177 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fjoh_1754 on replicon NC_009441
Organism: Flavobacterium johnsoniae UW101



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009441  Fjoh_1754  RNA procession exonuclease-like protein  100 
 
 		 351 aa  734    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02275  hypothetical protein  73.37 
 
 		 347 aa  545  1e-154  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3335  RNA procession exonuclease  56.31 
 
 		 383 aa  392  1e-108  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3523  RNA procession exonuclease  53.51 
 
 		 349 aa  381  1e-104  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2414  hypothetical protein  51.61 
 
 		 383 aa  360  2e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1077  putative mRNA 3-end processing factor  51.61 
 
 		 383 aa  360  2e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2916  mRNA 3'-end processing factor  49.86 
 
 		 362 aa  357  9.999999999999999e-98  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6856  hypothetical protein  50.88 
 
 		 340 aa  350  2e-95  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.166328 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1568  RNA procession exonuclease-like protein  50.44 
 
 		 358 aa  348  6e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.359999 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2587  hypothetical protein  50.29 
 
 		 342 aa  347  1e-94  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00136385 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3872  hypothetical protein  50.61 
 
 		 348 aa  348  1e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3043  putative mRNA 3-end processing factor  49.54 
 
 		 346 aa  342  7e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0285628  normal  0.582199 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2561  putative mRNA 3-end processing factor  48.36 
 
 		 332 aa  341  1e-92  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1582  RNA procession exonuclease-like protein  50.3 
 
 		 332 aa  341  1e-92  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4134  hypothetical protein  49.69 
 
 		 348 aa  340  2e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0374  putative mRNA 3-end processing factor  46.88 
 
 		 371 aa  335  5.999999999999999e-91  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0310  putative mRNA 3-end processing factor  48.65 
 
 		 366 aa  335  1e-90  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.169646 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0305  putative mRNA 3-end processing factor  48.63 
 
 		 366 aa  332  7.000000000000001e-90  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4860  putative mRNA 3-end processing factor  48.34 
 
 		 375 aa  331  1e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2665  putative mRNA 3-end processing factor  49.85 
 
 		 335 aa  322  5e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14848 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3896  hypothetical protein  44.9 
 
 		 368 aa  316  4e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170406  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1135  RNA procession exonuclease-like protein  49.55 
 
 		 338 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775803  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1212  hypothetical protein  47.88 
 
 		 344 aa  311  1e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766488 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1519  hypothetical protein  46.29 
 
 		 340 aa  311  1e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1106  RNA processing exonuclease  49.39 
 
 		 338 aa  309  4e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.599734 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4306  RNA procession exonuclease-like protein  49.39 
 
 		 338 aa  309  5e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1146  RNA procession exonuclease-like protein  49.08 
 
 		 338 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5293  putative exonuclease involved in mRNA processing  45.92 
 
 		 382 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2196  RNA procession exonuclease-like protein  47.55 
 
 		 335 aa  305  6e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.260801  hitchhiker  0.00381998 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1314  putative exonuclease involved in mRNA processing  45.92 
 
 		 383 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0772701  normal  0.174474 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2959  mRNA 3'-end processing factor  45.73 
 
 		 332 aa  303  4.0000000000000003e-81  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.624115  hitchhiker  0.0000489273 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4681  putative exonuclease involved in mRNA processing  45.62 
 
 		 350 aa  299  4e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388572  normal  0.0823984 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1042  exonuclease  44.98 
 
 		 328 aa  298  7e-80  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.251284  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01738  mRNA 3'-end processing factor  45.12 
 
 		 340 aa  271  1e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1460  exonuclease involved in mRNA processing  45.2 
 
 		 328 aa  270  2e-71  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.562175  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07841  beta-lactamase fold exonuclease  41.67 
 
 		 328 aa  258  8e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.110589  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07841  RNA processing exonuclease  40.38 
 
 		 328 aa  249  4e-65  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.160717  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0734  hypothetical protein  40.06 
 
 		 328 aa  247  3e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.536853  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0150  exonuclease of the beta-lactamase fold involved in RNA processing-like protein  39.81 
 
 		 355 aa  241  1e-62  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08581  RNA processing exonuclease  38.46 
 
 		 330 aa  241  1e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0814782  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1471  putative mRNA 3-end processing factor  38.24 
 
 		 348 aa  224  2e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0552  hypothetical protein  38.02 
 
 		 347 aa  219  6e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0750  putative mRNA 3-end processing factor  39.88 
 
 		 356 aa  219  7.999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0629  putative mRNA 3-end processing factor  36.29 
 
 		 365 aa  216  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  decreased coverage  0.00579405 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0799  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  38.27 
 
 		 348 aa  216  5.9999999999999996e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187593  normal  0.0112138 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4616  putative mRNA 3-end processing factor  38.7 
 
 		 351 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0794  putative mRNA 3-end processing factor  37.35 
 
 		 349 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.682803 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0260  putative mRNA 3-end processing factor  37.38 
 
 		 344 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00946134 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0871  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  35.8 
 
 		 348 aa  212  7e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0130781  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2803  putative mRNA 3-end processing factor  35.56 
 
