128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_0310 on replicon NC_008782
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_0305  putative mRNA 3-end processing factor  98.36 
 
 		 366 aa  730    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0310  putative mRNA 3-end processing factor  100 
 
 		 366 aa  739    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.169646 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0374  putative mRNA 3-end processing factor  79.89 
 
 		 371 aa  576  1.0000000000000001e-163  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4860  putative mRNA 3-end processing factor  81.25 
 
 		 375 aa  554  1e-157  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3043  putative mRNA 3-end processing factor  82.26 
 
 		 346 aa  550  1e-155  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0285628  normal  0.582199 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4134  hypothetical protein  70.78 
 
 		 348 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3872  hypothetical protein  70.18 
 
 		 348 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1106  RNA processing exonuclease  72.73 
 
 		 338 aa  475  1e-133  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.599734 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2196  RNA procession exonuclease-like protein  74.47 
 
 		 335 aa  474  1e-133  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.260801  hitchhiker  0.00381998 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1146  RNA procession exonuclease-like protein  73.02 
 
 		 338 aa  474  1e-133  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4306  RNA procession exonuclease-like protein  72.73 
 
 		 338 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1212  hypothetical protein  70.26 
 
 		 344 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766488 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1135  RNA procession exonuclease-like protein  72.24 
 
 		 338 aa  464  1e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775803  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3896  hypothetical protein  66.76 
 
 		 368 aa  455  1e-127  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170406  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1314  putative exonuclease involved in mRNA processing  67.98 
 
 		 383 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0772701  normal  0.174474 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5293  putative exonuclease involved in mRNA processing  67.13 
 
 		 382 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1519  hypothetical protein  67.66 
 
 		 340 aa  420  1e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4681  putative exonuclease involved in mRNA processing  69.82 
 
 		 350 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388572  normal  0.0823984 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2916  mRNA 3'-end processing factor  56.8 
 
 		 362 aa  397  1e-109  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1582  RNA procession exonuclease-like protein  63.32 
 
 		 332 aa  393  1e-108  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1077  putative mRNA 3-end processing factor  57.82 
 
 		 383 aa  364  1e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2414  hypothetical protein  57.82 
 
 		 383 aa  363  2e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3523  RNA procession exonuclease  52.73 
 
 		 349 aa  357  1.9999999999999998e-97  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2959  mRNA 3'-end processing factor  56.97 
 
 		 332 aa  356  3.9999999999999996e-97  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.624115  hitchhiker  0.0000489273 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3335  RNA procession exonuclease  52.92 
 
 		 383 aa  355  8.999999999999999e-97  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2587  hypothetical protein  57.48 
 
 		 342 aa  352  7e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00136385 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2665  putative mRNA 3-end processing factor  60 
 
 		 335 aa  347  2e-94  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14848 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1568  RNA procession exonuclease-like protein  55.49 
 
 		 358 aa  347  3e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.359999 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6856  hypothetical protein  50.9 
 
 		 340 aa  343  2e-93  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.166328 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02275  hypothetical protein  45.27 
 
 		 347 aa  333  4e-90  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2561  putative mRNA 3-end processing factor  48.48 
 
 		 332 aa  330  3e-89  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1042  exonuclease  51.49 
 
 		 328 aa  324  1e-87  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.251284  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1754  RNA procession exonuclease-like protein  48.65 
 
 		 351 aa  320  3e-86  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01738  mRNA 3'-end processing factor  54.71 
 
 		 340 aa  315  7e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1460  exonuclease involved in mRNA processing  51.79 
 
 		 328 aa  310  2.9999999999999997e-83  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.562175  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0794  putative mRNA 3-end processing factor  48.82 
 
 		 349 aa  291  1e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.682803 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1471  putative mRNA 3-end processing factor  47.16 
 
 		 348 aa  280  4e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4616  putative mRNA 3-end processing factor  46.92 
 
 		 351 aa  277  2e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0552  hypothetical protein  46.38 
 
 		 347 aa  273  2.0000000000000002e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0871  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  46.63 
 
 		 348 aa  273  3e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0130781  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0799  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  46.15 
 
 		 348 aa  272  8.000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187593  normal  0.0112138 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0260  putative mRNA 3-end processing factor  46.24 
 
 		 344 aa  270  2e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00946134 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1072  putative mRNA 3-end processing factor  45.51 
 
 		 344 aa  269  7e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0686869 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07841  beta-lactamase fold exonuclease  37.58 
 
 		 328 aa  265  8.999999999999999e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.110589  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0750  putative mRNA 3-end processing factor  44.86 
 
 		 356 aa  265  1e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4043  putative mRNA 3-end processing factor  44.18 
 
 		 337 aa  264  2e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4896  putative mRNA 3-end processing factor  45.4 
 
 		 335 aa  263  3e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0461  hypothetical protein  46.59 
 
 		 390 aa  261  2e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08581  RNA processing exonuclease  35.99 
 
 		 330 aa  259  4e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0814782  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07841  RNA processing exonuclease  36.31 
 
 		 328 aa  256  4e-67  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.160717  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0150  exonuclease of the beta-lactamase fold involved in RNA processing-like protein  43.13 
 
