159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_B3896 on replicon NC_007348
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B3896  hypothetical protein  100 
 
 		 368 aa  746    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170406  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4860  putative mRNA 3-end processing factor  70.15 
 
 		 375 aa  476  1e-133  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3872  hypothetical protein  64.86 
 
 		 348 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4134  hypothetical protein  66.07 
 
 		 348 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0374  putative mRNA 3-end processing factor  68.53 
 
 		 371 aa  460  9.999999999999999e-129  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1212  hypothetical protein  68.77 
 
 		 344 aa  455  1e-127  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766488 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0310  putative mRNA 3-end processing factor  66.86 
 
 		 366 aa  451  1.0000000000000001e-126  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.169646 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3043  putative mRNA 3-end processing factor  69.37 
 
 		 346 aa  453  1.0000000000000001e-126  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0285628  normal  0.582199 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0305  putative mRNA 3-end processing factor  67.15 
 
 		 366 aa  449  1e-125  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1106  RNA processing exonuclease  68.96 
 
 		 338 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.599734 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1135  RNA procession exonuclease-like protein  68.51 
 
 		 338 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1146  RNA procession exonuclease-like protein  68.96 
 
 		 338 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4306  RNA procession exonuclease-like protein  69.55 
 
 		 338 aa  441  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2196  RNA procession exonuclease-like protein  68.36 
 
 		 335 aa  436  1e-121  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.260801  hitchhiker  0.00381998 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1314  putative exonuclease involved in mRNA processing  64.97 
 
 		 383 aa  428  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0772701  normal  0.174474 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5293  putative exonuclease involved in mRNA processing  64.87 
 
 		 382 aa  424  1e-117  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4681  putative exonuclease involved in mRNA processing  67.27 
 
 		 350 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388572  normal  0.0823984 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1519  hypothetical protein  64.69 
 
 		 340 aa  404  1e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1582  RNA procession exonuclease-like protein  58.66 
 
 		 332 aa  359  4e-98  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2916  mRNA 3'-end processing factor  49.15 
 
 		 362 aa  345  8e-94  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6856  hypothetical protein  50 
 
 		 340 aa  337  9.999999999999999e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.166328 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2959  mRNA 3'-end processing factor  54.33 
 
 		 332 aa  337  2.9999999999999997e-91  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.624115  hitchhiker  0.0000489273 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2561  putative mRNA 3-end processing factor  47.15 
 
 		 332 aa  333  4e-90  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3335  RNA procession exonuclease  50.62 
 
 		 383 aa  330  2e-89  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1077  putative mRNA 3-end processing factor  52.49 
 
 		 383 aa  321  9.999999999999999e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2414  hypothetical protein  52.49 
 
 		 383 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3523  RNA procession exonuclease  48.55 
 
 		 349 aa  320  1.9999999999999998e-86  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1568  RNA procession exonuclease-like protein  50.85 
 
 		 358 aa  309  5.9999999999999995e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.359999 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01738  mRNA 3'-end processing factor  51.35 
 
 		 340 aa  303  3.0000000000000004e-81  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1754  RNA procession exonuclease-like protein  44.9 
 
 		 351 aa  300  4e-80  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1042  exonuclease  48.36 
 
 		 328 aa  296  4e-79  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.251284  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2587  hypothetical protein  50 
 
 		 342 aa  294  1e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00136385 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02275  hypothetical protein  40.17 
 
 		 347 aa  294  2e-78  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2665  putative mRNA 3-end processing factor  51.03 
 
 		 335 aa  292  7e-78  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14848 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1460  exonuclease involved in mRNA processing  48.06 
 
 		 328 aa  276  4e-73  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.562175  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1471  putative mRNA 3-end processing factor  46.15 
 
 		 348 aa  272  8.000000000000001e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0794  putative mRNA 3-end processing factor  46.65 
 
 		 349 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.682803 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4896  putative mRNA 3-end processing factor  46.63 
 
 		 335 aa  264  2e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07841  beta-lactamase fold exonuclease  36.48 
 
 		 328 aa  262  6e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.110589  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0871  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  45.48 
 
 		 348 aa  259  4e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0130781  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0750  putative mRNA 3-end processing factor  43.82 
 
 		 356 aa  258  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0552  hypothetical protein  44.29 
 
 		 347 aa  258  1e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0734  hypothetical protein  34.88 
 
 		 328 aa  254  2.0000000000000002e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.536853  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07841  RNA processing exonuclease  35.19 
 
 		 328 aa  254  2.0000000000000002e-66  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.160717  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4616  putative mRNA 3-end processing factor  44.38 
 
 		 351 aa  253  3e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0031  putative mRNA 3-end processing factor  45.86 
 
 		 334 aa  251  1e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.321442  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0260  putative mRNA 3-end processing factor  43.11 
 
 		 344 aa  251  2e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00946134 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0150  exonuclease of the beta-lactamase fold involved in RNA processing-like protein  42.06 
 
 		 355 aa  251  2e-65  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1072  putative mRNA 3-end processing factor  44.08 
 
 		 344 aa  250  2e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0686869 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0799  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  43.82 
 
 		 348 aa  248  9e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187593  normal  0.0112138 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08581  RNA processing exonuclease  35.22 
 
