122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1106 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1106  RNA processing exonuclease  100 
 
 		 338 aa  691    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.599734 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1146  RNA procession exonuclease-like protein  98.52 
 
 		 338 aa  681    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4306  RNA procession exonuclease-like protein  94.67 
 
 		 338 aa  632  1e-180  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1135  RNA procession exonuclease-like protein  88.02 
 
 		 338 aa  590  1e-167  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775803  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4134  hypothetical protein  83.33 
 
 		 348 aa  581  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3872  hypothetical protein  81.36 
 
 		 348 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2196  RNA procession exonuclease-like protein  85.5 
 
 		 335 aa  570  1e-161  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.260801  hitchhiker  0.00381998 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1212  hypothetical protein  80.47 
 
 		 344 aa  546  1e-154  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766488 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4860  putative mRNA 3-end processing factor  75 
 
 		 375 aa  517  1.0000000000000001e-145  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0374  putative mRNA 3-end processing factor  75.38 
 
 		 371 aa  507  9.999999999999999e-143  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0310  putative mRNA 3-end processing factor  74.16 
 
 		 366 aa  498  1e-140  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.169646 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0305  putative mRNA 3-end processing factor  73.78 
 
 		 366 aa  495  1e-139  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3043  putative mRNA 3-end processing factor  73.85 
 
 		 346 aa  492  9.999999999999999e-139  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0285628  normal  0.582199 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3896  hypothetical protein  68.96 
 
 		 368 aa  473  1e-132  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170406  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1314  putative exonuclease involved in mRNA processing  70.43 
 
 		 383 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0772701  normal  0.174474 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5293  putative exonuclease involved in mRNA processing  70.73 
 
 		 382 aa  449  1e-125  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4681  putative exonuclease involved in mRNA processing  70.43 
 
 		 350 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388572  normal  0.0823984 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1519  hypothetical protein  67.56 
 
 		 340 aa  431  1e-120  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2916  mRNA 3'-end processing factor  58.84 
 
 		 362 aa  404  1e-111  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1582  RNA procession exonuclease-like protein  62.7 
 
 		 332 aa  400  9.999999999999999e-111  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3335  RNA procession exonuclease  54.23 
 
 		 383 aa  359  3e-98  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3523  RNA procession exonuclease  53.25 
 
 		 349 aa  357  1.9999999999999998e-97  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02275  hypothetical protein  48.93 
 
 		 347 aa  354  1e-96  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2959  mRNA 3'-end processing factor  57.14 
 
 		 332 aa  354  1e-96  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.624115  hitchhiker  0.0000489273 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2414  hypothetical protein  57.5 
 
 		 383 aa  345  5e-94  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6856  hypothetical protein  51.95 
 
 		 340 aa  345  5e-94  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.166328 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1077  putative mRNA 3-end processing factor  57.19 
 
 		 383 aa  344  1e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1042  exonuclease  53.92 
 
 		 328 aa  339  4e-92  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.251284  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01738  mRNA 3'-end processing factor  56.84 
 
 		 340 aa  338  5.9999999999999996e-92  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1568  RNA procession exonuclease-like protein  55.42 
 
 		 358 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.359999 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2561  putative mRNA 3-end processing factor  49.24 
 
 		 332 aa  335  9e-91  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2587  hypothetical protein  54.38 
 
 		 342 aa  325  8.000000000000001e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00136385 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2665  putative mRNA 3-end processing factor  56.79 
 
 		 335 aa  321  9.000000000000001e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14848 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1754  RNA procession exonuclease-like protein  49.39 
 
 		 351 aa  318  6e-86  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1460  exonuclease involved in mRNA processing  53.82 
 
 		 328 aa  318  9e-86  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.562175  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07841  beta-lactamase fold exonuclease  40.13 
 
 		 328 aa  279  5e-74  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.110589  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1072  putative mRNA 3-end processing factor  46.83 
 
 		 344 aa  276  3e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0686869 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0794  putative mRNA 3-end processing factor  47.01 
 
 		 349 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.682803 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0150  exonuclease of the beta-lactamase fold involved in RNA processing-like protein  44.73 
 
 		 355 aa  271  8.000000000000001e-72  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08581  RNA processing exonuclease  38.22 
 
 		 330 aa  271  2e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0814782  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07841  RNA processing exonuclease  38.85 
 
 		 328 aa  269  5.9999999999999995e-71  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.160717  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4616  putative mRNA 3-end processing factor  46.04 
 
 		 351 aa  268  8e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0552  hypothetical protein  44.93 
 
 		 347 aa  267  2e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0750  putative mRNA 3-end processing factor  46.43 
 
 		 356 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1471  putative mRNA 3-end processing factor  44.91 
 
 		 348 aa  266  4e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0734  hypothetical protein  38.54 
 
 		 328 aa  264  2e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.536853  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0871  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  45.16 
 
 		 348 aa  263  2e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0130781  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4896  putative mRNA 3-end processing factor  44.31 
 
 		 335 aa  261  2e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0799  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  45.51 
 
 		 348 aa  260  3e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187593  normal  0.0112138 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2803  putative mRNA 3-end processing factor  44.74 
 
 		 338 aa  259  3e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.196277 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0801  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  45.05 
 