 		 355 aa  255  8e-67  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0801  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  43.49 
 
 		 336 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0734  hypothetical protein  36.31 
 
 		 328 aa  254  2.0000000000000002e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.536853  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0629  putative mRNA 3-end processing factor  43.37 
 
 		 365 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  decreased coverage  0.00579405 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3431  putative mRNA 3-end processing factor  43.39 
 
 		 352 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.194998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0411  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  43.49 
 
 		 329 aa  252  6e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1540  putative mRNA 3-end processing factor  44.83 
 
 		 345 aa  252  8.000000000000001e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0913  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  43.49 
 
 		 336 aa  252  9.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.228952 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3560  putative mRNA 3-end processing factor  42.82 
 
 		 352 aa  251  1e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.146642  normal  0.26456 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3236  putative mRNA 3-end processing factor  42.82 
 
 		 352 aa  251  2e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0031  putative mRNA 3-end processing factor  43.41 
 
 		 334 aa  250  3e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.321442  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6008  hypothetical protein  42.61 
 
 		 337 aa  246  6e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2803  putative mRNA 3-end processing factor  42.09 
 
 		 338 aa  244  1.9999999999999999e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.196277 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1612  RNA procession exonuclease-like protein  45.51 
 
 		 354 aa  243  3e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3692  putative mRNA 3-end processing factor  42.82 
 
 		 351 aa  241  2e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3978  RNA procession exonuclease-like protein  43.2 
 
 		 371 aa  233  4.0000000000000004e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.107304  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00669  RNA procession exonuclease-like protein  38.18 
 
 		 338 aa  231  2e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0289  putative mRNA 3-end processing factor  40.91 
 
 		 337 aa  229  6e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0067  putative mRNA 3-end processing factor  40.06 
 
 		 357 aa  207  3e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.71 
 
 		 1017 aa  163  4.0000000000000004e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1406  RNA procession exonuclease-like protein  31.43 
 
 		 313 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0847473 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0055  putative mRNA 3'-end processing factor  35.39 
 
 		 330 aa  146  5e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0072  putative mRNA 3'-end processing factor  35.06 
 
 		 330 aa  145  7.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0060  putative mRNA 3'-end processing factor  35.06 
 
 		 330 aa  145  8.000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0057  putative mRNA 3'-end processing factor  33.01 
 
 		 330 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.251824 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1113  hypothetical protein  27.98 
 
 		 321 aa  97.8  2e-19  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.704257 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1043  putative mRNA 3-end processing factor  29.68 
 
 		 319 aa  90.9  4e-17  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0008566 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1313  beta-lactamase domain-containing protein  29.81 
 
 		 315 aa  87.4  3e-16  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.143027  normal  0.259963 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0973  putative mRNA 3-end processing factor  27.71 
 
 		 314 aa  81.3  0.00000000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.289039 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1883  putative mRNA 3-end processing factor  26.56 
 
 		 327 aa  79.3  0.0000000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0149  RNA procession exonuclease-like protein  23.13 
 
 		 327 aa  73.6  0.000000000006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0104249 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1169  conserved hypothetical protein  23.93 
 
 		 328 aa  65.9  0.000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.561924  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0788  putative mRNA 3-end processing factor  25.31 
 
 		 317 aa  58.9  0.0000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0621  beta-lactamase domain-containing protein  25.91 
 
 		 317 aa  57.4  0.0000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1132  hypothetical protein  31.48 
 
 		 328 aa  56.2  0.000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  decreased coverage  0.00888  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00990  Endoribonuclease ysh1 (EC 3.1.27.-)(mRNA 3'-end-processing protein ysh1) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BEP0]  30.58 
 
 		 884 aa  54.7  0.000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0197  beta-lactamase domain-containing protein  28.33 
 
 		 422 aa  53.9  0.000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.904798  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0626  beta-lactamase domain-containing protein  28.33 
 
 		 422 aa  53.9  0.000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1292  beta-lactamase domain-containing protein  27.87 
 
 		 422 aa  53.9  0.000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.358627  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1047  beta-lactamase domain-containing protein  29.41 
 
 		 426 aa  53.1  0.000007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_89936  predicted protein  25.74 
 
 		 793 aa  52.8  0.000009  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.731556  normal  0.295472 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0691  beta-lactamase domain-containing protein  30 
 
 		 421 aa  49.3  0.0001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH02710  hypothetical protein  31.06 
 
 		 773 aa  48.9  0.0002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5670  hypothetical protein  26.09 
 
 		 338 aa  48.5  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0729978 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0201  hypothetical protein  40.54 
 
 		 452 aa  47.8  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.384627 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1210  beta-lactamase-like  28.95 
 
 		 453 aa  47.8  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.856378  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1938  beta-lactamase domain protein  26 
 
 		 821 aa  46.6  0.0006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.199019  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2297  beta-lactamase domain-containing protein  30.56 
 
 		 452 aa  46.6  0.0007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.168183  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0378  beta-lactamase domain protein  23.18 
 
 		 411 aa  45.8  0.001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.834555  normal  0.393865 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4513  beta-lactamase domain protein  37.84 
 
 		 454 aa  45.8  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.557779 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>