234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_0067 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_0067  putative mRNA 3-end processing factor  100 
 
 		 357 aa  722    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3978  RNA procession exonuclease-like protein  70.81 
 
 		 371 aa  481  1e-135  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.107304  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0289  putative mRNA 3-end processing factor  67.66 
 
 		 337 aa  459  9.999999999999999e-129  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4896  putative mRNA 3-end processing factor  62.65 
 
 		 335 aa  398  9.999999999999999e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00669  RNA procession exonuclease-like protein  56.76 
 
 		 338 aa  390  1e-107  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4043  putative mRNA 3-end processing factor  57.23 
 
 		 337 aa  388  1e-107  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0552  hypothetical protein  60.24 
 
 		 347 aa  386  1e-106  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4616  putative mRNA 3-end processing factor  57.99 
 
 		 351 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0794  putative mRNA 3-end processing factor  58.28 
 
 		 349 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.682803 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0871  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  58.86 
 
 		 348 aa  381  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0130781  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2803  putative mRNA 3-end processing factor  55.82 
 
 		 338 aa  380  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.196277 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0031  putative mRNA 3-end processing factor  57.1 
 
 		 334 aa  381  1e-104  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.321442  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0750  putative mRNA 3-end processing factor  59.34 
 
 		 356 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0799  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  58.51 
 
 		 348 aa  375  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187593  normal  0.0112138 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1612  RNA procession exonuclease-like protein  58.53 
 
 		 354 aa  373  1e-102  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6008  hypothetical protein  56.51 
 
 		 337 aa  374  1e-102  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0913  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  56.12 
 
 		 336 aa  374  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.228952 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0461  hypothetical protein  58.58 
 
 		 390 aa  365  1e-100  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0801  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  55.52 
 
 		 336 aa  368  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0629  putative mRNA 3-end processing factor  57.89 
 
 		 365 aa  364  2e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  decreased coverage  0.00579405 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1471  putative mRNA 3-end processing factor  55.26 
 
 		 348 aa  360  3e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0260  putative mRNA 3-end processing factor  53.8 
 
 		 344 aa  356  3.9999999999999996e-97  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00946134 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1540  putative mRNA 3-end processing factor  56.04 
 
 		 345 aa  352  7e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3431  putative mRNA 3-end processing factor  56.04 
 
 		 352 aa  350  2e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.194998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3236  putative mRNA 3-end processing factor  56.55 
 
 		 352 aa  347  1e-94  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3560  putative mRNA 3-end processing factor  56.55 
 
 		 352 aa  346  3e-94  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.146642  normal  0.26456 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3692  putative mRNA 3-end processing factor  56.51 
 
 		 351 aa  343  2e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1072  putative mRNA 3-end processing factor  53.37 
 
 		 344 aa  340  2e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0686869 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0411  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  52.74 
 
 		 329 aa  329  4e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1042  exonuclease  43.65 
 
 		 328 aa  239  5.999999999999999e-62  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.251284  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1460  exonuclease involved in mRNA processing  44.74 
 
 		 328 aa  232  9e-60  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.562175  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4860  putative mRNA 3-end processing factor  42.07 
 
 		 375 aa  231  1e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1146  RNA procession exonuclease-like protein  41.46 
 
 		 338 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4306  RNA procession exonuclease-like protein  41.21 
 
 		 338 aa  219  5e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3043  putative mRNA 3-end processing factor  41.07 
 
 		 346 aa  218  1e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0285628  normal  0.582199 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1106  RNA processing exonuclease  40.55 
 
 		 338 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.599734 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0305  putative mRNA 3-end processing factor  40.18 
 
 		 366 aa  216  5e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2916  mRNA 3'-end processing factor  39.57 
 
 		 362 aa  216  5.9999999999999996e-55  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0310  putative mRNA 3-end processing factor  40.18 
 
 		 366 aa  216  5.9999999999999996e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.169646 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0374  putative mRNA 3-end processing factor  40.85 
 
 		 371 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01738  mRNA 3'-end processing factor  43.61 
 
 		 340 aa  214  1.9999999999999998e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1582  RNA procession exonuclease-like protein  40.32 
 
 		 332 aa  213  5.999999999999999e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5293  putative exonuclease involved in mRNA processing  42.86 
 
 		 382 aa  212  7e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3896  hypothetical protein  39.04 
 
 		 368 aa  211  1e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170406  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4134  hypothetical protein  38.25 
 
 		 348 aa  210  3e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3872  hypothetical protein  38.72 
 
 		 348 aa  209  4e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2959  mRNA 3'-end processing factor  40.91 
 
 		 332 aa  207  3e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.624115  hitchhiker  0.0000489273 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1314  putative exonuclease involved in mRNA processing  42.21 
 
 		 383 aa  206  5e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0772701  normal  0.174474 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07841  beta-lactamase fold exonuclease  31.9 
 
 		 328 aa  204  1e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.110589  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2665  putative mRNA 3-end processing factor  42.3 
 
 		 335 aa  204  2e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14848 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1135  RNA procession exonuclease-like protein  39.63 
 
 		 338 aa  203  4e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3523  RNA procession exonuclease  35.16 
 
