187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0411 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0411  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  100 
 
 		 329 aa  662    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0913  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  62.2 
 
 		 336 aa  442  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.228952 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0801  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  61.61 
 
 		 336 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2803  putative mRNA 3-end processing factor  62.8 
 
 		 338 aa  439  9.999999999999999e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.196277 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6008  hypothetical protein  62.8 
 
 		 337 aa  433  1e-120  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4043  putative mRNA 3-end processing factor  60.53 
 
 		 337 aa  426  1e-118  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0794  putative mRNA 3-end processing factor  62.87 
 
 		 349 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.682803 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0871  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  63.17 
 
 		 348 aa  425  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0130781  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4616  putative mRNA 3-end processing factor  63.17 
 
 		 351 aa  424  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0750  putative mRNA 3-end processing factor  62.35 
 
 		 356 aa  418  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0799  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  62.54 
 
 		 348 aa  417  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187593  normal  0.0112138 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0031  putative mRNA 3-end processing factor  62.96 
 
 		 334 aa  413  1e-114  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.321442  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0552  hypothetical protein  60.54 
 
 		 347 aa  404  1e-111  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0629  putative mRNA 3-end processing factor  60.36 
 
 		 365 aa  395  1e-109  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  decreased coverage  0.00579405 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1540  putative mRNA 3-end processing factor  61.21 
 
 		 345 aa  397  1e-109  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3236  putative mRNA 3-end processing factor  58.38 
 
 		 352 aa  392  1e-108  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3431  putative mRNA 3-end processing factor  59.28 
 
 		 352 aa  394  1e-108  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.194998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0461  hypothetical protein  61.45 
 
 		 390 aa  392  1e-108  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3560  putative mRNA 3-end processing factor  58.68 
 
 		 352 aa  394  1e-108  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.146642  normal  0.26456 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4896  putative mRNA 3-end processing factor  59.04 
 
 		 335 aa  390  1e-107  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3692  putative mRNA 3-end processing factor  57.49 
 
 		 351 aa  380  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0260  putative mRNA 3-end processing factor  58.13 
 
 		 344 aa  379  1e-104  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00946134 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1471  putative mRNA 3-end processing factor  55.99 
 
 		 348 aa  377  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1072  putative mRNA 3-end processing factor  55.29 
 
 		 344 aa  360  1e-98  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0686869 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1612  RNA procession exonuclease-like protein  58.73 
 
 		 354 aa  361  1e-98  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0289  putative mRNA 3-end processing factor  56.59 
 
 		 337 aa  358  7e-98  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3978  RNA procession exonuclease-like protein  58.26 
 
 		 371 aa  356  2.9999999999999997e-97  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.107304  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00669  RNA procession exonuclease-like protein  51.34 
 
 		 338 aa  343  2e-93  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0067  putative mRNA 3-end processing factor  52.74 
 
 		 357 aa  315  8e-85  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01738  mRNA 3'-end processing factor  46.33 
 
 		 340 aa  256  5e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0310  putative mRNA 3-end processing factor  43.2 
 
 		 366 aa  252  7e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.169646 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0305  putative mRNA 3-end processing factor  42.6 
 
 		 366 aa  249  3e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4860  putative mRNA 3-end processing factor  42.31 
 
 		 375 aa  249  4e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2959  mRNA 3'-end processing factor  44 
 
 		 332 aa  249  4e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.624115  hitchhiker  0.0000489273 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0374  putative mRNA 3-end processing factor  41.96 
 
 		 371 aa  249  5e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1042  exonuclease  41.27 
 
 		 328 aa  244  9.999999999999999e-64  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.251284  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1582  RNA procession exonuclease-like protein  43.89 
 
 		 332 aa  239  4e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3043  putative mRNA 3-end processing factor  42.41 
 
 		 346 aa  236  5.0000000000000005e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0285628  normal  0.582199 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2916  mRNA 3'-end processing factor  39.94 
 
 		 362 aa  233  2.0000000000000002e-60  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3896  hypothetical protein  41.82 
 
 		 368 aa  231  2e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170406  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1460  exonuclease involved in mRNA processing  39.69 
 
 		 328 aa  227  2e-58  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.562175  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5293  putative exonuclease involved in mRNA processing  44.12 
 
 		 382 aa  225  1e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4681  putative exonuclease involved in mRNA processing  44.95 
 
 		 350 aa  224  1e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388572  normal  0.0823984 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2587  hypothetical protein  43.99 
 
 		 342 aa  224  2e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00136385 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1314  putative exonuclease involved in mRNA processing  43.75 
 
 		 383 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0772701  normal  0.174474 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1077  putative mRNA 3-end processing factor  43.53 
 
 		 383 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2414  hypothetical protein  43.53 
 
 		 383 aa  219  5e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2196  RNA procession exonuclease-like protein  42.17 
 
 		 335 aa  219  5e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.260801  hitchhiker  0.00381998 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1568  RNA procession exonuclease-like protein  45.05 
 
 		 358 aa  219  6e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.359999 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1519  hypothetical protein  43.03 
 
 		 340 aa  218  7.999999999999999e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1106  RNA processing exonuclease  39.76 
 