 		 330 aa  247  2e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0814782  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1612  RNA procession exonuclease-like protein  44.78 
 
 		 354 aa  245  9e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4043  putative mRNA 3-end processing factor  42.99 
 
 		 337 aa  245  9.999999999999999e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1540  putative mRNA 3-end processing factor  42.15 
 
 		 345 aa  242  7.999999999999999e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6008  hypothetical protein  42.77 
 
 		 337 aa  239  5e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3431  putative mRNA 3-end processing factor  43.23 
 
 		 352 aa  239  5e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.194998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3560  putative mRNA 3-end processing factor  43.23 
 
 		 352 aa  239  6.999999999999999e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.146642  normal  0.26456 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3236  putative mRNA 3-end processing factor  43.23 
 
 		 352 aa  238  8e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3692  putative mRNA 3-end processing factor  42.98 
 
 		 351 aa  238  9e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0629  putative mRNA 3-end processing factor  42.74 
 
 		 365 aa  238  1e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  decreased coverage  0.00579405 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0411  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  41.82 
 
 		 329 aa  231  2e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0913  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  40.31 
 
 		 336 aa  230  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.228952 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2803  putative mRNA 3-end processing factor  41.72 
 
 		 338 aa  230  4e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.196277 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0461  hypothetical protein  42.69 
 
 		 390 aa  229  6e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0801  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  39.76 
 
 		 336 aa  229  7e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00669  RNA procession exonuclease-like protein  37.27 
 
 		 338 aa  226  7e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0289  putative mRNA 3-end processing factor  41.19 
 
 		 337 aa  222  9.999999999999999e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3978  RNA procession exonuclease-like protein  39.64 
 
 		 371 aa  221  9.999999999999999e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.107304  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0067  putative mRNA 3-end processing factor  39.04 
 
 		 357 aa  202  9e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1406  RNA procession exonuclease-like protein  30.97 
 
 		 313 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0847473 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.44 
 
 		 1017 aa  154  2.9999999999999998e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0057  putative mRNA 3'-end processing factor  35.78 
 
 		 330 aa  149  9e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.251824 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0060  putative mRNA 3'-end processing factor  35.46 
 
 		 330 aa  142  9e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0055  putative mRNA 3'-end processing factor  34.82 
 
 		 330 aa  142  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0072  putative mRNA 3'-end processing factor  33.96 
 
 		 330 aa  140  3e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1113  hypothetical protein  26.06 
 
 		 321 aa  87.8  3e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.704257 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0973  putative mRNA 3-end processing factor  26.65 
 
 		 314 aa  86.7  7e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.289039 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1043  putative mRNA 3-end processing factor  29.28 
 
 		 319 aa  85.1  0.000000000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0008566 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1313  beta-lactamase domain-containing protein  27.5 
 
 		 315 aa  79.3  0.00000000000009  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.143027  normal  0.259963 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1883  putative mRNA 3-end processing factor  27.13 
 
 		 327 aa  77.8  0.0000000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0788  putative mRNA 3-end processing factor  22.54 
 
 		 317 aa  69.3  0.0000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1169  conserved hypothetical protein  23.1 
 
 		 328 aa  64.3  0.000000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.561924  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0149  RNA procession exonuclease-like protein  23.68 
 
 		 327 aa  63.9  0.000000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0104249 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0621  beta-lactamase domain-containing protein  23.16 
 
 		 317 aa  62  0.00000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1047  beta-lactamase domain-containing protein  30.41 
 
 		 426 aa  60.5  0.00000005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0082  beta-lactamase domain-containing protein  24.32 
 
 		 635 aa  56.2  0.0000009  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0197  beta-lactamase domain-containing protein  22.75 
 
 		 422 aa  56.2  0.0000009  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.904798  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0626  beta-lactamase domain-containing protein  22.75 
 
 		 422 aa  56.2  0.0000009  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1292  beta-lactamase domain-containing protein  22.75 
 
 		 422 aa  56.2  0.0000009  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.358627  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1572  beta-lactamase domain-containing protein  27 
 
 		 635 aa  55.8  0.000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.342192  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00990  Endoribonuclease ysh1 (EC 3.1.27.-)(mRNA 3'-end-processing protein ysh1) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BEP0]  31.78 
 
 		 884 aa  53.9  0.000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0192  beta-lactamase domain-containing protein  33.61 
 
 		 455 aa  53.9  0.000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1967  beta-lactamase-like  31.73 
 
 		 454 aa  53.1  0.000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.166456  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0019  beta-lactamase-like protein  25 
 
 		 813 aa  53.1  0.000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4121  beta-lactamase domain-containing protein  31.58 
 
 		 457 aa  52.4  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.729695 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1721  beta-lactamase domain-containing protein  28.26 
 
 		 635 aa  52  0.00002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.959276 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0190  beta-lactamase domain-containing protein  28.26 
 
 		 635 aa  52  0.00002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0156  beta-lactamase-like protein  28.71 
 
 		 485 aa  51.2  0.00003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.215691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0490  beta-lactamase domain-containing protein  37.4 
 
 		 463 aa  51.2  0.00003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.955165 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_89936  predicted protein  29.41 
 
 		 793 aa  51.2  0.00003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.731556  normal  0.295472 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>