110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_1135 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_1135  RNA procession exonuclease-like protein  100 
 
 		 338 aa  688    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4306  RNA procession exonuclease-like protein  88.92 
 
 		 338 aa  593  1e-168  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1106  RNA processing exonuclease  88.02 
 
 		 338 aa  590  1e-167  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.599734 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1146  RNA procession exonuclease-like protein  87.72 
 
 		 338 aa  587  1e-166  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3872  hypothetical protein  80.12 
 
 		 348 aa  580  1e-164  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4134  hypothetical protein  81.57 
 
 		 348 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2196  RNA procession exonuclease-like protein  85.5 
 
 		 335 aa  564  1e-160  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.260801  hitchhiker  0.00381998 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1212  hypothetical protein  79.7 
 
 		 344 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766488 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4860  putative mRNA 3-end processing factor  74.7 
 
 		 375 aa  509  1e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0374  putative mRNA 3-end processing factor  73.51 
 
 		 371 aa  503  1e-141  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0310  putative mRNA 3-end processing factor  73.25 
 
 		 366 aa  491  9.999999999999999e-139  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.169646 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0305  putative mRNA 3-end processing factor  72.87 
 
 		 366 aa  488  1e-137  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3043  putative mRNA 3-end processing factor  72.92 
 
 		 346 aa  485  1e-136  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0285628  normal  0.582199 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3896  hypothetical protein  68.51 
 
 		 368 aa  471  1e-132  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170406  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1314  putative exonuclease involved in mRNA processing  68.9 
 
 		 383 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0772701  normal  0.174474 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5293  putative exonuclease involved in mRNA processing  68.29 
 
 		 382 aa  435  1e-121  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1519  hypothetical protein  68.25 
 
 		 340 aa  433  1e-120  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4681  putative exonuclease involved in mRNA processing  69.51 
 
 		 350 aa  434  1e-120  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388572  normal  0.0823984 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2916  mRNA 3'-end processing factor  59.4 
 
 		 362 aa  408  1e-113  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1582  RNA procession exonuclease-like protein  62.7 
 
 		 332 aa  399  9.999999999999999e-111  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02275  hypothetical protein  48.81 
 
 		 347 aa  359  4e-98  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3523  RNA procession exonuclease  53.73 
 
 		 349 aa  358  8e-98  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3335  RNA procession exonuclease  53.61 
 
 		 383 aa  355  6.999999999999999e-97  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2959  mRNA 3'-end processing factor  56.53 
 
 		 332 aa  353  2.9999999999999997e-96  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.624115  hitchhiker  0.0000489273 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6856  hypothetical protein  51.99 
 
 		 340 aa  345  5e-94  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.166328 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2414  hypothetical protein  56.97 
 
 		 383 aa  340  2e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1077  putative mRNA 3-end processing factor  56.97 
 
 		 383 aa  340  2e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1568  RNA procession exonuclease-like protein  55.76 
 
 		 358 aa  333  3e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.359999 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2561  putative mRNA 3-end processing factor  48.35 
 
 		 332 aa  332  7.000000000000001e-90  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1042  exonuclease  52.41 
 
 		 328 aa  327  2.0000000000000001e-88  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.251284  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01738  mRNA 3'-end processing factor  54.79 
 
 		 340 aa  326  4.0000000000000003e-88  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2587  hypothetical protein  54.98 
 
 		 342 aa  325  6e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00136385 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1754  RNA procession exonuclease-like protein  49.55 
 
 		 351 aa  322  7e-87  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2665  putative mRNA 3-end processing factor  56.19 
 
 		 335 aa  320  1.9999999999999998e-86  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14848 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1460  exonuclease involved in mRNA processing  53.82 
 
 		 328 aa  313  3.9999999999999997e-84  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.562175  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0150  exonuclease of the beta-lactamase fold involved in RNA processing-like protein  45 
 
 		 355 aa  278  1e-73  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07841  beta-lactamase fold exonuclease  38.22 
 
 		 328 aa  271  1e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.110589  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1072  putative mRNA 3-end processing factor  45.97 
 
 		 344 aa  268  8e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0686869 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0794  putative mRNA 3-end processing factor  46.4 
 
 		 349 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.682803 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1471  putative mRNA 3-end processing factor  44.64 
 
 		 348 aa  265  8e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07841  RNA processing exonuclease  36.94 
 
 		 328 aa  262  6.999999999999999e-69  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.160717  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08581  RNA processing exonuclease  36.31 
 
 		 330 aa  261  1e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0814782  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4616  putative mRNA 3-end processing factor  44.67 
 
 		 351 aa  258  1e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0734  hypothetical protein  36.31 
 
 		 328 aa  256  4e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.536853  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0552  hypothetical protein  43.97 
 
 		 347 aa  254  1.0000000000000001e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0871  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  43.77 
 
 		 348 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0130781  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0750  putative mRNA 3-end processing factor  43.7 
 
 		 356 aa  250  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3431  putative mRNA 3-end processing factor  44.88 
 
 		 352 aa  251  2e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.194998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0799  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  43.28 
 
 		 348 aa  247  2e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187593  normal  0.0112138 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4043  putative mRNA 3-end processing factor  42.09 
 
