145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3335 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3335  RNA procession exonuclease  100 
 
 		 383 aa  803    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3523  RNA procession exonuclease  54.52 
 
 		 349 aa  403  1e-111  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02275  hypothetical protein  53.16 
 
 		 347 aa  403  1e-111  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6856  hypothetical protein  57.49 
 
 		 340 aa  401  9.999999999999999e-111  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.166328 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3872  hypothetical protein  54.87 
 
 		 348 aa  380  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4134  hypothetical protein  55.86 
 
 		 348 aa  378  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4860  putative mRNA 3-end processing factor  54.46 
 
 		 375 aa  375  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0374  putative mRNA 3-end processing factor  53.05 
 
 		 371 aa  375  1e-103  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1754  RNA procession exonuclease-like protein  55.52 
 
 		 351 aa  377  1e-103  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2561  putative mRNA 3-end processing factor  52.28 
 
 		 332 aa  372  1e-102  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3043  putative mRNA 3-end processing factor  54.72 
 
 		 346 aa  371  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0285628  normal  0.582199 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0310  putative mRNA 3-end processing factor  53.19 
 
 		 366 aa  362  8e-99  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.169646 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0305  putative mRNA 3-end processing factor  53.42 
 
 		 366 aa  362  8e-99  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1582  RNA procession exonuclease-like protein  52.31 
 
 		 332 aa  359  4e-98  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2414  hypothetical protein  51.19 
 
 		 383 aa  358  6e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1077  putative mRNA 3-end processing factor  51.19 
 
 		 383 aa  358  8e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1568  RNA procession exonuclease-like protein  51.49 
 
 		 358 aa  358  9e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.359999 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2587  hypothetical protein  50.59 
 
 		 342 aa  351  1e-95  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00136385 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2916  mRNA 3'-end processing factor  46.72 
 
 		 362 aa  350  2e-95  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1212  hypothetical protein  55.11 
 
 		 344 aa  349  5e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766488 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4306  RNA procession exonuclease-like protein  54.8 
 
 		 338 aa  347  2e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2665  putative mRNA 3-end processing factor  53.45 
 
 		 335 aa  346  4e-94  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14848 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2196  RNA procession exonuclease-like protein  54.77 
 
 		 335 aa  344  1e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.260801  hitchhiker  0.00381998 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5293  putative exonuclease involved in mRNA processing  50 
 
 		 382 aa  343  2e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1314  putative exonuclease involved in mRNA processing  49.17 
 
 		 383 aa  343  2e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0772701  normal  0.174474 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1146  RNA procession exonuclease-like protein  54.18 
 
 		 338 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1106  RNA processing exonuclease  54.18 
 
 		 338 aa  343  4e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.599734 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1135  RNA procession exonuclease-like protein  52.89 
 
 		 338 aa  341  1e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775803  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3896  hypothetical protein  48.98 
 
 		 368 aa  340  2.9999999999999998e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170406  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4681  putative exonuclease involved in mRNA processing  53.27 
 
 		 350 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388572  normal  0.0823984 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1519  hypothetical protein  50.61 
 
 		 340 aa  328  7e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1042  exonuclease  46.22 
 
 		 328 aa  311  9e-84  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.251284  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1460  exonuclease involved in mRNA processing  46.53 
 
 		 328 aa  298  8e-80  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.562175  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2959  mRNA 3'-end processing factor  45.26 
 
 		 332 aa  295  7e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.624115  hitchhiker  0.0000489273 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01738  mRNA 3'-end processing factor  44.95 
 
 		 340 aa  274  2.0000000000000002e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07841  beta-lactamase fold exonuclease  37.82 
 
 		 328 aa  255  7e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.110589  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07841  RNA processing exonuclease  36.86 
 
 		 328 aa  251  2e-65  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.160717  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0734  hypothetical protein  36.54 
 
 		 328 aa  248  2e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.536853  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08581  RNA processing exonuclease  35.58 
 
 		 330 aa  244  1.9999999999999999e-63  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0814782  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1471  putative mRNA 3-end processing factor  38.29 
 
 		 348 aa  243  5e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0794  putative mRNA 3-end processing factor  40.29 
 
 		 349 aa  239  8e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.682803 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0150  exonuclease of the beta-lactamase fold involved in RNA processing-like protein  38.15 
 
 		 355 aa  235  1.0000000000000001e-60  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0260  putative mRNA 3-end processing factor  38.94 
 
 		 344 aa  232  7.000000000000001e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00946134 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0552  hypothetical protein  38.66 
 
 		 347 aa  232  8.000000000000001e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3431  putative mRNA 3-end processing factor  36.9 
 
 		 352 aa  229  6e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.194998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3560  putative mRNA 3-end processing factor  37.2 
 
 		 352 aa  228  1e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.146642  normal  0.26456 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0801  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  37.91 
 
 		 336 aa  227  3e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2803  putative mRNA 3-end processing factor  37.24 
 
 		 338 aa  227  3e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.196277 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4616  putative mRNA 3-end processing factor  38.3 
 
 		 351 aa  226  4e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3236  putative mRNA 3-end processing factor  36.9 
 
