166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_4896 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010338  Caul_4896  putative mRNA 3-end processing factor  100 
 
 		 335 aa  677    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4043  putative mRNA 3-end processing factor  67.16 
 
 		 337 aa  466  9.999999999999999e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6008  hypothetical protein  64.99 
 
 		 337 aa  449  1e-125  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2803  putative mRNA 3-end processing factor  63.77 
 
 		 338 aa  442  1e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.196277 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0913  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  62.02 
 
 		 336 aa  432  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.228952 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0801  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  61.98 
 
 		 336 aa  427  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0794  putative mRNA 3-end processing factor  61.79 
 
 		 349 aa  424  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.682803 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0031  putative mRNA 3-end processing factor  64.44 
 
 		 334 aa  427  1e-118  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.321442  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4616  putative mRNA 3-end processing factor  61.79 
 
 		 351 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0750  putative mRNA 3-end processing factor  62.09 
 
 		 356 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0799  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  62.84 
 
 		 348 aa  423  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187593  normal  0.0112138 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0871  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  61.19 
 
 		 348 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0130781  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0552  hypothetical protein  61.61 
 
 		 347 aa  418  1e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1540  putative mRNA 3-end processing factor  61.33 
 
 		 345 aa  412  1e-114  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3431  putative mRNA 3-end processing factor  60.73 
 
 		 352 aa  414  1e-114  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.194998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1471  putative mRNA 3-end processing factor  60.06 
 
 		 348 aa  414  1e-114  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0629  putative mRNA 3-end processing factor  60.73 
 
 		 365 aa  410  1e-113  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  decreased coverage  0.00579405 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3692  putative mRNA 3-end processing factor  59.94 
 
 		 351 aa  409  1e-113  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0289  putative mRNA 3-end processing factor  62.2 
 
 		 337 aa  410  1e-113  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3560  putative mRNA 3-end processing factor  60.42 
 
 		 352 aa  409  1e-113  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.146642  normal  0.26456 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3236  putative mRNA 3-end processing factor  60.12 
 
 		 352 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0461  hypothetical protein  61.79 
 
 		 390 aa  403  1e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1612  RNA procession exonuclease-like protein  62.24 
 
 		 354 aa  392  1e-108  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3978  RNA procession exonuclease-like protein  61.23 
 
 		 371 aa  392  1e-108  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.107304  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00669  RNA procession exonuclease-like protein  57.49 
 
 		 338 aa  391  1e-107  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0411  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  59.04 
 
 		 329 aa  390  1e-107  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0260  putative mRNA 3-end processing factor  58.21 
 
 		 344 aa  388  1e-107  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00946134 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1072  putative mRNA 3-end processing factor  57.7 
 
 		 344 aa  389  1e-107  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0686869 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0067  putative mRNA 3-end processing factor  62.65 
 
 		 357 aa  381  1e-105  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3896  hypothetical protein  46.63 
 
 		 368 aa  264  1e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170406  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0310  putative mRNA 3-end processing factor  45.4 
 
 		 366 aa  263  2e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.169646 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0305  putative mRNA 3-end processing factor  45.24 
 
 		 366 aa  261  1e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0374  putative mRNA 3-end processing factor  45.72 
 
 		 371 aa  261  2e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4860  putative mRNA 3-end processing factor  45.24 
 
 		 375 aa  260  2e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3043  putative mRNA 3-end processing factor  45.87 
 
 		 346 aa  260  2e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0285628  normal  0.582199 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1146  RNA procession exonuclease-like protein  44.61 
 
 		 338 aa  250  3e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1106  RNA processing exonuclease  44.31 
 
 		 338 aa  249  5e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.599734 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3872  hypothetical protein  43.02 
 
 		 348 aa  248  7e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4306  RNA procession exonuclease-like protein  45.54 
 
 		 338 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4134  hypothetical protein  41.52 
 
 		 348 aa  246  6e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5293  putative exonuclease involved in mRNA processing  45.16 
 
 		 382 aa  241  1e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2196  RNA procession exonuclease-like protein  44.38 
 
 		 335 aa  241  1e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.260801  hitchhiker  0.00381998 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1042  exonuclease  41.54 
 
 		 328 aa  236  3e-61  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.251284  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2916  mRNA 3'-end processing factor  41.84 
 
 		 362 aa  236  3e-61  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01738  mRNA 3'-end processing factor  45.54 
 
 		 340 aa  236  4e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1314  putative exonuclease involved in mRNA processing  44.28 
 
 		 383 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0772701  normal  0.174474 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1212  hypothetical protein  43.92 
 
 		 344 aa  235  8e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766488 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2959  mRNA 3'-end processing factor  45.48 
 
 		 332 aa  234  2.0000000000000002e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.624115  hitchhiker  0.0000489273 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1582  RNA procession exonuclease-like protein  45.14 
 
 		 332 aa  233  3e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1135  RNA procession exonuclease-like protein  43.41 
 
 		 338 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3523  RNA procession exonuclease  41.48 
 
 		 349 aa  231  1e-59  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1460  exonuclease involved in mRNA processing  41.46 
 
