143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_3523 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_3523  RNA procession exonuclease  100 
 
 		 349 aa  726    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3335  RNA procession exonuclease  54.8 
 
 		 383 aa  399  9.999999999999999e-111  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02275  hypothetical protein  49.08 
 
 		 347 aa  374  1e-102  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0374  putative mRNA 3-end processing factor  53.82 
 
 		 371 aa  372  1e-102  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3043  putative mRNA 3-end processing factor  54.63 
 
 		 346 aa  370  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0285628  normal  0.582199 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1754  RNA procession exonuclease-like protein  53.16 
 
 		 351 aa  368  1e-100  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3872  hypothetical protein  54.88 
 
 		 348 aa  364  1e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4860  putative mRNA 3-end processing factor  54.13 
 
 		 375 aa  364  1e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4134  hypothetical protein  54.27 
 
 		 348 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6856  hypothetical protein  51.19 
 
 		 340 aa  362  5.0000000000000005e-99  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.166328 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2916  mRNA 3'-end processing factor  52.76 
 
 		 362 aa  362  7.0000000000000005e-99  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0305  putative mRNA 3-end processing factor  53.33 
 
 		 366 aa  360  2e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2414  hypothetical protein  52.52 
 
 		 383 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0310  putative mRNA 3-end processing factor  52.73 
 
 		 366 aa  358  9.999999999999999e-98  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.169646 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1077  putative mRNA 3-end processing factor  52.52 
 
 		 383 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1582  RNA procession exonuclease-like protein  53.37 
 
 		 332 aa  357  1.9999999999999998e-97  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2587  hypothetical protein  53.8 
 
 		 342 aa  356  3.9999999999999996e-97  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00136385 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1568  RNA procession exonuclease-like protein  52.82 
 
 		 358 aa  353  4e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.359999 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2561  putative mRNA 3-end processing factor  50.15 
 
 		 332 aa  342  5.999999999999999e-93  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2665  putative mRNA 3-end processing factor  53.45 
 
 		 335 aa  339  5e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14848 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1146  RNA procession exonuclease-like protein  53.56 
 
 		 338 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1212  hypothetical protein  53.29 
 
 		 344 aa  335  7e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766488 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1106  RNA processing exonuclease  53.25 
 
 		 338 aa  334  1e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.599734 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1135  RNA procession exonuclease-like protein  53.73 
 
 		 338 aa  333  2e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2196  RNA procession exonuclease-like protein  53.35 
 
 		 335 aa  332  8e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.260801  hitchhiker  0.00381998 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5293  putative exonuclease involved in mRNA processing  51.02 
 
 		 382 aa  331  9e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4306  RNA procession exonuclease-like protein  53.56 
 
 		 338 aa  331  1e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1314  putative exonuclease involved in mRNA processing  47.5 
 
 		 383 aa  328  6e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0772701  normal  0.174474 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3896  hypothetical protein  47.86 
 
 		 368 aa  323  2e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170406  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4681  putative exonuclease involved in mRNA processing  50.45 
 
 		 350 aa  315  9e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388572  normal  0.0823984 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1519  hypothetical protein  51.1 
 
 		 340 aa  311  1e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1042  exonuclease  44.72 
 
 		 328 aa  294  2e-78  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.251284  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1460  exonuclease involved in mRNA processing  45.76 
 
 		 328 aa  283  3.0000000000000004e-75  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.562175  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2959  mRNA 3'-end processing factor  43.91 
 
 		 332 aa  283  4.0000000000000003e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.624115  hitchhiker  0.0000489273 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07841  beta-lactamase fold exonuclease  39.81 
 
 		 328 aa  280  2e-74  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.110589  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07841  RNA processing exonuclease  38.87 
 
 		 328 aa  273  4.0000000000000004e-72  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.160717  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08581  RNA processing exonuclease  38.51 
 
 		 330 aa  270  2e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0814782  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0734  hypothetical protein  39.18 
 
 		 328 aa  269  5e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.536853  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01738  mRNA 3'-end processing factor  45.71 
 
 		 340 aa  265  7e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1471  putative mRNA 3-end processing factor  39.31 
 
 		 348 aa  247  2e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0260  putative mRNA 3-end processing factor  38.28 
 
 		 344 aa  240  2e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00946134 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1072  putative mRNA 3-end processing factor  41.03 
 
 		 344 aa  238  1e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0686869 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4896  putative mRNA 3-end processing factor  41.35 
 
 		 335 aa  231  1e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0801  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  39.75 
 
 		 336 aa  231  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0289  putative mRNA 3-end processing factor  40.78 
 
 		 337 aa  231  2e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4043  putative mRNA 3-end processing factor  40.45 
 
 		 337 aa  229  6e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0913  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  38.99 
 
 		 336 aa  229  8e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.228952 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0799  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  38.77 
 
 		 348 aa  226  6e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187593  normal  0.0112138 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0031  putative mRNA 3-end processing factor  38.44 
 
