNA processing exonuclease  32.27 
 
 		 330 aa  223  4e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0814782  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2561  putative mRNA 3-end processing factor  36.39 
 
 		 332 aa  220  3e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3523  RNA procession exonuclease  38.36 
 
 		 349 aa  215  8e-55  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02275  hypothetical protein  35.38 
 
 		 347 aa  211  1e-53  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1754  RNA procession exonuclease-like protein  38.02 
 
 		 351 aa  211  2e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1406  RNA procession exonuclease-like protein  36.6 
 
 		 313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0847473 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0150  exonuclease of the beta-lactamase fold involved in RNA processing-like protein  37.12 
 
 		 355 aa  193  3e-48  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0060  putative mRNA 3'-end processing factor  34.5 
 
 		 330 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0072  putative mRNA 3'-end processing factor  34.5 
 
 		 330 aa  140  3e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0055  putative mRNA 3'-end processing factor  34.5 
 
 		 330 aa  139  4.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0057  putative mRNA 3'-end processing factor  33.12 
 
 		 330 aa  138  2e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.251824 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.12 
 
 		 1017 aa  117  3e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1883  putative mRNA 3-end processing factor  29.87 
 
 		 327 aa  95.9  8e-19  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1043  putative mRNA 3-end processing factor  30.19 
 
 		 319 aa  92.4  1e-17  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0008566 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1313  beta-lactamase domain-containing protein  32.08 
 
 		 315 aa  82  0.00000000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.143027  normal  0.259963 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1113  hypothetical protein  25.3 
 
 		 321 aa  81.6  0.00000000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.704257 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2687  beta-lactamase domain protein  23.32 
 
 		 591 aa  80.9  0.00000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2308  hypothetical protein  33.51 
 
 		 339 aa  80.1  0.00000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.146289  normal  0.484856 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0149  RNA procession exonuclease-like protein  27.49 
 
 		 327 aa  80.1  0.00000000000005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0104249 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0973  putative mRNA 3-end processing factor  28.08 
 
 		 314 aa  79.7  0.00000000000007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.289039 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1132  hypothetical protein  26.1 
 
 		 328 aa  77.4  0.0000000000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  decreased coverage  0.00888  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1852  putative mRNA 3-end processing factor  32.29 
 
 		 337 aa  74.3  0.000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.681251  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1169  conserved hypothetical protein  26.32 
 
 		 328 aa  70.9  0.00000000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.561924  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0788  putative mRNA 3-end processing factor  25.16 
 
 		 317 aa  69.3  0.00000000009  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0309  beta-lactamase domain-containing protein  30.4 
 
 		 639 aa  65.5  0.000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0375  beta-lactamase-like protein  27.88 
 
 		 636 aa  64.7  0.000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.0000359908  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1028  beta-lactamase domain-containing protein  27.31 
 
 		 616 aa  64.3  0.000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1910  beta-lactamase domain protein  24.51 
 
 		 652 aa  64.3  0.000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000293974  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00990  Endoribonuclease ysh1 (EC 3.1.27.-)(mRNA 3'-end-processing protein ysh1) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BEP0]  31.51 
 
 		 884 aa  63.9  0.000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1047  beta-lactamase domain-containing protein  21.58 
 
 		 426 aa  63.2  0.000000006  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2554  beta-lactamase domain protein  24.8 
 
 		 667 aa  60.8  0.00000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000946841  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4381  beta-lactamase domain protein  27.56 
 
 		 454 aa  60.1  0.00000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.496128  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4513  beta-lactamase domain protein  27.56 
 
 		 454 aa  60.1  0.00000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.557779 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1361  beta-lactamase domain protein  27.14 
 
 		 422 aa  59.3  0.00000009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0351  beta-lactamase domain-containing protein  28.45 
 
 		 472 aa  59.3  0.00000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.766684  normal  0.755187 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2254  beta-lactamase domain-containing protein  28.32 
 
 		 642 aa  57.8  0.0000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.311245 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3493  metallo-beta-lactamase family protein  28.72 
 
 		 468 aa  57  0.0000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.828376  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>