115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3872 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4134  hypothetical protein  95.1 
 
 		 348 aa  669    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3872  hypothetical protein  100 
 
 		 348 aa  714    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1212  hypothetical protein  82.69 
 
 		 344 aa  565  1e-160  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766488 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2196  RNA procession exonuclease-like protein  82.93 
 
 		 335 aa  559  1e-158  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.260801  hitchhiker  0.00381998 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1106  RNA processing exonuclease  81.36 
 
 		 338 aa  555  1e-157  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.599734 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1135  RNA procession exonuclease-like protein  80.12 
 
 		 338 aa  550  1e-155  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1146  RNA procession exonuclease-like protein  80.18 
 
 		 338 aa  546  1e-154  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4306  RNA procession exonuclease-like protein  81.82 
 
 		 338 aa  547  1e-154  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4860  putative mRNA 3-end processing factor  72.42 
 
 		 375 aa  501  1e-140  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0374  putative mRNA 3-end processing factor  69.14 
 
 		 371 aa  497  1e-139  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0310  putative mRNA 3-end processing factor  71.12 
 
 		 366 aa  488  1e-137  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.169646 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0305  putative mRNA 3-end processing factor  71.04 
 
 		 366 aa  485  1e-136  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3043  putative mRNA 3-end processing factor  71.08 
 
 		 346 aa  484  1e-135  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0285628  normal  0.582199 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3896  hypothetical protein  64.86 
 
 		 368 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170406  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1314  putative exonuclease involved in mRNA processing  67.53 
 
 		 383 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0772701  normal  0.174474 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5293  putative exonuclease involved in mRNA processing  68.31 
 
 		 382 aa  456  1e-127  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1519  hypothetical protein  67.36 
 
 		 340 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4681  putative exonuclease involved in mRNA processing  69.21 
 
 		 350 aa  437  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388572  normal  0.0823984 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2916  mRNA 3'-end processing factor  57.14 
 
 		 362 aa  401  1e-111  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1582  RNA procession exonuclease-like protein  60.43 
 
 		 332 aa  400  9.999999999999999e-111  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3335  RNA procession exonuclease  57.05 
 
 		 383 aa  374  1e-102  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3523  RNA procession exonuclease  54.88 
 
 		 349 aa  363  2e-99  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6856  hypothetical protein  54.35 
 
 		 340 aa  354  1e-96  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.166328 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02275  hypothetical protein  48.62 
 
 		 347 aa  352  5e-96  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2414  hypothetical protein  54.28 
 
 		 383 aa  343  2e-93  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1077  putative mRNA 3-end processing factor  54.28 
 
 		 383 aa  344  2e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2959  mRNA 3'-end processing factor  53.8 
 
 		 332 aa  337  1.9999999999999998e-91  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.624115  hitchhiker  0.0000489273 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2561  putative mRNA 3-end processing factor  48.94 
 
 		 332 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1042  exonuclease  52 
 
 		 328 aa  333  2e-90  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.251284  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1754  RNA procession exonuclease-like protein  50.61 
 
 		 351 aa  332  7.000000000000001e-90  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1568  RNA procession exonuclease-like protein  52.39 
 
 		 358 aa  330  2e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.359999 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2587  hypothetical protein  53.37 
 
 		 342 aa  330  2e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00136385 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01738  mRNA 3'-end processing factor  54.1 
 
 		 340 aa  321  9.999999999999999e-87  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1460  exonuclease involved in mRNA processing  52.41 
 
 		 328 aa  317  2e-85  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.562175  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2665  putative mRNA 3-end processing factor  54.97 
 
 		 335 aa  312  4.999999999999999e-84  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14848 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07841  beta-lactamase fold exonuclease  43.45 
 
 		 328 aa  284  2.0000000000000002e-75  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.110589  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0150  exonuclease of the beta-lactamase fold involved in RNA processing-like protein  44.2 
 
 		 355 aa  275  1.0000000000000001e-72  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07841  RNA processing exonuclease  42.17 
 
 		 328 aa  275  1.0000000000000001e-72  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.160717  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08581  RNA processing exonuclease  40.13 
 
 		 330 aa  273  3e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0814782  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0734  hypothetical protein  41.53 
 
 		 328 aa  270  2e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.536853  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1471  putative mRNA 3-end processing factor  44.22 
 
 		 348 aa  266  4e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1072  putative mRNA 3-end processing factor  45.32 
 
 		 344 aa  266  5e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0686869 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0794  putative mRNA 3-end processing factor  44.09 
 
 		 349 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.682803 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4616  putative mRNA 3-end processing factor  45.27 
 
 		 351 aa  252  7e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4896  putative mRNA 3-end processing factor  43.02 
 
 		 335 aa  248  8e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0799  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  44.31 
 
 		 348 aa  248  1e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187593  normal  0.0112138 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0871  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  43.34 
 
 		 348 aa  246  3e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0130781  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0552  hypothetical protein  43.27 
 
 		 347 aa  246  6e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4043  putative mRNA 3-end processing factor  41.72 
 
 		 337 aa  244  9.999999999999999e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0750  putative mRNA 3-end processing factor  43.48 
 