 		 338 aa  210  3e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.196277 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0801  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  36.31 
 
 		 336 aa  209  6e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0289  putative mRNA 3-end processing factor  39.54 
 
 		 337 aa  209  7e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3431  putative mRNA 3-end processing factor  37.64 
 
 		 352 aa  209  7e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.194998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3560  putative mRNA 3-end processing factor  38.15 
 
 		 352 aa  208  1e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.146642  normal  0.26456 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3236  putative mRNA 3-end processing factor  38.15 
 
 		 352 aa  207  2e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3978  RNA procession exonuclease-like protein  36.42 
 
 		 371 aa  207  2e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.107304  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0913  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  36 
 
 		 336 aa  206  4e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.228952 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0461  hypothetical protein  38.12 
 
 		 390 aa  206  4e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1540  putative mRNA 3-end processing factor  36.2 
 
 		 345 aa  205  8e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1072  putative mRNA 3-end processing factor  36.31 
 
 		 344 aa  203  4e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0686869 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00669  RNA procession exonuclease-like protein  35.19 
 
 		 338 aa  202  8e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4043  putative mRNA 3-end processing factor  35.76 
 
 		 337 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1612  RNA procession exonuclease-like protein  35.24 
 
 		 354 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0031  putative mRNA 3-end processing factor  36.98 
 
 		 334 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.321442  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3692  putative mRNA 3-end processing factor  35.21 
 
 		 351 aa  194  2e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4896  putative mRNA 3-end processing factor  36.78 
 
 		 335 aa  192  5e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0411  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  34.23 
 
 		 329 aa  189  5e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0067  putative mRNA 3-end processing factor  34.82 
 
 		 357 aa  186  7e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6008  hypothetical protein  34.67 
 
 		 337 aa  184  2.0000000000000003e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0055  putative mRNA 3'-end processing factor  32.41 
 
 		 330 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0060  putative mRNA 3'-end processing factor  32.1 
 
 		 330 aa  164  3e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0072  putative mRNA 3'-end processing factor  32.41 
 
 		 330 aa  164  3e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0057  putative mRNA 3'-end processing factor  32.4 
 
 		 330 aa  162  1e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.251824 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  33.12 
 
 		 1017 aa  162  1e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1406  RNA procession exonuclease-like protein  29.05 
 
 		 313 aa  134  3e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0847473 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1113  hypothetical protein  30.19 
 
 		 321 aa  120  3e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.704257 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0973  putative mRNA 3-end processing factor  28.83 
 
 		 314 aa  105  1e-21  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.289039 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1043  putative mRNA 3-end processing factor  29.14 
 
 		 319 aa  103  6e-21  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0008566 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1313  beta-lactamase domain-containing protein  29.45 
 
 		 315 aa  101  2e-20  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.143027  normal  0.259963 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1883  putative mRNA 3-end processing factor  28.02 
 
 		 327 aa  99.8  6e-20  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0621  beta-lactamase domain-containing protein  29.24 
 
 		 317 aa  84  0.000000000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0788  putative mRNA 3-end processing factor  28.08 
 
 		 317 aa  79.3  0.00000000000008  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0149  RNA procession exonuclease-like protein  21.85 
 
 		 327 aa  63.9  0.000000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0104249 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0201  hypothetical protein  28.48 
 
 		 452 aa  61.6  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.384627 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00990  Endoribonuclease ysh1 (EC 3.1.27.-)(mRNA 3'-end-processing protein ysh1) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BEP0]  31.09 
 
 		 884 aa  60.1  0.00000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4381  beta-lactamase domain protein  24.48 
 
 		 454 aa  55.8  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.496128  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4513  beta-lactamase domain protein  24.48 
 
 		 454 aa  55.8  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.557779 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1361  beta-lactamase domain protein  30.77 
 
 		 422 aa  55.1  0.000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0462  metallo-beta-lactamase family protein  23.6 
 
 		 589 aa  55.1  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3493  metallo-beta-lactamase family protein  26.32 
 
 		 468 aa  55.1  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.828376  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0168  metallo-beta-lactamase family protein  24.02 
 
 		 459 aa  54.3  0.000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2210  hypothetical protein  28.03 
 
 		 452 aa  54.7  0.000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2182  hypothetical protein  28.03 
 
 		 452 aa  54.7  0.000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4519  exonuclease/RNA metabolizing protein  29.81 
 
 		 452 aa  54.3  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0267273  decreased coverage  0.00562504 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2652  beta-lactamase domain-containing protein  29.49 
 
 		 453 aa  54.3  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.11992  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_89936  predicted protein  31.36 
 
 		 793 aa  54.3  0.000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.731556  normal  0.295472 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2599  metallo-beta-lactamase family protein  24.02 
 
 		 472 aa  54.3  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1132  hypothetical protein  27.05 
 
 		 328 aa  53.9  0.000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  decreased coverage  0.00888  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0446  beta-lactamase domain-containing protein  30.83 
 
 		 428 aa  53.9  0.000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.279355  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2742  metallo-beta-lactamase family protein  24.02 
 
 		 472 aa  53.9  0.000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.213611  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>