141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0150 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_0150  exonuclease of the beta-lactamase fold involved in RNA processing-like protein  100 
 
 		 355 aa  733    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1582  RNA procession exonuclease-like protein  47.55 
 
 		 332 aa  281  1e-74  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2916  mRNA 3'-end processing factor  44.75 
 
 		 362 aa  279  7e-74  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4134  hypothetical protein  44.51 
 
 		 348 aa  278  9e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3872  hypothetical protein  44.2 
 
 		 348 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4860  putative mRNA 3-end processing factor  44.17 
 
 		 375 aa  271  9e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1135  RNA procession exonuclease-like protein  45 
 
 		 338 aa  266  4e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1519  hypothetical protein  47.12 
 
 		 340 aa  261  1e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4306  RNA procession exonuclease-like protein  45.37 
 
 		 338 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1106  RNA processing exonuclease  44.73 
 
 		 338 aa  260  3e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.599734 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1146  RNA procession exonuclease-like protein  44.73 
 
 		 338 aa  259  4e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2196  RNA procession exonuclease-like protein  44.41 
 
 		 335 aa  258  9e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.260801  hitchhiker  0.00381998 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1212  hypothetical protein  43.4 
 
 		 344 aa  258  1e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766488 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0374  putative mRNA 3-end processing factor  42.22 
 
 		 371 aa  257  2e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5293  putative exonuclease involved in mRNA processing  45.4 
 
 		 382 aa  256  3e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0305  putative mRNA 3-end processing factor  43.45 
 
 		 366 aa  256  3e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0310  putative mRNA 3-end processing factor  43.13 
 
 		 366 aa  255  7e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.169646 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3043  putative mRNA 3-end processing factor  43.44 
 
 		 346 aa  253  2.0000000000000002e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0285628  normal  0.582199 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4681  putative exonuclease involved in mRNA processing  44.94 
 
 		 350 aa  252  7e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388572  normal  0.0823984 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3896  hypothetical protein  42.06 
 
 		 368 aa  251  2e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170406  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1314  putative exonuclease involved in mRNA processing  43.99 
 
 		 383 aa  249  4e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0772701  normal  0.174474 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2959  mRNA 3'-end processing factor  45.02 
 
 		 332 aa  244  9.999999999999999e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.624115  hitchhiker  0.0000489273 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01738  mRNA 3'-end processing factor  45.54 
 
 		 340 aa  241  2e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1754  RNA procession exonuclease-like protein  39.81 
 
 		 351 aa  238  1e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02275  hypothetical protein  37.3 
 
 		 347 aa  236  5.0000000000000005e-61  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3335  RNA procession exonuclease  38.15 
 
 		 383 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07841  beta-lactamase fold exonuclease  35.31 
 
 		 328 aa  234  2.0000000000000002e-60  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.110589  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2587  hypothetical protein  41.41 
 
 		 342 aa  229  4e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00136385 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08581  RNA processing exonuclease  36 
 
 		 330 aa  229  6e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0814782  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07841  RNA processing exonuclease  35.01 
 
 		 328 aa  229  7e-59  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.160717  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1077  putative mRNA 3-end processing factor  40.56 
 
 		 383 aa  227  2e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2414  hypothetical protein  40.56 
 
 		 383 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2561  putative mRNA 3-end processing factor  36.42 
 
 		 332 aa  225  9e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0734  hypothetical protein  35.94 
 
 		 328 aa  225  1e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.536853  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2665  putative mRNA 3-end processing factor  40.31 
 
 		 335 aa  224  1e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14848 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3523  RNA procession exonuclease  36.31 
 
 		 349 aa  224  2e-57  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1568  RNA procession exonuclease-like protein  40.13 
 
 		 358 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.359999 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1460  exonuclease involved in mRNA processing  40 
 
 		 328 aa  219  6e-56  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.562175  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1042  exonuclease  37.5 
 
 		 328 aa  218  1e-55  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.251284  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6856  hypothetical protein  38.27 
 
 		 340 aa  217  2.9999999999999998e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.166328 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0871  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  38.14 
 
 		 348 aa  209  7e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0130781  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0794  putative mRNA 3-end processing factor  37.84 
 
 		 349 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.682803 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4616  putative mRNA 3-end processing factor  37.8 
 
 		 351 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3431  putative mRNA 3-end processing factor  38.6 
 
 		 352 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.194998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0799  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  37 
 
 		 348 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187593  normal  0.0112138 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3560  putative mRNA 3-end processing factor  38.6 
 
 		 352 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.146642  normal  0.26456 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3236  putative mRNA 3-end processing factor  38.6 
 
 		 352 aa  197  3e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2803  putative mRNA 3-end processing factor  37.69 
 
 		 338 aa  195  1e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.196277 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3692  putative mRNA 3-end processing factor  37.99 
 
 		 351 aa  194  2e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0552  hypothetical protein  37.12 
 
 		 347 aa  193  4e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1072  putative mRNA 3-end processing factor  38.6 
 
 		 344 aa  192  6e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0686869 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0750  putative mRNA 3-end processing factor  36.7 
 