 		 336 aa  259  4e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0913  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  44.74 
 
 		 336 aa  258  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.228952 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3431  putative mRNA 3-end processing factor  45.35 
 
 		 352 aa  256  3e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.194998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4043  putative mRNA 3-end processing factor  43.71 
 
 		 337 aa  255  7e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0260  putative mRNA 3-end processing factor  44.34 
 
 		 344 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00946134 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3560  putative mRNA 3-end processing factor  44.44 
 
 		 352 aa  251  2e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.146642  normal  0.26456 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3236  putative mRNA 3-end processing factor  44.44 
 
 		 352 aa  249  3e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3692  putative mRNA 3-end processing factor  44.38 
 
 		 351 aa  249  6e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0629  putative mRNA 3-end processing factor  44.58 
 
 		 365 aa  246  4e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  decreased coverage  0.00579405 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0461  hypothetical protein  44.74 
 
 		 390 aa  245  6.999999999999999e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1540  putative mRNA 3-end processing factor  43.98 
 
 		 345 aa  245  9e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6008  hypothetical protein  42.99 
 
 		 337 aa  241  1e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0031  putative mRNA 3-end processing factor  42.64 
 
 		 334 aa  240  2e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.321442  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1612  RNA procession exonuclease-like protein  43.6 
 
 		 354 aa  241  2e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0289  putative mRNA 3-end processing factor  42.5 
 
 		 337 aa  236  6e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0411  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  39.76 
 
 		 329 aa  230  3e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3978  RNA procession exonuclease-like protein  42.38 
 
 		 371 aa  228  1e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.107304  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00669  RNA procession exonuclease-like protein  37.54 
 
 		 338 aa  221  1.9999999999999999e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0067  putative mRNA 3-end processing factor  40.43 
 
 		 357 aa  219  3.9999999999999997e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1406  RNA procession exonuclease-like protein  32.9 
 
 		 313 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0847473 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.37 
 
 		 1017 aa  158  2e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0057  putative mRNA 3'-end processing factor  36.36 
 
 		 330 aa  156  4e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.251824 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0055  putative mRNA 3'-end processing factor  35.92 
 
 		 330 aa  152  1e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0072  putative mRNA 3'-end processing factor  36.27 
 
 		 330 aa  151  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0060  putative mRNA 3'-end processing factor  36.07 
 
 		 330 aa  150  2e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1113  hypothetical protein  26.19 
 
 		 321 aa  95.5  1e-18  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.704257 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1043  putative mRNA 3-end processing factor  29.71 
 
 		 319 aa  77.8  0.0000000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0008566 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1883  putative mRNA 3-end processing factor  27.41 
 
 		 327 aa  76.6  0.0000000000005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0973  putative mRNA 3-end processing factor  24.37 
 
 		 314 aa  76.3  0.0000000000007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.289039 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1313  beta-lactamase domain-containing protein  27.65 
 
 		 315 aa  75.1  0.000000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.143027  normal  0.259963 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0149  RNA procession exonuclease-like protein  24.57 
 
 		 327 aa  70.1  0.00000000005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0104249 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0621  beta-lactamase domain-containing protein  25.71 
 
 		 317 aa  67.8  0.0000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1169  conserved hypothetical protein  23.03 
 
 		 328 aa  62  0.00000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.561924  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0788  putative mRNA 3-end processing factor  24.69 
 
 		 317 aa  62.4  0.00000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4519  exonuclease/RNA metabolizing protein  31.9 
 
 		 452 aa  53.5  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0267273  decreased coverage  0.00562504 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5670  hypothetical protein  26.63 
 
 		 338 aa  52  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0729978 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1105  beta-lactamase domain-containing protein  24.44 
 
 		 454 aa  50.1  0.00005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0201  hypothetical protein  33.06 
 
 		 452 aa  49.7  0.00007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.384627 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6526  beta-lactamase domain-containing protein  28.65 
 
 		 468 aa  49.7  0.00008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1047  beta-lactamase domain-containing protein  27.64 
 
 		 426 aa  49.3  0.00009  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4513  beta-lactamase domain protein  29.75 
 
 		 454 aa  48.9  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.557779 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4381  beta-lactamase domain protein  29.75 
 
 		 454 aa  48.9  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.496128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1967  beta-lactamase-like  29.81 
 
 		 454 aa  47.8  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.166456  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0462  metallo-beta-lactamase family protein  31.48 
 
 		 589 aa  46.6  0.0006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4121  beta-lactamase domain-containing protein  31.36 
 
 		 457 aa  46.6  0.0006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.729695 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2474  beta-lactamase-like protein  31.78 
 
 		 473 aa  46.6  0.0007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.766773  normal  0.305499 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5891  beta-lactamase domain-containing protein  27.93 
 
 		 467 aa  46.2  0.0008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.273287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1028  beta-lactamase domain-containing protein  21.36 
 
 		 616 aa  46.2  0.0008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00990  Endoribonuclease ysh1 (EC 3.1.27.-)(mRNA 3'-end-processing protein ysh1) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BEP0]  28.46 
 
 		 884 aa  45.8  0.001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0197  beta-lactamase domain-containing protein  22.22 
 
 		 422 aa  44.7  0.002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.904798  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>