 		 352 aa  226  4e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0913  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  37.91 
 
 		 336 aa  226  6e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.228952 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1072  putative mRNA 3-end processing factor  39.05 
 
 		 344 aa  226  7e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0686869 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0871  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  38.46 
 
 		 348 aa  226  8e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0130781  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1540  putative mRNA 3-end processing factor  37.43 
 
 		 345 aa  223  3e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0750  putative mRNA 3-end processing factor  36.75 
 
 		 356 aa  223  6e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6008  hypothetical protein  39.1 
 
 		 337 aa  223  6e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0629  putative mRNA 3-end processing factor  37.83 
 
 		 365 aa  222  9e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  decreased coverage  0.00579405 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4043  putative mRNA 3-end processing factor  38.39 
 
 		 337 aa  221  9.999999999999999e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0799  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  37.8 
 
 		 348 aa  220  3.9999999999999997e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187593  normal  0.0112138 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0031  putative mRNA 3-end processing factor  38.1 
 
 		 334 aa  218  1e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.321442  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3978  RNA procession exonuclease-like protein  37.76 
 
 		 371 aa  218  2e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.107304  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3692  putative mRNA 3-end processing factor  36.72 
 
 		 351 aa  216  4e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0461  hypothetical protein  38.11 
 
 		 390 aa  214  1.9999999999999998e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0289  putative mRNA 3-end processing factor  39.41 
 
 		 337 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0411  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  36.39 
 
 		 329 aa  214  1.9999999999999998e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1612  RNA procession exonuclease-like protein  36.89 
 
 		 354 aa  211  2e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4896  putative mRNA 3-end processing factor  34.91 
 
 		 335 aa  207  2e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00669  RNA procession exonuclease-like protein  34.64 
 
 		 338 aa  204  2e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0067  putative mRNA 3-end processing factor  33.44 
 
 		 357 aa  181  2e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0060  putative mRNA 3'-end processing factor  31.9 
 
 		 330 aa  160  5e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0072  putative mRNA 3'-end processing factor  32.92 
 
 		 330 aa  158  2e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0057  putative mRNA 3'-end processing factor  31.58 
 
 		 330 aa  157  3e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.251824 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0055  putative mRNA 3'-end processing factor  32.92 
 
 		 330 aa  156  5.0000000000000005e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.23 
 
 		 1017 aa  147  2.0000000000000003e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1406  RNA procession exonuclease-like protein  27.24 
 
 		 313 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0847473 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1113  hypothetical protein  26.77 
 
 		 321 aa  94.7  2e-18  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.704257 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1313  beta-lactamase domain-containing protein  28.3 
 
 		 315 aa  93.2  7e-18  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.143027  normal  0.259963 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0973  putative mRNA 3-end processing factor  27.44 
 
 		 314 aa  88.2  2e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.289039 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1883  putative mRNA 3-end processing factor  25.55 
 
 		 327 aa  82.8  0.00000000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0621  beta-lactamase domain-containing protein  24.84 
 
 		 317 aa  75.1  0.000000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1043  putative mRNA 3-end processing factor  25.93 
 
 		 319 aa  74.3  0.000000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0008566 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0788  putative mRNA 3-end processing factor  25.31 
 
 		 317 aa  73.2  0.000000000008  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0201  hypothetical protein  28.8 
 
 		 452 aa  63.2  0.000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.384627 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0462  metallo-beta-lactamase family protein  28.95 
 
 		 589 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1013  metallo-beta-lactamase family protein  30.14 
 
 		 603 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5891  beta-lactamase domain-containing protein  28.76 
 
 		 467 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.273287  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0168  metallo-beta-lactamase family protein  29.38 
 
 		 459 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0019  beta-lactamase-like protein  26.57 
 
 		 813 aa  58.2  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1339  metallo-beta-lactamase family protein  29.38 
 
 		 472 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_89936  predicted protein  24.12 
 
 		 793 aa  57.8  0.0000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.731556  normal  0.295472 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2742  metallo-beta-lactamase family protein  29.38 
 
 		 472 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.213611  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2599  metallo-beta-lactamase family protein  29.38 
 
 		 472 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0195  metallo-beta-lactamase family protein  29.38 
 
 		 472 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4513  beta-lactamase domain protein  28.57 
 
 		 454 aa  57  0.0000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.557779 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6526  beta-lactamase domain-containing protein  27.81 
 
 		 468 aa  57  0.0000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4381  beta-lactamase domain protein  28.57 
 
 		 454 aa  57  0.0000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.496128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0149  RNA procession exonuclease-like protein  24.75 
 
 		 327 aa  56.2  0.0000008  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0104249 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6202  beta-lactamase domain-containing protein  29.14 
 
 		 470 aa  56.2  0.0000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.19774 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1967  beta-lactamase-like  27.78 
 
 		 454 aa  55.8  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.166456  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00990  Endoribonuclease ysh1 (EC 3.1.27.-)(mRNA 3'-end-processing protein ysh1) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BEP0]  28.93 
 
 		 884 aa  55.5  0.000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>