 		 328 aa  226  3e-58  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.562175  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1519  hypothetical protein  42.82 
 
 		 340 aa  226  3e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4681  putative exonuclease involved in mRNA processing  43.39 
 
 		 350 aa  224  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388572  normal  0.0823984 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07841  beta-lactamase fold exonuclease  34.5 
 
 		 328 aa  218  8.999999999999998e-56  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.110589  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1077  putative mRNA 3-end processing factor  43.81 
 
 		 383 aa  218  1e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2414  hypothetical protein  43.81 
 
 		 383 aa  217  2e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2561  putative mRNA 3-end processing factor  36.64 
 
 		 332 aa  218  2e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07841  RNA processing exonuclease  33.44 
 
 		 328 aa  213  3.9999999999999995e-54  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.160717  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6856  hypothetical protein  37.12 
 
 		 340 aa  213  3.9999999999999995e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.166328 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0734  hypothetical protein  32.91 
 
 		 328 aa  212  5.999999999999999e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.536853  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08581  RNA processing exonuclease  32.8 
 
 		 330 aa  211  2e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0814782  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2587  hypothetical protein  41.85 
 
 		 342 aa  207  1e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00136385 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2665  putative mRNA 3-end processing factor  40.82 
 
 		 335 aa  207  2e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14848 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1568  RNA procession exonuclease-like protein  42.46 
 
 		 358 aa  207  2e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.359999 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3335  RNA procession exonuclease  35.8 
 
 		 383 aa  206  6e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1406  RNA procession exonuclease-like protein  36.81 
 
 		 313 aa  202  7e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0847473 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02275  hypothetical protein  33.94 
 
 		 347 aa  191  1e-47  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1754  RNA procession exonuclease-like protein  36.78 
 
 		 351 aa  186  6e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0150  exonuclease of the beta-lactamase fold involved in RNA processing-like protein  34.86 
 
 		 355 aa  164  1.0000000000000001e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0055  putative mRNA 3'-end processing factor  33.23 
 
 		 330 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0060  putative mRNA 3'-end processing factor  32.91 
 
 		 330 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0072  putative mRNA 3'-end processing factor  32.91 
 
 		 330 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0057  putative mRNA 3'-end processing factor  31.43 
 
 		 330 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.251824 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1883  putative mRNA 3-end processing factor  31.33 
 
 		 327 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1313  beta-lactamase domain-containing protein  35.03 
 
 		 315 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.143027  normal  0.259963 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1043  putative mRNA 3-end processing factor  32.24 
 
 		 319 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0008566 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  25.47 
 
 		 1017 aa  99.8  6e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0973  putative mRNA 3-end processing factor  28.92 
 
 		 314 aa  98.2  2e-19  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.289039 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1113  hypothetical protein  24.17 
 
 		 321 aa  80.1  0.00000000000005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.704257 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1169  conserved hypothetical protein  27 
 
 		 328 aa  74.7  0.000000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.561924  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0788  putative mRNA 3-end processing factor  26.51 
 
 		 317 aa  74.3  0.000000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1132  hypothetical protein  29.31 
 
 		 328 aa  70.9  0.00000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  decreased coverage  0.00888  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0149  RNA procession exonuclease-like protein  27.7 
 
 		 327 aa  70.9  0.00000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0104249 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00990  Endoribonuclease ysh1 (EC 3.1.27.-)(mRNA 3'-end-processing protein ysh1) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BEP0]  36.59 
 
 		 884 aa  70.1  0.00000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1852  putative mRNA 3-end processing factor  26.8 
 
 		 337 aa  69.3  0.00000000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.681251  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2308  hypothetical protein  31.76 
 
 		 339 aa  68.6  0.0000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.146289  normal  0.484856 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1028  beta-lactamase domain-containing protein  22.91 
 
 		 616 aa  67.4  0.0000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3291  metallo-beta-lactamase family protein  29.17 
 
 		 455 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.119615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2467  beta-lactamase domain-containing protein  29.17 
 
 		 455 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.941259  normal  0.38784 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0621  beta-lactamase domain-containing protein  25 
 
 		 317 aa  60.1  0.00000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1938  beta-lactamase domain protein  21.43 
 
 		 821 aa  58.2  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.199019  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2474  beta-lactamase-like protein  31.85 
 
 		 473 aa  57  0.0000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.766773  normal  0.305499 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4121  beta-lactamase domain-containing protein  38.38 
 
 		 457 aa  56.6  0.0000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.729695 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3425  metallo-beta-lactamase superfamily protein  27.8 
 
 		 451 aa  55.8  0.0000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6526  beta-lactamase domain-containing protein  24.15 
 
 		 468 aa  55.8  0.0000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2687  beta-lactamase domain protein  20.75 
 
 		 591 aa  55.5  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6202  beta-lactamase domain-containing protein  25.68 
 
 		 470 aa  55.1  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.19774 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4513  beta-lactamase domain protein  28.57 
 
 		 454 aa  55.1  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.557779 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4381  beta-lactamase domain protein  28.57 
 
 		 454 aa  55.1  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.496128  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>