 		 356 aa  192  7e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00669  RNA procession exonuclease-like protein  36.81 
 
 		 338 aa  192  9e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1540  putative mRNA 3-end processing factor  38.37 
 
 		 345 aa  191  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0461  hypothetical protein  36.5 
 
 		 390 aa  191  2e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0260  putative mRNA 3-end processing factor  37.24 
 
 		 344 aa  191  2e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00946134 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6008  hypothetical protein  37.88 
 
 		 337 aa  190  4e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0629  putative mRNA 3-end processing factor  37.2 
 
 		 365 aa  190  4e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  decreased coverage  0.00579405 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0913  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  36.34 
 
 		 336 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.228952 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0031  putative mRNA 3-end processing factor  37.24 
 
 		 334 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.321442  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0801  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  36.04 
 
 		 336 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1471  putative mRNA 3-end processing factor  35.37 
 
 		 348 aa  183  4.0000000000000006e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1612  RNA procession exonuclease-like protein  36.2 
 
 		 354 aa  181  1e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0411  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  36.93 
 
 		 329 aa  180  2.9999999999999997e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4043  putative mRNA 3-end processing factor  37 
 
 		 337 aa  177  2e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3978  RNA procession exonuclease-like protein  37.25 
 
 		 371 aa  176  6e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.107304  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0289  putative mRNA 3-end processing factor  35.65 
 
 		 337 aa  172  6.999999999999999e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4896  putative mRNA 3-end processing factor  34.86 
 
 		 335 aa  164  2.0000000000000002e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0067  putative mRNA 3-end processing factor  34.58 
 
 		 357 aa  162  1e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.95 
 
 		 1017 aa  160  2e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1406  RNA procession exonuclease-like protein  32.67 
 
 		 313 aa  159  8e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0847473 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0072  putative mRNA 3'-end processing factor  34.29 
 
 		 330 aa  152  7e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0060  putative mRNA 3'-end processing factor  33.97 
 
 		 330 aa  149  7e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0057  putative mRNA 3'-end processing factor  32.6 
 
 		 330 aa  149  7e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.251824 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0055  putative mRNA 3'-end processing factor  33.97 
 
 		 330 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1883  putative mRNA 3-end processing factor  25.23 
 
 		 327 aa  85.5  0.000000000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1043  putative mRNA 3-end processing factor  25.67 
 
 		 319 aa  83.2  0.000000000000006  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0008566 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1113  hypothetical protein  25.83 
 
 		 321 aa  82.8  0.000000000000008  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.704257 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1313  beta-lactamase domain-containing protein  25.3 
 
 		 315 aa  79.7  0.00000000000008  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.143027  normal  0.259963 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0973  putative mRNA 3-end processing factor  23.08 
 
 		 314 aa  73.2  0.000000000006  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.289039 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0149  RNA procession exonuclease-like protein  23.33 
 
 		 327 aa  69.7  0.00000000007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0104249 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0621  beta-lactamase domain-containing protein  25.52 
 
 		 317 aa  62.8  0.000000008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00990  Endoribonuclease ysh1 (EC 3.1.27.-)(mRNA 3'-end-processing protein ysh1) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BEP0]  33.33 
 
 		 884 aa  60.5  0.00000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1132  hypothetical protein  30.95 
 
 		 328 aa  57  0.0000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  decreased coverage  0.00888  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0375  beta-lactamase-like protein  30.7 
 
 		 636 aa  55.8  0.000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.0000359908  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0019  beta-lactamase-like protein  28.51 
 
 		 813 aa  55.5  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0193  cleavage and polyadenylation specificity factor  27.78 
 
 		 637 aa  54.7  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.209182  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5670  hypothetical protein  25.72 
 
 		 338 aa  54.3  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0729978 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_89936  predicted protein  28.57 
 
 		 793 aa  53.1  0.000007  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.731556  normal  0.295472 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1047  beta-lactamase domain-containing protein  27.69 
 
 		 426 aa  53.1  0.000007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0788  putative mRNA 3-end processing factor  23.65 
 
 		 317 aa  52.8  0.000009  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1341  beta-lactamase domain protein  32.14 
 
 		 465 aa  52.4  0.00001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4381  beta-lactamase domain protein  33.33 
 
 		 454 aa  51.6  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.496128  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4513  beta-lactamase domain protein  33.33 
 
 		 454 aa  51.6  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.557779 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1852  putative mRNA 3-end processing factor  27.78 
 
 		 337 aa  51.2  0.00003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.681251  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0455  beta-lactamase domain-containing protein  26.92 
 
 		 636 aa  50.1  0.00006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.263173 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0082  beta-lactamase domain-containing protein  26.98 
 
 		 635 aa  50.1  0.00007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0265  putative metallo-beta-lactamase  28.7 
 
 		 484 aa  49.7  0.00008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0201  hypothetical protein  32.5 
 
 		 452 aa  49.3  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.384627 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38530  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase family protein  29.09 
 
 		 468 aa  48.9  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0506935  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>