217 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_0289 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_0289  putative mRNA 3-end processing factor  100 
 
 		 337 aa  685    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3978  RNA procession exonuclease-like protein  69.07 
 
 		 371 aa  456  1e-127  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.107304  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0067  putative mRNA 3-end processing factor  67.66 
 
 		 357 aa  439  9.999999999999999e-123  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4896  putative mRNA 3-end processing factor  62.2 
 
 		 335 aa  410  1e-113  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4043  putative mRNA 3-end processing factor  60.43 
 
 		 337 aa  403  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00669  RNA procession exonuclease-like protein  58.26 
 
 		 338 aa  399  9.999999999999999e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0794  putative mRNA 3-end processing factor  61.16 
 
 		 349 aa  395  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.682803 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0750  putative mRNA 3-end processing factor  60.74 
 
 		 356 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2803  putative mRNA 3-end processing factor  58.91 
 
 		 338 aa  389  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.196277 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4616  putative mRNA 3-end processing factor  58.98 
 
 		 351 aa  388  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0260  putative mRNA 3-end processing factor  59.09 
 
 		 344 aa  391  1e-107  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00946134 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0871  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  58.97 
 
 		 348 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0130781  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0031  putative mRNA 3-end processing factor  60.06 
 
 		 334 aa  385  1e-106  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.321442  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0629  putative mRNA 3-end processing factor  57.27 
 
 		 365 aa  384  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  decreased coverage  0.00579405 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3431  putative mRNA 3-end processing factor  58.95 
 
 		 352 aa  382  1e-105  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.194998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1540  putative mRNA 3-end processing factor  58.95 
 
 		 345 aa  381  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0552  hypothetical protein  57.78 
 
 		 347 aa  380  1e-104  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6008  hypothetical protein  57.14 
 
 		 337 aa  379  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0913  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  57.49 
 
 		 336 aa  381  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.228952 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3560  putative mRNA 3-end processing factor  58.95 
 
 		 352 aa  379  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.146642  normal  0.26456 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0801  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  56.55 
 
 		 336 aa  376  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0799  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  59.5 
 
 		 348 aa  375  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187593  normal  0.0112138 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3236  putative mRNA 3-end processing factor  58.33 
 
 		 352 aa  377  1e-103  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1471  putative mRNA 3-end processing factor  56.27 
 
 		 348 aa  377  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1612  RNA procession exonuclease-like protein  58.01 
 
 		 354 aa  372  1e-102  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3692  putative mRNA 3-end processing factor  57.41 
 
 		 351 aa  368  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0461  hypothetical protein  57.65 
 
 		 390 aa  362  7.0000000000000005e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0411  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  56.59 
 
 		 329 aa  358  7e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1072  putative mRNA 3-end processing factor  53.35 
 
 		 344 aa  357  1.9999999999999998e-97  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0686869 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1042  exonuclease  46.35 
 
 		 328 aa  256  6e-67  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.251284  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01738  mRNA 3'-end processing factor  48.7 
 
 		 340 aa  251  2e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4860  putative mRNA 3-end processing factor  42.12 
 
 		 375 aa  241  9e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1460  exonuclease involved in mRNA processing  44.84 
 
 		 328 aa  241  2e-62  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.562175  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1582  RNA procession exonuclease-like protein  43.53 
 
 		 332 aa  235  9e-61  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2959  mRNA 3'-end processing factor  43.93 
 
 		 332 aa  234  2.0000000000000002e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.624115  hitchhiker  0.0000489273 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3043  putative mRNA 3-end processing factor  42.24 
 
 		 346 aa  232  7.000000000000001e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0285628  normal  0.582199 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0305  putative mRNA 3-end processing factor  42.01 
 
 		 366 aa  231  1e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3523  RNA procession exonuclease  40.78 
 
 		 349 aa  231  2e-59  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1146  RNA procession exonuclease-like protein  43.12 
 
 		 338 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0310  putative mRNA 3-end processing factor  41.38 
 
 		 366 aa  229  7e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.169646 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1106  RNA processing exonuclease  42.5 
 
 		 338 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.599734 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4306  RNA procession exonuclease-like protein  42.5 
 
 		 338 aa  226  4e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07841  beta-lactamase fold exonuclease  32.62 
 
 		 328 aa  226  6e-58  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.110589  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0374  putative mRNA 3-end processing factor  40.62 
 
 		 371 aa  223  4.9999999999999996e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08581  RNA processing exonuclease  34.08 
 
 		 330 aa  222  7e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0814782  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2196  RNA procession exonuclease-like protein  42.37 
 
 		 335 aa  222  8e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.260801  hitchhiker  0.00381998 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3896  hypothetical protein  41.19 
 
 		 368 aa  222  9e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170406  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2916  mRNA 3'-end processing factor  41.19 
 
 		 362 aa  221  9e-57  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07841  RNA processing exonuclease  32.31 
 
 		 328 aa  221  9.999999999999999e-57  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.160717  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0734  hypothetical protein  32 
 
 		 328 aa  219  3.9999999999999997e-56  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.536853  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4134  hypothetical protein  40.13 
 
 		 348 aa  217  2e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3872  hypothetical protein  40.06 
 