 		 356 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0260  putative mRNA 3-end processing factor  41.16 
 
 		 344 aa  243  3e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00946134 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1612  RNA procession exonuclease-like protein  42.99 
 
 		 354 aa  241  9e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0913  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  42.14 
 
 		 336 aa  241  1e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.228952 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0801  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  42.14 
 
 		 336 aa  241  1e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6008  hypothetical protein  41.12 
 
 		 337 aa  240  2e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3431  putative mRNA 3-end processing factor  39.83 
 
 		 352 aa  235  9e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.194998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2803  putative mRNA 3-end processing factor  40 
 
 		 338 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.196277 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0629  putative mRNA 3-end processing factor  40.97 
 
 		 365 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  decreased coverage  0.00579405 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3560  putative mRNA 3-end processing factor  40.23 
 
 		 352 aa  232  6e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.146642  normal  0.26456 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0031  putative mRNA 3-end processing factor  40.12 
 
 		 334 aa  231  1e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.321442  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3236  putative mRNA 3-end processing factor  40.23 
 
 		 352 aa  231  1e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1540  putative mRNA 3-end processing factor  40.17 
 
 		 345 aa  228  8e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0461  hypothetical protein  41.89 
 
 		 390 aa  228  1e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3692  putative mRNA 3-end processing factor  39.29 
 
 		 351 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00669  RNA procession exonuclease-like protein  37.08 
 
 		 338 aa  218  1e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0289  putative mRNA 3-end processing factor  40.06 
 
 		 337 aa  217  2e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0411  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  39.74 
 
 		 329 aa  214  9.999999999999999e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3978  RNA procession exonuclease-like protein  38.53 
 
 		 371 aa  213  3.9999999999999995e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.107304  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0067  putative mRNA 3-end processing factor  38.72 
 
 		 357 aa  201  9.999999999999999e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1406  RNA procession exonuclease-like protein  33.98 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0847473 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  33.23 
 
 		 1017 aa  163  5.0000000000000005e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0060  putative mRNA 3'-end processing factor  33.66 
 
 		 330 aa  150  2e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0072  putative mRNA 3'-end processing factor  33.33 
 
 		 330 aa  150  3e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0057  putative mRNA 3'-end processing factor  33.22 
 
 		 330 aa  150  4e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.251824 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0055  putative mRNA 3'-end processing factor  33.33 
 
 		 330 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1113  hypothetical protein  26.09 
 
 		 321 aa  94  3e-18  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.704257 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1883  putative mRNA 3-end processing factor  28.12 
 
 		 327 aa  84.3  0.000000000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1313  beta-lactamase domain-containing protein  27.97 
 
 		 315 aa  84  0.000000000000004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.143027  normal  0.259963 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0973  putative mRNA 3-end processing factor  25.64 
 
 		 314 aa  81.6  0.00000000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.289039 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0149  RNA procession exonuclease-like protein  25.17 
 
 		 327 aa  79  0.0000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0104249 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1043  putative mRNA 3-end processing factor  28.62 
 
 		 319 aa  78.6  0.0000000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0008566 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0621  beta-lactamase domain-containing protein  25.18 
 
 		 317 aa  68.6  0.0000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1169  conserved hypothetical protein  23.42 
 
 		 328 aa  63.9  0.000000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.561924  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0788  putative mRNA 3-end processing factor  25 
 
 		 317 aa  61.6  0.00000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_89936  predicted protein  31.15 
 
 		 793 aa  57  0.0000005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.731556  normal  0.295472 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1028  beta-lactamase domain-containing protein  24.11 
 
 		 616 aa  54.7  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1938  beta-lactamase domain protein  25.6 
 
 		 821 aa  54.3  0.000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.199019  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1132  hypothetical protein  23.53 
 
 		 328 aa  51.2  0.00003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  decreased coverage  0.00888  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00990  Endoribonuclease ysh1 (EC 3.1.27.-)(mRNA 3'-end-processing protein ysh1) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BEP0]  28.93 
 
 		 884 aa  50.4  0.00004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4513  beta-lactamase domain protein  28.93 
 
 		 454 aa  50.4  0.00005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.557779 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4381  beta-lactamase domain protein  28.93 
 
 		 454 aa  50.4  0.00005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.496128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5670  hypothetical protein  25.32 
 
 		 338 aa  48.9  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0729978 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4519  exonuclease/RNA metabolizing protein  29.31 
 
 		 452 aa  48.5  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0267273  decreased coverage  0.00562504 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1105  beta-lactamase domain-containing protein  30.56 
 
 		 454 aa  47.4  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0201  hypothetical protein  30.25 
 
 		 452 aa  47  0.0005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.384627 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0375  beta-lactamase-like protein  28.17 
 
 		 636 aa  47  0.0005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.0000359908  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2609  mRNA 3-end processing factor  29.03 
 
 		 397 aa  45.4  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.299083 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3227  beta-lactamase domain-containing protein  28.49 
 
 		 454 aa  45.8  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.500383  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2580  beta-lactamase domain protein  28.49 
 
 		 454 aa  45.8  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0148  putative metallo-beta-lactamase family protein  33.64 
 
 		 454 aa  44.7  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>