 		 334 aa  225  9e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.321442  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0150  exonuclease of the beta-lactamase fold involved in RNA processing-like protein  36.31 
 
 		 355 aa  224  2e-57  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4616  putative mRNA 3-end processing factor  39.51 
 
 		 351 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0750  putative mRNA 3-end processing factor  38.05 
 
 		 356 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6008  hypothetical protein  37.72 
 
 		 337 aa  223  4e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0794  putative mRNA 3-end processing factor  38.27 
 
 		 349 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.682803 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0871  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  37.65 
 
 		 348 aa  219  6e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0130781  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0552  hypothetical protein  38.36 
 
 		 347 aa  215  8e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1612  RNA procession exonuclease-like protein  38.83 
 
 		 354 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2803  putative mRNA 3-end processing factor  36.95 
 
 		 338 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.196277 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1540  putative mRNA 3-end processing factor  38.03 
 
 		 345 aa  209  8e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3978  RNA procession exonuclease-like protein  37.9 
 
 		 371 aa  207  2e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.107304  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00669  RNA procession exonuclease-like protein  38.41 
 
 		 338 aa  207  3e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3431  putative mRNA 3-end processing factor  37.18 
 
 		 352 aa  206  3e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.194998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0411  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  35.43 
 
 		 329 aa  205  1e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3560  putative mRNA 3-end processing factor  38.14 
 
 		 352 aa  205  1e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.146642  normal  0.26456 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0629  putative mRNA 3-end processing factor  35.07 
 
 		 365 aa  204  1e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  decreased coverage  0.00579405 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3236  putative mRNA 3-end processing factor  37.82 
 
 		 352 aa  203  3e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0461  hypothetical protein  37.46 
 
 		 390 aa  202  6e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0067  putative mRNA 3-end processing factor  35.16 
 
 		 357 aa  195  1e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3692  putative mRNA 3-end processing factor  35.9 
 
 		 351 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.77 
 
 		 1017 aa  151  2e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0057  putative mRNA 3'-end processing factor  32.23 
 
 		 330 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.251824 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0055  putative mRNA 3'-end processing factor  31.13 
 
 		 330 aa  147  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0072  putative mRNA 3'-end processing factor  30.79 
 
 		 330 aa  146  6e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0060  putative mRNA 3'-end processing factor  30.79 
 
 		 330 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1406  RNA procession exonuclease-like protein  31.33 
 
 		 313 aa  132  6e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0847473 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1113  hypothetical protein  27.73 
 
 		 321 aa  101  2e-20  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.704257 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1043  putative mRNA 3-end processing factor  27.81 
 
 		 319 aa  96.3  6e-19  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0008566 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0973  putative mRNA 3-end processing factor  28.66 
 
 		 314 aa  93.6  4e-18  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.289039 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1313  beta-lactamase domain-containing protein  28.17 
 
 		 315 aa  91.3  2e-17  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.143027  normal  0.259963 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1883  putative mRNA 3-end processing factor  28.43 
 
 		 327 aa  89.4  9e-17  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0788  putative mRNA 3-end processing factor  25.46 
 
 		 317 aa  79.7  0.00000000000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0621  beta-lactamase domain-containing protein  27.39 
 
 		 317 aa  77  0.0000000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0025  beta-lactamase domain-containing protein  24.48 
 
 		 432 aa  62.8  0.000000008  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0930  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  22.87 
 
 		 410 aa  62.4  0.00000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0096  beta-lactamase-like  25.08 
 
 		 411 aa  60.5  0.00000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.619146  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2609  mRNA 3-end processing factor  25.17 
 
 		 397 aa  60.1  0.00000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.299083 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0149  RNA procession exonuclease-like protein  23.79 
 
 		 327 aa  57.4  0.0000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0104249 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1361  beta-lactamase domain protein  26.23 
 
 		 422 aa  53.9  0.000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1852  putative mRNA 3-end processing factor  25.33 
 
 		 337 aa  53.9  0.000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.681251  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2297  beta-lactamase domain-containing protein  30.77 
 
 		 452 aa  53.5  0.000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.168183  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1210  beta-lactamase-like  26.82 
 
 		 453 aa  52.8  0.000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.856378  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2474  beta-lactamase-like protein  30.91 
 
 		 473 aa  52  0.00001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.766773  normal  0.305499 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0168  metallo-beta-lactamase family protein  24.58 
 
 		 459 aa  51.6  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0192  beta-lactamase domain-containing protein  30.89 
 
 		 455 aa  51.6  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1339  metallo-beta-lactamase family protein  24.58 
 
 		 472 aa  52  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2742  metallo-beta-lactamase family protein  24.58 
 
 		 472 aa  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.213611  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2599  metallo-beta-lactamase family protein  24.58 
 
 		 472 aa  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0195  metallo-beta-lactamase family protein  24.58 
 
 		 472 aa  52  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3460  beta-lactamase domain-containing protein  29.14 
 
 		 452 aa  52  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.857931  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0201  hypothetical protein  29.73 
 
 		 452 aa  50.8  0.00003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.384627 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>