 		 348 aa  217  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1314  putative exonuclease involved in mRNA processing  42.33 
 
 		 383 aa  217  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0772701  normal  0.174474 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2561  putative mRNA 3-end processing factor  39.26 
 
 		 332 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4681  putative exonuclease involved in mRNA processing  42.51 
 
 		 350 aa  216  5e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388572  normal  0.0823984 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5293  putative exonuclease involved in mRNA processing  41.25 
 
 		 382 aa  216  5e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3335  RNA procession exonuclease  39.41 
 
 		 383 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1135  RNA procession exonuclease-like protein  41.07 
 
 		 338 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1077  putative mRNA 3-end processing factor  44.52 
 
 		 383 aa  211  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2414  hypothetical protein  44.52 
 
 		 383 aa  211  2e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1568  RNA procession exonuclease-like protein  44.48 
 
 		 358 aa  211  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.359999 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2665  putative mRNA 3-end processing factor  42.68 
 
 		 335 aa  207  2e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14848 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02275  hypothetical protein  36.22 
 
 		 347 aa  206  6e-52  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2587  hypothetical protein  42.51 
 
 		 342 aa  205  9e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00136385 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6856  hypothetical protein  35.78 
 
 		 340 aa  203  3e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.166328 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1212  hypothetical protein  40.06 
 
 		 344 aa  203  4e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766488 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1754  RNA procession exonuclease-like protein  39.54 
 
 		 351 aa  202  5e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1519  hypothetical protein  40.18 
 
 		 340 aa  202  8e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1406  RNA procession exonuclease-like protein  35.14 
 
 		 313 aa  193  4e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0847473 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0150  exonuclease of the beta-lactamase fold involved in RNA processing-like protein  35.65 
 
 		 355 aa  172  6.999999999999999e-42  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.43 
 
 		 1017 aa  125  1e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0072  putative mRNA 3'-end processing factor  33.33 
 
 		 330 aa  117  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0060  putative mRNA 3'-end processing factor  33.33 
 
 		 330 aa  115  7.999999999999999e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0055  putative mRNA 3'-end processing factor  33.02 
 
 		 330 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0057  putative mRNA 3'-end processing factor  31.83 
 
 		 330 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.251824 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1113  hypothetical protein  29.33 
 
 		 321 aa  102  1e-20  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.704257 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1043  putative mRNA 3-end processing factor  32.38 
 
 		 319 aa  94.4  3e-18  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0008566 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1883  putative mRNA 3-end processing factor  30.63 
 
 		 327 aa  93.6  5e-18  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1313  beta-lactamase domain-containing protein  31.15 
 
 		 315 aa  90.5  4e-17  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.143027  normal  0.259963 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1169  conserved hypothetical protein  26.67 
 
 		 328 aa  89.7  6e-17  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.561924  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0149  RNA procession exonuclease-like protein  27.51 
 
 		 327 aa  83.6  0.000000000000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0104249 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0973  putative mRNA 3-end processing factor  28.85 
 
 		 314 aa  82  0.00000000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.289039 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1852  putative mRNA 3-end processing factor  27.76 
 
 		 337 aa  77.8  0.0000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.681251  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0788  putative mRNA 3-end processing factor  28.04 
 
 		 317 aa  75.5  0.000000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1132  hypothetical protein  27.05 
 
 		 328 aa  68.9  0.0000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  decreased coverage  0.00888  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_89936  predicted protein  24.45 
 
 		 793 aa  68.9  0.0000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.731556  normal  0.295472 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0025  beta-lactamase domain-containing protein  21.33 
 
 		 432 aa  68.2  0.0000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00990  Endoribonuclease ysh1 (EC 3.1.27.-)(mRNA 3'-end-processing protein ysh1) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BEP0]  29.09 
 
 		 884 aa  66.6  0.0000000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2308  hypothetical protein  27.93 
 
 		 339 aa  66.2  0.0000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.146289  normal  0.484856 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4121  beta-lactamase domain-containing protein  26.64 
 
 		 457 aa  65.9  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.729695 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1539  beta-lactamase domain-containing protein  22.19 
 
 		 421 aa  63.9  0.000000004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0000502709 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0375  beta-lactamase-like protein  27.04 
 
 		 636 aa  63.5  0.000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.0000359908  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0193  cleavage and polyadenylation specificity factor  27.16 
 
 		 637 aa  62  0.00000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.209182  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1910  beta-lactamase domain protein  25.64 
 
 		 652 aa  62  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000293974  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2687  beta-lactamase domain protein  20.81 
 
 		 591 aa  62.4  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1047  beta-lactamase domain-containing protein  23.14 
 
 		 426 aa  61.2  0.00000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0197  beta-lactamase domain-containing protein  24.29 
 
 		 422 aa  61.2  0.00000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.904798  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1728  beta-lactamase domain-containing protein  27.54 
 
 		 425 aa  61.2  0.00000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.254192  decreased coverage  0.00045837 
 
 
-
 
NC_006693  CNH02710  hypothetical protein  26.64 
 
 		 773 aa  60.5  0.00000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0446  beta-lactamase domain-containing protein  26.44 
 
 		 428 aa  60.1  0.00000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.279355  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>