 		 338 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.599734 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4134  hypothetical protein  39.09 
 
 		 348 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3872  hypothetical protein  39.74 
 
 		 348 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08581  RNA processing exonuclease  31.33 
 
 		 330 aa  214  9.999999999999999e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0814782  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1146  RNA procession exonuclease-like protein  39.45 
 
 		 338 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4306  RNA procession exonuclease-like protein  39.2 
 
 		 338 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6856  hypothetical protein  35.29 
 
 		 340 aa  213  2.9999999999999995e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.166328 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2665  putative mRNA 3-end processing factor  41.1 
 
 		 335 aa  212  7e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14848 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1135  RNA procession exonuclease-like protein  39.2 
 
 		 338 aa  212  7.999999999999999e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775803  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1212  hypothetical protein  40.49 
 
 		 344 aa  211  1e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766488 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3335  RNA procession exonuclease  36.42 
 
 		 383 aa  209  4e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07841  beta-lactamase fold exonuclease  30.69 
 
 		 328 aa  206  5e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.110589  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3523  RNA procession exonuclease  35.43 
 
 		 349 aa  205  9e-52  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2561  putative mRNA 3-end processing factor  35.06 
 
 		 332 aa  205  1e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0734  hypothetical protein  29.49 
 
 		 328 aa  199  7e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.536853  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07841  RNA processing exonuclease  28.85 
 
 		 328 aa  198  1.0000000000000001e-49  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.160717  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02275  hypothetical protein  31.8 
 
 		 347 aa  187  2e-46  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0150  exonuclease of the beta-lactamase fold involved in RNA processing-like protein  36.93 
 
 		 355 aa  180  2.9999999999999997e-44  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1406  RNA procession exonuclease-like protein  32.79 
 
 		 313 aa  179  4e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0847473 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1754  RNA procession exonuclease-like protein  34.23 
 
 		 351 aa  179  4.999999999999999e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0060  putative mRNA 3'-end processing factor  33.01 
 
 		 330 aa  137  4e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0072  putative mRNA 3'-end processing factor  32.25 
 
 		 330 aa  136  5e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0055  putative mRNA 3'-end processing factor  32.25 
 
 		 330 aa  135  9e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0057  putative mRNA 3'-end processing factor  31.21 
 
 		 330 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.251824 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  25.6 
 
 		 1017 aa  102  8e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1313  beta-lactamase domain-containing protein  32.1 
 
 		 315 aa  101  2e-20  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.143027  normal  0.259963 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1043  putative mRNA 3-end processing factor  31.89 
 
 		 319 aa  100  2e-20  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0008566 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1883  putative mRNA 3-end processing factor  31.54 
 
 		 327 aa  100  4e-20  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0973  putative mRNA 3-end processing factor  29.65 
 
 		 314 aa  94.7  2e-18  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.289039 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2308  hypothetical protein  28.33 
 
 		 339 aa  88.6  1e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.146289  normal  0.484856 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1113  hypothetical protein  25.44 
 
 		 321 aa  82  0.00000000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.704257 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2687  beta-lactamase domain protein  23.78 
 
 		 591 aa  76.3  0.0000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1132  hypothetical protein  27.4 
 
 		 328 aa  75.5  0.000000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  decreased coverage  0.00888  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1852  putative mRNA 3-end processing factor  27.54 
 
 		 337 aa  71.6  0.00000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.681251  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0788  putative mRNA 3-end processing factor  24.83 
 
 		 317 aa  69.7  0.00000000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0149  RNA procession exonuclease-like protein  24.18 
 
 		 327 aa  64.3  0.000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0104249 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0621  beta-lactamase domain-containing protein  27.75 
 
 		 317 aa  59.3  0.00000008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1938  beta-lactamase domain protein  22.64 
 
 		 821 aa  59.3  0.00000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.199019  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3879  beta-lactamase-like  38.1 
 
 		 452 aa  59.3  0.00000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.486794  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0201  hypothetical protein  33.65 
 
 		 452 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.384627 
 
 
-
 
NC_006693  CNH02710  hypothetical protein  28.16 
 
 		 773 aa  58.5  0.0000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2679  metallo-beta-lactamase family protein  28.96 
 
 		 462 aa  58.2  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.947149  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2304  beta-lactamase domain protein  28.96 
 
 		 462 aa  58.2  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.73146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2046  beta-lactamase domain-containing protein  31.07 
 
 		 461 aa  56.2  0.0000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00990  Endoribonuclease ysh1 (EC 3.1.27.-)(mRNA 3'-end-processing protein ysh1) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BEP0]  30.7 
 
 		 884 aa  55.1  0.000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4381  beta-lactamase domain protein  33.33 
 
 		 454 aa  54.7  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.496128  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4513  beta-lactamase domain protein  33.33 
 
 		 454 aa  54.7  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.557779 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_89936  predicted protein  30.97 
 
 		 793 aa  54.7  0.000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.731556  normal  0.295472 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2652  beta-lactamase domain-containing protein  32.43 
 
 		 453 aa  54.3  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.11992  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0351  beta-lactamase domain-containing protein  30.88 
 
 		 472 aa  53.9  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.766684  normal  0.755187 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>