 		 349 aa  202  5e-51  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2196  RNA procession exonuclease-like protein  39.94 
 
 		 335 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.260801  hitchhiker  0.00381998 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07841  RNA processing exonuclease  31.6 
 
 		 328 aa  201  1.9999999999999998e-50  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.160717  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4681  putative exonuclease involved in mRNA processing  40.81 
 
 		 350 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388572  normal  0.0823984 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1519  hypothetical protein  41.85 
 
 		 340 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6856  hypothetical protein  34.84 
 
 		 340 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.166328 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1406  RNA procession exonuclease-like protein  36.27 
 
 		 313 aa  196  6e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0847473 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1077  putative mRNA 3-end processing factor  40.07 
 
 		 383 aa  195  9e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2414  hypothetical protein  40.07 
 
 		 383 aa  195  1e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2561  putative mRNA 3-end processing factor  33.03 
 
 		 332 aa  194  2e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08581  RNA processing exonuclease  30.28 
 
 		 330 aa  194  2e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0814782  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1212  hypothetical protein  37.73 
 
 		 344 aa  193  4e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766488 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0734  hypothetical protein  30.03 
 
 		 328 aa  191  1e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.536853  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1568  RNA procession exonuclease-like protein  39.08 
 
 		 358 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.359999 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1754  RNA procession exonuclease-like protein  34.82 
 
 		 351 aa  188  1e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2587  hypothetical protein  40.52 
 
 		 342 aa  188  1e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00136385 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02275  hypothetical protein  32.22 
 
 		 347 aa  185  9e-46  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3335  RNA procession exonuclease  33.66 
 
 		 383 aa  183  4.0000000000000006e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0150  exonuclease of the beta-lactamase fold involved in RNA processing-like protein  34.58 
 
 		 355 aa  164  1.0000000000000001e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0060  putative mRNA 3'-end processing factor  34.6 
 
 		 330 aa  139  4.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0072  putative mRNA 3'-end processing factor  34.29 
 
 		 330 aa  139  7.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0055  putative mRNA 3'-end processing factor  33.97 
 
 		 330 aa  137  4e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.43 
 
 		 1017 aa  133  3.9999999999999996e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0057  putative mRNA 3'-end processing factor  32.7 
 
 		 330 aa  124  4e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.251824 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1883  putative mRNA 3-end processing factor  32.57 
 
 		 327 aa  95.5  1e-18  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1313  beta-lactamase domain-containing protein  32.67 
 
 		 315 aa  92  1e-17  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.143027  normal  0.259963 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1113  hypothetical protein  25.33 
 
 		 321 aa  90.5  4e-17  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.704257 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1043  putative mRNA 3-end processing factor  29.93 
 
 		 319 aa  85.9  9e-16  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0008566 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0973  putative mRNA 3-end processing factor  30.53 
 
 		 314 aa  84.3  0.000000000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.289039 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1169  conserved hypothetical protein  24.32 
 
 		 328 aa  83.2  0.000000000000006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.561924  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0149  RNA procession exonuclease-like protein  26 
 
 		 327 aa  80.9  0.00000000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0104249 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1852  putative mRNA 3-end processing factor  28.01 
 
 		 337 aa  78.2  0.0000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.681251  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1132  hypothetical protein  27.21 
 
 		 328 aa  78.6  0.0000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  decreased coverage  0.00888  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0788  putative mRNA 3-end processing factor  25.79 
 
 		 317 aa  73.9  0.000000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00990  Endoribonuclease ysh1 (EC 3.1.27.-)(mRNA 3'-end-processing protein ysh1) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BEP0]  29.36 
 
 		 884 aa  72  0.00000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2308  hypothetical protein  26.25 
 
 		 339 aa  70.5  0.00000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.146289  normal  0.484856 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1028  beta-lactamase domain-containing protein  22.85 
 
 		 616 aa  68.9  0.0000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0351  beta-lactamase domain-containing protein  26.25 
 
 		 472 aa  67.4  0.0000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.766684  normal  0.755187 
 
 
-
 
NC_006693  CNH02710  hypothetical protein  29.12 
 
 		 773 aa  66.6  0.0000000007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0621  beta-lactamase domain-containing protein  27.1 
 
 		 317 aa  65.1  0.000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1001  beta-lactamase domain-containing protein  37.61 
 
 		 460 aa  64.7  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.294858  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0201  hypothetical protein  33.33 
 
 		 452 aa  64.7  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.384627 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0375  beta-lactamase-like protein  27.68 
 
 		 636 aa  63.2  0.000000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.0000359908  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4381  beta-lactamase domain protein  29.21 
 
 		 454 aa  63.2  0.000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.496128  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4513  beta-lactamase domain protein  29.21 
 
 		 454 aa  63.2  0.000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.557779 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2687  beta-lactamase domain protein  21.32 
 
 		 591 aa  62  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_89936  predicted protein  29.8 
 
 		 793 aa  62.8  0.00000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.731556  normal  0.295472 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1130  metallo-beta-lactamase family protein  35.2 
 
 		 452 aa  62  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.332296  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0193  cleavage and polyadenylation specificity factor  28.16 
 
 		 637 aa  61.6  0.00000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.209182  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>