 		 337 aa  247  2e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3560  putative mRNA 3-end processing factor  44.14 
 
 		 352 aa  247  2e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.146642  normal  0.26456 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3236  putative mRNA 3-end processing factor  44.14 
 
 		 352 aa  246  4e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1612  RNA procession exonuclease-like protein  45.43 
 
 		 354 aa  245  9.999999999999999e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4896  putative mRNA 3-end processing factor  43.41 
 
 		 335 aa  244  9.999999999999999e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0260  putative mRNA 3-end processing factor  43.36 
 
 		 344 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00946134 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0913  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  41.74 
 
 		 336 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.228952 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0801  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  41.74 
 
 		 336 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3692  putative mRNA 3-end processing factor  43.49 
 
 		 351 aa  242  7.999999999999999e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2803  putative mRNA 3-end processing factor  42.64 
 
 		 338 aa  241  2e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.196277 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1540  putative mRNA 3-end processing factor  43.15 
 
 		 345 aa  241  2e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0629  putative mRNA 3-end processing factor  43.07 
 
 		 365 aa  238  9e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  decreased coverage  0.00579405 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0461  hypothetical protein  44.51 
 
 		 390 aa  237  2e-61  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6008  hypothetical protein  42.31 
 
 		 337 aa  237  3e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0031  putative mRNA 3-end processing factor  41.72 
 
 		 334 aa  230  3e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.321442  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0411  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  39.2 
 
 		 329 aa  225  7e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3978  RNA procession exonuclease-like protein  41.64 
 
 		 371 aa  223  3e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.107304  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0289  putative mRNA 3-end processing factor  41.07 
 
 		 337 aa  219  7e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00669  RNA procession exonuclease-like protein  36 
 
 		 338 aa  216  5e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0067  putative mRNA 3-end processing factor  39.63 
 
 		 357 aa  204  1e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1406  RNA procession exonuclease-like protein  30.94 
 
 		 313 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0847473 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.53 
 
 		 1017 aa  156  6e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0057  putative mRNA 3'-end processing factor  35.64 
 
 		 330 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.251824 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0060  putative mRNA 3'-end processing factor  36.6 
 
 		 330 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0072  putative mRNA 3'-end processing factor  36.93 
 
 		 330 aa  152  5e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0055  putative mRNA 3'-end processing factor  36.27 
 
 		 330 aa  152  8.999999999999999e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1113  hypothetical protein  27.33 
 
 		 321 aa  103  5e-21  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.704257 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1883  putative mRNA 3-end processing factor  27.19 
 
 		 327 aa  81.3  0.00000000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0973  putative mRNA 3-end processing factor  24.68 
 
 		 314 aa  78.2  0.0000000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.289039 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0621  beta-lactamase domain-containing protein  26.62 
 
 		 317 aa  75.9  0.000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1313  beta-lactamase domain-containing protein  26.43 
 
 		 315 aa  75.9  0.000000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.143027  normal  0.259963 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1043  putative mRNA 3-end processing factor  28.39 
 
 		 319 aa  73.9  0.000000000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0008566 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0149  RNA procession exonuclease-like protein  24.03 
 
 		 327 aa  72.8  0.000000000008  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0104249 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1169  conserved hypothetical protein  22.59 
 
 		 328 aa  63.5  0.000000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.561924  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5670  hypothetical protein  26.65 
 
 		 338 aa  55.8  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0729978 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0788  putative mRNA 3-end processing factor  24.23 
 
 		 317 aa  55.5  0.000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1028  beta-lactamase domain-containing protein  22.58 
 
 		 616 aa  51.2  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1132  hypothetical protein  24.74 
 
 		 328 aa  49.7  0.00008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  decreased coverage  0.00888  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4513  beta-lactamase domain protein  31.03 
 
 		 454 aa  47.8  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.557779 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4381  beta-lactamase domain protein  31.03 
 
 		 454 aa  47.8  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.496128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0197  beta-lactamase domain-containing protein  24.36 
 
 		 422 aa  46.6  0.0007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.904798  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1938  beta-lactamase domain protein  25.83 
 
 		 821 aa  46.6  0.0007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.199019  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0201  hypothetical protein  32.76 
 
 		 452 aa  46.2  0.0009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.384627 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1105  beta-lactamase domain-containing protein  30.19 
 
 		 454 aa  46.2  0.0009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00990  Endoribonuclease ysh1 (EC 3.1.27.-)(mRNA 3'-end-processing protein ysh1) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BEP0]  29.73 
 
 		 884 aa  45.4  0.001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1852  putative mRNA 3-end processing factor  26.29 
 
 		 337 aa  45.4  0.001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.681251  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4519  exonuclease/RNA metabolizing protein  29.73 
 
 		 452 aa  45.8  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0267273  decreased coverage  0.00562504 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38530  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase family protein  34.15 
 
 		 468 aa  45.8  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0506935  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1382  beta-lactamase-like protein  29.41 
 
 		 455 aa  44.7  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1728  beta-lactamase domain-containing protein  29.19 
 
 		 425 aa  45.1  0.002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.254192  decreased coverage  0.00045837 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1047  beta-lactamase domain-containing protein  28.04 
 
 		 426 aa  45.1  0.002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>